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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_19629 LG5 10124179 10130002 PREDICTED: BEL1-like homeodomain protein 9
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   negative regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription by RNA polymerase II, fruit development, vegetative to reproductive phase transition of meristem, pattern specification process, floral whorl morphogenesis, internode patterning, xylem and phloem pattern formation, floral whorl morphogenesis, shoot system development, regulation of transcription by RNA polymerase II, shoot system development, secondary shoot formation, floral whorl morphogenesis, secondary shoot formation, vegetative to reproductive phase transition of meristem, internode patterning, xylem development, vegetative to reproductive phase transition of meristem, vegetative to reproductive phase transition of meristem, regulation of transcription by RNA polymerase II, maintenance of floral meristem identity, negative regulation of transcription, DNA-templated, fruit development, floral whorl morphogenesis, negative regulation of transcription, DNA-templated, fruit development, negative regulation of transcription, DNA-templated, maintenance of inflorescence meristem identity, plant organ formation, regulation of transcription by RNA polymerase II
Cellular Component   located in   cytosol, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   protein binding, protein binding, sequence-specific DNA binding, protein binding, DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific, DNA-binding transcription factor activity, protein binding, protein binding, protein binding, protein binding, protein binding, protein binding, RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding, RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding, protein binding, protein binding, protein binding, protein binding
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 10124321 3_prime_UTR_variant
G/A 10124521 3_prime_UTR_variant
G/T 10125447 synonymous_variant p.Gly363Gly
A/T 10125503 missense_variant p.Cys345Ser
G/A 10125935 intron_variant
C/T 10125947 intron_variant
C/A 10126167 intron_variant
T/G 10126394 intron_variant
A/T 10126597 intron_variant
G/T 10127266 intron_variant
C/A 10127271 intron_variant
C/T 10127723 intron_variant
A/T 10127724 intron_variant
T/A 10128186 intron_variant
A/G 10128188 intron_variant
C/T 10128192 intron_variant
T/A 10128202 intron_variant
C/G 10128358 intron_variant
G/T 10128694 intron_variant
C/A 10128698 intron_variant
C/T 10128804 missense_variant p.Gly238Glu
G/A 10128869 synonymous_variant p.Leu216Leu
G/C 10128972 missense_variant p.Ala182Gly

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_19629.1
MAEGFEHYHVPQQSRRDKLRVFPQNHPSFLESSSILHPTSPNLTSLYDPSLLPSDFLACATQQPPAAKGEGSNLMMGFVEGGVVNGDAIHVINSNTNHHHNNPFLYQLQNLREFGDGYNDASEMMVFKPEPLSLSLSSQSNNTHHPLELNLQRFGAVIPGLVGRNSEVSRNSVPLGPFTGYASILKESRFLKPAQQLLEELCDGGVREIYATEKSLAPDASLMEPPHEGLSASGVVGGDDPLGDYENESRKKKCRLLTMLDEVYRRYRQYYQQMHAVITSFEYVSGLGNAAPYASLAINAMSKHFKCLKNAITDQLQFINKAPFQISNRKDESPRLHNSDRGTYCQRPGFLEHQQPVWRPQRGLPERAVSVLRAWLFEHFLHPYPTDTDKLMLAKQTGLSRNQVSNWFINARVRLWKPMVEEIHMLESQQAQKRPQREEQSRRNLSGGDHLPSDNSLVTENIPSTSMEKFQDAPYKQHRNEIANMQVRGQEQLNQTNTSNQQMGVGVSINNGVSLTLGLHQNHGIGLSEPFGMSAAQRFGVALQPEGYVISGFESQNRHFGRDVIGGGQLLHDFVG*


CDS Sequence:
>Vu_19629.1
ATGGCTGAGGGTTTTGAGCACTACCATGTCCCACAACAAAGTAGGAGGGACAAGCTAAGAGTTTTCCCTCAGAACCACCCTTCTTTCCTTGAATCTTCCTCTATCCTTCACCCCACTTCTCCAAATTTAACCTCTCTCTACGATCCTTCTCTTCTTCCCTCTGATTTCTTGGCTTGTGCCACCCAACAACCTCCCGCTGCTAAGGGAGAAGGTTCCAATTTGATGATGGGGTTTGTCGAAGGAGGGGTTGTCAATGGTGATGCAATTCATGTTATCAACAGTAATACCAACCACCACCACAACAACCCTTTTCTCTATCAGCTTCAGAACCTTAGGGAATTTGGTGATGGCTACAATGATGCGAGTGAAATGATGGTGTTCAAGCCCGAGCCTTTGTCTTTGTCTTTGTCTTCCCAGAGTAACAACACTCATCACCCTTTGGAACTGAATCTTCAGCGATTTGGGGCTGTTATTCCTGGTTTGGTTGGAAGGAACAGTGAGGTTTCGAGGAATTCGGTTCCACTTGGACCCTTTACGGGGTATGCTTCGATATTGAAGGAATCGCGGTTCTTGAAACCTGCACAGCAATTATTGGAAGAGTTATGTGATGGTGGGGTTCGTGAAATTTACGCTACCGAGAAGTCTCTCGCTCCTGATGCATCGTTGATGGAACCTCCTCATGAGGGTTTGAGTGCCAGTGGAGTTGTTGGTGGGGATGATCCACTAGGGGACTATGAAAATGAGAGTAGGAAGAAGAAGTGTAGATTATTAACCATGCTTGACGAGGTTTACAGGAGGTACAGGCAGTATTATCAACAGATGCATGCAGTGATAACATCATTCGAGTATGTTTCTGGTCTTGGTAATGCAGCCCCATATGCAAGTTTGGCTATAAATGCCATGTCCAAACATTTTAAATGCTTGAAGAATGCTATCACTGACCAGCTTCAGTTCATCAACAAGGCTCCTTTTCAGATTAGTAACAGAAAGGATGAATCTCCAAGGCTGCACAACAGTGATAGGGGCACTTACTGCCAAAGGCCAGGGTTTCTTGAGCACCAGCAGCCTGTTTGGCGACCTCAAAGAGGCCTTCCTGAGCGTGCTGTCAGTGTTCTCAGGGCCTGGTTGTTTGAACACTTTCTTCACCCTTACCCTACTGATACCGACAAGCTTATGTTGGCTAAACAAACTGGTCTATCTCGCAACCAGGTGTCTAATTGGTTTATTAATGCAAGAGTAAGGCTTTGGAAGCCAATGGTGGAAGAAATACACATGCTAGAATCACAGCAAGCTCAGAAAAGGCCACAGAGGGAAGAACAAAGTAGGAGAAACTTAAGTGGTGGTGATCATTTACCTTCAGACAACTCTCTTGTTACTGAGAATATTCCATCTACCTCCATGGAGAAGTTTCAGGATGCCCCTTATAAACAACACAGAAATGAAATTGCTAATATGCAAGTGAGGGGTCAAGAACAGCTGAATCAAACGAACACAAGCAATCAGCAAATGGGTGTTGGAGTGAGCATTAATAATGGTGTGTCTCTCACACTTGGTCTTCATCAAAATCATGGTATTGGTTTGTCTGAGCCCTTTGGCATGAGTGCAGCTCAACGTTTTGGTGTTGCCCTTCAGCCTGAGGGCTATGTTATAAGTGGTTTTGAATCACAAAATCGACATTTTGGAAGAGATGTTATTGGAGGAGGGCAACTGTTGCATGATTTTGTAGGCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_19629::LG5:10130002-10132002(-)
TAGAAAATTTTATTTTTGATTTTAATAAATATATTTTTATTTTTTTTTCTTGTTAAAAAAACTCTATATCACCTTAATAATAATTAAATTTAAAATTCAAATATTATTTAATATAATTTTATATTTTAATAATTATTAAAATATGATTTATATTTTAATAATAATTATATTAAAAATAAAAAATAAAATAATTAAAAATAAAAATAATAACAAAAAAGTAAATTATATTAAATAAAATATTTAATATATTCAAATATATTAAATTATATTAAAATATTAAATTAAATTAAATAATTATTAAAATTTAAATAATAAACAAAATTTTAAAACCGTTATTTATCAAATATCAAATAAAATAATATTAAATAAAATATTTAAATATATTAAATTATATTAAAATATTAAATTAAATTAAATAATTATTAAAATTTATATATAAAATAAAATTTTAAAACCATTTTTTATGGGATATGGATATCCGATTTATAACTTATCGGATATTAATTAACAAATTTTTCAAAATTTTATTTTTTTAAATTTTAATAATTATTAAATTAATTTAATATTTTAATATAATTTAATATATTTAAATATATTAAATAAGATTTTAAGTATTATTTTTATTTTTATTTTTATTCTTATTTTAGTTATTAATTTTTAATTTTTTTAATAAAATTATTTTAAAAATATAAATTATATTTTATTAATTATTAAAATATATAAATATAATAAGTATATATTATAATTTTTATTTAAGTTTAATATTTATTAAATTTTAAATAAAAAGCAAAGTATTAACATATTTTATAGATTTTAATATATAAATAAGTTTTATAAAATTTTTATTTTTATTTAAAATTTAATAATTATTTAATTTATTTTAATATTTTATTATAATTTAATATATTTGAATATATTAAATCAAATTTATTTTTATTATTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTATTTTTATGTTTTTAATATAACTATTATTATAATATAAATTATATTTTAATAATTATTAAAATACAAAATTATTTTAAATAATATTTAAATTTTAAAATAAATTAAATTAAATTATTATTAAGGTAGTGAGTTTTTAATAAAAAAGAAAAAAAATGAAAAATATTTATTAAAGTTAGAAATAAAATTTTTAAAAAGTTGGAGATACAGAATAATGATGAGATGTCAGAAGGTTAAAAGTGAAATTTTTGGAAATGTAGGATGATATTTTGGAAGTGTAGGATGAAACACTCCAAAAAAAAATAATATAGGAGTGAAAAGAAAGACCCAAAAAAAAATTCAGTTCATTATCCATAGGCTATAAAAAAGGAATATAAGGAGGCAGTTTGAAAATATTTTTTTATTGTTCTATCATTACATACCCTCAATTAAAAAATAATTAAAAAATAATTAAAAAAAAACAGATGAAAGAGGAGTCCATTTTAGTGAATAGAGGCATTTAAGGGTAGTGATGCAGAAGAGGATGAGTGTTGAGAACGGCAAAACCCTTTCTTTCATTCACCGCTCTGTTCCTTCCCTTCTCATCACGTGCGTCATCCTATCACTTTTATTCATTTTTTTATATTATTATTTGTATTTAACACTAGTCACTTCTATAAGCAACAACTTTTTCTTTATATATTCTTATTTTATTCAAAGTTAGCGAAAATTATAAATGATTTATTATAAAATAAAATTGATACTATGAAATTAATTTATATAAAAGTAAGTATCTATAACAGTGATAGTATAGATAAAAAATATTTATCATGTAAAATATAAAAGAGTAAAATCTTAGTTTAATATAATTGTAAATGATTGTCTAATCTGAGTGTTGAATAGTAAACAATAAAATAAACTGATAAAGACAGAACACAAGAGGCTTGAGAAGACGACAAAACTGAGAAACCCGGTTGTCAGAAATATCTGCAACACACAGGAGCAACGTTGTTCGATTATTACCGGAAATAGCCGGTCTTTCTCGA


Gene Sequence:
>Vu_19629(-)
GCCCCAAGGTGTATCATGAACACCTTCCCTTTGGAGTTTGAAGAGAGAGAAAGGGAAGGAAACTGAAGAATCCACAGTTACTTGTTAAAAACAGTGCATAGAGAAAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAAGGTGTGTTTGCTTGTGAGTGAGTGTGTGAGTTTGTGTGCAGTGGTTTCAGATGCGTGTAGAGACCAAACCCCATACCACACCCCAATTTCTCAAATCACTTCACTTCACGTATCTCTGTCACAAACTGCGCCACTTTCTCTGCTGCATAAGATCATGATAATTATTATATCCTTTCCTTTCACAGTCACCATCACTTCCACTATTCTTCTCTGCAACTTCCGTCACCTCTTCTGCTCCACTCGCTTTCCCTCTTCTCCTTCTTCATCTGCAACATCATCACCAACTACACCAACCCCTCTCTTTTTAACTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTATGGCTGAGGGTTTTGAGCACTACCATGTCCCACAACAAAGTAGGAGGGACAAGCTAAGAGTTTTCCCTCAGAACCACCCTTCTTTCCTTGAATCTTCCTCTATCCTTCACCCCACTTCTCCAAATTTAACCTCTCTCTACGATCCTTCTCTTCTTCCCTCTGATTTCTTGGCTTGTGCCACCCAACAACCTCCCGCTGCTAAGGGAGAAGGTTCCAATTTGATGATGGGGTTTGTCGAAGGAGGGGTTGTCAATGGTGATGCAATTCATGTTATCAACAGTAATACCAACCACCACCACAACAACCCTTTTCTCTATCAGCTTCAGAACCTTAGGGAATTTGGTGATGGCTACAATGATGCGAGTGAAATGATGGTGTTCAAGCCCGAGCCTTTGTCTTTGTCTTTGTCTTCCCAGAGTAACAACACTCATCACCCTTTGGAACTGAATCTTCAGCGATTTGGGGCTGTTATTCCTGGTTTGGTTGGAAGGAACAGTGAGGTTTCGAGGAATTCGGTTCCACTTGGACCCTTTACGGGGTATGCTTCGATATTGAAGGAATCGCGGTTCTTGAAACCTGCACAGCAATTATTGGAAGAGTTATGTGATGGTGGGGTTCGTGAAATTTACGCTACCGAGAAGTCTCTCGCTCCTGATGCATCGTTGATGGAACCTCCTCATGAGGGTTTGAGTGCCAGTGGAGTTGTTGGTGGGGATGATCCACTAGGGGACTATGAAAATGAGAGTAGGAAGAAGAAGTGTAGATTATTAACCATGCTTGACGAGGTATTTTTCTTTTTTTCGAGGATCTGAGTTATGGTTCATTGAAATTTTCTTGAAATGGGTTTCACGTTTGATGTTATTCCTATCAATTTTTTGGTTTTTGTGTTTGTGTGCTTCATTCTGATAAGTGTCAGTGCGTTACTGTTTTAGAAAAATTTTGAGTGAAAATTGGATCGTTGATTAAAGTTACCAGGGTTTTTTGCCTTAAAAGGTTAAGTCCTAAGTTATCATAAATGTTTACTTAATGATAGCATTAAGGGTTTGATATCTGTACTAGCTCTCGATCTTGTGGAATTCATGAAGTTATTGTGGGTTTGTGGTGTGATGTTTTTGTAATTTGTATGTGGCTGAGCTTTTGTTATAATGTTCTATTTGGTTTAAGATGCTTGTATTTGGTGGTATAGATGACCTCGGTGAACTTGGTTATCTTTTTGGAAAAGTTATTGGCAGGGAATATATGCACGAAGATTGGGAGTGTAAAGTGCCTGACATCTATAGAAAGATTTTCTAGCTAGTGACTATGTCATCCAGATTGGTTTGGGTAATTAATGTGCATAAAGTGATTGAAGGAATCCATTGGAAAAGATTTATACTCCGTAAAAGTGTGTTTTTGATAAGATCGTGTCTACGATTAAAGAAACTTACATATGACAAGGGTTTTTAGCCTTTATCTAAGTTGGCTTTAGATTGGGATTGGGATTAAAGTAACTCTCTGATTGTTGTGATTGCCATTTTAGTCTGGCAATATTAGATTCTGGATGCTATAATAATTGCATGTAATGTCATGATGATGCTTCACTTTATGTTTGGCAATTTTACTACTTGCAAATTTATTCTGCGAAATGAAACTGGTTTTCTCACATGAACTTGGAACTATTAATTAATTTCTTACAGGCCATATTAAGGGTATATGATGAAATGATTATATGTAGCCTATACATGGCTTAGACTTTTAGTAGTGAATATTAAAATTAATTCTACATTAAATATGAATTAACTTTTCGAAGTTTGATGAAGTTATATTGTAATATTATTTTAATACCATGCTTTTCGAAATATGCTACAAACGTACCCCTTATAGCCAATCATAATACCTGTGGTGTTATACGTACTGTGTGAGAGCATAGTGGGCTTTATGTTGTCAAGTGTAGGGTATCAACGTACACATGCATTGTGTCCCGATCAGTTGCTTCTAAGAATAAATATGGCCTTGAAAAGTGAAAAAGTTGATGAATAATAAAATGGTATATATCTACATGTGGCATTAGAGCATGTGACTTGTCACGTTAATTAATTATAAGATTGGTAGTGTTGTTGTACCATTCGGTAGTTGTCATGTTCGTGTATGATTTATGGTTTTGCTTTGGTGGGAACCTATTCTTGCTTAAGCAGTCATGTATGCTAGTTCAGTCCTTTCAGGGTGGAAATATAGGGCATGGACATGTTTTATATCATTTAAATGGAAAGCTATTTATTGGACTTGATCTAGAAATTAAAATTATAATGCAGAAATTGAAATCCAATGGTAAACCTTTGGGAACATGTGAAGTGGAGATGGAATCAATAGTGGAACATAACCAATACCTAACCCACTAGGGTTGGCCTGGGGGGTTGGGTAGTTTATATGGGGTCTTAGGTTCAAATCCATTACTGTTTCTGTACACAACAAAAACAAGATAAAAGAAAAAATAATACTTATTTGGCCATCTCAGCTCTTCAATGATAGTGTGTGTAAACCATTCCAGTGTTCTAATGTTTATTTGTTTTCATTTTTTATTGGTAGGAAAGAGTTACAGAAAAATTATTGAAAGATGAAAAGAATAGAAGGGAAATGGAATAAGAATGTTTACTATAGTTCAAATACTGTATTTTCTTTATAGAAACTACAAATACTGCTTCGTCCCTACAACACCACAGTTCCTGGACTGGACAGTGCATTACCCACAGACCTGTGGGTCCTGGCCTTTGTGCAATGATTGTATTGTTGCAAAATGTGGTGTCAATCAAAGTGATGTGTATAAACAATGACTCCAAATGTGAATACAACTTAAAATTTATCTGCAAACTAACTCTTATAATAATATTTAAACTGTGCATTATAAGTGGAAAAGTTAAGTTATACCGAGTGAGCCTTTTTGTTTTCTTTTATTATATTCACTTTTCTCCTGATTTCAGTTCAGTGATTGTCATCTTATGCCAAACAGTTGTTAGTTTTTTTTTCTTTCTTGTCATTTGACATTTTGAATTGCAGCTTCTCTGATTCATATTTATTTATTGCATGTGATATACATATATACAAGAACTTATACAACATCATTTTGTGTGTGTCTCTATTACATAATTTATTTCAATTCAAATTTTTCCACTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTAGTAAAATTTGTTGCACTATATTCTCTTGTCACGTGATGTTAATCTGTGCATGGTCAGAATTTCTTACTATTAAAATATTAATCTCCAAGCACTACCAACAGATCTGAAAATTTTGAATTTGACTTGCAAAAAACTCTACAAAGTCAAATTTACTGGACAGAAGATGAAACTTCTTCCTAGCTCACTGTTGTACAAAATCTTGGACATCAACTCTTTCATGACTATGGCTTTAAACTTCCATCTTATTAGATTCAAGGGCTAAAATGTGAAGTTCTGTGTGCCAAGTTGTTTAATTTGGTTGTTATTTCTATTCTCTTTAATTTGTTTGTCTTGAGCCTTGTAGCATGTTTACCAAATCTATATATATGAATAGTGATTTCCCTTGTTGTGTGGAGTTTTGAGTGTGACAATCATATACTTTGCATCGATAATCTGAACTCTGAATGTATACAGCCCAATTAAATTGAAAAGTTGATAAAGTTCATGATCAATTGCAAAGCTCCATGTGCTTCTTCAAGCTTTATTTGAATTGTGATATGGTAATCTAGTCTCACCTCAAACTTTACAATAATTTCCTTGTGAATCATCAACAAACAGGTTTACAGGAGGTACAGGCAGTATTATCAACAGATGCATGCAGTGATAACATCATTCGAGTATGTTTCTGGTCTTGGTAATGCAGCCCCATATGCAAGTTTGGCTATAAATGCCATGTCCAAACATTTTAAATGCTTGAAGAATGCTATCACTGACCAGCTTCAGTTCATCAACAAGGCTCCTTTTCAGATTAGTAACAGAAAGGATGAATCTCCAAGGCTGCACAACAGTGATAGGGGCACTTACTGCCAAAGGCCAGGGTTTCTTGAGCACCAGCAGCCTGTTTGGCGACCTCAAAGAGGCCTTCCTGAGCGTGCTGTCAGTGTTCTCAGGGCCTGGTTGTTTGAACACTTTCTTCACCCGTAAGTGCTATTTAAACTTCATAGCCAAACTTATGTGTTTAGAATACTACTGAATCATTGTTCTCTTGATGCAGTTACCCTACTGATACCGACAAGCTTATGTTGGCTAAACAAACTGGTCTATCTCGCAACCAGGTGAAGATTCAAGATAAAATAGTGTTCATCTTATGAATATTTTCACATCTGTTTGATGGATTCTGTAATTGTTTATTGGCGTTTATCTCGTCAACAGGTGTCTAATTGGTTTATTAATGCAAGAGTAAGGCTTTGGAAGCCAATGGTGGAAGAAATACACATGCTAGAATCACAGCAAGCTCAGAAAAGGCCACAGAGGGAAGAACAAAGTAGGAGAAACTTAAGTGGTGGTGATCATTTACCTTCAGACAACTCTCTTGTTACTGAGAATATTCCATCTACCTCCATGGAGAAGTTTCAGGATGCCCCTTATAAACAACACAGAAATGAAATTGCTAATATGCAAGTGAGGGGTCAAGAACAGCTGAATCAAACGAACACAAGCAATCAGCAAATGGGTGTTGGAGTGAGCATTAATAATGGTGTGTCTCTCACACTTGGTCTTCATCAAAATCATGGTATTGGTTTGTCTGAGCCCTTTGGCATGAGTGCAGCTCAACGTTTTGGTGTTGCCCTTCAGCCTGAGGGCTATGTTATAAGTGGTTTTGAATCACAAAATCGACATTTTGGAAGAGATGTTATTGGAGGAGGGCAACTGTTGCATGATTTTGTAGGCTGAAGATTTCTTCATTCTTCAATCTACTAACCTTGCTTAGACTTGGTTTAATTTGGTTATATTATATAACTAACCATGTTTCTGTTGCTGTAATCAACCATCACAAATTAGGAAGCGAAAGTGATTGAAAAATAGGCCTTCTATGGTGCTACAAAGTTTGGGAAGAACTAGTCTTTATATTAAGGCTATACAACAAGTACAAGACTGTAAAGTCATTGTAAATTCATTTTAGGGGAAAAGTGTTGTCAGGCCTTTCTATCGATTCACCCTTCTGTTGGCATTGTTGGCAACACAAGGTTAAACATTGTTTCCCTTTTTGCTTTAACCAAACTGGTACATGGATTTCAATGTGAAAGTTCAATCTTGTAGAACATCGCAATTTTTTGGTATTATATATCCCTCCAGTATCTGAACTCAACAAAATTATATATAAAAAAATGTATTTATCTATTACTGTG

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