Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_21081 LG5 29919093 29922750 PREDICTED: receptor protein kinase TMK1-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   protein phosphorylation, protein phosphorylation, pollen development, protein phosphorylation
Cellular Component   located in   plasma membrane, plant-type cell wall, plasmodesma, plasma membrane, plasma membrane
Molecular Function   enables   protein binding, protein serine/threonine kinase activity, protein binding, protein binding, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein binding, protein binding, protein binding, protein binding
SNP Position Effect Amino acid change
A/C 29919510 synonymous_variant p.Ser890Ser
C/T 29919601 missense_variant p.Ser860Asn
C/T 29919815 missense_variant p.Val789Ile
A/G 29919940 downstream_gene_variant
A/T 29920164 missense_variant p.Ser742Thr
A/G 29920166 missense_variant p.Val741Ala
T/C 29920264 synonymous_variant p.Arg708Arg
G/A 29920634 missense_variant p.Ser585Leu
C/A 29920674 missense_variant p.Gly572Trp
A/T 29920676 missense_variant p.Ile571Asn
A/G 29920747 synonymous_variant p.Val547Val
A/G 29920783 synonymous_variant p.Asp535Asp
C/A 29920801 synonymous_variant p.Leu529Leu
A/G 29920843 synonymous_variant p.Cys515Cys
A/T 29921463 missense_variant p.Tyr309Asn
C/T 29921524 synonymous_variant p.Leu288Leu
T/C 29921588 missense_variant p.Lys267Arg
T/C 29921589 missense_variant p.Lys267Glu
C/T 29921661 missense_variant p.Gly243Arg
G/C 29921662 missense_variant p.His242Gln
A/T 29921670 missense_variant p.Trp240Arg
C/T 29921688 missense_variant p.Val234Ile
G/A 29921861 missense_variant p.Pro176Leu
A/G 29921863 synonymous_variant p.Gly175Gly
T/C 29921929 synonymous_variant p.Leu153Leu
A/G 29921931 synonymous_variant p.Leu153Leu
G/T 29922099 missense_variant p.Leu97Ile
C/T 29922258 missense_variant p.Asp44Asn
G/T 29922351 missense_variant p.Leu13Ile
A/G 29922507 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_21081.1
MLHSSLTFFFILLFSLTTADPHDAEILRQFRKGLDDPELLPWPDTGDDPCGWKYIFCDNKNRVNQIQAKGLNLSGPLPQNLNQLTNLFNVGLQNNRLNGPLPSFRGLSNLKYLYLDNNNFDSIPSDFFDGLQSLEVLALDNNKLNASSGGWHLPQTLQGSTQLTNLSCMGCNLAGPLPEFLGTMNSLSFLKLSNNNLTGEIPPSLNGSALQVLWLNNQKGELLTGRIDVVASMVSLTSLWLHGNAFTGTIPDNIGDLSSLRDLNLNKNNLVGLVPQGLGDLKLDKLDLNNNHFMGPIPNFKAAQVSYTYNDFCVNKSGVPCAFEVMALLGFLGGLNYPENLVDSWSGNDPCGGQWLGIECNVDGKVNVINLPNMNLNGSLSPSVANLVSLVEIRLGGNDISGAVPGNWSSLTSLTLLDLSGNNISPPLPLFKTGLKPIVTGNPLFNGGAENPSSGSKNPSSGSVNVDPASGQSNSSSSDSRETKKSKRKGLVSIVAPIAGVAAAAFLLIPLYAYCFKRTKGGFQAPTSLVIHPRDPSDSDSVVKIAVANNTNGSISNLTGSGSGSRHSSGIGESHVIDAGNLRISVQVLRNVTKNFAPENELGRGGFGVVYKGELEDGTKIAVKRMEAGVISSKALDEFQAEIAVLSKVRHRHLVSLLGYSIEGNERILVYEYMPQGALSKHLFHWKSLELEPLSWKRRLNIALDVARGMEYLHTLAHQSFIHRDLKPSNILLADDFRAKVSDFGLVKLAPEGEKSVVTRLAGTFGYLAPEYAVTGKITTKADVFSFGVVLMELLTGLMALDEDRPEESQYLAAWFWHIKSDKKKLMAAIDKALDVKEETFESISIIAELAGHCTAREPSQRPEMGHAVNVLAPLVEKWKPFDDDTEEYSGIDYSLPLNQMVKGWQEAEGKDMSYMDLEDSKSSIPARPTGFADSFTSADGR*


CDS Sequence:
>Vu_21081.1
ATGCTCCACTCTTCGCTAACTTTCTTCTTCATTCTCCTCTTTTCCCTCACCACTGCCGACCCGCACGACGCCGAAATACTGCGCCAATTCCGAAAAGGGTTGGACGACCCGGAACTGTTGCCATGGCCGGACACCGGCGATGACCCGTGTGGTTGGAAGTACATTTTCTGCGACAATAAGAACCGCGTGAACCAGATTCAGGCCAAGGGGTTGAACCTGAGCGGTCCTCTTCCGCAGAACCTGAACCAGCTCACGAATCTCTTCAACGTGGGCCTCCAGAACAACAGGCTCAACGGCCCATTGCCTTCCTTCCGCGGCCTGTCAAATCTCAAATACTTGTATCTTGACAACAACAACTTCGACTCCATACCTTCAGATTTCTTCGATGGGCTCCAGAGTTTGGAAGTGCTCGCCTTGGATAATAATAAACTTAACGCCAGCTCCGGCGGCTGGCACTTACCGCAAACGCTCCAGGGTTCAACGCAGTTGACCAATCTCTCCTGTATGGGCTGCAACCTCGCCGGTCCATTGCCCGAGTTTCTCGGAACAATGAACTCGCTGTCGTTTTTGAAGCTCTCCAACAACAACTTGACGGGCGAGATTCCCCCGAGTCTAAACGGCTCTGCGTTGCAGGTTCTCTGGCTGAATAACCAGAAGGGGGAGCTTCTTACTGGAAGAATTGACGTTGTGGCCTCCATGGTTTCACTCACGAGTTTGTGGCTTCACGGGAACGCATTTACTGGAACGATTCCTGATAACATTGGGGATTTGAGCTCCCTACGGGATCTTAACCTTAATAAGAACAACCTCGTTGGGTTGGTTCCTCAAGGTTTGGGTGACCTGAAGCTCGACAAACTGGACTTGAACAACAACCATTTTATGGGTCCGATTCCCAATTTTAAAGCGGCTCAAGTGTCTTATACTTATAACGATTTTTGTGTGAACAAGTCAGGGGTTCCTTGCGCGTTTGAGGTGATGGCGCTGTTGGGGTTCCTTGGGGGGTTGAATTATCCTGAGAATTTGGTTGACTCGTGGAGTGGGAATGATCCTTGTGGGGGTCAGTGGTTGGGGATAGAGTGTAATGTTGATGGAAAGGTGAATGTGATTAATTTGCCTAATATGAATCTTAATGGGAGTTTAAGTCCTTCTGTTGCGAACTTGGTTTCTCTTGTTGAGATTAGGTTGGGGGGGAATGATATTAGTGGTGCGGTGCCTGGTAATTGGAGTAGTTTGACATCTTTGACATTGTTGGATCTGAGTGGCAATAACATTTCTCCTCCATTGCCTTTGTTTAAGACTGGATTGAAACCTATTGTTACTGGGAATCCTCTCTTCAATGGTGGTGCGGAAAATCCTTCATCAGGGAGCAAGAACCCATCATCTGGATCTGTTAATGTCGACCCTGCATCGGGTCAGTCCAATTCTAGTTCGAGTGATTCTCGTGAAACTAAGAAATCTAAACGGAAAGGGTTGGTTTCCATCGTTGCTCCGATTGCGGGAGTGGCAGCTGCGGCTTTTCTGCTCATTCCACTCTATGCATATTGTTTCAAGAGGACGAAGGGTGGCTTCCAGGCACCAACCTCACTGGTAATTCACCCTAGGGATCCATCGGATTCGGACAGTGTTGTGAAGATTGCTGTTGCTAACAATACAAATGGAAGCATTTCCAATTTGACAGGGAGTGGTTCTGGGAGTAGGCACAGCAGTGGAATTGGGGAGTCTCATGTCATTGACGCTGGAAATCTTAGAATATCGGTCCAAGTTCTCAGGAACGTGACCAAGAATTTTGCGCCCGAGAACGAGCTTGGCCGTGGTGGATTTGGAGTTGTTTATAAGGGAGAGTTGGAGGATGGAACTAAAATTGCAGTGAAACGAATGGAAGCTGGTGTGATTAGTAGCAAGGCATTGGATGAATTCCAGGCCGAGATTGCGGTTCTATCAAAAGTCCGGCACCGGCATCTGGTTTCTCTTTTGGGTTATTCTATAGAAGGTAATGAAAGGATTCTGGTGTATGAATATATGCCACAAGGGGCTCTAAGTAAGCATCTTTTCCATTGGAAAAGCCTTGAACTGGAGCCACTCTCTTGGAAGAGGAGGCTCAATATTGCATTGGATGTTGCCAGAGGGATGGAGTATCTTCATACTCTGGCTCACCAGAGCTTCATTCACAGAGATCTTAAGCCGTCAAATATCTTGCTTGCTGATGATTTCAGAGCAAAGGTCTCAGATTTTGGTTTGGTAAAACTTGCTCCTGAAGGTGAAAAATCTGTAGTTACCAGGCTTGCTGGGACTTTCGGATATTTGGCGCCAGAATATGCAGTGACAGGAAAAATCACTACAAAAGCGGATGTTTTCAGTTTTGGGGTTGTGCTAATGGAGCTATTGACTGGATTAATGGCACTTGACGAGGACAGACCTGAGGAAAGCCAATACTTAGCAGCATGGTTCTGGCATATAAAATCAGATAAGAAGAAGCTAATGGCTGCTATTGACAAAGCCCTTGATGTTAAGGAAGAAACATTTGAGAGCATCTCCATCATTGCTGAGTTAGCAGGGCACTGCACTGCCAGAGAACCGAGCCAACGGCCAGAGATGGGTCATGCCGTAAATGTGCTGGCACCGCTTGTTGAAAAATGGAAACCCTTTGATGATGACACTGAGGAGTATTCTGGGATCGATTATAGCCTTCCCCTTAACCAGATGGTGAAGGGATGGCAAGAGGCAGAAGGAAAGGACATGAGTTATATGGACCTAGAAGACAGTAAGAGCAGTATCCCCGCAAGGCCTACCGGATTTGCAGATTCTTTTACTTCAGCTGATGGCCGTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_21081::LG5:29922750-29924750(-)
TACACAAAAAATGACTTTTTAACAGACTTTCAAAAGTAATATTTTATGCAATTGTTAAAATAGTAGGCATTGGTCACTCGTGCTGCACAGTGTAGCTTTGTCCGTCAAACAAGCTATTTCTCTTGTGCTCGGTAGCTGTTATTTGTATCTTTCTGGATAATGATAAAATTTTAAATATTAAAGATGATACATTAATATTTTAAAAAACTATATATATATATATATATATATATAGAGAGAGAGAGATATAACATTAAATCGTTACAATATTAAAAACGCAGTCAGTAGTATATGTAGACACGAAAGTTTGACTATTCTGGGTGTTCTTAGATTTGTGTAGGAAGTGTACTGTTTATAATCTGTGTCTCCCTGCAGCAAGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGTGGAAGAAAGGTCTAGTTATAGTTTTTTTAAGAAAGTGAGAGACTGGTGGAAAAGTCAATGCTTGATGAAGCAACCTAAGAGAATAAAGGAGGAACGATTGTTTTTTCTATGATACTGTGTTTAGAATTGTGACTCTCCATAAACTCCTTCAAGAACTTTCTTTAACCAAGATGTGTGTTATCCAATTCACCAAAAATTCTTTGTTTGGGCATTTCATTGACTTCAAAGGCTACATTGGAACTTTTTTCTCACTACTTATATTTTGCAGTTGTTTATAATCCACATCAACTAAATATAAATTAATTTTATATTATATAATTAGAGCAATCATAATCTTACAAACTTGTTACGACCATTCTAATTGAACCTTTCTATTTAGGTTAATTTATTCATTTTTTTCATAAAGAATATCTTACGACATTGTGTATTAATTTATTATAAACATTGTGTTAGATTTTTCTTTGTCTAGCTGTATTATGTGTAAACTTGACTTAAAAAGAAAAACTAACTTACATATTATAAGTAATACAATGATGTTGTGCAAACATTTAAATTAAAAAAAAAAAACTTATTCAATGACCGTTTTTTATTTGACAATGCTAAGTATAGAAAGTTAAAAAATTAAATTATTAATACAAGAGGTTTTACAAATTGCTAGTAAAGAAAATTAATACAAGTCATCGTAAAATTCCCTAATTCATGTTTTATGCATATTTTACTTTTTAAATAGACTAACTTAATGTTTTTTTAAGGAATATTTTTAATATATTCTTGATAGATCGAGGAATCTTAATAATAATATAGTAAAATTAATTATTTGAACAAACGATTTTTATTTACTTCTATATAAAAAAAACCTTTAATTTTATAAAATTTGGTTATATATTTATCATTTTAGTATGATTGTTGATTATTATTTTTAAGTTGTAAAATAGGATGTCATCTTTATGATGGACATCATCTCGACCCTAGTTAAGATCTTTAAAATAATATAATCTAATTAGAAATTAGACCCAATCTTTTTGAAACAGATCTACTTAGATAAAGATGCATGAAACAAATATAAAAAGGCATACTGTTTATAGGATGAAATGATTCGTTTATTTATCATTATATTTACTAGATTTGACAAATTACTCACTTGGGTGTGAGATTATTTTAACACACACCTCTCGCGTAACTCGACTAAAAACGAAATAATCATCCCAATTGAAAAACATAAAATCATCTCTAGTTATAAAGACGTCTCAACCCTTTATAATAACCTAAGTAAAACAAAAACGTTATTTTATCTGTAAAGATAAGTAGTTGTATTTACTAAATTTATCTAGTAATTGCACAAGAAAATGGACATTACTAACTATTTGTTATATCTAGCTTCATGTGAATAGATTAACTCATTTTACATCTTTACAAATTAAAACAATTATTATCTTAATAAAACTTTCACTTGTTTTTTTGGAAAATGAAACTTAAATATTAAAATGTTTCCATGATGATCAATGACAAGTATATCAAGCTGGAGCGAAAGTCATACATATATACTAAATGTTGATTATATTTGACTC


Gene Sequence:
>Vu_21081(-)
AAAGTAGTTTAGTTCCATATAATTTGAAAATGCATTTTTGTTAAAATAAAATGAGGAGATTGGGTTTTTGGGGTTATCTTCTACCTTGGCGAGTGAAGGTGTCTGTGCGACTGTGTGGGGCCCATCAAACCATTTCGTCTTTGAAACAAATGTGGATGGGATGGGACTGAGACCGTCGTAACGGGAATTGCGAAATTCTCAAAAGCAACACCCAACCTATTTTCTCACTTTCTCACTTTCTCATTGATCTTCGCTTTTCCACTGCTTCTTTTGCTACCCGAATTCAACATGCGCCGCTTCAAATCCCGCCAATCACTACCCTACTTCCACTCTCTCAGATGAACCCAACATTCACGCGCCGCCATGCTCCACTCTTCGCTAACTTTCTTCTTCATTCTCCTCTTTTCCCTCACCACTGCCGACCCGCACGACGCCGAAATACTGCGCCAATTCCGAAAAGGGTTGGACGACCCGGAACTGTTGCCATGGCCGGACACCGGCGATGACCCGTGTGGTTGGAAGTACATTTTCTGCGACAATAAGAACCGCGTGAACCAGATTCAGGCCAAGGGGTTGAACCTGAGCGGTCCTCTTCCGCAGAACCTGAACCAGCTCACGAATCTCTTCAACGTGGGCCTCCAGAACAACAGGCTCAACGGCCCATTGCCTTCCTTCCGCGGCCTGTCAAATCTCAAATACTTGTATCTTGACAACAACAACTTCGACTCCATACCTTCAGATTTCTTCGATGGGCTCCAGAGTTTGGAAGTGCTCGCCTTGGATAATAATAAACTTAACGCCAGCTCCGGCGGCTGGCACTTACCGCAAACGCTCCAGGGTTCAACGCAGTTGACCAATCTCTCCTGTATGGGCTGCAACCTCGCCGGTCCATTGCCCGAGTTTCTCGGAACAATGAACTCGCTGTCGTTTTTGAAGCTCTCCAACAACAACTTGACGGGCGAGATTCCCCCGAGTCTAAACGGCTCTGCGTTGCAGGTTCTCTGGCTGAATAACCAGAAGGGGGAGCTTCTTACTGGAAGAATTGACGTTGTGGCCTCCATGGTTTCACTCACGAGTTTGTGGCTTCACGGGAACGCATTTACTGGAACGATTCCTGATAACATTGGGGATTTGAGCTCCCTACGGGATCTTAACCTTAATAAGAACAACCTCGTTGGGTTGGTTCCTCAAGGTTTGGGTGACCTGAAGCTCGACAAACTGGACTTGAACAACAACCATTTTATGGGTCCGATTCCCAATTTTAAAGCGGCTCAAGTGTCTTATACTTATAACGATTTTTGTGTGAACAAGTCAGGGGTTCCTTGCGCGTTTGAGGTGATGGCGCTGTTGGGGTTCCTTGGGGGGTTGAATTATCCTGAGAATTTGGTTGACTCGTGGAGTGGGAATGATCCTTGTGGGGGTCAGTGGTTGGGGATAGAGTGTAATGTTGATGGAAAGGTGAATGTGATTAATTTGCCTAATATGAATCTTAATGGGAGTTTAAGTCCTTCTGTTGCGAACTTGGTTTCTCTTGTTGAGATTAGGTTGGGGGGGAATGATATTAGTGGTGCGGTGCCTGGTAATTGGAGTAGTTTGACATCTTTGACATTGTTGGATCTGAGTGGCAATAACATTTCTCCTCCATTGCCTTTGTTTAAGACTGGATTGAAACCTATTGTTACTGGGAATCCTCTCTTCAATGGTGGTGCGGAAAATCCTTCATCAGGGAGCAAGAACCCATCATCTGGATCTGTTAATGTCGACCCTGCATCGGGTCAGTCCAATTCTAGTTCGAGTGATTCTCGTGAAACTAAGAAATCTAAACGGAAAGGGTTGGTTTCCATCGTTGCTCCGATTGCGGGAGTGGCAGCTGCGGCTTTTCTGCTCATTCCACTCTATGCATATTGTTTCAAGAGGACGAAGGGTGGCTTCCAGGCACCAACCTCACTGGTAATTCACCCTAGGGATCCATCGGATTCGGACAGTGTTGTGAAGATTGCTGTTGCTAACAATACAAATGGAAGCATTTCCAATTTGACAGGGAGTGGTTCTGGGAGTAGGCACAGCAGTGGAATTGGGGAGTCTCATGTCATTGACGCTGGAAATCTTAGAATATCGGTCCAAGTTCTCAGGAACGTGACCAAGAATTTTGCGCCCGAGAACGAGCTTGGCCGTGGTGGATTTGGAGTTGTTTATAAGGGAGAGTTGGAGGATGGAACTAAAATTGCAGTGAAACGAATGGAAGCTGGTGTGATTAGTAGCAAGGCATTGGATGAATTCCAGGCCGAGATTGCGGTTCTATCAAAAGTCCGGCACCGGCATCTGGTTTCTCTTTTGGGTTATTCTATAGAAGGTAATGAAAGGATTCTGGTGTATGAATATATGCCACAAGGGGCTCTAAGTAAGCATCTTTTCCATTGGAAAAGCCTTGAACTGGAGCCACTCTCTTGGAAGAGGAGGCTCAATATTGCATTGGATGTTGCCAGAGGGATGGAGTATCTTCATACTCTGGCTCACCAGAGCTTCATTCACAGAGATCTTAAGCCGTCAAATATCTTGCTTGCTGATGATTTCAGAGCAAAGGTCTCAGATTTTGGTTTGGTAAAACTTGCTCCTGAAGGTGAAAAATCTGTAGTTACCAGGCTTGCTGGGACTTTCGGATATTTGGCGCCAGAATATGCAGGTATTTTGTTTACTAGTTCTAGAAGGTTTAATCATTGATGTGATCTATTTTAGTTCGTCAGCTTGGTAATAGAGTGTCAGATTCTAAGGAAAAAAACTAATTAACATCTACTACAAAATTTAATAAATTGATTAGCATTATATGTCTTGTAACACAAACTTCAACTTTATTTGTCCTAATTTATTTGTTATGTTCAAATATATTTCAGTGACAGGAAAAATCACTACAAAAGCGGATGTTTTCAGTTTTGGGGTTGTGCTAATGGAGCTATTGACTGGATTAATGGCACTTGACGAGGACAGACCTGAGGAAAGCCAATACTTAGCAGCATGGTTCTGGCATATAAAATCAGATAAGAAGAAGCTAATGGCTGCTATTGACAAAGCCCTTGATGTTAAGGAAGAAACATTTGAGAGCATCTCCATCATTGCTGAGTTAGCAGGGCACTGCACTGCCAGAGAACCGAGCCAACGGCCAGAGATGGGTCATGCCGTAAATGTGCTGGCACCGCTTGTTGAAAAATGGAAACCCTTTGATGATGACACTGAGGAGTATTCTGGGATCGATTATAGCCTTCCCCTTAACCAGATGGTGAAGGGATGGCAAGAGGCAGAAGGAAAGGACATGAGTTATATGGACCTAGAAGACAGTAAGAGCAGTATCCCCGCAAGGCCTACCGGATTTGCAGATTCTTTTACTTCAGCTGATGGCCGTTAAAACAAATTGTTTGGTGTACCCTTTTTCCCTTTTGTGTTTCCAAATAGTTGTAGATAGCATGCCCCTTTCTTTCTGTCTATCTTAAAATGTCTTGGCCAATTGTCTAGTACCAGTGGTATGATAGTGTTTGAGTATATGAGATTTCATGTGCCCTTAAATCTCGTGTGTATGCTTTGTATTTTCCACTATGACATTTAAGTGTTAATGGTTGTAGATATTGAGCCGCAATCGATCATCAATGGTTTAGTTCATTTATTT