Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_16987	LG4	31060291	31074794	PREDICTED: LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.4	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/T	31061893	intron_variant
A/G	31061972	intron_variant
T/A	31065610	intron_variant
G/A	31065636	intron_variant
T/C	31065651	intron_variant
T/A	31065712	intron_variant
G/T,A	31065764	intron_variant
T/A	31065769	intron_variant
A/G	31065783	intron_variant
G/A	31065805	intron_variant
G/T	31065822	intron_variant
A/T	31065830	intron_variant
A/G	31065848	intron_variant
T/C	31065857	intron_variant
C/A	31065873	intron_variant
T/C	31065882	intron_variant
T/A	31065968	intron_variant
C/T	31065988	intron_variant
G/C	31066016	intron_variant
G/T	31066021	intron_variant
C/T	31066029	intron_variant
C/G	31066048	intron_variant
A/C	31066054	intron_variant
G/A	31066150	intron_variant
A/G	31066163	intron_variant
T/C	31066244	intron_variant
T/G	31066289	intron_variant
A/G	31066431	intron_variant
G/T	31066634	intron_variant
G/T	31066770	intron_variant
T/G	31066794	intron_variant
A/T	31066804	intron_variant
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C/T	31067028	intron_variant
T/C	31067030	intron_variant
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A/G	31069863	intron_variant
G/T	31070009	intron_variant
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T/A	31070465	intron_variant
T/A	31070472	intron_variant
T/A	31070476	intron_variant
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G/T	31071391	synonymous_variant	p.Arg404Arg
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G/A	31071490	stop_gained	p.Gln371*
T/G	31071540	missense_variant	p.Lys354Thr
C/T	31071572	synonymous_variant	p.Thr343Thr
G/T	31071573	missense_variant	p.Thr343Lys
A/T	31071576	missense_variant	p.Val342Asp
C/T	31071579	missense_variant	p.Arg341Lys
G/A	31071586	stop_gained	p.Gln339*
A/G	31071615	missense_variant	p.Ile329Thr
T/A	31071624	missense_variant	p.His326Leu
G/A	31071631	stop_gained	p.Gln324*
C/T	31071643	missense_variant	p.Glu320Lys
C/T	31071659	synonymous_variant	p.Gln314Gln
A/C	31071685	missense_variant	p.Trp306Gly
T/C	31071693	missense_variant	p.Lys303Arg
T/A	31071874	intron_variant
A/T	31071883	intron_variant
T/G	31071972	intron_variant
T/A	31071973	intron_variant
G/T	31071975	intron_variant
G/T	31071990	intron_variant
T/A	31072068	intron_variant
A/T	31072095	intron_variant
C/A	31072115	intron_variant
T/A	31072119	intron_variant
G/A	31072282	intron_variant
A/T	31072644	intron_variant
C/G	31072713	intron_variant
A/G	31072732	intron_variant
T/C,*	31072743	intron_variant
C/G	31073080	intron_variant
A/C	31073123	intron_variant
T/G	31073214	missense_variant	p.Tyr263Ser
A/C	31073237	missense_variant	p.Asn255Lys
C/T	31073240	synonymous_variant	p.Arg254Arg
C/T	31073241	missense_variant	p.Arg254Lys
C/T,G	31073246	splice_acceptor_variant&intron_variant
T/A	31073248	splice_region_variant&intron_variant
G/A	31073265	intron_variant
G/C	31073293	intron_variant
C/G	31073320	intron_variant
T/C	31073383	intron_variant
A/T	31073427	intron_variant
C/G	31073527	intron_variant
G/T	31073681	intron_variant
T/G	31073722	intron_variant
T/G	31074035	splice_region_variant&intron_variant
A/C	31074043	missense_variant	p.Val251Gly
C/A,T	31074062	missense_variant	p.Ala245Ser
C/A	31074069	missense_variant	p.Lys242Asn
C/T,*	31074097	missense_variant	p.Gly233Asp
C/A	31074140	missense_variant	p.Asp219Tyr
C/A	31074151	missense_variant	p.Trp215Leu
T/C	31074174	synonymous_variant	p.Leu207Leu
C/A	31074242	missense_variant	p.Ala185Ser
A/G	31074275	missense_variant	p.Tyr174His
T/G	31074284	missense_variant	p.Asn171His
T/C	31074293	missense_variant	p.Thr168Ala
T/C	31074335	missense_variant	p.Lys154Glu
A/T	31074336	synonymous_variant	p.Ala153Ala
G/A	31074437	stop_gained	p.Gln120*
A/G	31074443	missense_variant	p.Phe118Leu
G/A	31074480	synonymous_variant	p.Tyr105Tyr
G/T	31074600	synonymous_variant	p.Pro65Pro
A/T,G	31074615	synonymous_variant	p.Ser60Ser
T/A	31074646	missense_variant	p.Tyr50Phe
G/C	31074773	missense_variant	p.His8Asp

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_16987.1

MILPISFHYLKPQLCIITTIFFFATTVLSSNPKFKVCTPKSCGNGPSIKYPFWISYEQESFCGYPHFEITCMDKNPILSTPSYDFLVKDISYSNSSFTVANMAAYEDNCPVPLSNYSFDQTPFTYSSENWNLSFFYNCTTEPIDYPTYQVDCAKNASLYSFAVFHKETLENKNYSLNECQLMVNAPFIMNASVNFTGLLRMNYIEILKMGFLLNWTAPDCEYCEKSGGRCGFGGNQFLCFCKDKAYLRSCVSGGGINWKAKITIATTSGAMGIFMICLIIGCRKRISKENFQITNEQDIEVFLKDHGTLAQKKYRFSEVKKMTNNFTVKLGEGGFGVVYKGELRNGYHVAVKLLRASKGNGKDFINEVASISRTSHVNVVQLLGFCLEGKKKALIYEFMSNGSLDKFISNKGLERTSSLTWDNLLQIAKENDHTPTIPNTTAPRVVHFMIVITVWDIDVGHIKVYSTVGADKKCFCSLHLRERERERVGREVRRSVRMDDKYSHIHTSPLAFALTVSLLLFIALPYSHSQPPPPLCAQQLYRCNWNVSAIFDPPWEKIPPSQCNGPNKSFLLTCHAHYESQNFTVKDIDNTTHTMKLMPRPPVDHVCSTHLFDGYQNFDYDNFNSTLLQYNASVRKIIIFEHCPTIPNFPLKRKFTCADVVYYFEEGYTEKEMLHKYPPLKDCNRRLNVPAAGPLDRYDDTDDGAGVLEEALNDAFKVNYSIPRGCTRCRESDESCSPYGYGYDERLVSCNYCPNEQCSLDTDVILYAIIVIGTFIGAIGILICLVIGCRKCMSSRRTANEQDIEVFLRDHGTLAQKKYKFSEVKKMTKNFTVKLGEGGFGVVYKGELRNGYHVAVKLLTASKGNGKDFMNEVASISRTSHVNIVQLLGFCLEGKKKALIYEFMPNGSLDKFIGPSQISTMPLPLVSSPSTIISTLFFLSLLFQTYLSSHAARSPAPTPTVIPENSPLLPFFPYYYFSPPESPRAQRRMNWRTKIIIGTASGAMGIFMICLIIGCRKRISSIRKTKFHITNEQDIEVFLKDHGTLAQKKYTFSEVKKITKNFTVKLGEGGFGVVYKGELRNGYHVAVKILRASKGNGKDFINEVASISRTSHVNVVQLLGFCLEGKKKALIYEFMPNGSLDKFIGNKGLESTSSLSWDNLLQIAKGIARGLEYLHKG*

CDS Sequence:
>Vu_16987.1

Promoter Sequence:
>Vu_16987::LG4:31074794-31076794(-)

CCTCTCCCACCACTGAAACACCTGGACCAGCCTCAGACAGGTGCAGAACTGCCTAAAAGTCAGTTTTTTGGCCAATGGTGACCCCTGTTCACCTGACTGACTACCTGTGTTGGACTTTCTGTACAAAATCCAGTTTTGTCTCGGGTAATCGTTTACAGGGATGCTGAAAACGATTACCAGACCCTTTTTTCAACACCCTCACTCATCCCTTGCAGAGCTTGCTCCTCCAACTGATCAGGGGTCACCCCACACTCCTTGGACTCACATCACATCACCAACCACCCTCTCCTACCACTGAAATTGTCCTTCAAATTAACTGGTTTTGACATTGGTCACCATGTTATCCAAAATGACCACTCAAACACCAACATCTTACAAACAAGCCTGCAACTTACGAGACGAAAAAAATGACCACATTCTGAAATCCACAAACTCACAACTCATAATAACAACGGTAGTGAATAAATAAAATATGAGACCAATTCAAACCAAAACTCAAATTTTATTTCATTGCACTAAATCGGATACATTAAACTTTGTTTTCTTAATCTATTTACAATGATTACAATTATCATTACTTTCCAAATAACATTTTCCATCAACTAAAATACACAGATCACTCATTTTTTATTCTAAGCACTACGGTTCCGGTGTATGGAGTCCTAAGTGCTCTTCCCTTGTAACGCCTTCGTGATCCAACCCTAACATACGTCTTCAAAGGTTGTTCATTTCTGTCAATGTCAGTAGGGGATACAAAACCAGTGTTCACGGATGGTTCTGTACGAGGCACACTTTGTCCAACGTCATCTTTATTTTGCCTTCTTGCCTTCTCTTCGGCCAATTGTGCCTCCAAATTTGCAACCCTCCTTTTAAGTTCTTCAATTAGAAATTCTTGTTCCTCTAAGGTACGCATAAAAGTTTCTCTACGAATTCTTTTTTGTTTCTTCTTTCCTCTTGGTTTAGCATCCTTTCTCGTCTGTCAAGCGTTCGTTCAAAGTACATATATACTTTGTCGAAAAAGAGTGACGAACACTCAACTGCATAAACCAAAATAAATTCATCAAAACAACGAAACCCAATAACCCAAGAACCACAACACAAGGATACGAACCCCAAACCTTAACCCAAACCAAATAAGCATGCTACGAGATGCCCAAACCGAATAACTACGCTACGACATGGAATGGAAAACCACTTACCTTCGTCGTCGGACAATCGTCACCGGAACTTGCCATTCCGCACGATAACAGGAAACGAAACTGGACGGAGACAACACCACGCACACAGAACAAAGTGAAGCGCCACGAAACGCGACCTTCGACCTTCCAAGAGAACGCACCTTCGTTTCCAATGGAACAGAGAAAGGGCTATTTTCGGAATTTCAGTAAAAATAAGGGTTACGGACTTCCGTTTCGTAGGTTTTAAAAAAATTTTATTTTTAAAACAAACCAATCAAACAACGACACGTGGCGTTGTCAAAACAGTGTTAAATATGCGTTGTTGGAATATCGCGGTCCATATATTAAGGGTATAATTGTGATTTTAGTTTTCAACAAGTTGTTGATTGCATTTGTAAATGTAGATGTTTTCCTTTTTTTTTTTGGTCCAACACGTCTTTCACCGTCATGGACATCATTTTCTGCTTTCATCACTTCTTTTGTTGATTTATTTATCCACCTGCAATGTCATAGTGATTTCACCATTACTGGAGATGATGTGGTTTTCATCCTCATTGGTATTCCATTTGTGTTGATGCTTGTTATATAACTACAAAAAATGAAGCCTGCAATCTGTTGCTTGAACTTTTATTTTGTTTTCATCTATATTTTCAAGCTTCAATCATAAACCCCATTATAAAATAGTAGCATGTTTTTGTGTAAGAATTTCCACACTACACACCTACCGACGACTTTGAAGTTTCTCCTAAATGTCAGCCTTACATTCCACACTAATACTCTTCTCTTCTCTCTTCTTCATTCTTTTCAAATCCCCAGAACCAA

Gene Sequence:

>Vu_16987(-)

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