Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_16825	LG4	29000546	29005082	PREDICTED: protein REVEILLE 7-like	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, circadian rhythm, circadian rhythm, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component	located in	nucleus, nucleus
Molecular Function	enables	DNA-binding transcription factor activity

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/G	29000698	3_prime_UTR_variant
A/G	29000799	3_prime_UTR_variant
G/C	29000939	3_prime_UTR_variant
G/A	29001008	3_prime_UTR_variant
A/C	29001090	missense_variant	p.Val474Gly
G/T	29001096	missense_variant	p.Ala472Asp
T/A	29001131	missense_variant	p.Leu460Phe
A/T	29001354	missense_variant	p.Met386Lys
G/A	29001437	synonymous_variant	p.Pro358Pro
T/A	29001465	missense_variant	p.Glu349Val
T/C,*	29001479	synonymous_variant	p.Glu344Glu
G/A	29001566	synonymous_variant	p.Thr315Thr
T/A	29001573	missense_variant	p.Gln313Leu
A/G,*	29001898	downstream_gene_variant
G/A	29002122	missense_variant	p.Pro234Leu
G/A	29002328	synonymous_variant	p.Asp165Asp
A/T	29002789	downstream_gene_variant
A/G	29002824	splice_region_variant&intron_variant
C/T	29003068	missense_variant	p.Val35Ile
C/T	29003193	downstream_gene_variant
A/T	29003545	downstream_gene_variant
A/G	29004147	downstream_gene_variant
C/T	29004462	downstream_gene_variant
G/A	29004540	downstream_gene_variant
T/C	29004807	downstream_gene_variant
G/A	29004993	5_prime_UTR_variant
A/C	29004997	5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_16825.1

MEMQDQIENTRSTISGSASNCHSNAGKQSENVAHVPSVGNGHAPKVRKPYTITKQREKWTEEEHQKFLEALKLYGRGWRQIEEHIGTKTAVQIRSHAQKFFSKVVRESEGSAESSIQPINIPPPRPKRKPLHPYPRKSVDAFRGHAIPNETETSQSTNLLVAEKDTPSPTSVLSTVGSEAFGSAFSEQNNRCLSPNSCTTDIHSVSLSPVEKENDCMTSKASEEEEKGSPASVPLSIVSDPNMCMKPEFSSKETEYGIDDSANMPQTTSIKLFGRTVSMVDNQKPQNIDDNGKAIITVKSDEVDDAGNEKPGQSTEQVDTQLSLGLVGGNWSITPDSDGADRSEEPPKENVCLSECVPDASFPQWSLYQGLPAFCVSPCNQILNHMPLRPSLKVRAREEESCCTGSNTESVCDMENQGKNSDAVDSKCEKYEGEGAAPQKPARGFVPYKRCLAERDGTSLIAALEERDGQRARVCS*

>Vu_16825.2

CDS Sequence:
>Vu_16825.1

ATGGAAATGCAGGATCAAATAGAAAACACAAGATCAACCATATCAGGCTCAGCTAGTAACTGCCATTCAAATGCTGGAAAACAATCTGAAAATGTTGCTCATGTACCTTCTGTCGGAAACGGCCATGCTCCCAAGGTGAGGAAACCATATACCATTACTAAACAAAGGGAGAAGTGGACAGAGGAAGAGCATCAAAAGTTCCTTGAAGCTTTGAAATTGTACGGTCGAGGGTGGCGCCAAATTGAAGAGCATATAGGTACCAAAACAGCTGTTCAGATTCGAAGCCATGCTCAAAAGTTTTTCTCTAAGGTTGTTAGGGAATCTGAGGGAAGTGCTGAGAGTTCTATACAGCCAATTAACATACCTCCTCCTCGGCCTAAGAGAAAACCCCTCCACCCATATCCTCGAAAATCAGTTGATGCTTTCAGAGGACATGCCATACCAAATGAAACTGAAACATCTCAATCCACAAACCTGTTGGTTGCAGAGAAAGACACCCCATCTCCGACCTCTGTGCTATCTACGGTTGGTTCGGAAGCATTTGGGTCTGCATTTTCAGAGCAGAATAACAGATGCCTTTCGCCAAACTCTTGCACAACTGATATTCACTCCGTCAGCTTGTCACCTGTTGAAAAGGAAAATGATTGTATGACATCCAAAGCATCTGAGGAGGAAGAAAAAGGATCTCCAGCTTCAGTTCCTTTATCCATTGTTTCTGACCCAAACATGTGCATGAAGCCCGAATTTAGTTCCAAGGAAACTGAATATGGTATAGATGATTCGGCCAATATGCCACAAACCACTAGTATTAAGCTTTTTGGAAGAACGGTATCTATGGTAGACAATCAGAAGCCGCAGAACATAGATGACAACGGTAAGGCAATAATAACTGTTAAGTCTGATGAAGTGGATGATGCTGGGAATGAGAAGCCTGGCCAATCAACCGAGCAAGTAGATACACAATTATCACTAGGCTTGGTTGGTGGCAACTGGTCCATAACACCTGATTCTGATGGAGCTGATCGCAGCGAAGAGCCACCGAAGGAGAACGTGTGCCTCAGTGAATGTGTACCCGATGCATCTTTTCCACAGTGGAGTTTGTACCAAGGCCTCCCAGCTTTCTGTGTAAGCCCATGCAATCAGATCCTAAATCACATGCCTCTTAGGCCCTCTTTGAAAGTAAGAGCAAGAGAGGAGGAAAGTTGTTGTACTGGTTCCAACACAGAATCAGTTTGTGACATGGAAAACCAAGGCAAGAACTCAGATGCTGTTGATTCTAAGTGTGAAAAATATGAAGGGGAAGGAGCTGCACCCCAGAAGCCTGCAAGAGGGTTTGTTCCATATAAAAGATGTTTGGCCGAAAGAGATGGAACTTCTTTAATTGCGGCCTTGGAAGAGAGGGACGGGCAACGAGCTCGTGTGTGCTCATAG

>Vu_16825.2

Promoter Sequence:
>Vu_16825::LG4:29005082-29007082(-)

CTGCAGCAATACTAATATTCATTTTAAATTTAGAACTATTCCATTAAACTTTATTTTTTCAAAATTGGTATATGGAATTCTTTTACATGATTTATACATTTCCTTATTTAAATATATCTAATTTTAAATCTTATATAAATTATTTTCTATTTTATATTTAATTACTTCATAATTAATCATATTTCAATTTTAATTCATACTTATTGAAATAAAATTAAAGATATTTTCTAATTTATTAAATTTAATACAAATTTGTCATAAATTTTTACTTACTTTTCACTTTTTTTTTTCCAATTAAATAATTTTCTTTACTCTTGTCTTAATTATGTAACTGGATAAGTGGTCATAATTAAAAAATTATTATTTTTTAATATATTTAATGAAATTATTACGAGGACTAATCTCTTAAATCAATTAGATGAAAAATAAAATAAAATAACCTAAGTGTACATATTTTAAAATTTCACTGAGAAAGCTAAGCAACATTTTATTCTGATTCCAAACAATTAGAAAGAAACCATCCACATCTTACAATTATTAAGATAATTGTGACATATCCATTTGCATACTTTAATAAAGTTAAATTTACAATCATATTCTAACAAGCAGATCAAGTTATGTGTAAAAATTACATTTTAATTGTTTCACTTACATTATAAAAAAAAACTCATCAATCAATCAATTAATCAATCAATCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATAATCATATCATCATATCATAGTCTCCAATAAGAAATTATTAGGTAATATTGAACCACTACGTGTTTTGCTGTCTCATCTCAACTGATCTTTAATTCTATATATAGAAGTTTTTAAATTTTTTAAAAAATATTTAAACACATATTTTGTAAGACTATGTACAAAACATAAAATATTGATCAAATATCAGCAATTTATCTCGCAGTTGTAGCAATGTCTGTGGCCTCACAGTTTCAGATAAAAAGAAAATTCACTGTTTTTGTCCAAATGTTGAAGACAAAGATACTTAAAGTGTTAATGATGAATTATGTCTTCAACTGCTTTACTTTTATTATTTTATCAGAGTCCGTGACTAAGATAATATATTTTATATATTATTTTATTTAATACATTATATAATTACCTTTGATTGGAACTAATTGTAATATAATTAATACCAGTTAAGACCACCACGAATACACTGATGATTTAAATAATTGATGTGTTAAAATATTAATTGGTGTCGTTAAAAACATTATCTTCTTTTAATAATCTCAACACGAACTACTCCATATACCAGTAAAAGGCTTTGTGTTAATTAATATTTATTAAGTTTGTTTATTTGCTAAGCATTTTTACAACTGTAACAAAAATTGGTGTAAAAAATAATTAGTTTGAAAAAGTCATTTTGGTAATAACATTTACCAGAGAAAATGGGTTGAAAAAGTCATTTTTATAATTGGAATTTTGTTATTGTAGTATCCAAATCCATTAGTCAAACTTGTTTATATCTTAGTTAACCCATTTAATTCTTAATTATTAACAGTGGATTGGTCTAACACTGAGATTCACGCACTGGAATCGCGTGTGGGAGAACATGAGAACATAAACAAAAATGACAATAAGTCAAAAAAGCCACACAAAAAAACAAGCAAAAAAAATATCCTATTATAATAAAAATCTTCTCAATTATCTTCTGAGCACTAATGTCTTCCACAATAAAATCTGCAGCACTACATTTTTTCTACCAATTTTTATTTTTATTTTCTCCCAATAAAAACTAAATATCAGACATCACAAACACTCGCCACGTGTCTTTGGGCCCGGACCGTTTTCAGCCACAAAACCTTAATGCCTTCTCGAATCGTCCATGGAAATTTCTTTTTCATTTATTTTTTTCAAAAATATTTTCTCAATCTGACGTGTCACTCTCTCCTTTTTCCCCTTTTTTCTAATTTTTATTTTTATTTTCATAATTTATACTCTCTCTTTCTCTCATTCTCCTCCCCTTCTCT

Gene Sequence:

>Vu_16825(-)

GCTCACGCATTCTTCCATTGCTCTCTTCCAATTCGCCATCTGGGGTGCCTTGATTTTCTCGGAAAATTCTCATTTTCCGAGAAAGTTCGCATCTTTACTGTTGAATCTTGAATTCCCGAACTGGGGTGTCTGAAAATCAGAGGTATTCACTGTTCTCAATTTCGTGTGTGTGTTAGGAACAATAACAACATGCTTTGGATTCAGTTCTTCGCGTGCTTTTGGCATTTGTAACTGGTTGATCTGATTTGAGCATTGACTCTTGTATTTCTATTTTGAGAAAAAAAGTTGAGCTGTTTAATTTTGATATCTGAGAGAACATGGAGCAGGAGATTATGAATAATGCTATGTGATTTTTTTTATTTCCCAAAAAAATCACTTTTTTGTTGGTGTGGCTTGATTGGTGACAGCTTTTGTTGTTGTTAGCTGCTGGGGTTAGTCTCTGTGGAGGTTTGGGGTGTTTTCCGAGGCAGGCTGACTCTCATTTTGCTCCAATGGAAATGCAGGTATAGCAAGAAACAGTGCAACCTGCCACTTTTCTAGAGCACCCTTTGATTTTTGTTCATTTTCTAGATTAGAAACATGGAACTTAGGTGGATTCTTTTTTCTTTGTTGTATTGTTCGTGTTTTATTTGTTTCTACTGTTGTGGTCATATTGGATGTTGTATGGAAAATGGATTGGCAGATTCTTGGATTTATTCGATTGTATCTCTCTTAAAACAACTAAAAGAAACGGTGTTTAAGTGGTGGCTTGATCAGCATCTAAGTTGCTGCACCATTATATTTGTGTACACTGTAAAGTGCTTTTTTAAATTTCCAGCTTATAGGCTTCTAATTTCTTAGGAATAGTGCTTAACTCATGTTTGATCTGATCCTACTAAATTAATATTCTGTATTACTTGGAGATTTTATTCTAGCGAGGGAAAGGGTACATGTATTTCTTCGGTGGCATCTACAAATATAGATCATTGGTACATCTTTTGGTAATTGGGTGCTTATTAAAAAGAACTAGATATGTGACTGGGACAAGAATCTATTTCAAGTTGGTCTGGCTTGGTATGTCTTATGTACTAACTAGATCATTTTTTGTTAAGTTGATAGTTTTTCAGTTCTAGTTTAGGAATTTTTTACCGTTTTAATCAGTTTATCCGTTTCTGTTTCTCTTTACTAAATCAGATCCATTCATCCTTTAGAGATGTGAAATTATTAATTCCTTATATTGTAAATGTTTCCCAACTATTGATAAATATTTTCTTCTATTTATGCCAGTTCAATTATTTTTATTGTTTTAAAACGGATATTAATGAACCCGTACATTTAATTTTTGAAGAATTTCACATCCCATGCATGTATTACAGGTTTTAAGTTGAAGTCGTAATAAAAGAAAGACTATAGAACCTTGATGGGTTGAGTAAATGCAGACAAATGCAGCCAATGTTATGCTGTTGCAGTTTTGAAAGATAATTTAAATCCTCCATTCCCCTAGAAGTTTTGGACAGGAATTTCATAGAAGGGACCAAAATGGCTTCAGCTGATTCTTTTTCATATGACATTATTGACAGTGTTTTTACTAGAATGTAAATGAATTTTTGGTTTGGTTTGAGTATAGTTGAATTGGTTAGCATGTGTTTGGAAGAGATGCCAAATCAGCTCTTTTAGACTCTATATGATGTGCTGTTGCTTAATTGGAAGCTGGTCTCAATCGTCTTGCATTCAATCTTGTGGAGACTTTTGTCCTCTTATATTAGGAAGAAAGAGAATTTCATTATGAATTCATCCAGTGACTTTATTTCTTAAAAGGAACTGAAATATATTCTAGTTAGCATCATTTTCTTTCCTGATGAGATTGCCTATCTTTCTTTTCCTTTATTTCCATTATCCTTTCATTGGAGGAAAGTTATTGATTCATCAACTACTACTAATGTAGGATCAAATAGAAAACACAAGATCAACCATATCAGGCTCAGCTAGTAACTGCCATTCAAATGCTGGAAAACAATCTGAAAATGTTGCTCATGTACCTTCTGTCGGAAACGGCCATGCTCCCAAGGTTGCTTCACTTTACATGTTAAAGTATTCCTTTTAATGACCTTTTTGTTCCACTTTTAGTTTTGATATCTAAAACTTATTTCAATGTTCATCAGGTGAGGAAACCATATACCATTACTAAACAAAGGGAGAAGTGGACAGAGGAAGAGCATCAAAAGTTCCTTGAAGCTTTGAAATTGTACGGTCGAGGGTGGCGCCAAATTGAAGGTAAATTCTTTGTCCTGAGTTATTAATCTGAAATTTTCCTTTTTTCATTTGTCTTCATGTCAGATGAAAATCATTTTCTCTTCATGCAGAGCATATAGGTACCAAAACAGCTGTTCAGATTCGAAGCCATGCTCAAAAGTTTTTCTCTAAGGTTAATATTATTATTTGTTTAAAACTTCAGCAAATAATTTCTACTGGGAGCATGTAGGCTATTATAAGCTAAAGTAATTTGATCATTTTCAATTTAATAGCATTTGAAGTTAGATGAATTTGTTCACTTCTGTGTTCTCAAGCATCACACTCTACTTGGTTTCAGGTTGTTAGGGAATCTGAGGGAAGTGCTGAGAGTTCTATACAGCCAATTAACATACCTCCTCCTCGGCCTAAGAGAAAACCCCTCCACCCATATCCTCGAAAATCAGTTGATGCTTTCAGAGGACATGCCATACCAAATGAAACTGAAACATCTCAATCCACAAACCTGTTGGTTGCAGAGAAAGACACCCCATCTCCGACCTCTGTGCTATCTACGGTTGGTTCGGAAGCATTTGGGTCTGCATTTTCAGAGCAGAATAACAGATGCCTTTCGCCAAACTCTTGCACAACTGATATTCACTCCGTCAGCTTGTCACCTGTTGAAAAGGAAAATGATTGTATGACATCCAAAGCATCTGAGGAGGAAGAAAAAGGATCTCCAGCTTCAGTTCCTTTATCCATTGTTTCTGACCCAAACATGTGCATGGTATCATAAGCTTCTTGATTTCTATGATTAATCTTTTGAAAGGCGAGCTATCCTAGAAGAACTTTAACAGAGAAAGATAACAAGAAAAAAAATTGACTTCTCAAGAAATTAAAATTAGTTTATGTATAAGGTAAATTACAGAAATTCTCCCATATAGTTTTTCAAAGTGCGTAAGTTAATCATGACTTATAGAAAATTAATTTAATCTTTTTCCTTTATAATTTTTTCTCCTAAAAGTTCTTTTTGGATAAGCTTGTCCAACTATTGTTGTCTAGGTTTAACTAACTTTCAAATTCTCCGGTGTTGCTGCAGAAGCCCGAATTTAGTTCCAAGGAAACTGAATATGGTATAGATGATTCGGCCAATATGCCACAAACCACTAGTATTAAGCTTTTTGGAAGAACGGTATCTATGGTAGACAATCAGAAGCCGCAGAACATAGATGACAACGGTAAGGCAATAATAACTGTTAAGTCTGATGAAGTGGATGATGCTGGGAATGAGAAGCCTGGCCAATCAACCGAGCAAGTAGATACACAATTATCACTAGGCTTGGTTGGTGGCAACTGGTCCATAACACCTGATTCTGATGGAGCTGATCGCAGCGAAGAGCCACCGAAGGAGAACGTGTGCCTCAGTGAATGTGTACCCGATGCATCTTTTCCACAGTGGAGTTTGTACCAAGGCCTCCCAGCTTTCTGTGTAAGCCCATGCAATCAGATCCTAAATCACATGCCTCTTAGGCCCTCTTTGAAAGTAAGAGCAAGAGAGGAGGAAAGTTGTTGTACTGGTTCCAACACAGAATCAGTTTGTGACATGGAAAACCAAGGCAAGAACTCAGATGCTGTTGATTCTAAGTGTGAAAAATATGAAGGGGAAGGAGCTGCACCCCAGAAGCCTGCAAGAGGGTTTGTTCCATATAAAAGATGTTTGGCCGAAAGAGATGGAACTTCTTTAATTGCGGCCTTGGAAGAGAGGGACGGGCAACGAGCTCGTGTGTGCTCATAGCCTTCCATTCCATTTTTAGAAGATTCATAATCATGGTATTAGAGGAAAAAAAAAACTGAGAAATAAGGACCCGATTTAGGTAGCTGTGATCTAATTGTCTAATTGACAAGCATCTGATTTCCAATTCTTTTTTCCAACAACTTTCTTCTTCCACGTGAAAACATTTCATGTCCAATAATTCATGCGGGGGCTGGTGGCATTATTTGTTCTGGTTTGTATCGTGTTACAGTTACTTTAACCAAATAGACACATAGCAGCAAGTCTGTAAGTTAGTTTTATTTCTACTATTTGCATGTCTTTCTAGTTGCATGTTACACATATCAGTGACACACATCAGTGACGAGGGTGTACCAGGGAAGCTTGGACAAGCATCGCAGGTCATTGAACATCATATTATTTCTTCTGACAAAAGGATTGCCTCTGGAAAGCATATTGTGTCTATGTATTAAGCTTTGAGAGAGTCATGTATTTCGGATTTTCTTAATGTATCATTCTTTTTAGTCACAGATTATAAACATTGTTTCTTCATTGTTG