Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_18313 LG4 52078196 52080366 "PREDICTED: protein kinase 2A, chloroplastic-like "
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category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 52078449 splice_region_variant&intron_variant
A/T 52078487 synonymous_variant p.Ser36Ser
T/A 52078759 splice_region_variant&intron_variant
C/A 52078798 missense_variant p.Asp52Glu
G/T 52079134 downstream_gene_variant
A/T 52079416 intron_variant
T/A 52079507 intron_variant
G/T 52079548 intron_variant
C/T 52079602 intron_variant
C/A 52079604 intron_variant
C/G 52079638 intron_variant
G/A 52079724 intron_variant
T/A 52079725 intron_variant
T/A 52079887 intron_variant
T/G 52079888 intron_variant
G/T 52080250 intron_variant
A/G 52080258 intron_variant
A/G 52080323 missense_variant p.Asp253Gly
C/T 52080342 synonymous_variant p.Thr259Thr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_18313.1
MVDGSIFVSLDYTERRRRRRWFPKGIGMKMMEIVRFHRFDSGGSKSRSKTKETSKSTEGKAPLKTLGSNVDKRISSNLKSFTFNELKEATKNFRQENLIGEGGFGFVYKGWIDENTYAPTRPGTGVVVAIKNLKPESFQGHREWLAEVNYLSQLHHENLVKLIGYYSDGKNRLLVYEFMHKGSLENHLFRKGVQPIPWTIRINIAVAVARGLTFLHTLDRNVIYRDLKAANILLDSDFNPKLSDFGLARDGPTGDNTHVSTRAGLLLF*


CDS Sequence:
>Vu_18313.1
ATGGTGGATGGTTCCATTTTTGTGTCTTTGGATTACACGGAGAGAAGAAGAAGAAGGCGATGGTTTCCAAAGGGTATTGGTATGAAAATGATGGAAATTGTGAGGTTTCATCGCTTTGATTCAGGAGGCTCAAAGTCTCGAAGTAAGACAAAAGAGACCTCAAAATCTACTGAAGGAAAAGCTCCTTTAAAAACTTTAGGATCAAATGTTGACAAACGCATCTCCAGTAACCTAAAGTCCTTCACCTTCAATGAACTAAAAGAGGCCACTAAGAACTTCAGGCAAGAAAACTTGATTGGAGAAGGAGGGTTTGGGTTTGTATACAAGGGATGGATAGATGAGAACACTTATGCTCCCACAAGACCAGGGACTGGAGTTGTTGTGGCCATCAAAAACCTTAAACCAGAAAGTTTTCAAGGACACAGAGAATGGCTGGCAGAAGTCAATTATCTAAGCCAGCTTCACCATGAAAATCTGGTGAAACTTATTGGTTACTACTCAGATGGAAAAAACAGGCTTCTAGTTTATGAGTTTATGCATAAAGGAAGTTTGGAAAATCATTTATTTAGAAAAGGTGTTCAACCTATTCCCTGGACTATCCGGATCAACATTGCAGTTGCTGTTGCAAGAGGATTAACATTTTTACATACCCTGGATAGAAATGTTATATATCGTGATTTAAAGGCAGCCAACATCCTACTTGATTCGGATTTCAACCCAAAGCTTTCGGATTTTGGCTTGGCAAGAGATGGTCCTACAGGAGACAACACTCATGTTTCAACCAGAGCTGGGCTTCTTTTATTTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_18313::LG4:52076196-52078196(+)
AACAATATATCAGTGTAATACCTGATAGGAAAGGTTATTACTTTTTTCTAGTTTATGCATTTCATGTTCTAATCTATATTTTTATTCTTTTTATGATTAACTATGAAGTTGTAAATCATTTACCCTGCGATATCAGCCATTATGTTTTCAGCTTAATAAAAGAATATGGTCTAAAGCAACGATTATTATGTTATGCAGCAAGTGGGAGCAATGATTCTTGTCGGTCACAGGTGATTATGTTTCTTAAATTAATTTTCTTGGATTCTTGTTATAGGGGCTTCAACTTAAAGTAAGTTTGATGCTTAAAAAATTATACGATTTTGAAACAATTATAACTTCAATCTGAAGTAATATTTGAAGCTCAATAAACCAAGTTATATGCTACTAAGTTGATTAAAGAAGAACCTTATGTACTCTGTTCGATACAGGAAATCCGTAAGTGTCAAAGGTCATACATTTTTCCCTGATATTTGCTACCTGCCTCTTCACCATAGCTTTACTACACCTGACCAGAGTTATCATCCTTTAATCACTGTCCATCATGCTTCATAGCTCATAACCATAATGCATTTGTTATAAGACTGTAATGTGGCATGATTACAAGGATATTTTGTATAATTGTTTTGTATTACCCCTTTAATTTCACATTTGCAGATATTTGTGTTTATTTTTAAATTTTTGGGTCTGCACCACTTGCCTTTATTTTTCACTTATTTTCTTTGAATTTTTTTCCTATGAATATATTTGGTGTACTGAGCATGAGCAGTTTTCCACATGTATAAATTACATTTCACTTTGTTGTATATTATTATTATAAGTCATTGATCAAAATTTGTTTCATTATTGAAGCATGGGAGGATCAATTGTTGTGCATGTAGCTGCAAGAAGTTCATTGTCCACCTTGGTTGGGTTGTCGTGGATGTTGTAGAGGTTGTAATTTGTAGTTATTATTACTTTCGTGATTACTTTTTTCGTCATTAGAACAAAAGTGCTGATTGTCTCAACAATTGCAGGGAACAACTATGGCTTCACTCATTCAAGAAAATTCTATCAAACAGGATGCAACATTTTTCAAGCATTGAGAAAGTTGTGAGCCCTGTCTCTGTACCTTCACTAGTACAAAAATGACATTTTATAACAAACCTATTATGACGGATAAAAATTATCCATCATAATAGAGAGATATTATAACGTAGTTTTTAAAATCAGTTATAATATGAGACGCGGTGGCAAACTTGTAAATAAGTTTAAAACATATTATAACGTAGTTTTAAAAATCAGTTATAATATGAAAAGCGGTGGCAAACTTGTAAATAAATTGAAAACCTATTATTAATGTATTATATCGGATTTTTAGAAATCAGATATAATATCTCACTATCTCTCTCACTCTCATTCCTCTCTTCACGTTCCCTCTCACTCTCATTCCTCTCTTCCTCTTCGTCTCATTGCTCTCTTCACGTTCTCACTCTCATTCCTCTCACGCAGTGGCTCTTCGTCTCATTCCTCTCTTCACTATCCCTCTCACTCTCATTCCTCTCACGCAGTGGCTCCGCTGCCTCTTTCCTCTCACGCTCCGCTGCCTCTTTCCTCTCACGCAGTGGCTCCGTTGCCTCTTCCTCGAAATCTCTGAAGTCTAACCAAGTAGGTTTTATGTTTTTCCCTAATTTGTTATGTTTTTCTTCTATTAATTTCACTAATTTCTTAGATTGGTGGGGATTGTGTTTCGTTTGGTGGAGATCTTTTCATTCGTACCCTGTTCGCCATTGGTGTTGTTCTCTCCTCTGACACAAAAGATTAAAACTTTGATCATTGGAAACAGCTGCAGAAAACCAGTGGCTCATGTGTCTTCCACAAGTTTCTTTGGTCAGTTTTAATTTGGTTGTTTTAATCGTGTGTGTGTGTGTTTGCCCTCATTTTTCTTTAGTGCAAAATATAAATAAGCCTTGATTTGTTTTTCTTCTGCTTTGATGCTTTGAATTTTGATATTTGTTTTGTCA


Gene Sequence:
>Vu_18313(+)
ATGGTGGATGGTTCCATTTTTGTGTCTTTGGATTACACGGAGAGAAGAAGAAGAAGGCGATGGTTTCCAAAGGGTAAGAGTTAAAACAATAGTTCACAGGCTGTAACCTGGAAGATTACTGGACTAGCTATTTTTCTATGAACCTTCTTGTTCTGTTTTCTTGTTTTTTCGTGTTCTCAAGGCCTTGGTTTCGTAGAACTGGATGGATTCTTTTGTCTTTTTGTTAACTTAAATGTAAGCCTCTAGATTGTGTAGGTATTGGTATGAAAATGATGGAAATTGTGAGGTTTCATCGCTTTGATTCAGGTTCTAAATAATGTTGAATGATTTTCGCCTTTTATTTCTTCTTAGAAGCAGTGACTGGTGTGAACTAACATTCTTAGTTGCCTTTCAACTCTTTGATTTCATCTCTCTCAAAGAAGTGACAATATTTGCGTATATACATGTGTGCCAAATTAATATTTAGACAGTGTTTCAGATTAATTTACGCATAATAGTACAATCTTCTGTACAGAAATAGAGAAGTTACTGTAGTGGCTGATTGTAACTTGCATTTCATTTACTCTCAGGAGGCTCAAAGTCTCGAAGTAAGACAAAAGAGACCTCAAAATCTACTGAAGGAAAAGCTCCTTTAAAAACTTTAGGATCAAATGTTGACAAACGCATCTCCAGTAACCTAAAGTCCTTCACCTTCAATGAACTAAAAGAGGCCACTAAGAACTTCAGGCAAGAAAACTTGATTGGAGAAGGAGGGTTTGGGTTTGTATACAAGGGATGGATAGATGAGAACACTTATGCTCCCACAAGACCAGGGACTGGAGTTGTTGTGGCCATCAAAAACCTTAAACCAGAAAGTTTTCAAGGACACAGAGAATGGCTGGTATGTCCAAGTCCTACACAAACTCTTAAACTGTTGTATAACTTCTTGGTGTTGGTAAGCCTTGACTCATTTTCTGCCCATTATGTTTGCAGGCAGAAGTCAATTATCTAAGCCAGCTTCACCATGAAAATCTGGTGAAACTTATTGGTTACTACTCAGATGGAAAAAACAGGCTTCTAGTTTATGAGTTTATGCATAAAGGAAGTTTGGAAAATCATTTATTTAGAAGTAAGTAGTGCATTTACTCTTCAACATATTTAGTCTGAAATGATGCATTGGGTACCATTGTACAAAGGGGTTGAAATAGGCAAGACTAAGCTTTGGTTGTAGACCTGAACCTAATCTGTTCTAGTTTGAGTTTAGTCTCCATTAAGCCATTTGAATACTAATGTACAAAGGGGTTAGAATGAGATTAAGCCAAACTTTGGTAATCTTAAACCTGGTCTAATTCATAATTGCAAAATCTGAGTCTGATCTGATTGTCTATTATATGTCAATGTTAAAGTCATAACTTTGCTTGTTTGAACGCTCGGCTTAACCTCAAAACCTACTTGCATGACCTCTTTTATATAAGATCTATAAGCCTATAAGTCTAGATTGGCCTTCAAAAAATCATTATTGGTAATTAGGTTTTTATATTAGTATATTGTGGTATATATTTTTATATATTATTTGTATAATGTAATGTTATATATATATAACCAGACCAACCTATCAAGTATAATAGACATTTTGCAGAGTCTCAAGAAACTTAGTCTTTATACATAAACAAGCTTTTTAAAAAGTCTAAACCTTGATTTTTAATAAGCAGTTGAGGTCTAATTTAGACCCTAACATAACTTCTGACTTGTTTAGTATTTACACCCTTATGTTCAACATAGTTGTTTTTGAACTGAACCATAGTTTCCTCCTGATTCATAATACCTTAATTTTGGTTTTATATTTCTGCAGAAGGTGTTCAACCTATTCCCTGGACTATCCGGATCAACATTGCAGTTGCTGTTGCAAGAGGATTAACATTTTTACATACCCTGGATAGAAATGTTATATATCGTGATTTAAAGGCAGCCAACATCCTACTTGATTCGGTATTTAACACTGAAAGTTTGGCTTGTGAATTTGTGAAGAAAACAACACCTGTTGTTTGCATGTATGTCTTCATTCTGAAAGAGTAGAACTATGATATATGTAGGATTTCAACCCAAAGCTTTCGGATTTTGGCTTGGCAAGAGATGGTCCTACAGGAGACAACACTCATGTTTCAACCAGAGCTGGGCTTCTTTTATTTTAA