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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_21365 LG5 32389308 32398158 "PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial-like "
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 32389394 intron_variant
C/T 32389428 intron_variant
A/C 32389434 intron_variant
A/T 32389435 intron_variant
G/C 32389451 intron_variant
C/A 32389456 intron_variant
G/T 32389479 intron_variant
T/C 32389488 intron_variant
C/T 32389542 intron_variant
G/A 32389595 intron_variant
G/A 32389597 intron_variant
A/G 32389598 intron_variant
C/T 32389611 intron_variant
G/A 32389622 intron_variant
G/A 32389636 intron_variant
T/C 32389644 intron_variant
A/T,* 32389883 intron_variant
A/T 32390368 missense_variant p.Phe1099Tyr
C/T 32390807 intron_variant
T/C 32390849 intron_variant
G/T 32391886 synonymous_variant p.Thr851Thr
A/T 32392560 intron_variant
G/T 32392695 intron_variant
A/T 32392883 intron_variant
A/T 32393206 intron_variant
T/A 32393463 intron_variant
T/G 32393776 intron_variant
A/G 32393787 intron_variant
T/C 32393905 intron_variant
T/A 32394068 intron_variant
A/G 32394804 upstream_gene_variant
T/A 32394807 upstream_gene_variant
A/C 32395446 upstream_gene_variant
A/G 32395489 upstream_gene_variant
C/G 32395495 upstream_gene_variant
C/G 32395497 upstream_gene_variant
T/G 32395500 upstream_gene_variant
A/C 32395512 upstream_gene_variant
T/A 32395566 upstream_gene_variant
T/A 32395659 upstream_gene_variant
A/T 32395660 upstream_gene_variant
T/C,* 32395838 upstream_gene_variant
A/G 32396274 upstream_gene_variant
A/T 32396281 upstream_gene_variant
T/A 32396288 upstream_gene_variant
C/G 32396467 missense_variant p.Glu564Asp
C/T 32396971 stop_gained p.Trp396*
A/T 32397959 missense_variant p.Val67Glu
C/T 32397960 missense_variant p.Val67Met

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_21365.1
MKLASLIRSSSNQNGVPNLHWFSSVPDIKLHLDKAAKLKNLKHATQIHSQIVTTNQASLGNINSLLVVYAKCGSIKHAVLLFGTSPGASTSVVTWTTLITQLSHFNKPFQALTSFNLMRTTGIYPNQFTFSAILPACAHATLLSQGQQIHALLLKHAFHTDTFVATALLHMYASCGSMSLAENVFDQMPHRNLVSWNSMIVGFLKNKMYGRAIGFFREVLSLEPDQVSFSSVLSACAGLVELGFGKQVHGSIVKRGLVGLVYVKNSLVDMYFKCGLFEDATKLFCGGGDRDVVTWNVMITGCVHSQNFEQACTFFQAMIREGVEPDEASYSSLLHASASIAALAQGSLIHCHVLKTGRMKNACVSSSLVTMYGKCGSLFDAYGVFGETKDCNVVCWTAMITVCHQHGCANEAIELFEEMLKEGIVPEYITFVSVLSACSHTGKVDDGFKYFNSMANVHNIEPGLEHYACMVDLLGRVGRLEEAWRFIELMPIEPDSSVWGAFLGACGKHGNVEMGREVAERLFKLEPDNPGNYALLANIYTRHGMLDEADEVRRLMGVSGVRKETGCSWIDVKNRTFVFNVNDRSHSRTREIYEMLQKLKELMKRRGYVAETQFATNSVEGDLIPKEMNNNTCAADQSYTSNNDLFELVWEKGQISMQGQSFRARKSPNCRTLPSHCLPSRTPLGGYAKDNNTTITRMGKCGSLGPELNEIKRVFPSGEVYFGEEEEDEDMVMPWLNYGMDDSLQHGYSSEFFNELCGVTMNEPSASNGFSLLDRRNSCSKVFRDTHKNTPFASVRSKIVDIAENNTNNVPSPSTGFSGLKMEKQGSVACSNSSTMMNFSHFAKPVAIVKANLENIGLASRSGSVGIKIKGVAATVATNPAQSTKVELFGECSKKAGTQSHQVTEPKPLEQDGAVSTKCDPSCKDVCRIDDTSNLVVGESVNKGKEAVEKNVEPSVVSSSVCSGNGAERGSKDPNQNLKRKSIDTDDFESQSEDVEEESVGVEKEVPAPQIGAKRHRSAEVHNLSERRRRDRINEKMRALQELVPNCNKADKASMLDEAIEYLKTLQLQLQVMSMGTGLYMPAMMLPPGIQHMHAAHMGPFSPIGVGMQMRLRVGCGMGMIDGNDETSGFPMAHVAQMQGAKLPIAHAPGSTALHGMPNGQVFGVLSQGHHMPMPHAPIFSFPGESFMEPSTLGLNACGTALTENINLLYLS*


CDS Sequence:
>Vu_21365.1
ATGAAACTTGCTTCGCTGATAAGAAGCAGCAGCAACCAGAATGGTGTTCCAAACTTGCACTGGTTCTCCTCAGTTCCCGACATCAAACTTCACCTGGACAAGGCCGCAAAACTGAAGAACCTTAAACACGCGACGCAAATCCACTCGCAAATTGTAACGACCAATCAGGCGTCCCTCGGCAACATCAACAGCCTCCTCGTGGTGTACGCAAAATGCGGTTCCATCAAGCACGCGGTCCTCTTGTTCGGCACAAGCCCTGGCGCCTCAACCAGCGTGGTCACGTGGACCACACTCATAACCCAACTCTCCCATTTCAACAAACCCTTCCAAGCCCTCACTTCTTTTAACCTGATGCGAACCACCGGCATATACCCCAATCAGTTCACCTTCTCAGCCATCTTACCCGCCTGCGCTCACGCCACGCTCCTTTCACAGGGCCAACAAATCCACGCCTTGCTTCTCAAACACGCCTTCCACACCGACACTTTTGTTGCCACCGCTTTGCTCCATATGTACGCCTCGTGTGGCTCCATGTCCTTGGCGGAGAATGTGTTCGACCAAATGCCCCACCGAAATCTCGTTTCCTGGAACTCCATGATTGTGGGGTTTCTTAAAAACAAAATGTACGGTCGTGCCATTGGGTTTTTTAGAGAGGTTCTTTCTCTTGAACCCGACCAAGTTAGTTTCTCCAGCGTGTTGAGTGCTTGTGCTGGGTTGGTTGAGCTTGGGTTTGGGAAACAAGTTCATGGGAGCATTGTTAAGCGTGGTTTGGTGGGGTTGGTTTACGTGAAGAACTCGCTGGTAGACATGTATTTCAAATGCGGTTTGTTTGAGGATGCAACTAAGCTGTTCTGTGGTGGTGGAGACAGAGATGTTGTGACGTGGAATGTAATGATCACGGGATGTGTTCATAGCCAAAACTTCGAACAAGCTTGCACCTTTTTCCAGGCTATGATAAGGGAAGGCGTGGAACCGGACGAGGCTTCGTACTCATCTCTCCTTCACGCTTCTGCAAGTATTGCTGCACTGGCACAAGGCAGCTTGATCCATTGTCATGTATTAAAAACCGGGCGTATGAAAAATGCGTGTGTTTCGAGTTCTTTGGTAACCATGTACGGCAAGTGTGGAAGTCTGTTTGATGCCTACGGTGTTTTTGGAGAAACTAAGGATTGCAATGTGGTTTGTTGGACTGCTATGATAACAGTTTGCCATCAACATGGTTGCGCAAATGAGGCAATTGAATTGTTTGAAGAGATGCTCAAGGAGGGGATTGTGCCAGAATACATAACTTTTGTTTCCGTGTTGTCGGCTTGCAGCCATACAGGGAAGGTTGATGATGGTTTTAAGTACTTCAATTCCATGGCTAATGTTCATAACATTGAACCGGGGCTTGAGCATTATGCTTGCATGGTTGACTTGCTTGGTCGCGTTGGTCGTTTGGAGGAAGCATGGAGGTTCATTGAATTGATGCCGATCGAGCCTGATTCGTCCGTTTGGGGGGCTTTTCTTGGGGCATGCGGAAAGCATGGCAATGTTGAAATGGGAAGAGAGGTTGCAGAGAGGCTTTTCAAGTTGGAACCGGATAATCCAGGAAACTACGCGCTGCTTGCGAATATCTATACTCGACATGGGATGTTGGATGAAGCTGATGAAGTCAGAAGATTGATGGGGGTCAGTGGGGTGAGGAAAGAGACTGGGTGTAGCTGGATTGATGTTAAGAACAGAACCTTTGTGTTCAATGTGAATGATAGGTCTCATTCAAGGACACGAGAGATTTATGAAATGTTGCAGAAGTTGAAGGAATTGATGAAGAGGAGAGGGTATGTGGCGGAGACCCAGTTTGCAACTAACAGCGTGGAAGGAGACTTGATCCCAAAAGAGATGAACAACAACACTTGTGCAGCTGATCAATCTTATACATCCAACAATGATTTGTTTGAGCTGGTTTGGGAAAAGGGCCAGATTTCAATGCAGGGTCAATCATTTAGAGCTCGAAAGAGCCCAAATTGTAGAACTTTGCCATCTCATTGCTTACCATCTCGCACTCCTCTAGGAGGATATGCTAAGGATAATAATACTACCATCACAAGGATGGGGAAGTGTGGCAGTTTAGGACCTGAATTGAATGAAATCAAAAGGGTATTCCCTTCGGGTGAAGTGTATTTTGGTGAAGAAGAAGAAGATGAAGACATGGTGATGCCTTGGTTGAATTATGGAATGGATGACTCTTTGCAACATGGATATAGTTCTGAGTTTTTCAATGAACTATGCGGGGTCACCATGAATGAGCCGTCAGCATCAAATGGTTTTTCTTTGTTAGACAGAAGAAATAGTTGTAGTAAGGTATTTAGGGACACTCATAAAAACACTCCATTTGCATCTGTTAGATCCAAGATAGTGGATATAGCTGAAAATAATACAAATAATGTTCCATCTCCCTCAACTGGTTTTTCTGGCTTAAAGATGGAGAAGCAAGGCTCGGTTGCGTGTAGCAATAGTTCCACCATGATGAATTTTTCCCACTTTGCAAAGCCTGTTGCTATTGTCAAAGCTAACCTTGAGAACATTGGTTTGGCATCAAGATCAGGAAGTGTGGGAATAAAGATAAAAGGTGTTGCTGCAACTGTTGCGACAAATCCTGCTCAATCAACAAAAGTTGAATTATTCGGAGAGTGTTCAAAAAAAGCAGGCACACAAAGTCATCAGGTTACGGAGCCAAAACCTCTTGAGCAGGATGGTGCCGTTTCAACAAAGTGTGATCCTTCTTGCAAAGATGTCTGCAGGATTGATGACACTTCAAACCTAGTCGTTGGAGAAAGTGTGAACAAAGGAAAGGAAGCTGTTGAAAAAAATGTAGAGCCATCTGTAGTCTCCTCCTCTGTTTGCTCTGGCAATGGTGCAGAAAGGGGTTCTAAGGATCCAAATCAAAATTTGAAGAGAAAAAGTATAGACACCGACGACTTTGAGAGCCAAAGTGAAGATGTTGAAGAAGAATCAGTTGGTGTAGAAAAGGAGGTTCCTGCACCACAAATTGGAGCCAAGAGACACCGTTCAGCTGAAGTGCATAATCTATCTGAAAGGAGAAGAAGAGACAGGATCAATGAGAAGATGCGTGCATTACAAGAACTAGTACCAAATTGCAATAAGGCGGATAAAGCTTCGATGTTGGATGAGGCGATAGAGTATCTCAAAACACTTCAACTCCAACTTCAAGTAATGTCAATGGGAACTGGTTTATACATGCCTGCTATGATGTTACCTCCGGGAATACAACACATGCACGCAGCACATATGGGTCCTTTTTCTCCTATAGGTGTTGGCATGCAAATGAGGTTAAGAGTGGGTTGTGGCATGGGCATGATTGATGGCAATGATGAGACTTCTGGATTTCCAATGGCTCATGTGGCCCAAATGCAAGGAGCAAAACTTCCCATTGCACATGCACCTGGTTCCACTGCTTTACATGGAATGCCAAATGGCCAAGTGTTTGGGGTTCTTAGTCAGGGTCACCACATGCCAATGCCACATGCTCCCATATTTTCATTTCCAGGGGAATCCTTTATGGAACCATCAACTTTAGGACTAAATGCCTGTGGAACAGCACTTACGGAAAATATCAATCTATTGTATTTGTCATAA


Promoter Sequence:
>Vu_21365::LG5:32398158-32400158(-)
GAAAACACCTTCAAATAATCAATTTCAGAAATGGTTATCCTGTTCATGAGATTTTCTTTCCACGCGTTCTATTAAAACGTGAATTTCATTTCTTGGCTGGTTAAATCGCTCTCGAGAGTAAAAAAGAATACATAATAATAATGATTTAGAAACAGAGAGTTGAGCTCATCTGGTATATGCATGGCAGAGTACTGCATAGTTTTACAGATAGTCATACAAGTTGTAAAGAAAAATAGAGGAAGAAGAGGGAAAAGGTTACTTAGAAAAGGTGGATGATGAATATGACGAGTTTCACTTGGTGATGGCATAGACAGCATAGATAATTCCAGGAATGTAGCCGAGAATGGTGAGCAGCAAACAGATCCAGAACTCTAACTGTATATGGAATTTACAAAGCAGAAAGCAATAAAATTAGGTATTAAAAGAAGAAGCAAGAAACGAATAGAAAGAAGAAAAGAGAAAAACAGAGAGTGCATATACCTTGCAGCCATACTTGAGAAAAACTCCAAGAGGAGGGAGGATGATGGAAATGAGGATATCGAAGCAGGTAGCTGTGCTGCCATCGGCCATTTTCTTTTTTTGCTTCCTTCTTCTTTCACAAGGATGATGACCACGACTTCCATGGTGTAGGTGGTGATGTTATTTATACTACAGGAAACACGTTTTAACAACACTTTATTTTCACCACTTCGCATTACATGCAATTTCTTTACTCATCTACAGTTAATTATTACGCGTTTTCAAACGAGTTATTACATAATAAATGCTTATACACGTTATTTATTATATGCATTTATTCTTCTAAGAAAAATATATTATATAATGTTTTTATCACTTGATGTTTTTTTCCCTAATAATGATACTGGAATATTTCAAAGCTATAATATAACCCACAGAAATTTAAACTTCAAAAATGATTTGTGATCACTCATAATAAGAAAAAAACAAACTATGCTCATCAATATAAAATGATTTTACTTTGTCACTTAACAATGATTTTTTGTAATAATTATTTTAAACTGGAAGACTGGCGTATCATTCTTTTTATATACTGTAAAATTGTTTTGCACTGGTATCACTAAACTCAAAATAAGTATATATATACACATTTTAGTTTTATAATAGTGATCTTCCTAGATTTTGCAAAATAGTTTATTGTGTTTTTCTAAATTTAATTCAAATTAATAAACATATCGAAGTTTGAAACTTTATATAACTCATTCAGAGAGATATTATGAGTTAGACATGTATGGACACAGTGATAAACAAATATTTACATATCGAAAGTTAGGACCGCACTGTCATAGTTAAAGTTAGCGAGTTGAATCTGAGAAAGACTTTTATTTTATTTTTTCAAATTAGTGGTAGAAAAATATTGATATATACTGAGGAAAAAAATATGTCAAATGAGAAAAGAAATTACTATATTAATATTTATATAAAGCAAAAGGTGATTTACCAAAAATACATATCCAAATCTTAAATAAAGCATATTGTATTCATGATAAATAAAGATAATCACTCTTTTTTATATATACTAGTACAAAACGAATTTTTATACAGAATATAATTCATCCAATAATCTAATAAATAAGTATAATACTTTCTATACAAATTGAATCTACAACCAGTATAAAAGTAAAGTAGTAGCAATCTGATAATTAAGTAGAATGTCGTGGCATTCCAGTAATTTAACTTTTATAAATTAATTATCAATATAATTTTTTAATACAATCAATAAATTAAAAATAATGACGAGTATGATTTTTAAAGTAACTAAAAACACTTATCATTCACCATTACCAAAACATGACAAAGATTCCCACTTCCTAAAACTATTATTACATGGGTAGTTTTGATATTTTCAAAGATGGGGTGCAGGAAGAAATTGATTTAAGAGTAGTTTGATTTTGAAGGCCTGGCCCAATTTTTTCATTGCATTTGGGTCTCGTTAGCTTCGCAAAACAAGAGTGAGTAACGTTCTATGTGTGATGATTATT


Gene Sequence:
>Vu_21365(-)
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