Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_18094	LG4	46451557	46451841	hypothetical protein	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
C/T	46451588	missense_variant	p.Gly85Glu
G/T	46451609	missense_variant	p.Ala78Asp
C/T	46451612	missense_variant	p.Cys77Tyr
C/T	46451634	missense_variant	p.Ala70Thr
A/G	46451653	synonymous_variant	p.Asp63Asp
T/A	46451654	missense_variant	p.Asp63Val
A/G	46451696	missense_variant	p.Phe49Ser
G/A	46451701	synonymous_variant	p.Cys47Cys
T/C	46451738	missense_variant	p.Glu35Gly
T/A	46451741	missense_variant	p.Tyr34Phe
C/A	46451766	missense_variant	p.Asp26Tyr
G/A	46451767	synonymous_variant	p.Phe25Phe
C/T	46451798	missense_variant	p.Cys15Tyr

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_18094.1

MEGLKHIHEQGFVHCDVKLQNVLVFDGEVKIANYELAKEKGEKQGKCEFRGTPLFMSSESVNDNEYEPPADIWALGCAVMEMVTGKPAWDVSNG*

CDS Sequence:
>Vu_18094.1

ATGGAAGGGCTCAAACATATTCACGAGCAGGGTTTCGTTCACTGCGACGTGAAGCTTCAGAACGTTCTCGTTTTCGACGGCGAGGTGAAAATCGCGAACTACGAGCTCGCCAAGGAGAAGGGGGAGAAACAAGGGAAGTGCGAGTTCAGGGGAACGCCGTTGTTTATGTCGTCGGAATCGGTGAACGATAATGAATATGAGCCGCCGGCGGATATTTGGGCGTTGGGATGCGCCGTCATGGAGATGGTGACCGGAAAACCCGCGTGGGATGTTAGCAACGGTTGA

Promoter Sequence:
>Vu_18094::LG4:46451841-46453841(-)

TGAAAATTAGATAAGACAAAAATTATAAAATAAGAACTCATTATAAAATCATTTTTTGTAAGAAATTGTTTAACAGCTAGTATTTCTGATTTTTTCCAAGTCAATTATCATTTCCTTTATGCCTGTAAAAATTGGATAAAATTAGATAAGACAAAAATTATAAGATGAAAACTCATTATAAAATCATTTTTTTGTAAGATTATTTAAGGGCAAGTGTTTCTGATTTTTTCAATTCGGGCTACAGTAGGGATGACAGAGAAAAGATTGGAGTCAGAAAGATGAAAGAGAAAGGGTTGAGAGGAATGAGAGAGGTGAGTAAGGATTTGGGTTTTTTTTTTATTTTGAGAATAAAAATTATTAAAATAACCTTAACCTTAAAACTTAGAATCCATGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTACATCTTAAAATACAAAAATAAAAAATATTTTTAAATTATTTCAAACATACAAGCTTCCTTCAAGATAAAAGTTGTTTGATAAATTTTTAAAAGAATTACCTTTTTATTATTTAAAAATATTTTTCCTAATGAAAAAAGTTATTTTTCCAAACATTTTCTCATTTCACTTTCTATTTTTTCATAAAGAGGTACAGTAATATAATCGTATTGTTGCATTAATTTTAATTTGAAATTTGGTAGCAAAAATTATGCTCATTACTTGTCTCTAATATAAAAATAAATAAATGTATTAAATTATGCCTATTTACAACCATGACGTTTTTTTAAACTATCTTTAATTAATAACATCTTATTTTGATGATAATATGCAAATAATAACATATGACCTCGAATAAAGAAATTTAAAATATGTTGCTGTGTATATATTTTTGTTCACTAATATTTGTATATAAATAAAAAATTAGAAAAATTAAATAATGTTTTGCATTTAATGTAAAATATTATTTAGCTTTTCTAATTTTTTTTAGTGACGGCAATACATTGGAAAATAAGCTCAGTAGAAGTTCAGAATCAAACGAATTGATTTTAAGCTCTGTATGTATAACTTTTTCTGCCGTATAAAAAAATAATTTTTATTTGAAGAAGAAATCCAAGAAAGGAAACAATAATTCGAAGAAACAAAATCCTTTTTCAAGTAAAGGGACTTTACAAAAGATGATAACTAATATGGAGCAATTAACTATGACCTCGTACTTAATTATGACTCACTTAACAACTAAGGTATATTTAGAGATGACAATTTTATCCGCGGACATGGATATCTGTGGGTAAAATCCGCGGCGGATAATAACTATCTGCGAATATTTACTATCCGCGGGTAACGGGTAATGGTTATTTTAATACCCGCTTCTAAACGGGTCGGGTACGGATAGTATACTACCCGTCCTGAGGGTACCCGCTACCCGTGAAAAATTAAAAAAAAAAAATTTATATATATTTTAATTAAAGTAATTAAAAATAAAATAAAATTATATTTTATTAGATTAAATTTAATTAAAATTAAATTTTAATTTATATTTAATTTATATTATATTATATTATAGGTTTAATGTCTCCTTACGTCCTTATTTTCGCCCAGAATCTCAAATAGGTCCCTTTCTTTTTCAGCCTCTCAATTGAGTCCTTATTTTTGTAAAATTGAATCAAATAAAGACTTTTCGTTAAAGTGATCAAACGACGTTAAAGAAGATGTTAGGTGGCATGCTGATAGTGTGTAATTTTTTATTACGTGGCATTAAAAACGTGAGTGAATTATATTTTTTTTAATTTTTAAATTAAAAAATGAAGTATACATAGTAGAAACACGTTTTTAACAAGGGCAAAGTTGGAAATGAATTAGGGAAGTTGAGGTTTAGGGTTGGGAAGAAACAAAAGTGCGATCTTCTTTCGAACAAGCCACCGAAGGGTCCTTCACCGACAGGGTCAAGAAACATGGTGGAAGCCTCCCGGAGCCTTTCGTTCGACGATACACAAGGTCTATC

Gene Sequence:

>Vu_18094(-)