Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_20893 LG5 28084679 28086120 PREDICTED: transcription factor RAX2-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 28084720 stop_gained p.Cys317*
A/G 28084733 missense_variant p.Leu313Ser
A/T 28084754 stop_gained p.Leu306*
A/T 28084801 stop_gained p.Cys290*
A/G 28084804 synonymous_variant p.Asp289Asp
C/T 28084830 missense_variant p.Val281Met
C/T 28085043 missense_variant p.Ala210Thr
T/A 28085099 missense_variant p.Lys191Met
C/A 28085519 intron_variant
C/T 28085523 intron_variant
G/C 28085571 intron_variant
T/A 28085688 intron_variant
C/T 28085863 intron_variant
A/T 28085872 intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_20893.1
MGRAPCCDKANVKKGPWSPEEDAKLKDYIDQHGTGGNWIALPQKVGLKRCGKSCRLRWLNYLRPNIKHGQFSVEEDKIICSLFASIGSRWSIIASQLPGRTDNDIKNYWNTKLKKKMTAMNPSPQKKPLQMTLLSILESSTSLSFRDNSSNNNNSYYHPHGSFTGVGSFSYSSCLLSGNNSSASADSFFQAQESFMDPTQKGQFKGSSSNSMLVFGGEATATSCSSSDASCNNQIRQITEPEFGEASFVEQIGVADNPLYIGVENTTNKLMMFSSGGSASVSGWTDKQNGLWEQNPLDYSLEEIKQLISTNNSFNNFLFDDKKTEERFTYY*


CDS Sequence:
>Vu_20893.1
ATGGGTAGAGCTCCTTGCTGTGACAAGGCAAATGTAAAGAAAGGACCATGGTCACCAGAAGAAGATGCAAAGCTAAAGGACTACATAGACCAACATGGCACCGGAGGGAATTGGATTGCCCTCCCCCAAAAAGTTGGTTTGAAAAGATGTGGCAAGAGCTGTCGATTAAGGTGGCTTAATTATCTTAGACCCAACATCAAGCATGGTCAATTTTCTGTTGAAGAAGATAAAATAATCTGTAGCCTCTTTGCTAGCATTGGAAGCAGGTGGTCCATAATAGCATCTCAGCTGCCAGGGAGGACTGACAATGATATCAAGAACTACTGGAACACCAAGCTTAAGAAGAAAATGACGGCCATGAATCCTTCTCCCCAGAAGAAGCCTCTTCAAATGACCCTTTTATCCATCCTTGAAAGCTCAACATCATTGTCATTCAGAGACAACAGCAGCAACAACAATAACTCATACTACCATCCCCACGGTTCTTTCACAGGCGTCGGCTCCTTTTCCTACTCTTCGTGTCTTCTGAGTGGAAACAACTCTTCTGCTTCTGCTGATTCCTTCTTTCAAGCACAAGAGAGTTTCATGGACCCCACCCAGAAGGGCCAATTCAAAGGTAGCAGCAGCAATAGCATGCTTGTGTTCGGTGGTGAAGCCACAGCCACCAGTTGCAGCTCTTCTGATGCGAGCTGCAACAACCAGATCAGACAAATCACGGAGCCAGAATTTGGCGAGGCGAGCTTTGTGGAGCAGATAGGTGTTGCTGATAATCCCCTCTACATTGGGGTGGAAAATACTACTAACAAGTTGATGATGTTCTCCAGTGGTGGCAGTGCTAGTGTCAGTGGGTGGACAGACAAACAAAATGGATTGTGGGAACAAAATCCGTTGGATTATAGTCTAGAGGAAATTAAACAGCTTATTAGCACTAATAACAGTTTTAACAACTTTTTGTTTGATGATAAGAAGACAGAAGAAAGGTTCACGTATTACTGA


Promoter Sequence:
>Vu_20893::LG5:28086120-28088120(-)
TTATTTCAATAGATTTTGTGATCCAATTTTTTTTTGTTATTTTTTAAATTAAGAAGTTAGTGCATATAATTGATAATAAATCTAAGCAACACACGACTAATGCTACTTTTGATTTTATTTTATTTTTAAAATTTTTAGTATTCAAGTTAGGGAAGGTATAATAGTTTTATTTATCAACGTAATATTATAAGTTTCATCAACTAATTAGCTTAAGGTAAATATTTATAATGTAGATAAGGTTGTCTTGGTTTAGTTTCATATGTTAATAATTTTAGAGAAAATCGGGATGAATATGATTAGTTTTACAGTTTTTTGGAATACAAACTTCTATTTATAGTGAACTTATGGAGGACCGTTTATGATTTAAAACATGTTTGGAAGGAAGACTTTCACATGCTTTGGTTTGAAAGTGATTCTTCCTTAGTATGTCATAGTTTTTCGAATCAATAAGTGGTAGGAAGATAACGTTGGTGCTTACATTTCTAACAAAAATTTGGGCATAACCTTCTCATTGTTTTTGTGTGTGAGCCAAATTTAACAATAAAGTTAAATATGTCAAAAGAATTCATATTCATAATGCATAGAAAATCTCGTATTTAAATATTCAACTCGTCAAATCTAAATAAGCATAAATGTTAAATAAATATAAAACCAAATTGAGAGTTGTTTGGTTAGCCAATTTTGTTGCACAAACTCATTGACACTATTTTGACTTAGTTAAGACAACCAGAACATTTGAAAAAAAAATAGTTGTAAATATATCACGATAAAGTAAAAAAATATATAAATTCTTAGAAATGAAAATGAACAATTCACCTTTTATACTTATGTCAGTAAAAATGTACTTGAAAACCTTCAATTGTCTTATTGTTTTTAGTTATACTTTTATGTTTATATTTTGTATTAGACCAATTTATAATATATGAGTGGATGCAAGTCTCACCTTATAAACTGGTTTTATGAGATTGAGTTAGACCTAAAATTCACTTTTTAACATACATCAATGTTTTTGAGTGAGTGTTTTGATCCTTAACTTTGTTTTTTTCATAATGTTTGACCAAGTGCATAGATAAAATATAAAACAGTTGCAAAGAAAAAAAAATCAGAGTTAAAAATATGTGTCAACATGTTAAAAGAGGAAAGTTACATGAACAATTAATTAAATATATATATTTTTTCAGAAACTCACTATTTGTGTCCTTTGGAAGATGTATTATTTTCTACCGATTTTAACTGACAATAAAAATATATATTACAAAATAATGAATTAATGTGTCTCTTGCTTTCGTCTCACTTTTCTTTTTTAATGTTTTAAATACATTTCGGTGTCTAACAAACTTTTCCCAAAATTCTGATAGGAAAGAACGATGTTGTTTTTAATTGGTTGGTGAGATCATGTGATCCTATAATAAATGAAAATATTAAAATTATACAATACTAGCTATAGTAAAATTATCCTGGTTTTCCGATTTCAGGAAATTACACCATCAATTCGAGCTCTTGCAATCGATAACGATCCCGAGTTACATGATTGAAGAATTATTAAAAAAAGATGGAGTCTAAAGAGCTACGAGCAGAGGAAACAACACATAATTGAAGCTTCAACTTGACAATAGTTTACTCATGACTTGGCCCATTGCTTGAAATTGTGCACTAGACCATCGTTTTCAAGGGAAAAAATCATACACGTTATAACTTAGAGCAGACTTTGGATACTTTAAATTGTGACCAAGTTAAACTCCTTCTTACAAAAGGGTCCTTGTAAAAGGCTGATAGAAACTTCTATGGGCTAATCAATTATATATAATTTTGGAAACTGATAAGACAATTGAAGTTACAGAGGCTGTTCCCTTTGACTTGTGCCATTTCTTATCTGAATAAACTTCTATTCATGCCCCTCTCCACGTTCCATTCTTCACTATACCTCTACTTCATACCTTCCTCACAATCCCACTGAAGAAACCCAACCCCAGAAAAACAGGTTTCGTACAAAGAGATCC


Gene Sequence:
>Vu_20893(-)
ATGGGTAGAGCTCCTTGCTGTGACAAGGCAAATGTAAAGAAAGGACCATGGTCACCAGAAGAAGATGCAAAGCTAAAGGACTACATAGACCAACATGGCACCGGAGGGAATTGGATTGCCCTCCCCCAAAAAGTTGGTAAGTGCATAACATGATGACTCATCCTAGCTAGCTACACTTTCCAAAACTAATGATGATGGCTAAACCATGCTTATATGCAAGGATCTTGCTACCCCTTTGTGTTTGTGTTTGTTTTCCTGATTGAGTTTGTTTGTCGCAGGTTTGAAAAGATGTGGCAAGAGCTGTCGATTAAGGTGGCTTAATTATCTTAGACCCAACATCAAGCATGGTCAATTTTCTGTTGAAGAAGATAAAATAATCTGTAGCCTCTTTGCTAGCATTGGAAGCAGGTACACTCCTTTCACTCAATTTCCACATCCTCTCTCACTTTTGACACTCTCATCTAATTTGTCAGAGGCTTTATAAAACCGTACAAATAATTTCCTTATGTAGAAACAGCCGAAGGGATACATTGGGAAGCATTTTTTAGTCTTGTTTATGATTTTCGTTTTCACTTTTGGGAAATAGATTATGTTTAAGTACGATACAGATGTGTACTTTGATTTTAGATGTTGTGCATCGGTTCATGCATTCCAATTTAGATCTGGTGTCAGTAAGTTTCTTATGGTGGGAAGACATTTTCACTGGGTGCAGGTGGTCCATAATAGCATCTCAGCTGCCAGGGAGGACTGACAATGATATCAAGAACTACTGGAACACCAAGCTTAAGAAGAAAATGACGGCCATGAATCCTTCTCCCCAGAAGAAGCCTCTTCAAATGACCCTTTTATCCATCCTTGAAAGCTCAACATCATTGTCATTCAGAGACAACAGCAGCAACAACAATAACTCATACTACCATCCCCACGGTTCTTTCACAGGCGTCGGCTCCTTTTCCTACTCTTCGTGTCTTCTGAGTGGAAACAACTCTTCTGCTTCTGCTGATTCCTTCTTTCAAGCACAAGAGAGTTTCATGGACCCCACCCAGAAGGGCCAATTCAAAGGTAGCAGCAGCAATAGCATGCTTGTGTTCGGTGGTGAAGCCACAGCCACCAGTTGCAGCTCTTCTGATGCGAGCTGCAACAACCAGATCAGACAAATCACGGAGCCAGAATTTGGCGAGGCGAGCTTTGTGGAGCAGATAGGTGTTGCTGATAATCCCCTCTACATTGGGGTGGAAAATACTACTAACAAGTTGATGATGTTCTCCAGTGGTGGCAGTGCTAGTGTCAGTGGGTGGACAGACAAACAAAATGGATTGTGGGAACAAAATCCGTTGGATTATAGTCTAGAGGAAATTAAACAGCTTATTAGCACTAATAACAGTTTTAACAACTTTTTGTTTGATGATAAGAAGACAGAAGAAAGGTTCACGTATTACTGA