Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_20288 LG5 20844373 20846219 PREDICTED: transcription factor bHLH106-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 20844490 5_prime_UTR_variant
C/G 20844495 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
C/A 20844524 5_prime_UTR_variant
C/G 20844656 synonymous_variant p.Thr24Thr
T/A 20844757 missense_variant p.Val58Asp
C/A 20844760 missense_variant p.Ser59Tyr
C/G 20844983 intron_variant
T/C 20845009 intron_variant
G/T 20845060 intron_variant
C/A 20845106 intron_variant
A/C 20845107 intron_variant
T/G 20845151 intron_variant
T/A 20845293 intron_variant
T/C 20845302 intron_variant
A/T 20845303 intron_variant
T/C 20845305 intron_variant
G/T 20845379 splice_region_variant&synonymous_variant p.Thr106Thr
G/T 20845421 missense_variant p.Lys120Asn
T/C 20845426 missense_variant p.Leu122Ser
C/T 20845586 synonymous_variant p.Leu175Leu
G/A 20845804 stop_retained_variant p.Ter248Ter

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_20288.1
MHHSAMDNSHLLQFLPNTTTTTTTTPFFHTPPHTTNIMHQHHTLSNNSSSNHFYPFHVSQITPTPSHHDRALAAMKNHKEAEKRRRERINSHLDELRTLLPCNSKTDKASLLAKVVQRVKELKQQTSEITELETVPSETDEITVLSTGGDYGSDGRLVFKASLCCEDRSDLIPDLIEILNSLHLKTLKAEMATLGGRTRNVLVVAADKEHSIESINFLQNSLKSLLDRSNSSDRSKRRRGLDRRLMS*


CDS Sequence:
>Vu_20288.1
ATGCACCACTCAGCCATGGACAACTCTCACCTTCTTCAATTCCTTCCAAACACCACCACCACCACCACCACCACCCCCTTCTTCCACACTCCTCCACACACCACCAACATCATGCACCAACACCACACCCTCTCTAATAACTCCTCCTCCAATCACTTCTACCCCTTTCATGTCTCCCAAATTACCCCGACACCCTCCCACCATGATAGAGCCCTTGCTGCCATGAAGAACCACAAGGAAGCTGAGAAGAGAAGGAGGGAGCGAATCAACTCCCACCTCGATGAGCTTCGCACTCTTCTCCCTTGCAATTCCAAGACGGACAAGGCTTCGCTTCTGGCGAAGGTTGTGCAGCGAGTGAAGGAATTGAAGCAGCAAACGTCGGAGATAACGGAGCTGGAGACGGTTCCGTCCGAAACCGACGAGATCACGGTGCTCTCCACCGGCGGGGACTACGGCAGCGATGGGAGGCTGGTGTTCAAGGCCTCGCTGTGCTGCGAGGACCGCTCCGACCTCATTCCTGACCTCATAGAAATCCTGAACTCGCTTCACCTGAAAACCCTCAAAGCAGAAATGGCCACGCTCGGAGGAAGAACGCGCAACGTTCTCGTGGTGGCTGCAGACAAAGAACACAGCATCGAATCCATCAATTTCCTTCAGAACTCGCTCAAGTCCTTGCTAGACAGGTCCAATTCCAGCGACAGATCAAAACGTCGCCGTGGCCTAGATCGAAGGCTAATGTCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_20288::LG5:20842373-20844373(+)
AATTGCCAATAAGAAGAATGATTCTTAAAAGCATGAAGGGGATGAAAGAGCAATGAAATCTATTTTAAAATTAATTTTCAAATAAAGCCACTTTATGTTTTCTAAAGTAATTTGATTTTAATGCACGAAATCAATTGCAAACTATTGGTAACATGATTCTATTTTTCACAGAACTAACATAACTTTATATTCACTATTACTTGAGGCTACATATATTGTACTGAATAATCATTCTATTCACATGGTTGTGATAGTTTTGAAATTTTAAGAAAGTTCAATTTGAACCAATTCTGAAGTTGTTCAAAATCAATTCTAAAACTTTTTTAATTAATTGATACCAGTTTTAAAATTAGATTTTAAACAAGTTTGTGTTCAAATCCTCCATCATCTTTTGATTGTTTTAGGGAAATGAAATCCATTAAGCCTCATTAGGATCAAAGAAAGATTAAGGAACACTAATTTAAGCTAATGTATGACCTTCAACGCTGAAGGAAAGTTGTGGAGCATTGGATATGATTCACAATGATATTGAGAAATCTTTGTCATTCTTTGATAAAAAAAAAACTGGTTAATAGATATATAAGTTTATCACCAATGCCATTTTTAATAAATTTTAATTATTTATTAATAAAAACATGTGATTATTTGACCTATTGAATATTTTATATTATTTTTTTTCTATAAACACATATGTCTGAAAATTGTATACTAAGCCATGTCATTATTTTTAGTTAGGATAAATTTGTCACATTGGTCCAATACACTATTAAAATATCAGTTGAAAAAAAAATGAGTTAGTCTTGTCACTCGATTATTTGCTTTGAGATGTTGTATCCAGGTAGGGTAGGATCGGATTATTATAAATATGCAATCTTGATAGTTATGTAACTATAATAATAGAGTTTTCATTTTTTAAATTATAATTATAAATTAAGGGTAAGGTCACTTAGTTTAATTCCATATGTTTCCATTTTTTTTTCAATCATAGTTATATAGTTCTGAATTTATATAGTTATGATTAATAAAAAAATATGATTGTTTAGGTCTTAGTATTTTTAAATCATGATTGGACACTAAAAAGTTAATAATGATTATATTTGATTAATTGAGTACTACTACATTGGCTTGTTTAAATAATATTGAGAAAAATAATTAACAATATAGAAAATTTATTAACCTGCTTCAAAAAATAATTTTTAAATTGTTGTAATTTAAAAGAACTTGATGAAAATACCTAAAATTGTTTATTTTGTCAGAAGAGATTTCAAAATTAGATTACTTATTTTATTAAAAAATTAATAATCTCAACTATTTCGAGAATAAAAAATAGAATTGCTTGATTATAGTTCTTTAATAAAATATTTAAAATTAAAAACATTATAAAAGTCATATAAAAATCGATAATCTATTTTCGTCTAAAAAGATTTTGTAAAAACAACTTGCTTTAGGTCCATATTTTCTACCTGACTTTTAAACAAATTTTAACTTTACATAAATTTAAGTATAAGATTTTTAACTCTTAATTCTAATAAATATTGAATACACTTTACTTATTTAACACATGTAATAATGAAAAAACTGTAAAGTTCCTTTTTTAAATTAAGGTTATTTCATAAGAGGTAAATAATGTTTGAGTTAGAATGATAACAGAGTGATATAGAGTGAAATAAAGCTCAAAATACCTAACTAAATATAAACAATTTGGTATATGTATTGATAAATTTAATAAATTTCTGTTATATTAAAATGTAATGAATGAGAAATCTTGACTATTCTTTTATTGAAAACAGAGAAGTTTAATAGATTCCAGTGTTGGTAAAATGTATAATTTGAATAGATTTTAATGAAGTTAAAGAAATTAAAAATTGTAAGAAAATTATTAATGGATGTCTATTGTGTTGTGTGGATAAAGTAAAGAAGAGATTTGACGTGGAAAAGAAATATAAGATTAATATTAAAAATGAAAGATTATAAATATGGTTAGAAAGAAAGAAAAAATG


Gene Sequence:
>Vu_20288(+)
GGGCACCGAAAGGCAAATTGGAAGGCGAAGGGTATTTGATTGTTTGAATTTGGTGAGTGAGGGACACAGTAGAATGGTTATGGGTCAGTCAAAAAGTGCAATCATAAGCATCACTTCACCTTCGCCTTCACCACCACAAAAACTCTAAACTCTTTTCTTCCCTTCTTATTCATTCCCCTTTCCTTCTCACACCTACCTACCCTATCTTCTTCATGCACCACTCAGCCATGGACAACTCTCACCTTCTTCAATTCCTTCCAAACACCACCACCACCACCACCACCACCCCCTTCTTCCACACTCCTCCACACACCACCAACATCATGCACCAACACCACACCCTCTCTAATAACTCCTCCTCCAATCACTTCTACCCCTTTCATGTCTCCCAAATTACCCCGACACCCTCCCACCATGATAGAGCCCTTGCTGCCATGAAGAACCACAAGGAAGCTGAGAAGAGAAGGAGGGAGCGAATCAACTCCCACCTCGATGAGCTTCGCACTCTTCTCCCTTGCAATTCCAAGGTATACATTACACTCCTTATATATGCAAAACTTTCTCTCTTCAACATAATTATAACACTTTCAACTTCAATTCCTAAGAACACCCTTATGTAACCTATGTAGCTGTAAATTTAACATATGTATTTCTTCGATATGTTTGTCATTATTAAATTGATACTGTGCTTGTTTTTGACCAATTTGCAACCTTTTCTCACTGGCTGTATTCACACCTTGTTTTATTCTCAAAGGTTGCATACTTTTTGACCGGCAAATCTAAATGGGCTACACTTTAATTGCCATGAAATATGTATCTGTGGATATGTACTTGGCATACATACAACACAACGGAAAGAAACTCATAAAATCCAAATTGTTAGCTGCATTAGATTCTCATTACTCGTGTCATGTTTCAAATGGAAATCCTAATGGGTTTGGGAAAGTGAGTTTGCTTTTACCAACATGCGATATGATGGTTATTTATAATTTTTGGTTCTTCAGACGGACAAGGCTTCGCTTCTGGCGAAGGTTGTGCAGCGAGTGAAGGAATTGAAGCAGCAAACGTCGGAGATAACGGAGCTGGAGACGGTTCCGTCCGAAACCGACGAGATCACGGTGCTCTCCACCGGCGGGGACTACGGCAGCGATGGGAGGCTGGTGTTCAAGGCCTCGCTGTGCTGCGAGGACCGCTCCGACCTCATTCCTGACCTCATAGAAATCCTGAACTCGCTTCACCTGAAAACCCTCAAAGCAGAAATGGCCACGCTCGGAGGAAGAACGCGCAACGTTCTCGTGGTGGCTGCAGACAAAGAACACAGCATCGAATCCATCAATTTCCTTCAGAACTCGCTCAAGTCCTTGCTAGACAGGTCCAATTCCAGCGACAGATCAAAACGTCGCCGTGGCCTAGATCGAAGGCTAATGTCTTGAGCGCACACACACGCACACAAATCTTCCATTTCCGTAACTACACGTGCAAATGCATGCTTGCAAGCATCGCCCTTAATGTGTTTGTTTATGTAAAGGGAGTTGAACTAAGACGGATTACATTATATGATTTTATATTATAATTGTTTAGGTTGTTATTAAGGTAGTTAGGTAGGTAGTTAGGGTTTGTGTGGTGTTTGTTTGGAATGTTTGCATGTGAACTTAGTGTTGCATGTAAGTAGGAGAAACAGGATGGTGAGAATCTGAGAGGAGAAAGGAATGGGGTTTTGTTTAATTACGTGCTGTGCAAGTTGTGGCTTGTGACAGTGAGAGAAAGGAGCCTGTCTGTTCTGTAAAAGCAATGCTTCTGTGAGTTTCCAAGCTGTAGAAAATGGCATATTCGTTTCTCTTTCATGC