Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_17227	LG4	33057163	33058077	PREDICTED: serine/threonine-protein kinase HT1-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/A	33057591	missense_variant	p.Ile163Phe
C/T,G	33057631	synonymous_variant	p.Leu149Leu
G/A	33057777	missense_variant	p.His101Tyr

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_17227.1

MLEGGVKFPGTIDLNKQNDDYYDFSKGFYHKLEEGTDMLIDSIGSLQTSNHGGSVAMSIDNSSVGSNDSHTRILNHQGLRRRPNDNSSIAHSVNHRGRVTHALSDDALAQALMDTSSPTEGLDNFDEWTIDLRNLSMGEAFAQGAFGKLYRGTYNNEDVAIKILERPENDSTKAQLMEQQFQQEVMMLATLNHPNIVRFIGACHKPMVWCIVTEYAKGGSVRQFLMKRQNRSVPLKLAVKQALDVARGMAYVHGLGLIHRDLKSDNLLIFGDKSIKIADFGVARIEVLTEGMTPETGTYRWMAP*

CDS Sequence:
>Vu_17227.1

ATGCTGGAAGGTGGTGTGAAATTCCCGGGAACAATAGACCTCAACAAGCAGAACGATGACTACTATGATTTCTCTAAGGGCTTTTACCATAAGCTTGAGGAGGGCACGGATATGTTAATTGACAGTATTGGGAGCTTGCAAACAAGTAACCATGGAGGATCTGTTGCAATGTCCATTGATAATAGCAGTGTTGGCTCCAATGATTCTCATACTCGTATATTGAACCACCAAGGGTTGCGGAGACGCCCCAATGATAATTCCTCCATTGCACACAGTGTCAATCATCGAGGAAGAGTTACACATGCTTTGAGTGATGATGCTTTGGCACAGGCACTAATGGACACTAGTTCCCCAACTGAAGGGCTTGACAATTTTGATGAGTGGACAATTGATTTGAGGAATCTTAGTATGGGTGAGGCTTTTGCTCAAGGGGCTTTTGGAAAACTGTACAGAGGTACTTACAATAATGAAGATGTTGCTATTAAAATCTTGGAGAGGCCTGAAAATGATTCAACAAAGGCTCAGTTGATGGAACAACAGTTTCAGCAGGAGGTGATGATGCTGGCTACATTAAATCATCCTAACATAGTTCGTTTTATTGGTGCATGCCATAAGCCAATGGTATGGTGTATTGTTACAGAATATGCCAAAGGGGGTTCAGTTCGGCAATTTTTAATGAAGCGACAAAACAGATCAGTGCCCCTTAAATTGGCTGTTAAACAAGCTTTGGATGTTGCACGTGGGATGGCATATGTTCATGGCCTTGGATTGATCCACAGGGACTTGAAATCCGATAATCTTTTGATTTTTGGTGACAAATCAATTAAAATTGCTGATTTTGGAGTTGCTCGGATTGAGGTGCTAACGGAAGGAATGACACCTGAGACGGGAACATACCGTTGGATGGCTCCGTAA

Promoter Sequence:
>Vu_17227::LG4:33058077-33060077(-)

AATCGATAGCGTTCGTTATTTCTCATCAGTATTAGTATTAGGTGTCAAATAGTGTTGGTCTTTAAAAGGTGTTCGGCCTAGAGTATTAGTACTCAGCCTAGGCTTCGTGGCGTCCGGCTTGAACTCTTAGGGGTGTATTTATTGAATGAATAAGTAGCGCTCAGCCATGTTAATTTCTAAGAAGTGTTATTTCAGTCGTACTTGTGCTATGATGAGAAAGTGTGATCTTATTTCAGTTTAATATATTGATGATAAAGTATGAGAGAATTTGAGATGTGATGTGAATGAAATAGTTTTGTTATGAACGATTATTCCATGGAGGAATATCTCAGAAAGTAGTTATTGATTTGTAAAGTATGAATGTGAGCAAAGCTTAGCGGGCGTTTATCCTGATATTCCATGATTACTCGTTCTCAAGTAGAAAGGAGTAAGTCATGTGTGAGAATGGCAGGAGGTCCTAGTCCATAAGGTTAACTTGGACGGAACGGATCAACCTCGGGTGACAGCTGTTGAGGGTATCCCAGTTACTACATCACCCGGGTGCACGAACGTCGTAGCTACACAAGATTCATACAGTCTGGACAGTCAGAGTCAAGTGGTCGTTCTTTGCATGCCATGATGTATGAATTATGATGTGGTTGTTGTTGATTGAATCATGAACGTTGTATGTTGTTATTGCATTAATTAAATTACATAAGCTTACCCTGTGTATCATTTTTATTTATGTTGTGTGTTCGGTCGTTGTCATGTTATAATGATCATCTGTGTGGATGTGAGCAGAAGGAGAAGAGCTGCTGGAAGAAGTATTGGAAGACGCAGCGGAAGTAAAGGCCGAACCTTAGGAACGTTCGATCTGTTGTTAGCTTTATCTTTGGTAAGACCGTTCGGTATAAGTTATTTTGTACACTGGTAGCTAGCGTATGGTTTTAAATTCCCTACTGTTAGGGAAGGCCATTCGGCCGTAATCGTATCTAACTAAGTATTGAACTCGTCTATAATATTGTTAATATGTAATTATTCTCATGTATGGTTTTACAGTGTAGTTTTAAGATGTTACGTAACATACTTTCGAAATAAAAAAACAAATTATTTAAATAAAACTGAATATTATTCTAATAGAATTGAATTGAATAACTTTTATTTGAATTAAATATTTTTTAGTTTTCTAATTTTTAATAAAAATTAAAATAATCTTTTTTAAAAGTTTTGGTTAATTTATCCTTTAGTTTTAAAAAATTATAAATTTAATCTTTCTAATTCAATTTTATTAAATTTATTTTATGTTTGGGTATATTTTCACATGTTTTTTTTATTTTTGCTGATGGTAGAAAACAGAAAATTGTACTTTAGAATGTTAGAAGAAAAAAAAAACACAGCAAAGCACAGCTGAGATAGAAAAACTGAAGAAAAAAGTCATTTGTTTGGTTCTTTTCGACCTCAATCTACTTCTCAATTTGTTTTCTATTTTTTGCTTTATCCTATTCGATCTTCTCTTCTGCTGTTGCATCGAAACTGATTCTCTCCATCCAGGTACGACTAGCCAGCTTTTGTTAAGCTGCCCAGATTTAGGGTTCTACCAGATTCTTGCTCTTTTTCATTTCTTCGCTTTTTTTCTTTCTAAGGCCATTCTGCTGTTGTTCATGTGCATTTGGTACCAAACTATGATATTCGATTACTTTGATTTGTGGAAACAATCTCTTGATTTAGACGTAGTGTTAGTTTTTCTTTTGCTTAAGTTAAATATCACTTTGTGTTTCTTCTGTCTGGTTGGAATCTGAGTCTCAGTCTTTGTATGTGCGTGTGTACATGCACACTTGTGCATTGATTATAGATTATTCAAAGATGGAGTTACCTTTGTTGTTGTATTTGAAGATTATAAATTCAAATGTTGTAACCTTTTGTGGGTATGTTTTTCAGAGTTGTTTTTTCAGGTGGCTTAATTTACAATTTCTGATGCTGAGGAAATAACAAGACTTGAATACTTTTCTTTATTGAGAAAG

Gene Sequence:

>Vu_17227(-)