Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_19450	LG5	6687650	6689953	PREDICTED: putative receptor protein kinase ZmPK1	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/A	6688197	missense_variant	p.Thr586Ile
A/T	6688298	missense_variant	p.His552Gln
C/T	6688690	missense_variant	p.Gly422Arg
G/A	6689183	synonymous_variant	p.Gly257Gly
A/T	6689394	missense_variant	p.Val187Asp
A/T	6689455	missense_variant	p.Tyr167Asn
G/T	6689914	missense_variant	p.Leu14Ile
G/T	6689941	missense_variant	p.Leu5Ile

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_19450.1

MGSSLSVENPHHILISPNAIFSAGFIAVGENAYSFAIWFTEPHFHSPSTVTWMANRDQPVNGKRSKISLTNDGNVVLVDASYNTAWSSNTDSLDPVELHLRDDGNLVLRQLQGTVLWQSFDFPTDTLVPGQPLTRYTHLLSSRSHTNHSSGFYKLYFGDDNILRLLYDGPDVSSSYWPSPYRVSWDVGRTLFNSSRIAVLNSFGVFHSSDNFTSVTSDYGTMLQRRLKLDPDGNFRVYSRNSVLEKWYVSWQAITNGCQIHGVCGANSTCAYDHERGKKCECLPGYRWNNLSDWSHGCKPMFDLTCDQNESTFLEMQGVEFYGYDFYYVEVSNFTACEKLCLQNCSCVGFQHSYTDKKGIAFKCYTKTQLLNGRRLPRFTGTTYLRVTKGYTFSVKESSTDSAHVLRVCSVQLQRDYVKSHGSRIVIVFLWFASALGAFEMVCAFVIWCFLIRTNRKSNADQKGYHLTATGFRKFSYSELKKATKGFSKEIGRGGGGVVYEGILSDERHAAIKRLNEAKQGEGEFLAEVSLIGKLNHMNLIEMWGYCAEGKHRLLVYEYMENGSLAQNLSSNSLDWSMRYNIAIGTARVLAYLHEECLEWILHCDIKPQNILLDSNYEPKLADFGLSKLLNRNNPNNPSISMIRGTRGYMAPEWVLNLPITSKVDVYSYGIVVLELVTGKSTSVQEIDGGETYDGRLVAWVREKRSNTNSDWVEQIVEPAIGPDYDRSKMEMLATVALNCVMEDRDSRPTMSQVVEMLQGHGSESDQ*

CDS Sequence:
>Vu_19450.1

ATGGGTTCTTCCCTCTCTGTGGAAAATCCACACCATATTCTCATCTCACCAAACGCCATCTTTTCTGCAGGCTTTATAGCCGTTGGTGAGAACGCATATTCATTTGCAATATGGTTCACAGAGCCTCATTTTCACAGCCCCAGCACTGTCACATGGATGGCAAACCGTGATCAACCTGTCAATGGAAAACGCTCCAAAATTTCCCTCACAAACGATGGCAACGTTGTCTTAGTTGATGCTTCTTACAACACTGCTTGGTCTTCAAACACCGATTCGTTAGACCCAGTAGAGTTGCATCTCAGAGACGACGGTAATCTAGTGTTACGCCAGCTTCAAGGAACCGTTCTGTGGCAAAGTTTCGATTTTCCGACCGACACTCTCGTTCCTGGTCAGCCTCTTACCAGATACACACATCTTTTGTCTTCAAGAAGCCACACTAACCATTCATCTGGTTTCTACAAGCTGTATTTCGGCGATGATAACATTCTTCGTCTTCTATATGATGGCCCTGATGTTTCAAGCTCCTACTGGCCTAGTCCCTATCGTGTAAGTTGGGATGTTGGTAGAACTTTATTCAATAGCAGTAGAATTGCTGTGTTGAATTCTTTTGGGGTCTTTCATTCCTCAGATAACTTCACTTCTGTAACATCAGATTATGGAACCATGCTGCAGAGAAGGTTGAAACTGGACCCTGATGGTAATTTCCGAGTGTATAGTCGAAATAGTGTGTTAGAGAAGTGGTATGTTTCGTGGCAAGCAATTACTAATGGCTGCCAGATTCATGGGGTTTGTGGAGCCAACAGCACGTGTGCTTATGATCACGAGAGGGGGAAAAAGTGTGAGTGTCTTCCAGGGTACAGATGGAACAACCTCAGTGATTGGTCTCATGGGTGTAAGCCCATGTTTGATCTCACCTGCGATCAGAATGAGTCTACCTTCTTGGAGATGCAGGGTGTGGAATTTTACGGGTATGATTTTTATTATGTAGAAGTTAGTAATTTTACGGCTTGTGAGAAACTGTGCTTGCAAAATTGTAGTTGTGTAGGGTTTCAGCACTCCTATACTGACAAAAAGGGCATAGCCTTCAAGTGTTATACCAAAACACAATTGCTCAACGGAAGGCGTTTACCCAGATTCACAGGAACAACATACTTGAGAGTGACCAAAGGTTATACGTTCTCTGTGAAAGAATCTTCTACTGACAGTGCACATGTTCTTCGAGTTTGTTCAGTTCAACTTCAAAGAGATTATGTAAAGTCACACGGAAGCCGTATTGTGATTGTTTTTCTGTGGTTTGCTTCCGCACTTGGAGCTTTTGAAATGGTTTGTGCTTTCGTGATTTGGTGCTTCCTAATTAGAACCAACCGAAAGTCTAATGCAGATCAAAAGGGGTACCATCTTACAGCAACGGGATTCAGAAAATTTAGCTACTCCGAGTTGAAAAAGGCTACAAAGGGGTTCAGTAAGGAGATTGGAAGAGGTGGGGGAGGGGTTGTGTACGAAGGTATTTTATCAGATGAAAGACATGCAGCAATTAAGAGACTGAATGAAGCTAAACAAGGAGAAGGAGAATTCCTTGCTGAAGTGAGCCTCATTGGAAAGCTTAACCACATGAACTTGATTGAAATGTGGGGATATTGTGCTGAGGGAAAGCATAGGTTGTTGGTGTATGAGTATATGGAGAATGGTTCTTTGGCACAAAATCTTTCATCCAACTCCCTTGATTGGAGTATGAGATACAACATTGCAATTGGAACTGCAAGAGTTCTAGCATATCTGCATGAAGAATGCTTGGAGTGGATTTTGCACTGTGATATAAAGCCACAAAATATACTTTTAGATTCCAATTATGAGCCAAAGTTAGCAGACTTTGGCTTGTCGAAGCTCCTCAACAGAAACAACCCCAACAATCCAAGCATCTCTATGATCAGAGGGACCAGAGGGTATATGGCACCAGAGTGGGTTCTTAACTTGCCAATCACATCCAAGGTGGATGTTTATAGTTATGGAATTGTTGTTTTGGAACTGGTAACTGGAAAAAGCACAAGTGTCCAAGAAATTGATGGTGGAGAGACATATGATGGGAGGCTAGTGGCATGGGTGAGAGAAAAAAGAAGCAACACCAACTCAGATTGGGTGGAACAAATAGTTGAACCTGCTATTGGACCTGATTATGATAGAAGTAAGATGGAAATGTTGGCAACAGTGGCTTTGAACTGTGTAATGGAAGACAGAGATTCAAGGCCTACCATGAGCCAAGTAGTTGAGATGCTTCAAGGTCATGGAAGTGAATCTGATCAATGA

Promoter Sequence:
>Vu_19450::LG5:6689953-6691953(-)

TCCTCTCATAAGTGTTTTCACTCAAACTATATTCAGTATTTTATCTAAAAGATGCAAAAAGATTTGAAAAATGTAAAGATCACTAAAATGTGTACTAAAATTGCCTTAAAACTCAAATTAAGAGTACTTACTTTCATGTGAAAGATTCACCAATCCAAAAAACACTTACAAAGATTTTTATGAAAGAGAAAACTATAAGAATAAACTCATAGGAATTTGAAAAGGACAAACTAAAATTGGTAAAGAAAGAAATCTAAATAAAACTATATATTCTGAATAAGTCTATAATGATTCAGTCATATTTCATTATTGATACACATAAACATAAAATAAACATAGTATGTATATCAATAATGAAATATGAGATATATTTGCTTATAAAACTTAGATCAATACACATATTTTTTTATCAAGAAGAAGCATAATATCCTATAAATTATGTCAAGTTAAACATTAAAGTTTTTTTTTTCTGAAACTTCTATATTTAAAAATAAAATTAAATATATTTTTAATTCCAATAAATTTGAACATAAACTTTTATAATTTTTTATCCTTAAAAGAATAAATATAGTTACTTGTGTCTCCAATCGTAAATTATATATAAAAGATTATTATTCTTGTTACGTAACTTATGTAAATCGAATGTCACGAAATTCTGCATGTCACATTGTCTTTACTGTTCCAAACGTGCCCTTAACCTTTTTTTCTTCTTTATTAATTATCCTTTTCTCTATATTTCTACTACAGAAAATACAACGGAATTTATACAATTTGATCTCAAAAGAAATCTCTGTTTTCAACTATTCGCAACGTGCAACTGAGGGAACAATAAAGGCAATGTTTGTTTTCTCTATTTAGTTGCTAATGAAAAGTCATTAATTAAAAATAAGATAAGTCATTCTTCAAAGTTACGTGGCTTCAATAATTTCGAAAGTCTACATTTTCATCATCTTCATAATTATTTAAGGTAATGCACTAGCATGCAGGGTAGCTATTTTATTGTATGGACGGTTGACAATTTAGAATTTAATCAAATGATATTAAGTCTAATTATGAAAGAACTAAAGTTAAATAAAACCGTATTATGTTCAACTTTTCAAAATTATAATTATAGTTATAATTAAAAATTAGTCAGTCTAAAAGCAGTGAAACTTATTAATCTAATTAAAAATAAGCTAAACATATATGGACTAATATTGATCCATTTAGTTTAGATTACTACTTTTTATACTGATGGCCTATTTTAGTTTCTTATTAAAGAATAGTAATAATTAAAATATTGTTTAAAATTTAATTTTATAGATGTATATTTTTATTTAAATTTATGAAATTAAAAAGTGATTTATATTTTTAAAATTTATCCTAATACAATTTATTGACAAAAATCAAATTTTATTTAAACTAATATTTTTTTTAGTTAACTTAATCTAATCATACTTATACAAAAATTAACCAGTATCATAAATATCACTCTTATAAGAAAATTTACCAATAATAAAAAATTTAAAATTTAATTCAATTACTTTTATTCGAACGATTGAAATAATTAAACACTTATTTAATTTTAAAAAATTGGCTCATGAACATTAAGATTAATTTGTAATTAATATTAAAGAAACTAACAAATACTTTAATTAACTAAATATTTATCTTATTCTTTTAGTGGTAAAATAATACATGTTTATATTTATTTGACATATAATATACAATTAAAATAGTTATTAGAAAAATAAATTTTTTGTACTTTTGAAAAGATAAAATATATATATATATATATATATATATATATATCAAATCAATATAAAAAAAGTGTGTGTGAATCTAATGAACAATCATTTTAGACGTGAAACTGTCTATATATTAGCATGTGTCTTGTTTTACAGTAGTTCAACAACTACACTGAATAACTTGCATTGAATATGACTAAGGCTTTGTCAATCACACTCCTTCTTCTACCATTAATGTATTTCCAGCGTTCATCTTCTTCATCATCCTTGAGA

Gene Sequence:

>Vu_19450(-)