Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_15786	LG4	11687347	11693171	PREDICTED: calcium/calmodulin-regulated receptor-like kinase 2	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	phosphorylation, protein phosphorylation, protein phosphorylation, protein phosphorylation, phosphorylation
Cellular Component	is active in	plasma membrane
Cellular Component	located in	plastid
Molecular Function	enables	protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/C	11687349	splice_region_variant
G/T	11687391	3_prime_UTR_variant
T/A	11687394	3_prime_UTR_variant
T/C	11687502	3_prime_UTR_variant
T/C	11687662	missense_variant	p.Lys379Arg
T/C	11687770	missense_variant	p.Asn343Ser
G/A	11687799	synonymous_variant	p.Ile333Ile
C/A	11688036	synonymous_variant	p.Val292Val
A/G	11688043	missense_variant	p.Phe290Ser
T/A	11688222	downstream_gene_variant
A/G	11688224	downstream_gene_variant
G/T	11688286	downstream_gene_variant
A/G	11688523	downstream_gene_variant
A/G	11688595	downstream_gene_variant
A/G	11688752	downstream_gene_variant
C/T	11688858	downstream_gene_variant
T/G	11688957	downstream_gene_variant
T/C	11689033	downstream_gene_variant
T/A	11689034	downstream_gene_variant
C/T	11689036	downstream_gene_variant
T/C	11689148	downstream_gene_variant
T/C	11689168	downstream_gene_variant
T/A	11689174	downstream_gene_variant
A/T	11689449	downstream_gene_variant
G/A	11689458	downstream_gene_variant
G/A	11690359	downstream_gene_variant
A/G	11690360	downstream_gene_variant
C/A	11690410	downstream_gene_variant
C/A	11690475	downstream_gene_variant
A/C	11690584	downstream_gene_variant
A/G	11690685	downstream_gene_variant
T/G	11691029	downstream_gene_variant
T/C	11691045	downstream_gene_variant
A/C	11691070	downstream_gene_variant
T/A	11691135	downstream_gene_variant
G/C	11691157	downstream_gene_variant
A/G	11691329	downstream_gene_variant
T/A	11691395	downstream_gene_variant
T/A	11691897	synonymous_variant	p.Gly123Gly
T/A	11692120	downstream_gene_variant
T/C	11692129	downstream_gene_variant
A/C	11692130	downstream_gene_variant
A/T	11692132	downstream_gene_variant
G/T	11692279	missense_variant	p.Pro80His
C/A	11692320	synonymous_variant	p.Ala66Ala
T/C	11692399	missense_variant	p.Asn40Ser
A/T	11692857	downstream_gene_variant
T/A	11692901	downstream_gene_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_15786.2

MVDQGDLVVICVSIGVALGILIACLVYFCTRWYNKRTHLNRSANEPSLTAIPIRTNGLGTSTDFSASLTSSIATYRSPNPPKKSHPAGRNHQNKDGFASVSGILKYSYKEIQKATQNFTNILGEGSFGTVYKAVMPTGEVVAVKMLAPNSKQGEKEFLTEVLLLGRLHHRNLVNLLGYCVDKGQLMLVYEFMSNGSLENLLYDEEKELSWDERLQIAVDISHGIEYLHEGAVPHVVHRDLKSANILLDHSMRAKVSDFGLSKEEIFDGRNSGLKGTYGYMDPAYITSSKFTVKSDIYSFGIIIFELITAIHPHQNLMEYINLAAMDYDGVDGILDKQLVGKCNVEEVRQLAKIAHKCLHKSPRKRPSISEVSQAILGIKQRQRRLMKEDTMSFASTNFSRSMSQIDEQQVELSTGK*

>Vu_15786.1

CDS Sequence:
>Vu_15786.2

ATGGTTGATCAAGGTGATTTAGTTGTCATCTGTGTCTCTATTGGAGTGGCCCTTGGGATTTTGATAGCTTGCTTGGTGTATTTTTGCACAAGGTGGTACAATAAGCGAACTCATCTTAACCGATCTGCGAATGAGCCTAGTTTAACAGCTATCCCTATACGAACAAATGGATTAGGAACGAGCACTGACTTCAGTGCGTCACTCACCAGTTCCATAGCCACTTATAGGTCACCAAATCCTCCAAAAAAATCACATCCAGCTGGGCGGAATCATCAGAATAAAGATGGCTTTGCTTCTGTATCAGGCATTCTGAAGTACTCGTACAAGGAAATTCAGAAGGCCACACAAAATTTCACAAATATTTTGGGAGAAGGGTCATTTGGCACAGTTTATAAAGCCGTGATGCCTACAGGAGAGGTGGTAGCTGTGAAGATGCTTGCACCCAATTCCAAACAAGGGGAGAAAGAATTTCTAACGGAGGTGCTTCTGCTAGGAAGACTGCATCATCGGAATCTTGTAAATTTGTTAGGGTACTGCGTAGATAAAGGACAGCTTATGCTTGTTTACGAGTTCATGAGTAATGGAAGTTTAGAAAACCTTTTATACGATGAAGAAAAAGAATTGAGTTGGGATGAAAGGCTGCAAATTGCTGTTGATATTTCGCACGGAATAGAATACCTTCATGAAGGGGCAGTACCACATGTCGTACATCGAGATCTGAAATCTGCTAATATTCTGCTAGATCACTCAATGAGAGCTAAGGTTTCTGATTTCGGGCTCTCAAAGGAAGAGATCTTTGATGGCCGTAATTCTGGCCTTAAAGGTACATATGGCTACATGGACCCAGCATACATTACCTCGAGCAAGTTCACAGTGAAGAGTGACATTTACAGTTTTGGTATAATAATTTTTGAGCTCATCACTGCCATCCATCCACATCAAAATTTGATGGAATATATCAACCTTGCTGCAATGGATTACGATGGTGTAGATGGGATCCTTGACAAGCAACTTGTGGGAAAATGCAACGTTGAAGAAGTGAGACAGCTTGCTAAAATTGCACACAAATGTTTGCACAAATCACCTAGGAAACGCCCATCTATAAGTGAAGTTTCGCAGGCTATATTGGGGATTAAGCAAAGGCAAAGGCGTCTGATGAAAGAAGACACCATGTCATTTGCAAGCACCAACTTCTCCCGAAGCATGAGTCAAATAGATGAGCAACAGGTTGAATTAAGTACAGGGAAATAG

>Vu_15786.1

Promoter Sequence:
>Vu_15786::LG4:11693171-11695171(-)

TTATATCATTTGATATAAAATGTCTAGTAATACATTTTTTTTAATTTTTACTTTTTGTTATTTATTATATTTTTAAAGTGAAATCTAGCTTACATAGTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATATATATATACACACACACACACACACTGAAAGGATGATGTTAATACAATCAATGTTTTTTCAGTGAGTAAAATATATTTAAATTTAGGTATAACATGTCAAAATCTAAATTATTTTGAAATTAACAAAATTTTGTCAAGTGATTAATTAAGATTTTGATATATAACATTCTCAAATTTATATAAATATTAATTTAATAGAATGAATAATTGATTCTTTTTAAAAAGATAAAATTTGAATTAACTATTTCTTAATTTTTTTAATAAAAATCTAATTAAATAAGAAAAAATATATAAAGACTCAAATAAACTAAAAATTTAAATATAAGAATCAAAATTAATAATTAAATCCAAATAAATTTATAATCTATGATAACACAGAAAATTAAAATAGCTAACTGATAAAAACGTTATGGAAAAGTTACGGAATTATCATCTTTGAGCAAGTTACTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCAAGAAAACGTTATAGAACTAAGAAAATTGTGATTGGCCACAGAGCGTAAAGGCTTTTTTTATTAATTGTAATTTAATGGTATTTTTAAAAAACAAATCACTGCTTTCTTTGACTTTTTTTAATGAGTTTAAATATGTTGAAAATTAAAAAAATATTTAAAACAAAATAACTAAAGAAAAAAAGACAAGATGCAATGCCGGCAAAAGGAGGCATAAAGATTGAACACTTCACTTACGTAAGCGGGTCCCACAACAAATCAAATCTAAAAATAATTAACAAATTTATCATCCTAAAATGATTAAAAATAAAGCTTAATATTTTATATATAAAATACAAAGCATGAAGACAATATAAATAGATTGAATTCTATTTTTTAATAGTATTGTCAACTTATTGAAAGTTTAAACTTACAAAAAGTACTTTTTAATATTAATATAATCTGATATTATGGAGAGATGATAATGTTTGTATAATACATATGTCAAGTTTTTATCTTAATTTTATGTATATGCTTGAAAAATGTATAAAAAAATTATTTGTACTTTAAAGAAATAATTACCAATTTGAAATTTAAAAAAAATGTAAGTTATGACTGTTCTTGTTTGGTAGTACTTACTTTACATGCTGATGGACTTAGTCAATTATTGAAATGCATTTTTTTAGTTTAATGGTGATTGATGGTATGGTGATTGATGGTACAGTTAAGGTGAATTTAGGACTAAATGTAATTAATTAATTAATGTGTAATTTATGTTTGTTTTTTTAAGTAAAAGATGTATTATTTGATTTTCTTAAAAGAATAAAAATGGTAATAAATTAAAAATTTAAATATGATTTTGGTATCTTAAATTTTAGTAAAATTGTTTAAAACTTTAATCAAATTTATTCCTTAAATTTTAAAAGATAGAAATTTGATAATTTTATTTAAAGTTTTTAAAGTTTATTTAATGTTTCAAATATACTTAAAAATAATATTTAAATTATTTGATATATTTTATTTCTAAAATAATATGTTTAAAATTTTAAATAAATTTAATAAAATCAGATTAAAATAATTGAATTTACATAATTTTAAAATACAAAATTAAACTAATTCAAAATTTTAAAACAAAATTAATTTCAATTTTTAAATTAAGAAAAAAAAACATATTTAATCGTTAAGTTATATGATAAAGAAATAAACATGTGCATTATGTTCATATATCATTATCCATCTTTATTACAATGTAAAGGGAGATATTTTCTTACAGAATTTAAGGTGAAGGAGGAAATTACTAAAATGGATACACAATTAGGATTAAAATACTAAAAAAATTGAAGAGATGTAATAACATTCGAATAGCAATTGGCCTATTAATGACTTGACCTTGTTTTTTTTAAT

Gene Sequence:

>Vu_15786(-)

GAAGATGAAAGACGCAGTCCTTGTGTTTGAAGAAAGACCCACCAAATTAATCCGCGTTTTCTCTTTTTGTTTCCTTCCTCTTGAAAGCATGAAGAAGCCTCCAACTCAGACCTGTTCATCTACCTTTTCCAGTTTCAATTTCCATTTTCACCTTCTTTCTCTCTTCTTCATCTCGCCACCTCATTCTTATTAAGCGCAACTACCACAATGGAAGCAGTATTTCGGAATCAAGGTTCTTTCTGTCCTGATTTTGCTGTCTGGTTTAGGAAAAAAAAGCTTTTTTTTTCTGTTGTTGAATTTGGGTCGGTGGGTTTTGAGTTTAATGGATGATGATGGGTTTGCTTGGTGGATGGTTTTATTTCCAATGTTTATGAGAGTAAAGTGAGTTATTATTGGGACACCAACTTTAAAGTGGTAAATTATTGAGTCTTTTGGCATGTTAGTAGTTGTTGAATAGTTAAAGCTTTTCTTATTGTATGTTGATTTGTATTTTTGCTTAGACTCGTCTTCAAAGTTGGTTGTGGATAAAGTGCTGAATCGGTGTCTGTTCTAGCTGGATAAAGTAATGAATTAGCTTATTGTGGCAGTGGACCTCTGTAGTGCTGGTCTCATGCAAGATGATTGAGAATTTTGAATATCAAGAGAGGTCAAGGGATGGTTGATCAAGGTGATTTAGTTGTCATCTGTGTCTCTATTGGAGTGGCCCTTGGGATTTTGATAGCTTGCTTGGTGTATTTTTGCACAAGGTGGTACAATAAGCGAACTCATCTTAACCGATCTGCGAATGAGCCTAGTTTAACAGCTATCCCTATACGAACAAATGGATTAGGAACGAGCACTGACTTCAGTGCGTCACTCACCAGTTCCATAGCCACTTATAGGTCACCAAATCCTCCAAAAAAATCACATCCAGCTGGGCGGAATCATCAGAATAAAGATGGCTTTGCTTCTGTATCAGGCATTCTGAAGTACTCGTACAAGTAAGTACATATATATCTTCAACATTAGATGTCTCTTTCTTCCAAAATGTTTTTGTTTTTGTATAACTACCAGACATGTAAACCTTCATTAGAAAAGTGTTGATACTTGGTTTGTGAAATCAGGAGAAATTTTATTTGCATTGCTTTTCTTGTTTGGAAGAAAAAGGAGAAAATGGCTCTTGGAATTGTTTTGATAAAAAATGCATCCAGGGACATTTTGCAATGGCCTAACTGAAATTTTGTATTTTCTAGGGAAATTCAGAAGGCCACACAAAATTTCACAAATATTTTGGGAGAAGGGTCATTTGGCACAGTTTATAAAGCCGTGATGCCTACAGGAGAGGTGGTAGCTGTGAAGATGCTTGCACCCAATTCCAAACAAGGGGAGAAAGAATTTCTAACGGAGGTATATGCTGATCAATTTTTTTATGGGTTATGAAAAAGGTCTATGACCTTGTGTTGAGAGGGGGGCTGCTGGGTTGTAGGCAAAGCTGCTTGGCTGAGATTTGATCCTAGGATTTGGGCCTAATTGCAAATAACTATTTTAGTACTAGGTGTTCTTACCTGAAAGAGCAGGAGTTGGACCAACAAAACCAGCTCCGGCACTGTCACAGGCCAAGGTCCACCTGGCCTGCCAGTTGTACTGCTCGGCTAACTCTGGTTTGCCGTGACAGAGTAGTGCACAAGGTTGTGGGATGCAGAACTTTTTCCTTTATTTTGAATCTTCCCAGTGATTTATTTAATATTGGAAAAGGATTTAATAGTATATTTTCCTCGCTCTTTTCTTTGTTTCCTTATGGGCATCATTTACATAATCAATATGATGAAAATTCAAAGGAACCATTCAGATAATGGGATAATGTCCATGTTTGCTTTGATTACCTTATAGGCTTGTAGATTAAATTATTTTGTTCTTCGTTGTTTAAGAGTATCTTCAATTCAGTAGGATCTTAAATTTGAGATTATGATCTTATAAGAAATTTTTATTGGAGCAAGTTGGTGCGGCATAGTGTAGGTCCTAAAATTAACAATTTCGTCTTACATTAAACCCTTAATAAAAACCTATATTTCAATGACAACAACTATGTTGAAAATGCCATTTTCAACATTTCAATAATTTTTTAAGTTGTAAAATTTGAAGCACAAATAAAAAATTAGAAAAATGTGGGTTCTTATAAGTGTTGATAATATGCTTTTGATATATTTTTATTTAAATTATTTTTTAGTAAGTATTTAAGTTATTTTTTGAGATATCTTTTACATAAATATAAAAGTTATTTAATTATTATTTAGAATTAGGAAGGTAAGATTGAGATATTGTTAATATTTGATCTTTTCTTTACATTTTGCTCTTTGTATATAGAGTACATGAATGAAATAAATTACAAGCTACTCTGTATAACATATCTATTATATTTCCAAAATCCCAACAATAAGACCTCACCATTGAATCAAAATTTATAAAAATATAGTGAGTTGCTTATAAATGATGTGATAGGATAGGAATATTTAAAGTAGAATAAGACCCATGTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAAATCCTTCACTGTAGATGTTCTTAGTCAATTGTGGTGTCTTCACACGGAAACTCTAGTGTTTTGAGGTGTTTGATTTGAATTAATTTGGAATATACATTAAAGAACCTGAAAAATTGTTTGAGTTTGTATTTGAATTGTGCAGTATGGTCATCATCATTGAGACATAAAATCCTGCTAAGGCAAAATAAGTTCCTTATCTGCCAGGTGCAATAATTAATTTTAAATGGTGGCTATGTCCATGCATTTCCACTGGATTTCACTTTAATTGTATTGGTTCTTGTTTGAGCAACTCCAATTATTGCTCCATGAAGTAACACTAATTACGGCTCACCAATTTAGCCAGTCAATGATTTTTAATGTGATGTTGATCCAGGTGCTTCTGCTAGGAAGACTGCATCATCGGAATCTTGTAAATTTGTTAGGGTACTGCGTAGATAAAGGACAGCTTATGCTTGTTTACGAGTTCATGAGTAATGGAAGTTTAGAAAACCTTTTATACGGTAAACAGAAGATTTTCCATGATCCTCTTACTTTCTTTTACATGTTTTTCGTAGTCTACAATTATTACTAAATGTAACGTAGTTTTCACATTTTCCCTTTATCAAGAACAGCGGAGGAATTTTTATTTTTATTTTAACCCTTTAATCTTGAAAATAAAGTTTTATGTGGTCTCTGTTGAGAATGGTTGTTGTGCATGCATGTAGATGAAGAAAAAGAATTGAGTTGGGATGAAAGGCTGCAAATTGCTGTTGATATTTCGCACGGAATAGAATACCTTCATGAAGGGGTATGTTTAACATTATATTTTCTCTTATTCTGTATGAAAATGTCTTTGGTTAATATGAATATCTATGGAACAGGCAGTACCACATGTCGTACATCGAGATCTGAAATCTGCTAATATTCTGCTAGATCACTCAATGAGAGCTAAGGTAAGCTAGCTCCTGCTATTGCTTTTTGATGGTTTTATTCATTTTCTCATGTTATGATATGATACCAACTAAAATGTTGTAATCATTTCCAGGTAGTGTGGTTTATAAGAAATATATGTAAATTAAGCATGATCAGGGAAGTTTCAAAAGGACTGGTCTAGAAACTGTCAGTGACATCTTTTCAAATTGTTGCTGAATATTATCTGCTAAATTTGTGTCTGCATTCGGCAACCAAATGTAGTTTGCTAAACCATTTGGTGTTCATTGATGAGTTGCTGGAGGTATTTTACTGTTAGTGTGTTTAGGTTAAGGATTGATGTGAGGAATAGCTGAAGGCATTCAAAACTTACTCCAATCCTTTGACTGTAAAATCCATCTTATACAATCCAAGTAATTTTCTTCTGCATATTTTAACGAGGTTTAGTGTAAATTGATTTTGTAACTGGTTAAATTACAAAATTAGCCGCAGGGCAATGACATGTAAAACTTATTTGTGTGTGTTGACACTAAAGAATGATGTGTCTATTTTATGATAATAGTAGTACCATACTGAGAAAATCAATCCCATAAATTTAGGGATTAGAGTCATGGATTAGAACAATCAACGTATGATAATAATAATAATAATGAGAGGCTGTTATAGGAAACATCTCAATAAATGTTTCCTGCAATATATCAGCACTCCACTCCCCCTCAAGCCCAACCTTACTAAGCTTTAATCTTGTTATAATTTAAGTCTTCTTTTAATAGAAAACAGACAAATCCCAAACATTGAGGTTAGGGTAAAAATAGTTCAAACAACCAGCAAACAACTAGAAAGGCACAGCAAACCAAACATAGCTTCTGAACAAGAAGAGGAACACATTCGTCATACAAGAGGGCAGCAAGACACCAAGTGCAACTAGCTAATAAGAAGGGCGCAACAAACCAATAACAATCGTTAAACAAGAGTGTCCTAACAAATCACTTGAAGCCGCCAAACTAAAAGAGGGGTGAATCAAACAAAGGATAGCTGCCAAACTAGAAGGGCACAAGAAACCACGGCAACCGCCCAACAAGGAGAGGGGTGCAATAAGACTAAAAGCAGTCACCAAACAGAAAAAGGGCATAGCTGTCTAACTGTAACAAAGTCAAAACAAAGGGCACACCAAACTGATATTTCCATGTTTTAGGAATGTAATTTAACAACCAAATAATAATCCACAAATCATGGAGGATAACACTGCTCTAATAGCATGTTGAAACTAAACAATAATGTGCTTGTTTTACCGTAACGGTACCATATTTATACACTAGGTTGAGAGAATCAATCCCATAATTTAAAAATTAGAATCATTGTGCCTAAAAAGGTATATATAAGAGATTTGAATTTCCTTAGTATGTAAATTGGTAATATTTCCCAAATTATATTAAATATCTCATATCAGGTAACTGAACTGAACAGTTTCACTGTTGAAATTTCCCCAAAAGCAGTTGAGTTCAAATGAAACAAAGTTTTCTGATTAGCATCCTGTTGTTTATTATTGCTTATCTGGAAAATTACTGATTATGTAGGTTTCTGATTTCGGGCTCTCAAAGGAAGAGATCTTTGATGGCCGTAATTCTGGCCTTAAAGGTACATATGGCTACATGGACCCAGCATACATTACCTCGAGCAAGTTCACAGTGAAGAGTGACATTTACAGTTTTGGTATAATAATTTTTGAGCTCATCACTGCCATCCATCCACATCAAAATTTGATGGAATATATCAACCTTGTAAGAGATTTTTGATTTGAAAACTAACTACTTCGTCTAGAATTCTAAGTGCTAGTGTTATAAAACTTTGGACTGATGGTTTTTTCTTCGTGTCATTTTTTCATTTGCTGCAAGGCTGCAATGGATTACGATGGTGTAGATGGGATCCTTGACAAGCAACTTGTGGGAAAATGCAACGTTGAAGAAGTGAGACAGCTTGCTAAAATTGCACACAAATGTTTGCACAAATCACCTAGGAAACGCCCATCTATAAGTGAAGTTTCGCAGGCTATATTGGGGATTAAGCAAAGGCAAAGGCGTCTGATGAAAGAAGACACCATGTCATTTGCAAGCACCAACTTCTCCCGAAGCATGAGTCAAATAGATGAGCAACAGGTTGAATTAAGTACAGGGAAATAGGGTGAACACATATTCATATATTTTGTTGTGAAAATTCTTTTTGGATTTAGGTTAAGAAAATTTGTACAAAAAAATCATTGAATGCCACTATCTGCGTATGTCAGTCAGGATGTACAGGTATCAAGGGTGGATCTCATGCTACCTTGAACATGATTCTTTGGTTTGTGAATGGTCAATTATCTTGTGAGTTTTTTATATCT