Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_16410	LG4	23549077	23557398	protein REVEILLE 6	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect
C/G	23551223	intron_variant
T/A	23551225	intron_variant
A/C	23551691	intron_variant
T/A	23551767	intron_variant
A/G	23551829	intron_variant
G/A	23551904	intron_variant
T/A	23556031	intron_variant
A/G	23556192	intron_variant
T/A	23556396	intron_variant
A/C	23556397	intron_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_16410.1

MVSKNPNPPEGFYLDPTVMALPGMPPFASVSAAAAAAVSASNSSEDAAKKIRKPYTITKSRENWTEPEHDKFLEALQLFDRDWKKIEAFVGSKTVIQIRSHAQKYFLKVQKSGASEHLPPPRPKRKAAHPYPQKASRNAPVLPQVSGSFQSSSSLLEPGYILKNDSPAMLKIPMNTVVSSWSNNTLQTVNLSPVTKVNNPCSSGESTPKVRPAVESHGQGPHQGNKIHPLRVLPDFTQVYGFIGSVFDPNATEHLQKLKKMDRIDVETVLLLMRNLSINLTSPDFEDHRKLLSSYEVEPERNNYQCG*

CDS Sequence:
>Vu_16410.1

ATGGTATCCAAAAACCCGAACCCGCCGGAGGGATTCTACTTGGATCCGACTGTCATGGCTCTCCCAGGGATGCCTCCCTTCGCCTCCGTCTCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCGTCTCCGCCTCCAACTCCTCGGAAGATGCAGCCAAGAAGATCCGTAAGCCCTACACAATCACCAAGTCGCGGGAGAACTGGACCGAACCAGAACACGACAAGTTCCTCGAAGCCCTTCAACTGTTTGACCGTGACTGGAAAAAGATTGAAGCATTTGTTGGATCAAAGACTGTTATACAGATACGTAGTCATGCACAGAAATACTTTCTCAAAGTTCAGAAGAGTGGAGCAAGTGAACATCTTCCGCCACCCAGACCTAAAAGAAAAGCAGCACATCCATATCCCCAAAAAGCTTCCAGAAATGCTCCTGTACTCCCACAAGTATCAGGATCTTTTCAATCTTCATCTTCTTTGCTTGAACCTGGATATATCCTGAAAAATGATTCCCCAGCAATGCTTAAAATTCCTATGAACACTGTGGTGTCATCCTGGTCAAACAACACCTTGCAAACTGTCAATTTATCCCCTGTGACAAAAGTGAACAATCCTTGCAGTAGTGGTGAAAGCACTCCTAAAGTGCGCCCAGCTGTTGAATCTCATGGTCAAGGACCTCATCAAGGGAATAAAATCCATCCATTGAGAGTTCTTCCAGATTTTACTCAGGTATATGGTTTCATAGGCAGTGTATTTGATCCAAATGCAACTGAACATCTGCAGAAGCTAAAAAAGATGGACCGTATAGACGTTGAGACAGTGCTACTGCTAATGAGAAACCTGTCTATCAATTTAACTAGCCCAGATTTTGAGGATCATAGGAAGTTGCTTTCATCATATGAGGTTGAACCAGAGAGAAATAACTATCAATGTGGATAG

Promoter Sequence:
>Vu_16410::LG4:23547077-23549077(+)

GCCTTAGACTGAACGTTCGTCCTAAAATTGTAAATGTTAAGTAGCGCTCGGTCTGATACCGAACGCTCGTCCAAATGCGTATGTGATAAAGAACGCTCGGTCATATACCGAACGTTCGTTCCTTCTTTAATTATCAACGAGCGGTAATAGCGTTCGCCCTTAAAATCTAAATAGCGTTCGTCCAAAAGTTCTAGTGACGTTCGTCCAAGACTTCAGTGACGTTCGTCCAAAAGTTTCATTTTAACGCTCGGTCATTGACTGGCGGTTGACTCTTGAATTAAATCGTGTACGGATTCTTTATCTAAACAATTTGTGATGTATCTATCCATTTGATTCGTTCCAGAGTTAGTGAATTTAAATTATTCTAAGTATTATTCGGGTCGTACTACAGCCATTTCATTTAATTGATTCAAAGGAGTCTTTCTCGGTCTCGTCCTCGACGTTTGTCCTCGTTATGAAGGGGAGTGAACGTTCGTCTTTTTATGCAAGTGGAACATAGAATGAAAATGTATTTAAGAGAAAGAATTAAGATGTGCGAACACTATGAAAACTGAAATTGTGATTATGGTTTATGAACGAGCGTTCCAGGGAGGAACGACTCTTGAATGGAAATTGAGATTTGTAAGTATGAACGTGGTAAGCTTAGATGGTGGTTCATCCTGATATTCCGTGAGTGCTCGTTCTCAAGTAGAGATGAGTATGTCATGCGTGGGAATGGCAGGAGGTCTAGTCCATAACTGTAACTTGGACAGAAAAGACTAACCTCAGGTGGCTACTGATGAGCATTCCAGTTACCCACCTGAGTGCACGGACGCCTTAGCTACACAGGATTCATACAGTCCGGACGGTCGGTCTAATATCAGGATTTTGGATTGAATAAATGTATGAATTGTATGAATATGTTGTGAATTTACTTGCTGGATTTTGATATGTATGAAATGTATGTTTGACTTGAATTAAATTCAATAAGCTTACCCTTGCATTTTCCATTGTGTTGTCTTGTCTATGTATGTCCGTCTTGTCAAATGCAATGATCATCCGTGTGGATGTGAGCAGAGGGTGATGCATCTTTGGAGCAAACACTTGAGGAGGAAATCATTGCTGAAGAAAACTTAGTGGAAGTCGAGGTGAAGGCCGAACCGTAAATGCGTTCGGTTTTAGTTAGTGTAGATAGGATATCGAGCGGCTGTGAGCGAGTGTTCTTTTGTTGCTGTACATATTTGGACGTTCGGTCAATTCTTTTGTAAATCGTTCGTCCTCATTTCTTTTGTAAACGCTCGTTAATTTATACATGAAAGGCCGTTCGGCCATTTATTTAAATCTGTTTCCTTCACTTTTAAAACTGTTTTGAGTTATTGATACGTGTAATTATTCTAAGTATATGGTTGATGACTGTATAATTTTTGGGATGTTACATTAATTCTTCACTAATAATTATAATATCTAATATACTTTTTATATATATTGGATATTATAATTTTCATAAAAATATAAAGGTCTATTATTTTTTTAATATATGGCAAAAACATGTCTATTTAATGTTTGCCTTTTATTGCTATTTGGATTGGCCTATGGTTCTTATATTCTTCAATATTATGATCGAACTCATATTTTAAATATTTTATGTGAAGTTAGGTAATCTATAGATGAAATTTGCCCAACTATCTATTATCATGTTAAGTTCCCATCTAGAACAAAGTAGAAGCAATAATAGCACACACAAAAAATTAAAAAAAGTATTATGAATTAATAAAATAAATTTTTGTTCTCTCTTAGGAGAAATAGAAAATATAACTATTAATTAATTGAGTAGAAAGTGATTAAGTGAAGAGAGAACACATTTGATTTTCTGTTAAATTCCTTTTAACAAAATTTAGGCATCTAAAAGTTTGAAAATATAACTTTAGAAAAATAATACAAATTATTAACTATTTTAACATTTATACCTAAATAAATAGTTTTTTTTAATATTTCTCTGTGTAGAAATAGCGCCAGTCGTA

Gene Sequence:

>Vu_16410(+)

ATACCATACCTAACAATTGTTCTTACATAAATTTGCCATACGTTTCGCCACAAATTCAACGTTAAATCTCTCTCTCCTCTTTCTCTCTCTAGAATCTTTGAATGGTATCCAAAAACCCGAACCCGCCGGAGGGATTCTACTTGGATCCGACTGTCATGGCTCTCCCAGGGATGCCTCCCTTCGCCTCCGTCTCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCGTCTCCGCCTCCAACTCCTCGGAAGATGCAGCCAAGAAGATCCGTAAGCCCTACACAATCACCAAGTCGCGGGAGAACTGGACCGAACCAGAACACGACAAGTTCCTCGAAGCCCTTCAACTGTAATAAAGTTCGCTCCTTTTATTGTTGTTCAATTCTGGTTTTGCTTCTGAGAATTATTCAGTGATTGAGGTTTAAAGCTCGGTTGAGGTATTGAGTAGTTGAATTTTAGTGCTCGGGGATGGTTTTCTGAGTTGCATGTGCTGAGTTGTGTGTGAGGGTGTGGGAATTAGGGTTTTGGGGTGGGTTTGGCGGAGGAAGAATTGGGGTTTGTGTTTTATGACGGTGAGTGTGTTAAAATGGATAGGGTAAAGCTTGGTTTTTTATGCTGCTTTAACATTGTCAAAGCAGTGCTGAATTAAGGGCGTATTTGGTGTGATAAAATGTTTTATGTTTTTAATTTATCTTTTCCCTAAAGAAATGGGTATTGTTTTTTCTTTCATTTTTAAATTTTTTAATGTAGAAATATTTAAAAATAAGAAAAAATGGTTGGAAAACAAAGTAGGATTTATTTAATTGTGAATGAAAATAGGAGAAAAATTAAAAACACAGGGAAAACAGGTAGAACACGTTATCTCAAACCAAACTGGTCCACGGGTGTGGTATTGCTAATATTAGCATGGATTCTCGTTAGAACTTAGAAATGGTGAATAATGTGATGGGATGCTTTAAAAGAGAGTATTGGAAACCGAAGCTAGTTTCTTTCAAAATGTTTTGTTACATGCTGGCATTGACATAGTTACTTATTCTTTATGGTGTCTAATTATCATTGCTGGTTGAAACCCTGTCTGGCACGCAAACCATGGTGAAGGAGTTTAATTTGAGATATCAATTGGATAAGTGGTAGATTCGGGATCTTAAGCAAAGTTTGAATGTCCATACCAAGGACAGAGAGTGGGGATTGGGGACATCTGGACAATACTCAATATTTTAGTTGATACTAAAGCAAAACAATAAAAGTTCTATTCAACGTACCTTGTAATCCTCCGATTGCTTCTATTACTATTGTTGGCTGGGGTTTAACCAGTTGAAGATGGCTGTCGTCTTCCCTTCTGACCAGTGCTTGCTTGGCTCCAAATATGGACTAGCCGGAATAATTGGAATTAGTTGTTTGAACCTTTTACTATTTCCGTTCTGATCTTTCCACTTGTAATTATAACGAAAGCTGATTTTTCCTTACAATGATAAATAAGCTAGTAAGAATAGGTGCATTTGAGCCCAAAGACATTGGCAATCACAACGTTAACAAAATAGATCAGACAAAAGAAAAGGATTACTGCACTAAGTAATCTTAAGAACATTTTAATATATTTAAGATTTCTTTTTCCTGCACATAATGCCTATATTTTGACATGATGTTTCTTCTTGGGATTGTATTAATGTGTGTTATTAGTTCATGATAGGACACAGAATTACCTGAAGCTGCATTAATGTAGATTCCTTAGTTTAATTTATATGATCATATTAGGAAGATTATTACCTCTTTTGGTTGAGGAAAATATTATTAAGTACAAATAAGAGATATATATAAGTGAAAGATAAGAACTCTACCTTAAAAGGAAAAAAAAAGGATCTAATGGGCCAAAGTGACTAAAAAGGCGTAGTTATGTGAGTTTTTTGTCTTTCAGTAATAGAACTTCCATTGAAACATATATTAGGGCACCAGAGAGAAACCATATACACTGCTATCCAATAAAATATTATTGAAAATAAAAATACTGTTCAAATTATCTTTCTCTTTATTTTAAATTTTGGAAAAACTTGATAATGTTGTAAATCATTGGATTATTGTGGTGGACAGCTTCATTGAGAGGTCATACTTAATACCATTCCCTAGTGTTGCAATTTAAAGCTAGTATTTGTTTCTGCCCTCACATTGCTTTGCTCCTTCATTTGTTTACAGGTTTGACCGTGACTGGAAAAAGATTGAAGCATTTGTTGGATCAAAGACTGTTATACAGGTAATTCTAATGAGCAAAAATCCCGTTTTTGCTAGAAGTGCATAATTTTCTTTAACATTTCTGGAGTTAAGTATAGATATTTCATTTTAGCTTGTACAGTTAAAGTATGCCATCTCTCATTTTCTTGTTAAATTTTCTGTTCTCAATTTTTTGGGATGAGATTCAATAGATCCTAGGCTAGAAAAGGCTTATGCACAGTTAAAAATTTGGGCCAGGGTATCATGTTAAGTGTGAACATTACGTAAAAATAATTTGAAATCCTTGGTGTTGGAATGTCGTTAATTGATTATGTAGTTTTCAAATTTTCCCGAAGGAACTATATCTTGTTGGAAATTAAATGTCAAAAGATAGGTGATAGGACTCCTAATAAGGATCATGGGAAGTGCACATGGGCTTGTTACTCAGCAAGGAAAAATTATAGAAGGAATAGATAGGCCCAAAATATGGAATGTGTATGTAAGAAGAAAGAAAATGGGGTTAGGAAAAGAAATAGGGAGAAGTTAGTTAGGATGGGGAATGACGTGTCAAGAATCCAAGGATGGGGGAAATTCTGTTATAAGAGAGAGTAGGGAGAGTGTGGGGGTACGGGAGTAGGAGGTTGTGAGTTGGTTAGGTTGGTTAGGAGGAGAATAATCCTCTGGAGGAGTCTAGGACTCTGGGGTTTTCCTTGTGGCTGTAGAGCTTTCAGCTCAATCATCTTTTTACTGCATAATACTCTAAATAATACAACTTTGATATTCAGTAATTGTTTGGTTTCTATCAATAGGTCTTATTCCCACCCACCCCAAAGAAATGCTCTTTATTCAACCATATTCTCCTTGATTCACCATGTATTTCTCACTGTCATATTGTGCTCGCTGCTATAGTAAGGTTGGTTTGTTGACTTGCAGTCCATTTAAGGAAGGTTATATGAGTCAAAAAAATGTTAAACCTAATACCCATTTTACTCCTGTTTTTGAGGCAAGATACTTTAATTTAAAATTTGAGGTATAACGTGAATTTCCTGTTCTTTCTTTCTATTCAATGCAAGTTATTGCATTATAGTGTTATTGAGCTTTCTATTACTTCATTGTCAAACAAATTGTTTATTCCATAAACTAGATTAGTAGTATAGGTATTCTAATTGTGGTCACTTTGTGATATATGTTAATATATGCATCGTTTTAACCTTTTGAATTTTAATCCTTTATCATTAAATTATTGTTACAGTTTATACCCATCATTCATATCATAACTTGTTACTCTCTTAAAAAATGTCATGTACCTAAAAGCTTAGGTGTTAGATGCAGATTCAGCATGGTTTTGTAATCTTTAACTTAGCTACACATGTGGGTAGGGAATGGTTTTTCCTCTGAAAGAAATAATGAAAAATTGCTTTTGATGACATGCTGATTCTTTTGACTGAAAGAAAAGCAAGTGTGACAAGGAGGAGTATTTTATGTTAGATATTATTTATGACAGAACATTTAAAGTGTAATTTGATCCATGCCACTGACCACGCTTAGTGGGAAAATGCTTTTTTGTTGTTTTGGTTGAGACAGAAGTATGGAGCTGAGCTGGCTTGAAAATCTGAATATAAATGAATGTTTGAGTTGTTAGGGCTTGTGTTATTTTTTTTTTTCGACTTTAGATTTCAATTTCCATTCCTTAAGGTAGTTTCTGGATAGAGAATCTTAAAAGTTCTAAGGAATTTGAATTGCATGGGAATTTACTTACTTTAATTACATTCCTTTCATTTTCGTAATTCTTTATTTTGGATAAACAATTCAAATTCATATTATATTTTCAATTCTTTGTGCAGATAAAATTATTTAATATCCATCATATGTGAAATTAAATGAGTAATTATATAATTTTTTCATAGGTAATCTTTAACTACAAAGTCAAATATTAAGCAGTTTGTGATCTGATTTTAATGTAATTTTGTAACTAAAAATGTATTGTTTAGCAAGGAGGGGGAAAAGTAAATATTGTTAACATTTTAATAAATAAAGTGTAATTTTGTTTCATATAAACTAAAAAGTATATATATTTGCTAATGGATAGAAAGAGGTGCGGAAGAGAGGGCAGAGTGAGGGCGAGAAGAGAAGTGATAAAATGATTGGGGGAGGTGTGAAAGAGAGATGCTTAGAAAAGGGATAGAAAGGGAGGAGCAGCGTGGATAGCACATACGAAAGAAAGGTCAGAGATGAGAGTTTGCAGTGACACTGATAGAGAAGAGAGGAACTACAAAATGCTTTTATTTTAGATGTTATTCGTGTGAAACTCTAGGGAAAGAGAAACATTAAGCTGAAACCTTGTGTTTCTAAGACATCGTAGGTGCTTTATTTATATTGAGAAAAGAGTAATTCAATACAATAAATAGAGGAGCTTTGATATCCTCTAATAACAAAGATATGATGTGTAAATAAATAAAAATATTCCTAATAATACATATATAATCTATATTCCTGATTATATAAGACCAACTCCTTATTTCTATAATTTCTATAATTATAACAATTTGAAATCCCTTCATTTTACTTGAAAATAAAACCTCTTTAAAATTCCCAGCATTATGAATTTTATTTGCATTTGATATCCAAGTAACTCATTTTGATATGCTATATGGTTTTAAATCCATTTAAAACTTGAATGCCTCTTTCAATTCCTCATCCAAATTCACTATAATTTAGCTTAAGGACTAATTATAATTTCTACTGGGTTTGTAGATACGTAGTCATGCACAGAAATACTTTCTCAAAGTTCAGAAGAGTGGAGCAAGTGA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