Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_22668 LG5 57805798 57806641 PREDICTED: agamous-like MADS-box protein AGL80
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category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 57805820 synonymous_variant p.Leu227Leu
T/A 57805966 missense_variant p.Thr179Ser
T/G 57806016 missense_variant p.Asn162Thr
G/T 57806175 stop_gained p.Ser109*
T/A 57806315 synonymous_variant p.Gly62Gly
A/G 57806380 missense_variant p.Ser41Pro
G/A 57806624 synonymous_variant p.Val6Val

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_22668.1
MARKKVDLTFITKTSKRKATFKKRKNGLIKKIGEISILCGIQACAIIYTPDEPEQPEVWPSEEGVESAITRFRSVSELEQSKKMFCQESFLRQRIVKVQEQLKKVRNENRKKEINHLISQYITVGNNLETANIIDLNDISFLADQCLEDITKKIAARKAQMGTQVPENNGGETVTRHGEQARVNHVQVQGPYTDVDAMQNLNWSADIINAAAPNEMLSLDDVNVQSGWLNQYIP*


CDS Sequence:
>Vu_22668.1
ATGGCTAGAAAGAAGGTCGACCTTACTTTCATAACCAAAACCTCAAAGAGGAAGGCTACCTTCAAGAAAAGGAAAAATGGTTTGATCAAAAAGATCGGTGAAATCAGCATCCTCTGTGGGATTCAAGCCTGTGCTATAATCTACACACCAGATGAACCTGAACAGCCAGAGGTTTGGCCCTCTGAGGAGGGAGTTGAAAGTGCTATCACCAGGTTCAGGAGTGTTTCTGAACTGGAGCAAAGCAAGAAAATGTTCTGTCAGGAAAGCTTCTTGAGGCAAAGGATCGTCAAGGTCCAAGAACAGTTGAAGAAAGTGAGGAATGAGAATCGGAAGAAAGAGATTAACCATCTCATTTCTCAATACATCACTGTTGGGAACAACCTTGAGACTGCCAACATCATTGATCTCAATGATATCTCATTCTTGGCTGATCAATGCTTGGAGGACATTACAAAGAAAATCGCTGCTCGCAAAGCCCAGATGGGAACACAAGTTCCTGAAAATAATGGTGGAGAAACTGTGACTCGCCATGGAGAACAAGCACGGGTGAATCATGTCCAAGTCCAAGGGCCTTACACTGATGTTGATGCCATGCAGAATCTGAACTGGTCTGCTGATATCATCAATGCTGCTGCTCCCAATGAGATGTTATCATTGGATGATGTTAATGTCCAAAGTGGTTGGCTTAACCAATACATCCCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_22668::LG5:57806641-57808641(-)
AACCTAACAATAATGTGAAGTTAAATTACCTTAAATAAACTGAAATAGGTTTTCATAAAAGTATAATAATTTTTTATGATTCTAGTTGTCAGTTTCTTTGGTTCCAAGTGTTAATTTGAGTTTAATTTAAGAATAGAAAGAAGGATTATGAACAATAAAAAAAAATACTCACCAATTTATTGTGTTAAAGTTTATAATATTATGTTTTTTTTTATATAATTTGTAATTTATTAGTATCGAATCTCTAATTCATGTCGAATATAAATTAACAAGATAAATAATATATTAAAATTCTCACAACTTATTTTAAGATTTTGAGTTTTGTTGGTGCTCATTCTTCCAAGTTTTCTTCATAAGAACTTAACCTCTTTAACCATAATTAAAAAATAGGAGTTAAAATGATGTAATGTTTTAAAAGAAAAACATAAAAATACTTATGATAATATATTTATTATATTTATTTGGTTTTGTCTTTTTAATTTTCTAATTAATGATTTATTTTTCTTTGTGTTAATGATGATGTGACAATTGGCATGTCATGTTGTAAACAAGAAGGCACGTGGCATTATATCTCAATAATGTCACATCATATTTATCATGGTATCACTTAATAAGTAATAGGAATAATTCTGTATTATAGAGACAATAAATAACAAAAAAATTTGACGGACCAAACGATAAAACATGTTGCAAGAACCACGGGAGATATTGAATCTTTTAATTTAAATAAACAACAATTTTGAAGTCATATTTAATTAAATTTTTTATAAATTATAAAATATTAAATTAAATCAAATTGAAACGTTTAAAAAATAAAATACACTAAACTAGTCTCTACAAATTCACAAATGTTTGCTGCACTTATATGTTGAATAATATTGACTACCAAGCGGATAGGTCAAATGTTACCTAAAATTATTTCATATAATGTCAACTTATATTAAAATAATATGCAGAAAAAATTAAATTTTCAATAATAGAAAAATGTTCTATTGAACAACCAAAACTGGTTCAACATTTAATTATTGCAATAAACGAAATTAAAATTTGCAAATATGAAAGATAAATAATTAAATGTTCTGTAAAAAATAACAGCATAGAATTTGAATAAATAAAAGAAAAGGAAGCAAAAGTCAAATATGATATAGTATAATTAACAAATAACAATCCTGAAACCGATGGATCTCAGTTTATACAAAATAAAATGCTTTTAAGTTTCAAAGAGACCATGGTCCACAAAAACTTAGGTATTTACATCCATTGTAAAATACAAAAATTTAATAGGGTATAAAATTTTGGATCCTTTGAGACATAATACTCAACGGGGTTGTATTTTTATTCTTATAAAAAAAATCAAATTTTAGATTTTGCTTCTAAGTTTAGAACTAATAATTTTTTTTTATTCTTTTAAAATTGTTAGTGTAGGTGGCTTTGAAAATACCCAAATATATTTATATAATAAAATGTAGGTTTTATTTCATAAATATTAATAAAAATATTTATTATTATCCTTTCATTTCATTGGTGTATGTAAGAAGTAATTCAATAGAGTCTAATTAATTACTGGGTATTATTTATGAGAAAGAAATATTAGTTAAAGTTGTAGATGGACAGATACAAAGGTAAGAAAAATATTAATTATATTTTTAATTTGTATGTTATTCTCTTAAATGAACAGCTAAACAAAAGATGATATGAGCCTGAATTATCAACTTGTACAACTCATATCTTCCCTTTTTCTTCCCCAAGTGGTAAGTTATTTAAGAAATATTTTATTGCAAAATCTCTGTAATAATTCAATGTAGATGAAATTAATTACGAAAGTTTTATGCAAAGACAACAACTCAGATGGCCCTGATTTGGTATTGAGAAATACTTTCCCTATATTCAATCTTGTTACCTCTTCAATTTTTTTATATAAACAGCACACATCAAGAATGGGAAAGCTACACAAACATAGCAATTCAGAACTCCATTCTTGTTCTTTTCTGCTCATTCTC


Gene Sequence:
>Vu_22668(-)
ATGGCTAGAAAGAAGGTCGACCTTACTTTCATAACCAAAACCTCAAAGAGGAAGGCTACCTTCAAGAAAAGGAAAAATGGTTCAAATCATTTCTTTCTCTTTCTTTCATCTTAACCTTGCTTTTATAATTACCCTTCTATGATGCATGTTTTTCCTTTTAATATGAAATCTACTTTTTCTAACCTTTCTTTCTCTTATATATGTTTTTCTCAACACAGGTTTGATCAAAAAGATCGGTGAAATCAGCATCCTCTGTGGGATTCAAGCCTGTGCTATAATCTACACACCAGATGAACCTGAACAGCCAGAGGTTTGGCCCTCTGAGGAGGGAGTTGAAAGTGCTATCACCAGGTTCAGGAGTGTTTCTGAACTGGAGCAAAGCAAGAAAATGTTCTGTCAGGAAAGCTTCTTGAGGCAAAGGATCGTCAAGGTCCAAGAACAGTTGAAGAAAGTGAGGAATGAGAATCGGAAGAAAGAGATTAACCATCTCATTTCTCAATACATCACTGTTGGGAACAACCTTGAGACTGCCAACATCATTGATCTCAATGATATCTCATTCTTGGCTGATCAATGCTTGGAGGACATTACAAAGAAAATCGCTGCTCGCAAAGCCCAGATGGGAACACAAGTTCCTGAAAATAATGGTGGAGAAACTGTGACTCGCCATGGAGAACAAGCACGGGTGAATCATGTCCAAGTCCAAGGGCCTTACACTGATGTTGATGCCATGCAGAATCTGAACTGGTCTGCTGATATCATCAATGCTGCTGCTCCCAATGAGATGTTATCATTGGATGATGTTAATGTCCAAAGTGGTTGGCTTAACCAATACATCCCTTGA