Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_17314	LG4	34207248	34211288	PREDICTED: protein kinase PVPK-1	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09191 Unclassified: metabolism		C 99980 Enzymes with EC numbers

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/A	34207698	missense_variant	p.Pro530Ser
T/A	34207705	synonymous_variant	p.Pro527Pro
G/T	34207934	missense_variant	p.Pro451His
C/T	34208079	missense_variant	p.Val403Ile
C/T	34208081	missense_variant	p.Cys402Tyr
G/A	34208090	missense_variant	p.Ser399Leu
C/T	34208139	missense_variant	p.Val383Ile
C/A	34208146	missense_variant	p.Arg380Ser
G/A	34208179	synonymous_variant	p.His369His
C/T	34208197	synonymous_variant	p.Leu363Leu
C/T	34208206	synonymous_variant	p.Glu360Glu
G/A	34208210	missense_variant	p.Pro359Leu
G/T	34208300	upstream_gene_variant
G/T	34208304	upstream_gene_variant
G/T	34208997	upstream_gene_variant
C/T	34209139	upstream_gene_variant
C/T	34209149	upstream_gene_variant
A/C	34209599	missense_variant	p.Ser251Arg
C/T	34209600	missense_variant	p.Ser251Asn
A/T	34210639	upstream_gene_variant
A/T	34211159	5_prime_UTR_variant
T/C	34211223	5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_17314.1

MESPVNGVDSLSEVQNSVSEVNHDPLSSGPPLPSRPPLRASRNYDGGHETKIIHHQNSHVINQKHSHEEGNNLKKEGLATKLSSKQPPLDDFKGCESSGVLVLESERKGTVDNHAKSHCQPEATFCQSPQNSFYSATVYSEAKGSFTNTEVSECASVDKSCESEEVANSSDFNESRKTSICRASTGSDASDESSTTSLSSVLYKPHKANDIRWEAIQAVRIRDGMLEMKHFRLLKKLGCGDIGSVYLAELSGTRTSFAMKVMNKTELANRKKLLRAQTEREILESLDHPFLPTLYTHFETETFSCLVMEFCPGGDLHALRQRQPGKYFSEHAVRFYVAEVLLALEYLHMLGIIYRDLKPENVLVREDGHIMLSDFDLSLRCTVSPTLVKSSNNLETKSSGYCVQPSCIEPTCVMQPDCIRPSCFTPRFLSRKSKKDKKSKPKNDVHNQVTPLPELIAEPTNARSMSFVGTHEYLAPEIIKGEGHGSAVDWWTFGIFLYELLFGRTPFKGPANRATLFNVIGEPLRFPESPTVSFAARDLIRGLLVKEPQHRLAYRRGATEIKQHPFFQNVNWALIRCANPPEVPRQVMNLPQTEKDLGVKPSGNYLDIDFF*

>Vu_17314.2

CDS Sequence:
>Vu_17314.1

ATGGAGTCTCCTGTTAATGGAGTTGATTCCTTGTCAGAGGTTCAGAATTCAGTTTCTGAGGTAAATCATGACCCTCTTTCATCTGGGCCTCCCCTACCTTCGCGGCCTCCCCTGAGAGCATCTAGAAACTATGATGGTGGTCATGAAACTAAGATCATCCACCATCAAAACAGTCATGTAATTAATCAAAAGCATTCCCACGAAGAGGGCAATAACTTGAAGAAAGAAGGGTTGGCAACAAAATTGTCCAGCAAGCAGCCACCACTTGATGATTTCAAGGGTTGTGAGTCAAGTGGTGTGTTAGTGTTAGAATCCGAGAGGAAAGGAACAGTTGATAATCATGCAAAGAGCCACTGTCAGCCAGAGGCTACATTCTGCCAAAGTCCTCAGAATAGTTTCTATTCAGCCACTGTCTACTCAGAAGCCAAAGGAAGTTTCACCAACACTGAAGTCAGTGAATGTGCTAGTGTTGACAAATCATGTGAAAGTGAAGAAGTGGCGAATTCCAGTGATTTTAATGAGAGCAGGAAGACAAGCATATGTAGAGCAAGTACTGGCAGTGATGCTAGTGATGAGAGCAGCACCACTAGTTTGAGCAGTGTTTTGTATAAACCTCACAAGGCAAATGACATAAGATGGGAGGCTATTCAAGCTGTTCGAATCAGAGATGGGATGTTGGAAATGAAGCATTTCAGGTTGTTGAAGAAATTGGGGTGTGGAGACATAGGGAGTGTGTATCTGGCTGAACTGAGTGGCACAAGAACTTCTTTTGCCATGAAGGTCATGAACAAGACCGAGCTGGCGAACCGCAAGAAGCTCCTGAGGGCTCAGACAGAGAGAGAGATATTAGAGTCCTTAGATCATCCTTTTCTACCTACATTGTATACTCACTTTGAGACAGAAACATTTTCCTGCTTGGTAATGGAGTTCTGCCCTGGTGGGGACCTGCATGCGCTCAGGCAAAGACAACCAGGGAAGTATTTTTCAGAGCATGCAGTCAGGTTTTATGTGGCAGAAGTTCTCCTTGCTTTGGAGTACTTGCACATGCTAGGGATCATCTACAGAGACCTGAAACCTGAGAATGTGTTGGTGAGAGAAGATGGTCACATAATGCTTTCAGACTTTGATCTCTCTCTAAGGTGCACTGTCAGTCCAACTCTAGTGAAGTCATCAAACAACTTGGAGACCAAAAGCTCAGGATACTGCGTTCAGCCTTCCTGCATCGAGCCGACATGCGTGATGCAGCCGGACTGCATCCGGCCGTCGTGCTTCACACCGCGCTTTCTATCCAGAAAATCCAAGAAAGACAAAAAGTCTAAACCAAAGAATGATGTGCACAACCAGGTGACCCCTCTTCCTGAGCTAATTGCCGAGCCAACAAATGCAAGATCAATGTCCTTTGTTGGAACACACGAGTACTTGGCCCCAGAGATCATCAAGGGTGAAGGGCATGGAAGTGCTGTGGACTGGTGGACATTTGGGATATTCCTCTATGAGCTTTTGTTTGGTAGAACACCATTCAAAGGTCCTGCAAACCGTGCAACTCTGTTCAATGTAATTGGTGAGCCTCTAAGGTTTCCAGAATCTCCAACTGTTAGCTTTGCTGCCAGAGATTTGATCAGAGGGTTGCTTGTGAAGGAGCCTCAGCATCGTCTCGCCTATAGGCGTGGTGCCACAGAGATCAAACAACATCCATTCTTTCAGAATGTTAACTGGGCACTCATCCGTTGTGCAAATCCTCCAGAGGTGCCAAGGCAGGTTATGAATCTTCCTCAAACGGAAAAGGACCTTGGTGTGAAGCCTTCTGGTAATTATTTAGATATTGATTTCTTCTGA

>Vu_17314.2

Promoter Sequence:
>Vu_17314::LG4:34211288-34213288(-)

TTTAATGGATTATAAACAATGTTTTAACAAGTAATGAAATTATCGCAATAATTCAAAAACATTACATTAACAACTTCAACTTTTTACAACACATCATGGAGTTTTCAATAAAATTGATATTACAATTATATTAATTACACATACAACAAACATTATCCCTGTTAGCACCTTCAACCATTTTTTCAACATAAAACATATTTATCTAAAATCGACATTTTCATTGTTTCACCATCCATTTTTTTCATCTTCACCATAGTTTCATCCCTTTCTTTATTCTTAAGACTTTCTTCAATTCCTTGTTTACTACACCATTGGAAATAATTGCAACCAACTAATTCTCCACACTCACTTTGTTCAACAAAACAATAACATTTATGGTTTTTAATAACAAAGGAAAAATAGTCAGTTTTGCCTTCATGGATCTTATCTTGAACTTAGGATAACCTCATAATTATTTTCCCTAATTCTTTGGGGTTTTAGTAGTTCTCAAGATTGCATCGTCACCATAGTAGTAAATGAGTTTTGCACCCAACCTTCTCGCCCTACCACCACGAAAAGACATGCTACCATTTTACATCTCTCAACCATTACATGTGCCAGACGAACAAGAATAAGAGTGAGACATACCTCAGTTGAATAATCGATATCAGAGAAGACAACCTCTTCTTTCAAAGCCTGCACCTTTAAATGTTAGAGTAAAGAAAACAATTTTTTAAAAGAGGATATTAAACATGTAGCTACATTGAATTATGAAATCAAATGACACATAATCCATTCAATATTACAACTCATCAAGTATTTATGACGTTTTAGTAAAGTTAACAAAATGACCTATTTATTACACATTTGAAAAAAATGATCTATTTATTACACATTTGAAAAAAGGACTTAATTGAGACTACTCAAAATATGAAGATGGAATTGAGATTTTAAAAAATATGAAAACCAACCAAGAATTTGAATTCATTATTTTCTATATTTTTGTTATTATAGATATAAGTTCCTTTTATTCTTATGAAGATTGTTGTACTTATTTATTTTTAAGCTTAAATATCATCATTTATTTTAATGTGAAATTTATGTATATTTTGGATGTGAAAATGTTTCACTCTACTTTTTAGTTTTAGAAATTTATGATGCTATATTTTTTTAGTATTATTTTATAAACTATATTATCGATTTGATCATAGTTCATAATTGAACACTACTTATTAAGTTTAATAATCCATTCATGTTTAAAAAGATAGATTACTATATACCATAAATGAAATTAATTATGAATATATTTTTATTTACTTTCTTTAAAGACAAGTTTATGGTAGTTACTCTAATTTAACACCATATTCTATAATTTACATACCACAAATAGCAAAAAGTATACATTATTTACAACCACAGAAGCAAAAAAAGAATAGAAAATAACCTAAAATGACCATTAAAAAATTACACAAAATAAAACATTTAAAAAGTGAATTGAAAGTTAGCTATACAGATGACATTATTGTTTGAAATAAAATTAAAATAAGTAGGAATAATACAAGAGACATTATATATATATACACTTAAATTATAACTATACAAGTGACACCATTATTGTTTGAAAAAGTGGTAAGGAGTGCTTCACGCATCATGGTTTATGGAGGAAAATGAAGTGTTCATAAAAACCATAATTTTCTTGCAAAAACAAAAACAAGAAACAAGAAAAATTTGGCTTTTATTGGGGGAAACTACATTAAGATAAGAATGCCTTTATTTTAATATAACTCACACATTCCCATTTTATATATAGAAAAATAGCATGAACTATACTAACATTTAATTTTGTTTTAAAATGATTAATCTATTTTTTTAATAGAGACTAATTGTCCTCGGAATAACATAACATTGTTACTAAAAAAAATAGTAATTATATGGATTATATGAACTTCTTGTATTGTATATACTTTATTAACTTTTATGATAATAGGGTGTATAGAAATTTAGAATTGTTTGTTATCGTT

Gene Sequence:

>Vu_17314(-)

AGTGTTAATTGTTTTTAGTTCCTTCCTTTTGGATCGGATCTGAGACAGGGTGTTTCACTATTGTCAGTGGTGTGTTCAAAGACTCCCCAAAGTTACTTCACTCTGTGTTTCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCTTTCTTCAACAACATGCTTGTTCTGCTGTTCTTCCACCGTCCATGAATGAATGAAAAAAAAGACTCTTTTACTCTTCATTCACATTGCCTGATCAGGTTCTCCCTCTCTTTCTCTCTCTGCCTTTTTCTTGTTTTATTTTCGTGATCACTTTAACCACTGTTTCCCATGCTTTTTTTTTATGGGAGAGTTTTTTTTTTATCACTGTATGCAGTAGAATCAAAGAAAGCTCAAGGGGTTTCTAAAGAATCAAACTTTTCAACCTTGGGGTGTTTTAGTCTAATGCATTACTGGTGACTTTGATGAGGTTCCTTCGTACATCATGTTTTGGTCTTGTTTGTTGCCAAGTATAAACAAAAGGAGCATGGGGTTTTTGGGAAATTCGGAAAACCGAAAATTTAACGAACTGAATTTTCTTGAGGCTTAATGAAGAGTCCTTTAAAAGTTTGCAGTCTGTGATTCTTTCTTTTGGGTCACGAGTAAGGTGTCTGAATTTTGAAGGTTTTTTTTCCTTTGGGGTTTTCTAAATTGATTATGCTCAGTTAGACGTTTTCTGTTGATTCATTGCGTCTGAAATGGGTCTCTCACAGATTCTCTAAATGTTTTTCTTTTCTAATTTCATTACATGAGTCATGTATGTTGATTGATGTCCTTTATCTTATTTATTTGCTGATTCTTTTCTTAAATGTCCATTTTATAGATATTTTTGTAGGAGATTCTGTTATTAAGAGCTCTTTGAATGAGTACATGCTGGTAATTCAGTGTGCTGAGTTGGATTTTTAAGCCTGTTCAGATACCCTTCATGGAGTCTCCTGTTAATGGAGTTGATTCCTTGTCAGAGGTTCAGAATTCAGTTTCTGAGGTAAATCATGACCCTCTTTCATCTGGGCCTCCCCTACCTTCGCGGCCTCCCCTGAGAGCATCTAGAAACTATGATGGTGGTCATGAAACTAAGATCATCCACCATCAAAACAGTCATGTAATTAATCAAAAGCATTCCCACGAAGAGGGCAATAACTTGAAGAAAGAAGGGTTGGCAACAAAATTGTCCAGCAAGCAGCCACCACTTGATGATTTCAAGGGTTGTGAGTCAAGTGGTGTGTTAGTGTTAGAATCCGAGAGGAAAGGAACAGTTGATAATCATGCAAAGAGCCACTGTCAGCCAGAGGCTACATTCTGCCAAAGTCCTCAGAATAGTTTCTATTCAGCCACTGTCTACTCAGAAGCCAAAGGAAGTTTCACCAACACTGAAGTCAGTGAATGTGCTAGTGTTGACAAATCATGTGAAAGTGAAGAAGTGGCGAATTCCAGTGATTTTAATGAGAGCAGGAAGACAAGCATATGTAGAGCAAGTACTGGCAGTGATGCTAGTGATGAGAGCAGCACCACTAGTTTGAGCAGTGTTTTGTATAAACCTCACAAGGCAAATGACATAAGATGGGAGGCTATTCAAGCTGTTCGAATCAGAGATGGGATGTTGGAAATGAAGCATTTCAGGTTGTTGAAGAAATTGGGGTGTGGAGACATAGGGAGTGTGTATCTGGCTGAACTGAGTGGCACAAGAACTTCTTTTGCCATGAAGGTCATGAACAAGACCGAGCTGGCGAACCGCAAGAAGCTCCTGAGGGCTCAGACAGAGAGAGAGATATTAGAGTCCTTAGATCATCCTTTTCTACCTACATTGTATACTCACTTTGAGACAGAAACATTTTCCTGCTTGGTAATGGAGTTCTGCCCTGGTGGGGACCTGCATGCGCTCAGGCAAAGACAACCAGGGAAGTATTTTTCAGAGCATGCAGTCAGGTTAGCAGTTCCTTTTCAATTTGACTCTTGCTATTGTATCCTATATAACAGGAAGAGACATGTACAACATTTTAGGATCAAGTGAACTCGATATCAGCTAGGTATATGTTCCTTGGATTTATGAACTTTAGTATTTCATGTCATCATGAGCCAGGAGTGAAACTGTTGTTAGTCTTGAAAGAAAACTCTATTCTTTCCTTGGGAAGAAAAAGCTTTTCACCACCTTGAGGTTTCATTGTATAAATGACAAGAAAATCTACTAGATTGTAATTCTTGTCCATTGTCATCAATATGACCCCTGGAATTTCTATGTAGCCAACCCCCAGCATCCTGTGAAAATTTTCATGGCTTTTCTACCCTGTTTGACCATGTCAGACTAACTGTTAAACATACCACTTGCACATTCTCTACGTTTTCCTTTTCTGCCTTAATGATTGGTCAATTTACCTTAGTTCTCTGCTTATTCTTTTTCCGTCACTGTGACATTCTGATTCTCTTTGAGTTTGATTTAATCCACTGTTTTTTTAATCAGTGAAAGTGTCTACATTATCTTTCAAATCATGTGTTACTACATTAATAAAACTTAAAAGGGGATCATTTGAAGCTCTCGTAATAAAGTAGCAATACATGATTAGACTTGTGTAAAAAAGTTTATATTAGCAGCAGATAGAAATTTTATTCTTTCTATGAACAATGTTACTGTGATCTTACAGAGTGTGATTTCCTTTCTCATTTTATATCCAAGCCTGGTGAATACTATGAATAGCTTCTCTCCACCCTCAACACTTTCTTAACTAGTGTTTTACTTGTTAAAAATATCAGTTTTTGGTATTTTCTTCAGCAAGTATCGATTTGGCCTTTTTTATATCATGTTTGGTGGAAACCACTCCTTGTTACTCCAACCCAATTTCTGACAGATAGATTAAGATTTCTGGTATATTATCTTCTAGTTATCTGCGTAGGAGGCTTGAACTTTGACAATGATGTATGATGCATCTTGATTTATTTGTCTGAATAATTCAATAAATGTACTGTCACTTGCTTAACTTACTTTCTTGATTTTTAGGTTTTATGTGGCAGAAGTTCTCCTTGCTTTGGAGTACTTGCACATGCTAGGGATCATCTACAGAGACCTGAAACCTGAGAATGTGTTGGTGAGAGAAGATGGTCACATAATGCTTTCAGACTTTGATCTCTCTCTAAGGTGCACTGTCAGTCCAACTCTAGTGAAGTCATCAAACAACTTGGAGACCAAAAGCTCAGGATACTGCGTTCAGCCTTCCTGCATCGAGCCGACATGCGTGATGCAGCCGGACTGCATCCGGCCGTCGTGCTTCACACCGCGCTTTCTATCCAGAAAATCCAAGAAAGACAAAAAGTCTAAACCAAAGAATGATGTGCACAACCAGGTGACCCCTCTTCCTGAGCTAATTGCCGAGCCAACAAATGCAAGATCAATGTCCTTTGTTGGAACACACGAGTACTTGGCCCCAGAGATCATCAAGGGTGAAGGGCATGGAAGTGCTGTGGACTGGTGGACATTTGGGATATTCCTCTATGAGCTTTTGTTTGGTAGAACACCATTCAAAGGTCCTGCAAACCGTGCAACTCTGTTCAATGTAATTGGTGAGCCTCTAAGGTTTCCAGAATCTCCAACTGTTAGCTTTGCTGCCAGAGATTTGATCAGAGGGTTGCTTGTGAAGGAGCCTCAGCATCGTCTCGCCTATAGGCGTGGTGCCACAGAGATCAAACAACATCCATTCTTTCAGAATGTTAACTGGGCACTCATCCGTTGTGCAAATCCTCCAGAGGTGCCAAGGCAGGTTATGAATCTTCCTCAAACGGAAAAGGACCTTGGTGTGAAGCCTTCTGGTAATTATTTAGATATTGATTTCTTCTGATACTCATCTCATGTCACTGTTCTTCTTCTTTGGACCAGTTTCCATTTTCCATATCTCTCATTTCTGGTGTTTCATGTTTCTCTGTCCTTTCCATAAAAGGATCCAATGTTTTCAACTACATTGTTGTTCATCAGCACTTTTAACTGTTGTAAGAAATTTCAAAACGCCTTATATTCAGTAACAACTTTCTCTTCTCTTGTTT