Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_21659	LG5	35215336	35216172	PREDICTED: ethylene-responsive transcription factor ERF060	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09182 Protein families: genetic information processing		C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/A	35215394	missense_variant	p.Gly20Asp
T/A,G	35215404	synonymous_variant	p.Leu23Leu
A/G	35215494	synonymous_variant	p.Gln53Gln
T/A	35215500	synonymous_variant	p.Pro55Pro
G/C	35215569	synonymous_variant	p.Arg78Arg
C/T	35215573	stop_gained	p.Gln80*
T/C	35215592	missense_variant	p.Leu86Pro
T/C	35215593	synonymous_variant	p.Leu86Leu
G/A	35215594	missense_variant	p.Val87Ile
T/A	35215805	missense_variant	p.Leu157His
G/C	35215902	synonymous_variant	p.Ala189Ala
G/T	35216160	synonymous_variant	p.Ser275Ser

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_21659.1

MDIYNNSSIVLSDFLDPCNGQELMKALEPFMKTDSSITYPSLSSPNFSSNYDQKPSIKLNQLTPSQTFQIQAQIQVTRAQFLSPKLVPMKQVGGRVLSKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFETAEEAALAYDNAAFKLRGENARLNFPHLRHHGPSVYGELGTYKPLPSAVDAKLEAICKSLAMTTPKEETATTSEFEDVKVGIQTTSSPLSDEYSSSSSAGSSSPESDITFLDFSDSYEAMDNLGLDLEKYPSVEIDWAALSESS*

CDS Sequence:
>Vu_21659.1

ATGGATATATACAATAACAGTAGCATCGTGCTGTCAGATTTCTTAGACCCCTGCAATGGTCAAGAGCTTATGAAAGCACTTGAACCTTTTATGAAAACTGATTCTTCCATAACTTACCCTTCCTTATCTTCTCCAAACTTCTCCTCAAACTATGACCAAAAGCCTTCCATCAAACTCAACCAACTCACCCCATCTCAAACGTTCCAGATTCAAGCCCAAATCCAGGTTACACGGGCCCAGTTTCTTAGCCCAAAGCTTGTTCCCATGAAGCAAGTGGGTGGTCGTGTTCTTTCCAAGCCCACAAAGCTTTACCGTGGGGTGAGGCAGAGGCACTGGGGCAAGTGGGTGGCTGAGATCAGACTCCCCAAGAATCGCACTCGTCTCTGGCTTGGTACGTTCGAAACCGCTGAAGAAGCTGCTTTGGCATACGACAACGCAGCGTTTAAGCTCAGAGGAGAAAACGCCAGGCTCAACTTCCCTCATCTACGTCACCATGGACCAAGCGTCTATGGTGAGCTCGGGACCTACAAGCCTCTCCCCTCTGCAGTGGACGCCAAGCTCGAAGCGATTTGTAAAAGCTTGGCCATGACTACACCCAAGGAAGAAACAGCAACAACATCGGAGTTTGAGGATGTTAAGGTGGGGATTCAAACAACATCCTCGCCCTTGTCGGATGAATATTCTTCCTCTTCTTCTGCTGGCTCCTCTTCACCCGAATCCGATATCACTTTCTTGGATTTCTCGGATTCTTATGAAGCAATGGACAATCTTGGGTTGGACCTTGAGAAGTACCCTTCTGTGGAGATTGATTGGGCAGCTTTATCGGAGTCATCATGA

Promoter Sequence:
>Vu_21659::LG5:35213336-35215336(+)

ATTTTTTTGTAATGGTAATAATACTTTCGTTGTGGCGACATAGTGGTCCACCATAATATATCACTACGAACTACGTATTTCCAGTTCAAATGGAACTTTTCATGTTTCCTCACAGATAATAATAATTAAATTAAAATGAAGGATAAGATGCATATAATTATAAAGCTTAGGGTGTGCATAATTTAATTCAGAGAAATAAACCATGAGTGTATTTGTATGATTAAAATTTGGAGTGGATGTTTTTCGACAAAAACACTAAAAATGATGTAATTTAGTTTAGTTTTAAAAGAATTATAAAAATAAATAATTCCTATCAATTTAATTAAGAACTCATTATGAAAAAATCGTGTCTTGACACAATTTTGAGTTATAAAAAACTGATTTGATTTTAATTTATATTACAATATATTAAGTTGAATTAAGTTAACATAACTTTATTTAAAATTTAAAAATAAATATAACATATTAGAAATGTACTAAACCGTCATAATTTATATTAAATTAACACGATTTTAATTAAAATTAAAAAAAAAATATTATAATGTACAAAAATCATATCAAATTGACGGCACTTCTTCACCTTAAAATTATACCTAACTCTTGTCAATTTTTGTAATTTTTTAAAATCTTGCATTGTCTCATAATTCCAAAAAAAAATTATAGCTTTGGCCGTGTTTGTGAGAACGGATTGATTTTAATAATAATAAAAAAAAAAGTTGGGTTGTCTTCAGTGTGGCGCCGCATATGACGGTTCCTTGTCCTTTTATCTCCACTGTCTATTCAGCAGCACCACCCTGTGGTATGGGCCACATCATAATCAAGCTTCAATACTTCAATCATAATAAATAAATAAATAAATAAATACAGTGCAACGTATAATCCCATCTTTTCATTATTCTAGTATTGAAATCCATTATTTATAGAGAAATTATGATTTTTATTATAAATTAAAACTGGCTACTGTTTTAAAATAAAACAATAAAAATAAGTATTTTTAAATACAATTTAAATTTCGATATATCATTTTAAATAAATTATATTTCACGTAGTTGTTGATTTTTTTTTCTTCACATAGATGGAGAGCAAGGTGTAACGTCTTATACTTTGAATAAAATCGTGATTGATGACAAATAGTAACAATAAGAGTAACAATATTGTGACAGTAAGAAATTTTAGAATCGATAACGACAAAATTGATAATATTAATAAAGTGATAATGTGGTGAAATGAAGACAAAATTTTAAATAATTATAATAGGAATAGTCGTGATTGATATAGCAATCCTAGTATGATGATGTTCTAAGGAGTTTTAGTTATTATAATAAGATCATGGTTTTAAGGATGATGGTGGTATAAAAAAAAGATAATAAGGATAAAAATGTTATAATAATTTTAATTTTCATTTGTATTTAAAAGAAAAAGTAGAGTAGAGATAGAAAATGTAAACCTTTTGGATAGGGCCAATCCCATTAGAGAGTAGAAAGGACAAAAACCCTAATAAATAAATACTAAAAGTTGACATTTCGAGGGTGCTACATACCACATGTTTCAGCTAACCTGAGCCCAATTATACACTGCCACGTGTAAAGCAGCGCTATTCGGTGGAGGTGATATGTGTCCATGGTCATGTGATGCCGTGGACACGTGGCAGTGTTCCATAGGATGACGATCATCGCAGAAAGGAATCATTGAAGTTGACGATGCAAGTAATTAACCCTTAATTAAACAAGAAAAGAACGTGATTAGATTATATTAGCTGTGGGCGCCAGCGATACTATATATAAACCCACAAAAGAGTCATCAAAGCGCAAGAGTGGAACTACCAGTGAGATCACCCCAAAATCCGACTGATCCAAAGCTTCTTTATTTTCATTTTCTTTAAGAAAGCAAAGCAACATCTCCTGTTCTCTTGTTTTGGAATTGAGACAGGTTTTTCTCTTCGTTTGCATTTTTCACTTGTTTCATATTATCTTGTCTATTACAGAGCACGACAACAGTTA

Gene Sequence:

>Vu_21659(+)