Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_17390 LG4 35058978 35061707 homeobox-leucine zipper protein
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 35059089 downstream_gene_variant
A/G 35059115 downstream_gene_variant
C/T 35059136 downstream_gene_variant
T/C 35059197 downstream_gene_variant
G/C 35059361 downstream_gene_variant
C/T 35059904 downstream_gene_variant
C/T 35059920 downstream_gene_variant
A/G 35060127 downstream_gene_variant
C/A 35060146 downstream_gene_variant
T/A 35060151 downstream_gene_variant
A/T 35060348 missense_variant p.Glu62Asp
G/A 35060478 missense_variant p.Asp106Asn
G/C 35060649 downstream_gene_variant
C/T 35060676 downstream_gene_variant
T/C 35061403 missense_variant p.Val162Ala
A/T 35061404 synonymous_variant p.Val162Val
A/G 35061437 synonymous_variant p.Val173Val

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_17390.1
MESGRLFFDACASRGNTNMLFLGNTELAFRVRNREMVLVKEKLKLKKGMIRFGVHLLEKSFEEENKLEPERKTQLAKKLGLQPRQVAVWFQNRRARWKTKQLERDFDVLKSSYDTLLSSYDSLMKENEKLKSEVVSLNEKLQVQAKEVPEEALYDKKVDPLPVEDIASIFSTRVEDHQSSGSVGSAVVDEGSPQLVVDSVDSHFPAENPGGCVGPVERVQSEEEDGSDDGRSYMDVFVVSETENQNHEEGEGLVWWTNMYYVG*


CDS Sequence:
>Vu_17390.1
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Promoter Sequence:
>Vu_17390::LG4:35056978-35058978(+)
TTTAACGATTTAAATCATAAGAACCAGAAAAAAAACATTTTGACCTTAAAAGCAATTTTATTATGCTCTCAAGAATTTTAACAAACAAAAACACTTTTAAAATGAATGATCTTTTAAGACTCTTGCACAAAGATGTCTTACTAGTCATAAGTGATGTGATGAAATAAAAGTTACAAAAACTAAACTATAACATTGTCTAATTATTCTTATCACAAAATTAACTTAAAAATAAATAAATATCATTTATAATATTGTGTGAAAGTTTCACATCGACAAAAATAAGAGTAAATTATAATATATAAATGAATGTAAATATCTATCATACGAATATGTCGTATGAATTCGATTAGGTTAAAAACAACTTTCTAATATATTGTAAAAGATTATGTTAAAATATATTTTTTTTCTAATAATATTTTGTTTTTGTGTCTTCATTTTGAGATGTTGAAGAAACCCCACCATGTGCTTGACAACGGAAAGCACTTGCTTTTTAAGTGTCTACTTGGATCTTCCATACATAGTTTAATTACAGACACTGTTTATGATGCGTTGGAGATGTTGGCTCTGTTGAGAGCAGAGGGGAATTTCCAAATTGCAACAACAAACACAACCATGTGCCCAACCATTTTCATTCCACTTCCAATCTTTTTTCATTTTATTAATCTTCAAACTAACTCTTTTTCATCACTCTCTAACATAACTATTTCTTAGTATGACCAAATTTTACAAGACAAAACACAGGCAAATCAGCAACAGTTTCTTCTTTAAAAATGGAAATTCTTTTACCATGTTGTAATAAAAGGCTCGATCGTTTTGCTCAATAATGAATATATAATTGAATTTGAAAACAAAACTTCAAAGAAATGTGATGACTTTTCTTATTTTTTCTGTTCATCTGATGCAAGCTTTTGTGACATGACAAAGCAGGTTTCATATTCTGGCTTTTTCAGTTTCCAAGTGATGATGCTTTTGGGATCTTGAACATGGCGTCTATGATCTATCATCCTAAGATAGCCATTTAAGTTTTCTCTGCAACCATGATTTCCACATGCAAGTAATATAAAAGATGACACTCCAATATTTGAAGTTGAGATATTAAAGAGTGAATTTTAAACCTAATTTTGTATATCTTAAATTAGCTTTTAGTCTATATGAAACTTTTAACAGCGTAGTTCTTGCTAAATCAAGTTATTCTCTTTTCTTTTTCATGATGTTAAAATTACACAAAAAGTTATCAACATGTAAGGATGGAAAGTTATCAACATGTAAGGATGGTAATGTAACGTTAAGAAGTTTAAATGAACTATATGTAATTCCATTTTGAATATACTCATCTAGTTAAACTATAACAATTTTGAATTGAAGATGTGTAAAAACATTGACATTTTTTTAAGAAAAAGTAAATTAGATTAAACAAAAGTAAATTAATGGAGAGATTAAATGATTAATTAAGAAAAAAAACGTAATAAAGGGCAATTTGGTCTTTTAAGAAGGAAGAAAGTACTATAAAGAGCGGTGGCCATGGGTCGGACAACTTTAGTCGCAGAAGACACTCGCAAAGACACAGTGCGTTGACGATACACACAAACGCAAAAGAGGTTCGCCGGAAAATATTTCTCCGGGACTCCGACGACGGTGTTTGAGGTTTTTCTCGAACACGAAACTGAGGCCAGAAAAGGACGAACTTGGGTGGTGGGTAGGATCTGGCGGTGTATGATGGGATCTTGCATATGCCCGTTGGAGACTCCGGCGAGGTTGCTTTGGACCACGAGCTTCTTCCGTCATAAGCTTATGATCTTCTAATAATTCCCACACAAAAGCAAAAATCTCAGCAAAAACAACAACAACAGCAACCCTTCTAAATTTTCAAACAAGATTCTAGTAAAACAGAGTAAACCGCAAAAAACAACCACAAACACACAAAAAAACACTTTTTTAAGTACTAATCTCTTTCTCTCGCTGGAAAGTGTCTCCGGCGGTGGTGAGTGATCGAAGTGCCA


Gene Sequence:
>Vu_17390(+)
ATGGAGTCTGGACGGCTTTTCTTTGATGCCTGTGCTTCTCGCGGGAACACCAACATGCTCTTCCTCGGCAACACTGAACTCGCTTTCCGAGGTCATTTTCTTTCGCTCCTTGCTCTTGAATTCATCTTCTTAGTTTTATCTTGATACCTTTTTTGTATCGAAAATTTGGATTTGAATGGTATGTTGTGGAGTAGTTTTTGTTTGTGTTTTTTATGGTATTTGGTGTTCTTCCTTCAAAAGGGGAATCTTGCCTCATCAATTTATGTTGACCTTTAATATGTTAACGTAACAGTATGCAGAGAAGAAACTTGTAAACAGCAGAGATAGCACACACAGAGAGAGTGGGGAATATTAACTGTATTGAAAGAATCAAAAACAGTGAAGTATATAGAGTGTGCATGGCACCCAGTAACTGTCTGACATAAGTCAGTTATTCAGTTATGTTTACAACAACATAATATGACTCATTATTAAGCAGATTGTCAAAACAATTGAATTTCACCTCTAATTTATGTTGATCTTTAGTATAAATCATCATTGCCTAAATTGTCTACATGAAACTCTAATATTGATTGAAGAAAAGTTTTAAAAAACATGTAAAGAAACCGCATCCAAGGTTTTGTGCTTCTAAAATTGATGTGTTTGGTTGCTGGGGAGTTAGGAACAGAGAGATGGTTCTGGTTAAGGAAAAATTAAAGCTTAAAAAAGGCATGATTCGATTTGGGGTTGTGATAAAGGAAGCAACTTCCTTTAGAGTGACAAATAAGGAAATAAAATTTCTATATTTATTCCGTGTGTGAATTATTATGTTGAGACATGAAAGAGAGTTAATTGATGAAGTTTTGGTTTTGGGATTGAAATGGAAGCAGGGAGATCGATGATGAGCTTGGAGGAAGCCTCAAAGAGGCGACCTTTTTTCACCTCACCGGATGAACTGTATGACGAGGAGTATTATGAGAAGCAGATGCCGGAGAAGAAGCATCGCCTCAGTTCTGAACAGGTTGAAATTTGAATGAACTGCTATTTCTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGATCAGCAATTTGAATGAATTGCTTTGAGTTTGGCTTCTAAATTTAATAGTGTATGGAAAAAAAGATGGTTGGATTTAAAGAGAAATTCCATTTTGTAGCTATAAAGTGATTGATTTTGAAACCATTTCTTATTGTTAGTAGTAAATGAAGACAACTGTCATGGAGTTGAATGGTTGGTGGTGTTATTAATTTAGTAATGGATCTGATGAGAGAGATAATGTATAAGGCAAATTCCTGTGACAGTTTGCCGTGAATATTATAATGTTGTGACAGTCTTGTGTGATTGATGGTTAGGTCCATCTGTTGGAGAAGAGCTTTGAGGAAGAGAACAAACTGGAGCCTGAGAGGAAGACCCAGTTGGCCAAGAAGCTGGGATTGCAACCAAGGCAGGTAGCTGTGTGGTTTCAGAACCGCAGGGCTCGATGGAAGACCAAACAGCTCGAAAGGGATTTTGATGTTCTCAAGTCTTCATACGATACCCTTCTTTCATCCTATGATTCACTCATGAAGGAGAATGAGAAACTGAAATCTGAGGTACATTTATGCATGGATAAAATATTGGAAAAGTAGTAAAATCATTGTATCTGGGCAACAGGGGAGTTGAGATTTTTTAATTTAGATTTGGTTGCTCATATATGCAACTTGAGAAGACGTGAATGTTAGGACACAAATAAAAGTTTCACATCGAATAAAAATAAGAGATGAATATAAGTTTACCAAAAGCAAATCCGTAAGGACTTGATCCAGAATGGACAATATCTTATTATTTTGGAGAACTAATGTGGTTGTACATCCCTACAATGAATGGTGCAATGGTTACTTACAGCTATAGGTATGGTAGATGTGTGATGAAATATTGGGTGAATAGAGTAGAATAGAATATAAATTGTCTGTGAACACTATAGGATAGAATTAGTGGCTTCACAATCAGAACTCCATCATAGCATAGCATAGGGAAAGAAGTCGACACTTGACATAGAAGATGATTGGTAGCTATCAAGAAAGGGCCCTACACATGAGATTCGACACTATAATAATCACAAACTACCAAGAGTAGCATCTGTTCTGAACCCCACCTGGTTTGCAAAGAAGCCACTTTCAGAGTAACTATGCGAATATACCTCTGTAGATTTCTCAAAATATGCTTTAAGACCCCCTTTTCTGAAAGGGACCGATGAACTTTAAAAAAAAAAGAGTATGCAAGCTAGGCCATAAACTAATTAACAAGTGGACTTTTTTTTTAAAGTGTGGTGGATTGAATATCTTAATGACATGTTGACTATTCCGCAGGTGGTATCCTTAAATGAGAAGCTTCAAGTTCAAGCTAAAGAGGTGCCTGAGGAAGCATTGTATGACAAGAAAGTTGATCCACTTCCGGTAGAAGATATAGCTTCAATTTTCAGCACAAGGGTAGAGGACCACCAGAGCAGTGGGTCTGTTGGAAGTGCAGTGGTGGATGAGGGTAGTCCACAGCTGGTGGTTGACAGTGTTGATTCACACTTTCCGGCTGAGAACCCTGGTGGATGTGTGGGCCCAGTTGAAAGAGTTCAGTCGGAGGAGGAGGATGGAAGTGATGATGGGAGGAGTTACATGGATGTGTTTGTGGTATCTGAAACTGAGAACCAAAACCATGAGGAAGGAGAGGGATTGGTTTGGTGGACCAATATGTATTATGTTGGATAA