Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_21407 LG5 32786329 32791085 PREDICTED: homeobox protein knotted-1-like 10 isoform X3
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 32786383 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
A/G 32786536 5_prime_UTR_variant
G/A 32786718 5_prime_UTR_variant
T/A 32786815 synonymous_variant p.Pro12Pro
T/C 32786893 synonymous_variant p.Asn38Asn
C/A 32786982 missense_variant p.Pro68His
T/C 32786987 missense_variant p.Tyr70His
A/G 32787045 intron_variant
T/C 32787181 synonymous_variant p.Arg107Arg
G/A 32787299 intron_variant
A/C 32787359 intron_variant
C/T 32787775 intron_variant
T/C 32787962 intron_variant
G/A 32787993 intron_variant
G/C 32788082 intron_variant
G/A 32788085 intron_variant
T/A 32788117 intron_variant
G/C 32788166 intron_variant
G/A 32788240 intron_variant
T/C 32788266 intron_variant
C/T 32788386 intron_variant
A/C 32788549 intron_variant
A/G 32788567 intron_variant
C/A,* 32788592 intron_variant
C/T 32788670 intron_variant
G/A 32788823 intron_variant
T/A 32789068 intron_variant
A/C 32789083 intron_variant
G/T 32789097 intron_variant
A/C 32789479 intron_variant
C/G 32789525 intron_variant
T/G 32789559 intron_variant
G/A 32789697 intron_variant
A/G 32790112 intron_variant
A/T 32790114 intron_variant
C/T 32790256 intron_variant
G/A 32790292 intron_variant
C/A 32790368 intron_variant
T/C 32790369 intron_variant
C/A 32790531 intron_variant
G/A 32790537 intron_variant
T/C 32790542 intron_variant
A/T 32790628 intron_variant
A/T 32790635 splice_acceptor_variant&intron_variant
A/C 32790728 missense_variant p.Lys282Thr
A/T 32790840 3_prime_UTR_variant
C/A 32790880 3_prime_UTR_variant
A/G 32790881 3_prime_UTR_variant
C/A 32791012 3_prime_UTR_variant
T/C 32791024 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_21407.1
MEAVYRLKPLLPCVEDVLRVGNAAVTTTSDMRLGTTANCYLQLEAPEPNVTELDMTDRMVKIQIADHPLYPDLLSAYIECRKVGAPPELACLLEEIGRESHRMNVRREKGDGSELDQFMETYCEVLHRYKEELSRPFNEATLFLGNMESQLSNLCNGTLIKSPDNNRSGGGASEEELSCGEMEEVEGRISSSLSCPGDQNLKEMLLRKYSGHFSTLRKEFLKRRKKGKLPKDSKMALMDWWNTHHRWPYPTEEEKVKLSEVTGLDQKQINNWFINQRKRHWKPTEDMRFAVMDGLSGVGGGAMFI*


CDS Sequence:
>Vu_21407.1
ATGGAAGCAGTTTACAGGTTGAAACCCCTTTTGCCTTGTGTTGAGGATGTGCTTAGAGTTGGGAACGCTGCCGTTACTACTACTTCTGATATGCGTCTAGGAACAACAGCTAATTGTTACCTGCAGCTAGAAGCACCTGAACCCAACGTAACCGAGTTAGATATGACGGATCGGATGGTCAAGATCCAGATCGCCGATCACCCTCTTTATCCAGATTTACTCTCTGCATACATAGAATGCCGAAAGGTCGGAGCGCCGCCGGAACTGGCGTGCCTTCTTGAAGAAATAGGCCGAGAAAGCCACCGCATGAATGTTCGCCGTGAGAAAGGGGACGGTTCTGAACTTGACCAGTTCATGGAAACGTACTGCGAAGTGCTTCATAGATACAAGGAGGAGTTGTCCAGGCCCTTCAATGAAGCGACTTTGTTTTTGGGAAACATGGAATCACAACTGAGCAACCTTTGTAATGGAACACTGATAAAGTCACCCGATAACAACCGCTCCGGTGGTGGGGCATCAGAGGAAGAATTAAGTTGTGGAGAGATGGAAGAAGTTGAAGGTCGTATATCTTCTTCTTTAAGTTGCCCAGGTGATCAAAATCTCAAGGAGATGCTCCTTCGCAAATACAGTGGCCATTTTAGCACTTTGAGAAAGGAATTTCTAAAACGAAGAAAAAAGGGTAAGCTACCAAAGGATTCAAAGATGGCACTCATGGACTGGTGGAACACCCATCATCGATGGCCATATCCTACGGAGGAGGAGAAAGTGAAGTTATCAGAAGTGACTGGACTGGACCAAAAGCAGATAAATAATTGGTTCATCAATCAGAGAAAACGGCATTGGAAACCAACTGAGGACATGCGATTTGCCGTCATGGATGGGTTAAGTGGTGTTGGTGGAGGAGCTATGTTCATTTAG


Promoter Sequence:
>Vu_21407::LG5:32784329-32786329(+)
ATATAGACGTCAGACTGACGGGATCAGACGTCTATATGGCAGAAAAAAATGACTTTTCACCTACCTGTCAGGCATATAGACGTCGGGTAGGGGGATCCCGACGTCTATAATATTATAGACGTCGGGGCCCCTCCTAACCGACGTCTATATGCCCAACTTATTTACGAAAATGCCACCGATAAATAATTTACGTTTGTTATTTTGTGATCCGACGTTTACGAGGTGACGTTAAAAGCCAATTCTGCATTAGTGCACATTGATGACATGGATTATTTATAAAAATATTAGTTTTAAATTATTTAAATTTAACTTAATTTTATAAAATTAATCTGTAAGATGTTATCGTTATTTATAGGCTTAAATGCTTACTTTGTCCTCATGTTAAGAGGTGAATTTTTGTTTAGTACCCGATTTTAAAAATGCATCTGGTGAGTCCCAAAGTTGTAAAAATTGTATAAATGAAGTCCCCTCTGTTAAATTGGCTTAAACGGAATTAAGTCCACGCTAACGTGGCTATAAAATCTGACTTTTTTTATTCTCTCTCGTCTGTTCTTTCTGCAACTCCGTTTAAGTCAATCTAACGGAGGGGACTTCATTTATACAATTTTTACAACTTTGGGACTCAATAGATACATTTTTAAAACCGGATACTAAACAGAAATTCATCTCTTAACATAACATGGGGATGAAATAAGTATTTAAGCTTTATTTATATTTTGTTTTAGTCATATTTATATATAATATAAGATCTTCAAGACATTGAACATGTGATTACCTATATTTGTGAATGATATGTGACAAACTTCAAAAAGGCTTTCTATTATAAACTCTAATATCATACTAAAATAGGAATTGTGAGTCCATCACATTTATGCTAACAAACATTATCAAGATAAATTAGCCTTTTTACTTTAACTTATAAGAGCATAATAGAGACACGATCTTTTTAATAAGTGGGCCTATTGTTCTAAAGGAAATTTTTTTATGCACTTCATAGTACATATCTGGTTCATTTACTCTATAATCTGCTATAAAAAATATACAATTTGATGAGATGTATGAATGATATGTGTATACACATTTCCTTTTTAAATAGGGTTGATCGATATGATCTTATATTCATGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATGTTTTACTTTGATTTAATGGTTTGTATAATTTTTTTATGGGTGAAGGTGAGATATTTAGAATAATATTATAATTTAGATAATAACTCACAGTATTTTGACTTCAATGATGATTCATTAGTGCAAGGTAAAAAGTTGGAAGAAATTTTTATTTGATTGATGGCATGTATACTTTTTGATTTAGTAGTGAACACTTTGTGTTACCATGAAATCGAAAATATAGGTCAAAGTGTTAATATTCCGTGAGGCTTATTTATCATTTTATTAGTATATTCGATAAAATACCTTACATTTAATTAAGATATAATTTGTATTTAAATAAAAATTCACAACATTTATGTTATAATGCATGATTGTTGATCATAATGTATAATTATTTATAGTGACGTGATATTATTTATTTTTTCGGGACAGCCCTAGCGGATAGTAGGATTTGGCAATCCCTTGAGCGGATGAGATATACTTGAATCAATTGATAAGAGAAAACCAAACACCTAGCCTAATCTATTATACCACAATTAATTACGTTATTAAAAAGGGACATAGTTTAAAATGTTTTTTTTTATATATATAATCGATTAAAAAATGAAAAGTAAATAAAATTGATTTGTTTTAATGAGTGATGATAATCGAAAGACGAGGGACAGAGGTGGATTAAAGGGGGCCAATGAAAGAAGGTTACGTTGCAGTAAGGCATTTGTAATTTATTTCTTATCGAGTGAGAATCTCACTGAGACAGTGTTCTACATGTACGTACGGCCTACACTCACTGACACTACCTACACCATCA


Gene Sequence:
>Vu_21407(+)
ATGCACCCACATGCTCAAATCACTTCACTTCACACACTCCAAACTTCATCCTTTCGCTTATCTCTCTCTCTCTCTACTCTCCTCTTTTGTTCCTTTCCCGGCTCTTCTTGGAAAAGAAAACTCTTTCTGCACTGCACCTACCTAATACTCCAACTCTTCTCTGCACTTTCCTCTGTCATTTTCATATTTACCTTCTTATTAATCTCCAAACCCTTTCAAACTCAGCTCTTTTCGTTTATCTCAGTAATGCACTGTTCATCCACTTTCACTACACTATTCACTGGTTACCCTACTTACACAGCTCCCTCTCCATAATAACTTGGATCATATATGCTCTAATTACAAAACCTCATGTATCATATCTCTACTTGAACTCTGCTTTCTCCTAAGAAACTTACTTGCTTGGGTGTAATATACGTCATATCCAGACCCCACTTAAGTTCACCAAGTCATGGAAGCAGTTTACAGGTTGAAACCCCTTTTGCCTTGTGTTGAGGATGTGCTTAGAGTTGGGAACGCTGCCGTTACTACTACTTCTGATATGCGTCTAGGAACAACAGCTAATTGTTACCTGCAGCTAGAAGCACCTGAACCCAACGTAACCGAGTTAGATATGACGGATCGGATGGTCAAGATCCAGATCGCCGATCACCCTCTTTATCCAGATTTACTCTCTGCATACATAGAATGCCGAAAGGTACTGTTTCTTGCGCCTAACTATCGGGAGAAAACAACCAAATTTATGTATAATGACGGTAAATGGTAATTCTTTTGAAAGGTCGGAGCGCCGCCGGAACTGGCGTGCCTTCTTGAAGAAATAGGCCGAGAAAGCCACCGCATGAATGTTCGCCGTGAGAAAGGGGACGGTTCTGAACTTGACCAGTTCATGGTATGTTTTAAATTTTCTCTTTGGATGTATTTATTTTGCTTGGTTTCCAAATTCACTGGAGGGAAAGTCGAGAGATTGAAAGCAAATCAAGGATGAAATCGTTGTGACGGTTTATTTATTTTGGTTAAATTTCTGGAAATCAATCGGAGGGGATACTTGTTCTTATTTTTCCTATAGATAGATATATAGATACATGCATACATGCATTGCCGAGGTGTTTCTGTGGTATCTTTGAATTAAGATTTGAATTGTTGATGTTGTCGTTACCCGAAAGGAAACGTACTGCGAAGTGCTTCATAGATACAAGGAGGAGTTGTCCAGGCCCTTCAATGAAGCGACTTTGTTTTTGGGAAACATGGAATCACAACTGAGCAACCTTTGTAATGGAACACTGATAAAGTCACCCGATAACAACCGCTCCGGTAAATACTCCATTCATTTTCATGCTTATTCCTTTGTGCTGTGTTGTGTGCTTGGTTAATGTTATCAGTGTGACTGCTGAGTCATGGATGAAACTCTATAATTCTCAAAAACTAACAAATAGCTAGATTAAGGAGCCTAGTGTATTGTGGATTTGACTCCGTTATCTTTCTTTGTTCTAAGTTGTTATTATTGATTATTCTGAAGTCTGAACATAGATGGTCCCTTTTTGTACGTTAAAGATAGAGTCAGAAATGTTTAATTTGAACACATCCACTCCCCGCTCCCACTGCTAATTCAGAGACATGCTAAAAGAGAACTTACTATACTCATCTCACGAAAGAAGACAAATTTCGTTTTTGCAACGGTAAGATCTGATGAATGATGCGATTTAGAGAGATATAAGAAAGAAAAATAATAGTTCTATAAAAGTGTCATCTGTATGGCGTATATTTATTATTAGTTTTGGAAAACAACGGTGGAGTTATTCAAGGCATTTCGTAATTCACAGCTACCAATCTATAGATGGCTTGCAGTCTATAAATTAATTTTATATACATACTTATAAATTCTTTTTTAACTTTGACCTTTAACCTGTATATGATGTAGTTAATTTTAATTGAATAGATAAATCATTTTATTTTATTTAGATATTCTTATAGAGAAATGGATATGTATTATTAATTTTTGAATGACATTAGTTTTTTCGAAAATTAAAAATATTTTACTAGAATTAAAAATTTTCGTACTCTGTGTGAATTTTTTCGTGAATATTTTGTGGGATTATATGTAATTCATAGAAAAATACACAGAAAATGTTTCACAAAGTGAGAAAAGTATTTAATCTCACTGAAATTTTATAAAACTGAAATTTCAAGGTCACATTTAATTTTTAAGGAATTCTTACTATGAGTGGTCGTGAATATTATAAAGTGATTCTGGGGTGTTACATTACATAGGGTCTTGATCCTTAGTTTGTTATTATTAGCATCTGAAATAGAAGTTCCACATATAACGGTGATATTTTACCTTCGAAAAGTATTTTGAGAATCAGAAAAAGAGAAGAAAAATGTGAAAAGGAGCATACAAATTAGTTTTTTTGGCTAAGGAAGAATAGAGAAGAAACAGTTGAAAAGTAAAAGAAAAAAAAATTGTAAAGGTTTTTTCATATTCTTTAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAGAGTTTACTCACAAGTTAAAACTTGTGAGTGAATCATTCTGTAAAAGCTTTTTCATGTAACTTTTATACTTATTTTTAATGTGTATAAACTAAGTTTAGTGTAGAACGAAACCCATATTTTCTGTAAAAAAATTAGGAAGAAACTTGTCCAAATTCACTCCTTATATATTATTATGTTATATTCCGCATGTTGTAATCAAACAATCTCCACACAAATATGTTTGATTCTGCAATGAAATAAAAAAATTAACGTTCTTTCTGAGCACACTATCTTCTGTCCATACCATTTGGTTGTTTTGTTCCCTCATTACAACCTTGCTATATTAAAACACAGTAAAAGATTTTAGATTGAGAGATAAGAGATCTTGTAGGTTAAATGAAAATGCTGTTCAAGAAGCTAATTTAAAACGAGATGAGTAAAGTTTCTAACAGTAACAAATTTTTTTTAGTATTTTTCTTATAATTTTTTTATCGAGATCTTAAGATAAAGGATGGAAAATGTAAGCTATATAAGTATGTAATAATAAAAAAGAACATTAAAAGATTTGAATAAAGTAATACGCATTAAAGATGAACACAATTTTTGATTATATAGATGAACGTATCAAAGAGAGACCAAAGAATAGATATATTTATATGTATCTATTTAGGTAAAGATAGATAAATAGAAGTAGTAGATATCCATGAAGACAGAATTGCGATTTTGCTTGAAAATGAAGTATTTTTTAGGGTAACCAAGTGGAGTTGGAGTTGTATTCTAGCGAAAGAGGTTAAAGCGTTACTTTAGCATCTAATAATAATAGGGTTTATACGTACATGGTCATCTCTTTCAACAACGGTATGTTCTCTTCAGCAATATATAGTTGTATGTGTTGTGAATGAGAAAAGTCATTTGAATTTAATTTGTGAGATGAAGTAGGTGGTGGGGCATCAGAGGAAGAATTAAGTTGTGGAGAGATGGAAGAAGTTGAAGGTCGTATATCTTCTTCTTTAAGTTGCCCAGGTGATCAAAATCTCAAGGAGATGCTCCTTCGCAAATACAGTGGCCATTTTAGCACTTTGAGAAAGGAATTTCTAAAACGAAGAAAAAAGGGTAAGCTACCAAAGGATTCAAAGATGGCACTCATGGACTGGTGGAACACCCATCATCGATGGCCATATCCTACGGTAATTTCCATCATCTATCAGTCCAAATTTATGTCTTCATCCAATTCTTAATCTTGATTTACGCCTTTTCTTATCTTTTATCGTATATTAGCCTTTTCTTATCTTTTATGATACGCTGCTTGCTTCAGAAAACGGGATGGAATGATTTTGGGGAATTGGATAGTAGCCTTTTTCAGTACTTGTTCATCTGAACCATGTCTTTCTGTCACTTTTACTTATCTAACTCTATAACATGCATGAAATTTTATGACCGGCCGCACAAAGTCACTTGTCTATAATTGAGCAAGCATGGGTACTATTTTAAATTACAGAAATAATAGTTCATTTACCTGTTTGGTTCATGTACCTCTTTACATTACGAAATTTCTTGTTTCAGTCCTTACTCCTACCCTTTTTAACTTGTTCTAGCTTCTACACATCATCATGTTAATCTGATTGGGTTTCCCATTTTGGACAGCAAAACAGATTAAAAATGCATGTTTAGACTACAATGCTGTAATGCACTGAAAGCTCCCATGGAAAAATAAATCAAAAGGACAATTAGTTACTATTTTGATGAACATATGGTGGATATAAGTTACAGGAATTGCATGATTTAGCGGTATGAATTGTTTGAAAGTTTATGAATGATACAGGAGGAGGAGAAAGTGAAGTTATCAGAAGTGACTGGACTGGACCAAAAGCAGATAAATAATTGGTTCATCAATCAGAGAAAACGGCATTGGAAACCAACTGAGGACATGCGATTTGCCGTCATGGATGGGTTAAGTGGTGTTGGTGGAGGAGCTATGTTCATTTAGTTCTGCAACTTGCAAGAGTTCTTCAACCATCTCACTTCACAATGTGCTAAATTTTGGACTTTTTGAAGTATACGTTTACATAATATAATTATCAAAGTTGTAGTTATGTCAGTGTAATGCATCATTGTTGTCCAGCATTCCGGAGTTGTTCTTTATTTTATGCCAATATGGCGCTGAAGAAAATGTCTCTTTTCGCTAGAAATTACTGAGCTTAGTGACTGTTAATTCTTATGTATGTATGAATGGCGATAAATATTATACTACAGAAATGTTATTCTTGATTG