Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_20837 LG5 27464802 27467682 PREDICTED: ethylene-responsive transcription factor RAP2-7-like isoform X2
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 27464832 5_prime_UTR_variant
G/A 27465288 missense_variant p.Ala81Thr
T/C 27465414 missense_variant p.Ser123Pro
G/T 27465419 synonymous_variant p.Arg124Arg
C/A 27465534 intron_variant
G/A 27465537 intron_variant
C/G 27465986 splice_region_variant&intron_variant
G/T 27466007 missense_variant p.Lys199Asn
T/A 27466125 missense_variant p.Leu239Met
T/C 27466212 intron_variant
G/A 27466375 intron_variant
A/T 27466743 missense_variant p.Thr317Ser
G/C 27466800 missense_variant p.Glu336Gln
A/G 27466804 missense_variant p.Lys337Arg
A/G 27466806 missense_variant p.Arg338Gly
C/T,* 27466862 intron_variant
G/A 27466866 intron_variant
G/A 27467128 intron_variant
T/C 27467220 synonymous_variant p.Pro392Pro
G/A 27467225 stop_gained p.Trp394*
A/T 27467286 synonymous_variant p.Ala414Ala
C/T 27467291 missense_variant p.Ser416Leu
T/G 27467668 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_20837.1
MLDLNLNADSPSDNNHTPPLSVAQMESSGSFNSSVVNAADTDDSCSYGDAVAYNFAILNSNTASPSAGESSVRTIQLFPAADSGVSPTWLDFSTKVDQHGAASEQRITPRQPLVKKSRRGPRSRSSQYRGVTFYRRTGRWESHIWDCGKQVYLGGFDTAHAAARAYDRAAIKFRGVDADINFNVSDYDEDIKQMSNFTKEEFVHILRRQSTGFSRGSSKYRGVTLHKCGRWEARMGQFLGKKYIYLGLFDSELEAARAYDRAAIKCNGREAVTNFEPSIYEGEVISQSDNNEDGKQNLDLNLGIAPPSYSDSQIKNTPSNGSGLKGPPSWDDIPVEKRFMFEHSGSRSLNVQASQGIYRVSGHHPSTWNGSNFFPIYEETAIEKRMEAGPMPNWAWQVQGPYGGPTLTPPFSTAASSGFPSTIIPSAADTQIHFPNMTFLHSHFPPSITNSGTVSPFFIGS*


CDS Sequence:
>Vu_20837.1
ATGCTGGATCTTAACCTCAACGCCGATTCCCCCTCCGACAACAACCACACGCCTCCGCTCTCCGTCGCTCAAATGGAGAGCTCCGGAAGCTTCAATTCCTCCGTTGTCAATGCTGCCGACACCGATGACTCCTGCTCCTACGGCGACGCCGTCGCCTACAACTTCGCCATCCTCAACAGCAACACCGCTTCCCCCTCCGCAGGAGAATCCTCTGTCCGCACCATCCAGCTCTTTCCGGCTGCCGACTCAGGAGTCTCGCCGACTTGGCTGGACTTCTCGACGAAGGTGGATCAGCACGGTGCCGCCTCGGAGCAGAGGATCACTCCGCGGCAGCCGCTGGTGAAGAAGAGCCGCCGTGGACCGAGGTCGCGGAGCTCGCAGTATCGCGGCGTCACTTTCTATCGCAGGACAGGAAGATGGGAATCTCACATTTGGGATTGTGGCAAACAAGTGTACTTAGGTGGATTTGACACGGCGCATGCTGCGGCAAGGGCTTATGATCGCGCTGCGATCAAGTTCCGCGGGGTTGATGCGGATATCAATTTCAACGTTAGCGATTACGACGAGGATATAAAGCAGATGAGTAATTTCACGAAGGAGGAGTTTGTGCATATTCTGCGTCGACAGAGCACGGGTTTTTCAAGGGGAAGCTCCAAATACAGGGGAGTTACTCTGCATAAGTGCGGGCGATGGGAAGCTCGTATGGGGCAGTTTTTGGGTAAAAAGTATATATATCTTGGGCTATTCGACAGCGAGTTAGAGGCTGCAAGAGCGTATGATAGGGCTGCTATAAAATGCAATGGAAGGGAAGCAGTTACAAACTTCGAGCCCAGCATATACGAAGGGGAGGTGATTTCCCAATCTGATAATAATGAAGATGGCAAGCAAAATCTTGATCTTAACCTGGGCATAGCTCCCCCTTCTTACTCTGACTCTCAAATCAAGAACACACCCAGCAACGGAAGTGGTTTGAAAGGTCCACCCAGCTGGGATGATATCCCTGTCGAAAAGAGATTTATGTTTGAGCACTCTGGATCGAGATCACTGAATGTTCAGGCATCTCAAGGCATCTACAGAGTATCTGGGCATCATCCTTCCACATGGAATGGTAGCAATTTCTTTCCCATCTACGAGGAAACAGCAATAGAGAAGAGGATGGAAGCTGGTCCCATGCCTAATTGGGCATGGCAAGTCCAAGGTCCGTATGGCGGGCCAACTCTTACTCCACCGTTCTCTACTGCAGCATCATCAGGATTCCCTTCAACAATAATACCATCAGCTGCGGATACTCAAATTCATTTTCCAAACATGACTTTCCTCCACTCACATTTTCCACCATCGATCACCAACTCGGGCACCGTATCCCCTTTCTTCATCGGTAGCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_20837::LG5:27462802-27464802(+)
AATATGTTTTCTTATAAAATAGGGTTAAATATGTTTTTAGTCCCTAAACTATTGGCTGTTTCTGATTTTCGTCCTTGTTTCAAAGTAAGGTACAATTTGGTCCTCGTTCTTTTCGAAACATTCGTTTTAGTCTTCGGAATTTTGGTTTTAGTCCTCATTTGTTGTTAAATGAGAACCAAATTTTTAAACAGTGTTTAGGTTTTGAGGACTAAAACGAACGTTTTCGAAAAGAATGAGGACCAAATTGTACCTTACTTTGAAACAGGGATCAAAACCAGAAACGGCCAATAGTTTAGGGACTAAAAACATATTTAACCCTATAAAATATTATCCCAATTGAAATAACGTGTTCAAATATTTCATGTCATTGATCTAAAACAATTTTAATAGCGTTAAGGGAAAAAAAATAGTTTCAAAAAAAAAATTCATTTACTTTTTGAAATATATATTTTTAAGAAAATAATGTTTATAAAAATATTTTTTGATATATTCTTTTAAAGTTCTTGTTGTTAAAAAAAAGGTAAGAATATAACTTTTTTAGTCAAAAAAATTAATTTAATAATAAAATTTGTTTTAATTGTATTCAATAATTCATGCTATTAAGTTACTTTTACCAATAATTTAACTATTTATGATTTTTTTTTTCCTTAAGTTAAATTAAATGTAAATAGATATCATGGAGAATATTTCAACAGGGGAAGAATGTAATCTATAAGACAAAATTTTACTGTTTCTAGAACATGGCATTTCCAATGTTACCCTTAGAAAATTTATTTTGTATTCTTTTCAAGTGCTTTGTTATTTCTTTTCTGTTGTAAATATTCTGTTCAAGCTCTTATATTTGGATTGCTCTTACTATATTTCACAAATATTTATATAAATAAATAAAGCTTTTAAAAATTTAATTAATTAATTACATAAATAATATTTATGATAACTGCATACTATTTTTATATTTTCTTTGTTTACAGATATTCGTTTTCCTAAACAATTGAAAAAATAATGTCATTGATAGAAAAATAAACTAATTACAGGTTCTATAACATTTTTATCACCACTTTATTTTCCCTGTATTTTTTCTGGATGAATTTTTGAAATAAAATTGGTAAACATTGTAATACAGTTATTTTCTTTTTCCAACATAAAAGAATAAAAAAGTTAAAATTTTATTAACAGCTAATGAAATACGTGCTAATTAATTCAGAGCATCGATTAGAATGTTAAACGAAAATACATGCAAGAAAATAACAGAGAAATAATTAGAGGACTTTTTATTTGTGGATAAACGTACTGTCCACCGTAAAATCAATGACAATTATAAGGACTTATTTATCAAATTATATAAGAGTATTTATATTTTTTTCTTTGGAAAAGATTTAAATTTATTTAGAAATTACCAACTTTCTAGTGTCTTTTCAATAAGCATGAAAAGAAATACTTTCCTCGTTTTCTTTTATTTTTCTTTTGATATTTTTATGTAAACAGTAATTAATTTATCAATTACAATATAACCGTTGACATTTTTTATTGTTACATCATAATAAATACACATATGTAAAAATTAATTTTAAGAATGATAAAAAATCTAAGAAATGATGATTAAAAAAGCTTTAATTATATTTGAATATAAAAATAGTATATTACTGTAAAAAAAAACAGAGGACAAAAGTGAAAAAGAGGCCAGTTGACTGAGTAATGAGATTGTCAGCCCTTAGCAGAGTGCGGAAACACAGTAGGAAGGAATTATCTCAAATATGAAATAAAATATGGAGATTAATTAACGATAAATTATTTATTTATTAGATGCAGGCGTCACTCTCATGCAAATATTTTTGGTTCTACTCCTAATTTTATTACTACAAGTAACTTCTATAAATAAACAAAAAATAATAATGAAAGCATAAATCAGGAGAAGGAAAAAAAAAGGAAAAGAAAAACTAGAAATAATAAATGTGGGGTAAGAGTTTAAGAAGAAAATGAAAGAAAAAGGAAAGACTTGA


Gene Sequence:
>Vu_20837(+)
AAGGAAACATTGAGGAAAAGAAGGCACTCTGTTTTCTGTTTTTTTAACCTCAGTCATGGCTCATCACTCTTCACTCTTCTCCCTGCATGAAACTCCTTCCTATTGTTGTACGGTTGGGTCAGTCTCCTATTTCACAACGATGTGAAGGCGTTACCGTAGGAGATTAATCGCTCTACCTCCGCTTCTAACTAACTTTACTTTCCCTCCAAACGCTTCCTTAACAGATTCTAACAAACTCTCACAGCGATGCTGGATCTTAACCTCAACGCCGATTCCCCCTCCGACAACAACCACACGCCTCCGCTCTCCGTCGCTCAAATGGAGAGCTCCGGAAGCTTCAATTCCTCCGTTGTCAATGCTGCCGACACCGATGACTCCTGCTCCTACGGCGACGCCGTCGCCTACAACTTCGCCATCCTCAACAGCAACACCGCTTCCCCCTCCGCAGGAGAATCCTCTGTCCGCACCATCCAGCTCTTTCCGGCTGCCGACTCAGGAGTCTCGCCGACTTGGCTGGACTTCTCGACGAAGGTGGATCAGCACGGTGCCGCCTCGGAGCAGAGGATCACTCCGCGGCAGCCGCTGGTGAAGAAGAGCCGCCGTGGACCGAGGTCGCGGAGCTCGCAGTATCGCGGCGTCACTTTCTATCGCAGGACAGGAAGATGGGAATCTCACATTTGGTTAGTGGATTTTGGTAGTTTTGCTTTGTGATAACACGTTACTTTGTCTGAACACGCTGTGTGGTTTTTGATTTGTGCAGGGATTGTGGCAAACAAGTGTACTTAGGTGAGGTCGCCATTAGAGGATTTGTTTTAGATTATGTGCTTCACCTTTCTTCAATATCGCTTTCGGTTTTTTCTTTTTGTAGGTGGATTTGACACGGCGCATGCTGCGGCAAGGTAATTTCATTTATATCGTTTTCGTCCTTTGGTGTTTCTGTTTTTGTTTAAGCGTGTGAAATGTTTCGTACAGTTTTTTATTGTTATTTTTGTTTCAGGGCTTATGATCGCGCTGCGATCAAGTTCCGCGGGGTTGATGCGGATATCAATTTCAACGTTAGCGATTACGACGAGGATATAAAGCAGGTTGTGTGTCTGAACAGTGGAGTGGTTTTTGTGTGTTGGTTGTTTAAGAAACTTGAATGAAACTGTAATTGTGGATTTGATTTACTGTTACTGTGTTGTCCAGATGAGTAATTTCACGAAGGAGGAGTTTGTGCATATTCTGCGTCGACAGAGCACGGGTTTTTCAAGGGGAAGCTCCAAATACAGGGGAGTTACTCTGCATAAGTGCGGGCGATGGGAAGCTCGTATGGGGCAGTTTTTGGGTAAAAAGTGAGAAGACAAATCGATTTCGGTTGAATTATGCGATGGATAAGCTTCACATACTTCATCAGTTTTGTTTTTTGTTTATCAATTTTCGATTTTACTATGCATTAAGTGTGGTTGTGTTGGTTGGTTTAGTTGGTGATAGATCATAATTCAATTTTAAAGTTGGCCAGGGTTTATCGCTGTAGGTATATATATCTTGGGCTATTCGACAGCGAGTTAGAGGCTGCAAGGTTTTATCAATCGTTATCAGAATATCTCTCAGACTAAATTCCTAAACATTTTGGATTCCATATATGTACAGACACACGCGTAGTGTGTTATTATTGACTTGCTGTGTGATAATTCCAGAGCGTATGATAGGGCTGCTATAAAATGCAATGGAAGGGAAGCAGTTACAAACTTCGAGCCCAGCATATACGAAGGGGAGGTGATTTCCCAATCTGATAATAATGAAGGTAGCACTTGTTTGTCGTTGAGGCTCTTTGATTTTTTTCAGTCGTTCATAAAAATCGACAATGGATTTATTCTAACATTTTCAGATGGCAAGCAAAATCTTGATCTTAACCTGGGCATAGCTCCCCCTTCTTACTCTGACTCTCAAATCAAGAACACACCCAGCAACGGAAGTGGTTTGAAAGGTCCACCCAGCTGGGATGATATCCCTGTCGAAAAGAGATTTATGGTAAGGTGGAGAAGTATTGTATGGCCATATGGTTGGATTCAATTCTTCTTTGAGTCGGCAATTTCCCTAGAGTCCCTGCTTTTTCAGAATTCATGTTTCTGAAGTGGCAGTTTTCATTCTTGGCTTTGATGGTATATCTTCACTCACTTGATAGTTTGAGCACTCTGGATCGAGATCACTGAATGTTCAGGCATCTCAAGGCATCTACAGAGTATCTGGGCATCATCCTTCCACATGGAATGGTAGCAATTTCTTTCCCATCTACGAGGTGATTCTCATATATTCTTAAGGCCGGGATAAATAGTTTTTGGGTGAGTATATATTTACTTGAGAGAGATGAGCAATTTTGGTTTATATTTTACAGGAAACAGCAATAGAGAAGAGGATGGAAGCTGGTCCCATGCCTAATTGGGCATGGCAAGTCCAAGGTCCGTATGGCGGGCCAACTCTTACTCCACCGTTCTCTACTGCAGCATCATCAGGATTCCCTTCAACAATAATACCATCAGCTGCGGATACTCAAATTCATTTTCCAAACATGACTTTCCTCCACTCACATTTTCCACCATCGATCACCAACTCGGGCACCGTATCCCCTTTCTTCATCGGTAGCTGAATGCATTGCTAGGTTTTAGAGCGTATGGTTGACACGAAACGAGTAGGACCAGCTACAACTAGTAATTGAATTGTTTGGTTCTGGAGCTATTACTATTTGGCCTTTAGTATACTAATTTTCTTCAATGTAAAGAAATGCCATGCTATGTCGCGAAGGCATGATGAACTCTGCTTTTACTGGTTTGAGACTACTACTATAATGAGTTAGCATTTACTTTGGTATCCAACATTCAACCTCTGTGCTTTCTATCTT