Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_17524 LG4 36921347 36922944 transcription factor PRE5
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category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 36921530 intron_variant
T/C 36921882 intron_variant
C/T,G 36922101 intron_variant
T/G 36922102 intron_variant
C/A 36922106 intron_variant
A/T 36922109 intron_variant
T/G 36922116 intron_variant
C/T 36922122 intron_variant
T/G 36922179 intron_variant
C/A 36922205 intron_variant
C/T 36922243 intron_variant
A/G,* 36922273 intron_variant
G/A 36922468 intron_variant
T/C 36922469 intron_variant
T/C 36922909 synonymous_variant p.Ser12Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_17524.1
MSSRRSRQQSASTRISDDQIIDLVSKLRQLVPEIRDRRSDKVSASKVLQETCNYIRSLHREVDDLSERLSQLLATIDADSPEAAIIRSLIN*


CDS Sequence:
>Vu_17524.1
ATGTCTAGCAGAAGGTCAAGGCAACAATCTGCATCAACAAGGATCTCAGATGACCAAATCATCGACCTTGTTTCCAAGTTGCGTCAACTTGTTCCTGAGATTCGTGATAGACGCTCTGATAAGGTATCAGCATCTAAGGTCCTACAAGAGACCTGTAACTACATCAGAAGCTTACACAGAGAAGTGGATGACTTGAGTGAAAGACTGTCTCAGTTGTTGGCCACAATTGATGCTGATAGTCCTGAAGCTGCTATAATTAGGAGCCTAATTAACTAG


Promoter Sequence:
>Vu_17524::LG4:36922944-36924944(-)
TGTCAATTTTTTTACTTCCTTAATTACGGTTTAACACAGTGATACATACAGTTTGAGATAAACATTGTATCATTTTAGAGCAAGAAATTATAACAATAGAATCAAAATGTGATGTTTTAAAAAAAATAAACAATATATATATATAGGGAGACAAAAAGAGAAATTAAATTTAATGATTAAACAAGTGAGATCCTTGGTTAATTAATTTAATTAGTCGAACAAAATTAATCATATTCTGAAGGCACCATTATGTAAGGCGACTTGGACCTAGGTTGATTAATAATTTAATATAGTAGGTAGGAAACATTAGTTATGGCCATTTTATTCTCTATGGCCCTCACTTTGGATATGGGAGTTGAGGGTAGGAAATGAAGTTAATCGAGTTTGATTAAGTAGGGATCAAAAGGACTTAATTACTAACCTAAACTATATATATGTTATAAAGTATTTAAGATTTGAATTTTTATTCGATGTTGGAGTTATATATTATGTGTTAATGTCACGTTGTTTGGTAGAAATAGATTTTAAATCTAGTTTAATTTCATAAAATCGGTTCGTAGGATAAGATTTACACTCACTTATAAATTATGAATTGGTCTTATTTTTAGTCATTTAAATATTGTTAATAAGTTTTGGAGTAAGAAGGAAGGTTGTTCTGGTATCGGTACACAACAGAGACAGGAGGATTAACAAAGGAAGAGGTCCCCTCGAGTGTGCAAGAGGGGTCTCCAATATGTGTAGCTGCACGTGGTGGTGCTTGATAAAAGTGTGAAATTCCCAATCTCTGCTTGATTTGGGAAACCTCTTTTCCTTCATTATATAGGTACTGCCTCTCAAGAATTATGCCACGTGGCATGTCTCGTGAGCCATGGAAATGACATGTGATCACTTTCATGCCCTCACTCTCAATGTCTTGGCCCTAGCTACCTTCCTCTCACGTAGTTCAGTTCTGTTGTGTCCTTTGAACCAAGAAAATATTCACACTAATTTCTAAATCTTTACTGATCACTTTACTTAAACTTAGTTTACCAAAGATTAGACGGTGATTAATACGAGATAGAGCATCACCCATGAATTCGGTTTGAGTTTGTTTTTGTTTGATCGATTCTTGCATGCCATGTGGGAAAGTGTTTACACTACTGGTTTGGATTTGACCCAGAAGCCTGAAACATTGGAGCGATGAATGTTGAAGACGGTAGAGGTTTAAGGGTACAACTACTTTGAACTATGTGATTAGCAAGAGCAAATTTACAGGGTATCCCTTAATTACAAGAGGATCAGTTTCCTATGATCACATGGTCCTGCTTATAGAGACATGTACATTATGGCCCACTTTGTTAGCTTAAAAACAAACACACTCTTCTTAACCCACTTGAACCTCAACCCCAATAGGGAACACACACAGAAGAAGAAACCTAATCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTCTCTTACTCTTCATTTTAATTAAACACCATGTTTTTGACACTGCCTTCCCAATGCAATTGTTTTCTTCTCATCCAACATCACTGTCTACTATGTTATTGTACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTATTTCTTTCTCCATCTTTCACTCTTTCATTGTGTGTGGTCCTTTGATTTTCCTTCTCTTTATATCCCTCTTATCACTATCTCCATTTCTGCATCCCTAGCTTGCATCCCAACACTGCTATATTATAGCCTTTCTCTCCCTCTCCATATTATATAGCTTGTCTTTTATTTGTTACCCTCCATACCAAACCAAAACCATTTTCAATCTTTTTCTCTATTCCCTCTCCCACCTTCTTCTTCATCATCATCTTCTTTACTTTCTTTCTTCACTTCTAGCTACTTTCAATAGTAATAAACTCAACTGAAAGCTACATACCAGCAAGTGCTCATAATTAAGTACTAGACAATTATATTTCACCAATTAAGGTCTATCTAGCTATATTATATATATAAATAGAGAGAGAGAGAGAAAAC


Gene Sequence:
>Vu_17524(-)
ATGTCTAGCAGAAGGTCAAGGCAACAATCTGCATCAACAAGGATCTCAGATGACCAAATCATCGACCTTGTTTCCAAGTTGCGTCAACTTGTTCCTGAGATTCGTGATAGACGCTCTGATAAGGTATTTCAGAATCTTCCCTTTCTCTTTATATCTCTCTCTAGGTGTCTATCGGAATTAAAACATATGTGTCCACTTGTATAATATATGTGATTATCTTCGAGTTATTTAAATATAAGCAAATATTGCACTGAAAATATAAAAATTTACTAACTATATGATACTATTCATCAAGATATTAACAATATTATCATTTAAGAGCTTTCGTTTTCGTGAACATTGTTTAGGCCTTATATAAGTAAATAGTTTGAACAATGGTTCTCATGTACGTATAAAGTACTGTTTTTACAATGAAGAGAGAGGTAAAGAAGATTAAAAAGATGTCGTAAAAAGTGCTAACTAAATAAATAATATAACTATATTATACATAGTTTCACGTGGCCTGAAGCAGCTATATATAATTATATATATAGATAGATGATGAAGCCACTAGAAGAGAAGATCAAGGCACTGGAATCATATTTTGCCATGTTTTGTTTGTATGTGACATGTTCTGGACTTTCGATGGCATATTAGTCGGGTAACACATGTACTAAATTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATATGTATAATGATAATTTTAATTGGTCAAATAATATAGTCAGATATTGACCATAAGGGAAAAGTTACAAACAGCTCCAAATCTTATGCAGATCCCTATAATAGTCAAAGGGTTCACATTGACTCGATTGTACAAATATATGTATAGTTTTGAAAATATATAACTGTTAAAAGATTAATAACAGTAACACAGAACCCCAGAAAGAAAGAGACTTCAAAAAGAAAAAAGGTCTGTGCAGTGTAACAATCATGTGGTTAATTTGGACCAATTCGTGAAACGAAAGTTCCTGTATGGTCTCTGAATAGGATTGCATCGTACATAAAGATACATATCATTCACTCAATAGAAAAAAGAAAAAAAAAATTACATAATATATATATATATATATATATATATATATATATTCAAAATTATGGTTTATTTAAAAAAGTTAAATTACTCGTTTTTTTAATTTTATTTTATCTTTTGATCATCAAGCTACTTCTTCTGATAAACTTTGTTAAAGACTAAAGATATATGTCTTAAGCTAAAACCAGTGACAACATTTGAAGAAGAAACAGATAAGTGAAAGTAAGTTAATTAGAAATGTTGTGTTTTAGAAATGTGATTAAAGAATGTTTAGCCATGTGTTAATTAAGATAATGATAATAGTTATAATCTGTTAAGTGGTTTTTTGTGCAGTATGAATGAGTGAATGATATCTGTTTGTATATATAGAGAGAAAAGAAAGTGACTTATGGTTTTGCAGGTATCAGCATCTAAGGTCCTACAAGAGACCTGTAACTACATCAGAAGCTTACACAGAGAAGTGGATGACTTGAGTGAAAGACTGTCTCAGTTGTTGGCCACAATTGATGCTGATAGTCCTGAAGCTGCTATAATTAGGAGCCTAATTAACTAG