Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_22569 LG5 56689173 56703117 Clathrin heavy chain 1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09141 Transport and catabolism   C 04144 Endocytosis [PATH:ko04144]
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 56689447 missense_variant p.Ala92Asp
A/G 56690060 missense_variant p.Ile296Met
T/G 56690195 synonymous_variant p.Ser341Ser
G/A 56690519 intron_variant
A/G 56690794 intron_variant
A/T 56690796 intron_variant
C/T 56690845 intron_variant
A/T 56691064 intron_variant
T/A 56691071 intron_variant
T/A 56691153 intron_variant
T/A 56691177 intron_variant
T/A 56691198 intron_variant
C/A 56692301 intron_variant
T/A 56692303 intron_variant
C/G 56692547 intron_variant
A/T 56692548 intron_variant
T/A 56692555 intron_variant
C/T 56692693 intron_variant
T/A 56692721 intron_variant
A/*,T 56692964 intron_variant
T/C 56693099 intron_variant
G/C 56693518 intron_variant
T/A 56693681 intron_variant
C/A 56693710 intron_variant
C/T 56693712 intron_variant
T/A 56693727 intron_variant
C/T 56693808 intron_variant
T/C 56693852 intron_variant
A/T 56693860 intron_variant
G/T 56693941 intron_variant
G/T 56694127 intron_variant
A/G 56694400 intron_variant
C/A 56694543 intron_variant
T/A 56694575 intron_variant
G/A 56694607 synonymous_variant p.Val590Val
C/T 56694918 intron_variant
C/T 56694919 intron_variant
G/A 56695046 intron_variant
C/T 56695258 missense_variant p.Arg677Cys
A/T 56695627 intron_variant
T/A 56695803 intron_variant
T/G 56695808 intron_variant
G/A 56695977 intron_variant
T/C 56696555 synonymous_variant p.Leu798Leu
G/A 56696574 missense_variant p.Gly805Arg
C/T 56696712 intron_variant
C/T 56696713 intron_variant
G/A 56696753 missense_variant p.Val819Ile
C/T 56696783 synonymous_variant p.Leu829Leu
G/A 56696806 synonymous_variant p.Leu836Leu
A/G 56696821 synonymous_variant p.Lys841Lys
G/A 56696887 synonymous_variant p.Leu863Leu
C/T 56696901 missense_variant p.Ala868Val
A/C 56696945 missense_variant&splice_region_variant p.Lys883Gln
G/A 56696948 splice_donor_variant&intron_variant
A/G 56696959 intron_variant
G/A,* 56697191 intron_variant
C/T 56697216 intron_variant
C/G 56697537 intron_variant
A/G 56697627 intron_variant
G/T 56697682 intron_variant
C/G 56697709 intron_variant
G/A 56697723 splice_acceptor_variant&intron_variant
T/A 56697751 missense_variant p.Ser913Thr
C/T 56697752 missense_variant p.Ser913Phe
T/A 56697800 missense_variant p.Leu929Gln
T/A 56697831 intron_variant
T/A 56698126 intron_variant
A/T 56698171 intron_variant
A/C 56698485 synonymous_variant p.Ala997Ala
G/T 56698486 missense_variant p.Gly998Cys
C/T 56698494 synonymous_variant p.Phe1000Phe
T/A 56698926 intron_variant
T/A 56699067 intron_variant
C/T 56699068 intron_variant
T/A 56699411 missense_variant p.Leu1079His
T/G 56699493 intron_variant
C/T 56699498 intron_variant
T/A 56699519 intron_variant
T/A 56699545 intron_variant
G/T 56699986 intron_variant
G/T 56700472 missense_variant p.Gly1228Val
C/G 56700495 missense_variant p.Leu1236Val
T/C 56700519 stop_lost p.Ter1244Glnext*?
A/T 56700663 missense_variant p.Ser1292Cys
C/T 56700794 synonymous_variant p.Asp1335Asp
A/T 56700877 missense_variant p.Asp1363Val
G/A 56701355 missense_variant p.Met1485Ile
T/G 56701569 missense_variant p.Trp1557Gly
G/T 56701837 downstream_gene_variant
G/A 56701891 missense_variant p.Val1626Ile
G/T 56701898 missense_variant p.Ser1628Ile
C/A 56701899 missense_variant p.Ser1628Arg
G/C 56702019 missense_variant p.Gln1668His
G/T 56702022 missense_variant&splice_region_variant p.Lys1669Asn
G/A 56702049 downstream_gene_variant
G/A 56702298 synonymous_variant p.Ser1728Ser
T/A 56702963 missense_variant p.Met1832Lys
T/A 56702997 synonymous_variant p.Pro1843Pro

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_22569.1
MVSTWVRGKCIGKGAFGTVSVALRKLDAQTQIFAVKSVDIKTGLPGQLEALENEIRILRRMSSPHVVTFLGEDTTCEKRNLHMEYMPCGTLADLDPDVDEYLVRQYTWCLVSALKHVHGNGVVHCDVKGKNVLVGDGANGRNCKLADFGSAMEFDGEGLPAASPRGSPLWMAPEVIRRECQGPASDVWSLGCTMIEMLTGKPPWEGNAMDALSRIGFSGDVPGFPRRLSELGRDFLEKCLRREPWRRWSCDQLLEHPFLLPCGVIVESSPRCVLDRVDSEFAEFDEEEEQEEEEIITESENSARDRIGKLATSVGVNWEAPGWVMVRELAFDAEPVVADSSENVREGSILENFENSREERGIQERTNSECESLKNEMISQRTTNTPSLTFEFPWIHARHGRERPHRHARSLNGPHSPTIPSFSQQCLVAFSIFSSFSDSPIRSSFLQLGSVGINPQFITFTHVTMESDKYICIRETAPQNSVVMIDMAMPMQPLRRPITADSALMNPNARILALKAQVPGTSQDHLQVFNIETKAKMKSYQMSQQGEPVKVFDRTANLANNQIINYRCDPTEKWLVLIGIAPGSSERPQLVKGNMQLFSVDQQRSQALEAHAASFATFRVAGNDKDSTLICFASKSINAGQVTSKMHVIELGAQPGKPSFSKKQADLFFPPDFADDFPVSMQISNKYGLIYVITKLGLLFVYDLETATAVYRNRISPDPIFLTAEASTSGGFYAINRRGQVLLATVNEATIVPFVSGQLNNLELAVSLAKRGNLPGAEELVVKRFQELFAQTKYKEAAELAAQSPQGVLRTPDTVAKFQSVPVQAGQTPPLLQYFGTLLTMGKLNAFESLELSRLVVNQNKKNLLENWLAEDKLECSEELGDLVKVGYTPDYMFLLQTILRTDPQGAVNFALMMSQMEGGCPIDYNTITDLFLQRNLIREATAFLLDVLKPDLPEHGYLQTKVLEINLVTFPNVADAILANGMFSHYDRPRIGQLCEKAGLFIRALQDPDIHFKYIEAAAKTGQIKEVERVTRESNFYDAEKTKNFLMEAKLPDARPLINVCDRFGFVPDLTHYLYTNNMLRYIEGYVQKVNPGNAPLVVGQLLDDECPEDFIKGLILSVRSLLPVEPLVEECEKRNRLRLLTQFLEHLVSEGSQDVHVHNALAAVKAFMTADLPHELIELLEKIVLQNSAFSGNFNLQNLLILTAIKADPSRVMDYINRLDNFDGPAVGEVAVEAQLYEEAFAIFKKFNLNVQAVNVLLDNLQTIDRAVEFAFRVEEDAVWSQVAKAQLREGLVSDAIESFIRADDSTHFLEVIKAAEDADVYHDLVKYLLMVRQKTKEPKVDSELIYAYAKIDRLGEIEEFILMPNVANLPNVGDRLYDETLYEAAKIIFAFISNWAKLAVTLVKLKQFQGAVDAARKANSSKTWKEVCFACVDAEEFRLAQICGLNVIIQVDDLEEVSEFYQNRGCFNELISLMESGLGLERAHMGIFTELGVLYARYRPEKLMEHIKLFSTRLNIPKLIRACDEQQHWKELTYLFIQYDEFDNAATTVMNHSPEAWDHMQFKDVIVKVASVELYYKAVHFYLQEHPDVINDMLNVIALRVDHTRVVDILRKAGHLRLVKPYMVAVQSTNVSAVNEALNEIYVEEEDYDRLRESIDLHDNFDQIGLAQKINDEHMQIEKHELLEMRRVAAYIYKKAGRWKQSIALSKKDNLYKDCMETCSQSGDRELSEDLLIYFIEKGKKECFASCLFVCYDIIRPDVALELAWMNNMIDFAFPYLLQFIREYTSKVDELIRDKIEAQKEEKAKEKEEKEVIAQQNMYAQLLPLALPAPPMPGMSGGYTPSPPPMPGMGGGYTPSPPPPPMGGMGMPPMPPFGMPPMGGGY*


CDS Sequence:
>Vu_22569.1
ATGGTTTCTACTTGGGTAAGAGGCAAGTGCATAGGCAAGGGCGCGTTTGGTACCGTCAGCGTCGCGCTTCGAAAGCTTGACGCCCAAACGCAAATTTTCGCGGTGAAGTCTGTGGATATTAAAACGGGTCTCCCGGGTCAGCTCGAAGCGTTGGAGAACGAAATTCGGATCCTCCGACGCATGTCCTCGCCGCACGTGGTAACCTTTCTCGGCGAAGACACCACATGCGAGAAGCGGAACCTTCACATGGAGTACATGCCATGTGGCACTCTCGCTGACCTGGACCCCGACGTGGACGAGTATTTAGTGAGACAATACACGTGGTGCTTGGTGAGCGCTCTGAAGCACGTGCACGGAAACGGCGTCGTGCACTGCGACGTGAAGGGGAAGAACGTCCTTGTTGGAGACGGAGCCAACGGTCGCAACTGCAAGCTCGCCGACTTCGGCTCGGCGATGGAGTTCGACGGGGAAGGTCTCCCGGCGGCATCGCCGCGCGGGAGTCCGCTGTGGATGGCGCCGGAAGTGATACGCCGGGAGTGTCAGGGTCCGGCGTCGGACGTTTGGTCGTTAGGTTGCACGATGATCGAGATGCTCACCGGAAAACCGCCGTGGGAGGGGAACGCCATGGACGCGCTGAGTCGGATTGGATTCTCCGGCGACGTGCCGGGGTTTCCGCGCCGGTTATCGGAGCTCGGCCGGGATTTTCTGGAGAAGTGTTTGAGGAGGGAGCCGTGGCGGCGGTGGAGCTGCGATCAACTGCTGGAGCATCCGTTTCTGTTACCGTGTGGTGTGATCGTGGAATCGTCGCCTCGGTGTGTTCTCGACCGAGTTGACTCGGAGTTCGCTGAGTTCGACGAGGAAGAAGAACAGGAAGAAGAAGAAATAATAACTGAAAGTGAAAATTCGGCAAGGGATAGAATTGGAAAATTGGCTACGAGCGTAGGGGTAAATTGGGAAGCGCCAGGATGGGTGATGGTGAGGGAATTGGCTTTCGATGCCGAACCGGTGGTGGCTGACAGTTCTGAGAATGTTAGAGAAGGGTCGATTTTGGAAAATTTTGAGAATTCGAGGGAAGAACGGGGAATTCAGGAAAGGACAAATTCGGAATGTGAAAGCTTGAAAAACGAAATGATCTCGCAGCGCACCACTAACACACCATCTCTCACTTTCGAATTCCCTTGGATCCACGCCCGCCATGGCCGCGAACGCCCCCATCGCCATGCGCGAAGTCTTAACGGTCCGCATTCCCCCACTATCCCGTCGTTTTCCCAGCAATGCCTCGTCGCATTCTCCATTTTCTCTTCGTTTTCTGACTCTCCGATACGTTCGTCTTTTTTGCAGTTGGGAAGCGTGGGCATCAACCCGCAGTTTATCACCTTCACGCACGTCACCATGGAATCGGACAAGTACATTTGCATCAGGGAAACCGCGCCGCAGAACAGCGTCGTCATGATCGATATGGCCATGCCCATGCAACCACTCCGACGCCCTATCACCGCTGATTCCGCTCTCATGAACCCTAACGCCAGAATTCTCGCGCTTAAAGCTCAAGTTCCTGGCACTAGTCAGGATCATTTGCAAGTGTTTAACATTGAAACGAAAGCGAAGATGAAATCGTATCAAATGAGCCAACAGGGTGAGCCAGTGAAGGTGTTTGACCGGACAGCTAATTTGGCGAATAATCAGATCATCAATTACCGTTGTGATCCTACTGAAAAGTGGTTGGTTTTGATTGGAATTGCCCCTGGTTCTTCTGAGAGACCACAACTTGTGAAAGGAAATATGCAACTTTTCTCTGTGGATCAACAGCGGAGCCAGGCTCTTGAAGCACATGCAGCCTCATTTGCCACATTTAGAGTTGCTGGCAATGATAAGGATTCAACTCTTATTTGTTTTGCATCCAAGAGCATCAATGCTGGACAGGTTACATCAAAGATGCATGTCATTGAACTTGGCGCCCAGCCAGGCAAGCCATCTTTTTCAAAGAAACAAGCCGATCTCTTCTTTCCTCCAGACTTTGCTGATGACTTTCCCGTATCAATGCAGATTTCAAATAAGTATGGTTTGATATATGTTATCACAAAACTCGGTCTTTTATTTGTCTATGATCTAGAGACTGCCACTGCAGTTTATAGAAATCGAATCAGCCCCGATCCGATATTTTTGACAGCAGAGGCCTCAACATCAGGGGGCTTTTATGCTATAAATAGACGTGGCCAGGTGTTGCTTGCTACTGTGAATGAAGCAACCATTGTACCTTTTGTTAGTGGCCAGTTAAATAATTTGGAACTTGCTGTTAGTCTTGCTAAAAGGGGAAACCTCCCTGGTGCAGAAGAATTGGTTGTTAAGCGTTTTCAAGAATTATTTGCTCAGACCAAGTATAAGGAAGCTGCAGAGCTTGCTGCACAATCACCCCAAGGAGTACTTCGAACTCCTGATACTGTTGCTAAATTTCAGAGTGTACCTGTGCAAGCTGGGCAAACACCACCACTGTTGCAATACTTTGGAACTCTGTTAACCATGGGAAAACTTAATGCTTTTGAGTCACTGGAACTGTCACGACTTGTTGTAAATCAGAACAAAAAGAATCTTTTGGAAAATTGGCTGGCAGAGGATAAACTTGAATGCAGTGAGGAGCTTGGTGACCTTGTGAAGGTTGGATATACACCTGATTACATGTTCCTTCTTCAAACAATTTTACGAACAGATCCCCAGGGTGCTGTAAATTTTGCTCTGATGATGTCTCAAATGGAAGGAGGATGCCCCATAGACTACAACACAATTACTGATCTATTTCTTCAGAGGAATTTGATCCGTGAGGCAACGGCCTTTTTGTTGGATGTGCTGAAGCCAGACCTTCCTGAACATGGATATCTTCAAACAAAGGTTTTGGAAATTAATCTGGTAACCTTTCCAAATGTTGCTGATGCTATATTGGCCAATGGCATGTTCAGTCATTATGATCGCCCACGTATTGGACAATTATGTGAAAAGGCAGGCCTTTTCATTCGGGCTCTTCAGGATCCTGATATTCACTTCAAGTATATCGAGGCTGCTGCTAAAACTGGACAAATTAAGGAGGTTGAGCGTGTAACTAGGGAATCAAACTTTTATGACGCTGAGAAGACAAAGAATTTTCTTATGGAGGCCAAGCTTCCAGATGCACGACCATTGATTAATGTCTGTGATCGTTTTGGATTTGTTCCAGATCTCACCCATTATCTCTATACTAACAATATGCTTCGATATATTGAAGGTTATGTTCAAAAGGTCAATCCTGGAAATGCTCCTCTAGTTGTAGGACAGTTGTTAGATGATGAATGCCCTGAAGATTTTATTAAAGGTCTTATACTTTCCGTTCGTTCTCTTCTGCCAGTTGAGCCTTTAGTTGAAGAATGTGAGAAGAGGAATCGTCTCCGCTTGCTTACTCAATTCTTGGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAGCCAGGATGTGCATGTACATAATGCTCTGGCTGCGGTGAAAGCTTTTATGACTGCCGATCTTCCACATGAGTTGATCGAGCTTCTTGAAAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCTTTTAGTGGAAATTTTAATCTGCAAAATTTGCTGATCCTTACTGCAATCAAGGCAGATCCTTCAAGAGTTATGGATTACATTAATAGGTTGGACAACTTTGATGGACCTGCAGTAGGGGAGGTAGCCGTGGAAGCACAACTCTATGAGGAGGCATTTGCTATTTTTAAGAAATTTAATTTGAATGTTCAGGCTGTTAATGTCCTGCTGGATAACCTCCAGACTATTGATCGTGCTGTGGAGTTTGCTTTCCGAGTTGAAGAAGATGCTGTTTGGAGTCAGGTGGCTAAAGCACAACTTAGGGAAGGCTTAGTGAGTGATGCAATTGAGTCATTCATTCGTGCAGATGATTCAACTCATTTCTTAGAGGTTATTAAGGCTGCTGAAGATGCAGATGTATACCATGACCTGGTGAAGTATCTTCTCATGGTTAGGCAGAAGACCAAAGAGCCCAAGGTGGACAGTGAGCTCATTTATGCTTATGCTAAGATTGACCGTCTTGGAGAAATTGAAGAGTTTATACTGATGCCAAATGTTGCCAATTTACCAAATGTTGGAGACCGCTTGTATGATGAGACATTGTATGAGGCTGCAAAAATTATATTTGCTTTTATTTCTAACTGGGCTAAGTTGGCAGTCACATTGGTGAAGCTTAAACAGTTCCAAGGAGCTGTTGATGCAGCCAGGAAAGCAAACAGTTCAAAAACATGGAAGGAAGTCTGTTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAATTCCGCTTAGCTCAGATTTGTGGTCTCAATGTCATCATTCAGGTGGATGATTTGGAGGAGGTTAGCGAGTTTTATCAGAACAGAGGATGCTTCAATGAACTCATATCTCTAATGGAAAGTGGGTTAGGATTGGAGCGTGCACATATGGGTATCTTTACTGAGTTGGGAGTTCTATATGCAAGATATCGACCCGAGAAGCTAATGGAACACATTAAGTTGTTCTCAACTCGGCTTAACATTCCAAAGCTTATTCGGGCATGTGATGAACAGCAGCACTGGAAAGAACTCACTTACTTATTCATTCAATATGATGAGTTTGATAATGCTGCAACCACTGTCATGAATCACTCTCCAGAAGCATGGGACCACATGCAATTCAAAGATGTTATAGTTAAAGTTGCAAGTGTAGAGCTCTACTATAAGGCTGTTCACTTCTACTTACAAGAGCATCCAGATGTAATAAATGATATGTTAAATGTGATTGCTCTTCGTGTGGACCACACTCGTGTAGTAGATATACTACGGAAGGCTGGCCACCTTAGATTAGTTAAGCCGTACATGGTTGCAGTTCAAAGCACCAATGTATCTGCTGTCAATGAAGCTCTGAATGAAATTTATGTCGAGGAAGAGGACTATGACAGACTTCGAGAATCAATAGATCTGCATGACAACTTTGATCAGAT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Promoter Sequence:
>Vu_22569::LG5:56687173-56689173(+)
CTATTCTCAAATTTTAATTATGTTTTCTTAAAAGAAATTCAATTTATAATCATGTTGGAGTAATGTTATAATCAATTAATATACTAAAAGCATAATACAATATAATTAAATTAATTACTAACTAGTTATTAACTCACGAATAAATAAGATATTCAAATTACAATCTCAATATAATTTCAATCAAATAATAATATTACCAGAGCAAGCGTTTAACTTAGTTCATCTATGCTATAATTTGTCTTATCTAATTGTCACGGTACTATTTTTCAAAATTAAAATTAAAAATCCTTTTCTTATTAAAAATATAATGTTGAGTTTCATACGAAACCATGTCAAACAACGTGCTCTTATCATATTTTTAGTATTTAAATTTGAGCTACACGATTGGATATGGCATTTCAGAAGTAGTTAAATTGTAAATCACCTCAGAACCTTCATTTATTAATCAATATATACAACGCAATCATGATATATTTTTCCTGGGTGATTGTTTTTAAACTATAATTTGAATTCTTAATCCAAAACTTAAATCCCTTTGTGTTATTGCGTCACACAATATGCAAGTCAAAGTCATGAAGTACTTTGCTTAACACTCTAACCAACGGCCTCATCCAAACAAATTATGCATATTCCCAACATATTCTATCTCGTTTGCTTCTCCTTTGCGCACTCATGTCAAACCCAAAATCAACGATAATCCAAATTATCATGAAACGGTTACTTACACAAGTCATTTAATGTAAAAGAGAATGTAATGAAATTCCTTTTCAAACTTTGTTTTTCCTTCGTTTCCCTTTCCTCCTGCGTAACGCTGTTGATCATTGTTTTATATTCTTTTTGGTCAATTCCTTTTCAATGTCACTTGCAAGCACCCACACCACGACAAGTGGCGCAATTACTCTAAATTTTAAGCCACTCAACTTCAGTTTCATGCACAGACCAAATAAACAAATTCATAAAAGGTGCTAAAAGGGAAAACAACAACGGTGAGTGCTCTATAATGCCATCTACAGAGCTAATAAAAAGATAAAAAAATAATGAACGATAAGATGATGTAAGAAAAAAACTAGATGAATAAATTTTGTGTTGTGAACCGTAATACGGAGAAGCAAAAGTAGTGTTCCAATAATGTTGTCCAGGAGAAACAGAGAAGAGATACTGTACGATGCATCCTGGTTCAGATCTTAAAAAAGATACGACTAGATTTTGGGACCTCACCTAAAAATTAAAGTATCCACATGCATCAAATTTCTCATAATAAAAATATTTTGAACATTGTATGGCTAAGAGCAACAAGCATAATGGGATGGGCATCTTCTCTACTAGCCTCACTTCCCCACTCATCTTTTACTGTCTTCTCTTCCATTCCCTTTGCCCAAAATAATATTCACCCAAACCACACATCATAGCCACATCTTCTAATTCATCGTATTCTTATCACTCAAACACAGTTATATATATTTTTAAAACTAATCATAAATCTCCTAACAAAAGTGATGATTCACCTAATTGTGTTCCAAATTTAGTGAATCCAATCTGGTTAAAATACAATGAGTGTCTCGATCTAGTTCCTAGGCTAATTTAGTTGAAATACAATGGTTTTGTCTCTAAGTAATTCCCAACCAACTATAGCTTAAATGAGTGCTATTGGATAAGCATCTAACAATATTTTTTGATTTTGCATACATGCCATTAATAGCAACGTAATTAAACCACAGAAAGAAGTAAAATGGGAAAAGTTCTTCAAACTCGAATATAAAATGGATAACGATTAAAACACCCACAAAACAAAAACTCTTCCTTCCCTCTCTCTATCACCGTTTACGTCACTTCTTGCGACCACTTTCGTTAATTATCCACTTCCATTAATTCCACGTAGAACACAAAATAAACAAAAAAAAGGAAAAAAATGTTTTTGTGCAGGACCAAACACCGAACACCTACTCCACTATATATATATATATACTCTCAATGGCACACTCAAAACGCACACTTTAAAA


Gene Sequence:
>Vu_22569(+)
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