Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_15309 LG4 5937853 5943052 hypothetical protein LR48
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of shoot system development, regulation of shoot system development
Cellular Component   located in   nucleus, extracellular region
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity, amylopectin maltohydrolase activity, protein binding
Pathway   B 09101 Carbohydrate metabolism   C 00500 Starch and sucrose metabolism [PATH:ko00500]
SNP Position Effect Amino acid change
G/T 5938568 synonymous_variant p.Ala569Ala
G/T 5938897 missense_variant p.Thr527Lys
T/C 5938898 missense_variant p.Thr527Ala
A/T 5938905 synonymous_variant p.Ala524Ala
G/A 5938932 synonymous_variant p.Asn515Asn
G/A 5938938 synonymous_variant p.Tyr513Tyr
T/C 5938958 missense_variant p.Thr507Ala
T/A 5938968 synonymous_variant p.Ala503Ala
A/G 5939083 intron_variant
G/T 5939087 intron_variant
G/A 5939328 intron_variant
T/C 5939365 intron_variant
G/A 5940122 intron_variant
T/A 5940250 intron_variant
T/A 5940383 intron_variant
T/A 5940788 missense_variant p.Met343Leu
A/T 5940792 splice_region_variant&synonymous_variant p.Val341Val
C/A 5941080 missense_variant p.Gly274Val
A/G 5941202 intron_variant
T/C 5941442 intron_variant
C/T 5941893 intron_variant
T/A 5942463 intron_variant
A/T 5942637 missense_variant p.Val139Asp
G/A 5942957 synonymous_variant p.Tyr32Tyr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_15309.1
MATDMQRLVGTSEDDEEIGMDVKDEDDDEDDYEENGGEQRNASGMVGIDGGNEIGTATGDNRFAQHQQFHEQAGTPGGGTRRSRPVEEKERTKLRERRRRAITARILAGLRRHGNYNLRVRADINDVIAALAREAGWVVLPDGTTFPSRSQGQKPAGGNSTILTSSSSHVASQQTPSPSLRGVASGYRSPLEYSACQTKGVFMPTPSPYDLSSTSRSQTSIVGDGEAQRDNHPLISGSIDNADEKQIADLPARLPERDLAGTPYVPVYVMLPLGVINIKCELVDPDGLLKQLRVLKSVHVDGVMVDCWWGIVEAHAPQEYNWNGYKRLFQMVREVKLKLQVVMSFHECGGNFGDDVCIPLPHWVAEIGRSNPDIFFTDREGRHNPECLSWGIDKERVLRGRTAVECYDQYMLKSLRKAAEARGHAIWARGPDNAGTYNSQPHETGFFCDGGDYDGFYGRFFLSWYSQVLVDHGNRVLSLAKLAFEGSCVTAKLAGIYWWYKTASHATELTAGYYNPCNRDGYAAIMTMLKINGVSLNIPCVELHTLNQHEGFPETFADPEGLVWQVLNAGWDVDLPVTSQNGFPCLNRVSYNKVLDHAKPMNDPDGRHFSSFTYLRLSPLLMERQNFIEFERFVKRMHGEAVLDLQNRKNRIVICCGTYLLVI*


CDS Sequence:
>Vu_15309.1
ATGGCAACCGATATGCAAAGGCTTGTGGGAACGAGTGAGGATGATGAAGAAATAGGAATGGATGTGAAGGATGAGGATGATGATGAAGATGATTACGAGGAAAATGGAGGCGAGCAGAGAAATGCTTCAGGGATGGTGGGGATTGATGGTGGGAATGAGATAGGAACTGCCACTGGTGACAACAGATTTGCACAGCACCAGCAGTTTCATGAACAAGCAGGTACCCCTGGTGGAGGTACTCGAAGATCTAGGCCAGTAGAAGAGAAAGAGAGAACAAAGCTAAGAGAGAGGCGCAGGAGGGCCATCACTGCAAGGATCTTGGCTGGGCTACGCAGGCATGGCAACTACAATCTAAGAGTTAGGGCTGACATAAATGATGTCATTGCTGCTCTAGCAAGGGAGGCTGGATGGGTGGTTCTTCCAGATGGTACTACTTTTCCCTCAAGATCTCAGGGTCAAAAGCCAGCTGGTGGTAATTCTACAATTCTCACTTCATCATCTTCCCATGTGGCTTCACAACAAACTCCATCCCCTTCTCTTAGGGGAGTTGCTTCTGGCTATCGGAGCCCTTTAGAGTATAGTGCATGTCAAACAAAAGGTGTTTTTATGCCAACTCCATCTCCTTATGATCTATCCTCAACTTCCCGATCTCAAACATCTATTGTAGGGGATGGAGAAGCACAAAGAGACAACCATCCTCTGATTAGTGGTTCAATTGATAATGCTGATGAGAAACAGATTGCTGACTTGCCTGCTAGATTACCCGAGCGTGATTTGGCTGGTACCCCATATGTTCCAGTTTATGTGATGCTGCCGTTAGGGGTGATCAATATAAAATGTGAGCTTGTTGATCCTGATGGGTTGCTAAAGCAGCTGAGGGTGTTGAAATCGGTGCATGTTGACGGTGTTATGGTAGATTGTTGGTGGGGAATCGTGGAGGCCCATGCTCCACAAGAGTATAATTGGAATGGTTACAAGAGACTCTTTCAAATGGTGCGAGAAGTTAAGCTTAAGCTACAGGTTGTTATGTCATTTCATGAATGTGGAGGAAATTTTGGTGATGATGTTTGTATTCCATTGCCGCATTGGGTTGCTGAAATTGGTAGGAGCAATCCTGACATTTTTTTCACTGATAGAGAGGGAAGGCACAACCCCGAATGTCTTTCTTGGGGAATAGATAAGGAACGGGTTTTAAGAGGTCGTACTGCTGTGGAGTGTTATGATCAGTATATGTTGAAAAGTCTTAGGAAAGCAGCAGAAGCAAGAGGTCACGCTATTTGGGCTAGAGGACCAGATAATGCTGGTACCTATAATTCTCAGCCACATGAAACAGGTTTCTTTTGTGATGGGGGTGATTATGATGGCTTCTATGGCAGGTTTTTTCTTAGCTGGTACTCTCAGGTTTTAGTTGATCATGGAAACCGGGTACTTTCTCTGGCAAAATTAGCTTTTGAGGGATCTTGTGTTACTGCAAAGTTAGCAGGTATTTACTGGTGGTACAAGACTGCAAGTCATGCTACTGAATTAACTGCTGGGTACTATAACCCATGCAATCGTGATGGCTATGCTGCTATTATGACAATGTTAAAGATAAATGGAGTTAGCTTAAACATTCCTTGTGTTGAGTTGCACACATTAAACCAACATGAGGGTTTTCCAGAGACATTTGCAGATCCTGAGGGATTAGTCTGGCAAGTGTTGAATGCCGGTTGGGATGTTGACCTACCAGTTACTAGTCAGAATGGATTTCCTTGCCTAAACAGAGTCAGCTATAACAAGGTTTTGGATCATGCCAAGCCCATGAATGATCCAGATGGAAGGCACTTTTCATCGTTTACTTACCTGAGGCTTAGTCCACTTCTTATGGAACGACAAAACTTCATAGAGTTTGAACGATTTGTCAAAAGGATGCATGGGGAAGCTGTTCTTGATCTTCAGAATAGGAAAAATAGGATTGTTATTTGCTGCGGCACATATTTGTTAGTCATCTAG


Promoter Sequence:
>Vu_15309::LG4:5943052-5945052(-)
AAAAAACCCAAACCCTTACTCACCTCTCTCATTCCTCTCAATCCTTTCTCTTTCATCTCTCTCACTCCAACCTTTTCTCTGTCATACCTACTGTAGCCCTAATTGAAAAAATCAGAAACACTTGCCTTTAAACAATTTGCCTTTGTAAAGAGTTGAGTCATTGACATATTCACCTTCAGGCAAAGGTTCATTCAAGATCTCTTCAATTTCACCATCTTCACTAATTTCTCTAATTTCATCATCTGCATATGTTGAATCATCATCTCTAAAAAAACCCTCCAGGTCAATTACCAATTCTTTCGAATGTCATTATGCTTGTGAAAATTAGATAAAAATATACGACAAAAATTATAAAATGAAAACTCATTATAAAGTCATTTTTTGTAAGAAATTGTTTAACAACGAGTGTTTCTGGTTTTTTCCAGGCCAATTACCAATTCCTCTGATGTCATTATGCTTGTGAAAATTAGATAAAATTATATAAGACAAAAATTATAAAATAAAAACTCATTATAAAATCATTTTTTGTAAGAAATTGTTTAACAACAAGTATTTCTGATGTTTTCCAGGTCAATTACCAATTCCTTTATGCTTCTGAAAATTGGATAAAATTAGATGAGACAAAAATCATAAGATCAAAACTCATTATAAAATCATTTTTTTGTAAGATTGTTTAAGGGCAAGTGTTTTTTTCAATTGGGGTTACAGTAGGGTGTTTCTGATTTTTTTCAATTGGGACTACAGTAGGGATGACAGAGAAAATATTGGAGTGAGAAAGATAAAAGAGAAAGGGTTGAGAGGAATGAGAGAGGTGAATAGGGTTTGGGGGGTTTCTTTTTTTTTTTTCTAGTTTTGAGAATGAAAATTATTAAAATACCCTTAACCTTAAAACTTAGAATTCATGGTATATAAGGATATTTTTGTCTACTAAAACCCGGTACACATTGCTAAAATGTACCAACTGAAAAACAGGCGTACGCGCGTTAGCAAACCCCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTGATAAAATAAAAATATAAAGTAAAAAAATAATAAAATTTAGCCAAATATTAGTATCATATCATAAATGTGACATAACCACTTATTTTTAAAAAGTCCACCTATGATAATAAACTAAAATCATGCATTTTATGTGTAACCCAGTCATACTAATTTTATTTTCCATTTACTTAAAAGTTGACACGGATCAATCGTGTCAAATTGGCAAACACGCTGGTTCCGCACGCACGCACACGACACGAGCGAAAACCCAACCTCGTGAGACGTCTGTCTACTCGCATGCTTCACTCGCTCGCACGCTCACTCATCCCTAACCGGCCGGACTTCTTCCCTTTCCCGCTGCCGGACACTTGGAGTCACCGCAGTTCCCTAGTCTGAACTCTTTTCCGTCAGATCTCTCCCCTTCTCCGTCGATCCCGCCGGACCTCCGTGTCGGTCGCCGGGAATTGCGGAGTCAGTTCTGAAGATTTCGGTGAGGAGAAGACAGATCTGCCGGATAATTTGTTTTGATTTTCAATTTGGAGGTAAAATTAAGTATGTGGATTTTTTTCTCCTTGCAGCTCTATATGAGAAAATATGTGTGGTTAAGAAATTAAATGTGTCCCTATCTGGCCAGAAGAGCTAGTTCTTCGATGAATAAAAAATATTTAGAGTGAGTAGTTGTTAGTTTTAGTTCTGATAGTGTATGCAGTGGAGGATGCTGGGAAGTACTTCAAAATTTAAGGAAGAGGAAATTGTAGTGACTTTAGTTTTAAATGATCACTAAAATAACTTGACTAATTCTTGTTTTGTGCAGTTTGTGGAATTCCTGATTACATGAGCTTTTTGGTTTGAAATGGAGGCTGTTCCAAAATTTTGATGAGCAAATGATAGTTTTTAATTAAATTGAACAAAATTTGAAGAGTTGAGGGTTCAGACTTGGGATT


Gene Sequence:
>Vu_15309(-)
ATGGCAACCGATATGCAAAGGCTTGTGGGAACGAGTGAGGATGATGAAGAAATAGGAATGGATGTGAAGGATGAGGATGATGATGAAGATGATTACGAGGAAAATGGAGGCGAGCAGAGAAATGCTTCAGGGATGGTGGGGATTGATGGTGGGAATGAGATAGGAACTGCCACTGGTGACAACAGATTTGCACAGCACCAGCAGTTTCATGAACAAGCAGGTACCCCTGGTGGAGGTACTCGAAGATCTAGGCCAGTAGAAGAGAAAGAGAGAACAAAGCTAAGAGAGAGGCGCAGGAGGGCCATCACTGCAAGGATCTTGGCTGGGCTACGCAGGCATGGCAACTACAATCTAAGAGTTAGGGCTGACATAAATGATGTCATTGCTGCTCTAGCAAGGGAGGCTGGATGGGTGGTTCTTCCAGATGGTACTACTTTTCCCTCAAGATCTCAGGTAATTATCTTGCAAGATGTAAGTTAAACTTTGTTTTTTCTGAGACTAAATCTGTAGTTGAATTTTGTGACTTTTGGTCTGCATCTGCAGGCATCATATGTACTTTCCCCAAGAATGGGAGGACTATGGCTTGATCATTATTGTTTTTCGTTAACCTGATTATTTTACTTTGTAACTCCCCTATCAACAATATTTGTTTTGGAGGTCTCTGTTGCTGAAAAATATGTTTTGTTTATCTGCAGTGTATACATAGATACATGGTACTTACTGTGCAGTATAGTCAAGTTAAAATATTGTATATTTTAATGTCTTATTATTGTTGTGCATCTGCAAATTTCAGTTCTGACAAATCTCAGAAAAACTCCCACATTGGAAACTTTTCTTCTCAACCTTACAGGGTCAAAAGCCAGCTGGTGGTAATTCTACAATTCTCACTTCATCATCTTCCCATGTGGCTTCACAACAAACTCCATCCCCTTCTCTTAGGGGAGTTGCTTCTGGCTATCGGAGCCCTTTAGAGTATAGTGCATGTCAAACAAAAGGTGTTTTTATGCCAACTCCATCTCCTTATGATCTATCCTCAACTTCCCGATCTCAAACATCTATTGTAGGGGATGGAGAAGCACAAAGAGACAACCATCCTCTGATTAGTGGTTCAATTGATAATGCTGATGAGAAACAGGTATTTAATAAAGGCGTTTGACCAGCATGTTAATTGTTTTTCTAAAGCTTCTTACTATTGTTGTGGTTACGGTGATAGGCAGATAGCATGAACTGGTGTCAATTTGATTATTCATTGTTATATCAGTACCCAGTTCACCATTCCTGCATGTATAGAAACACAACATGTTAGAATTAAAGGGATGAGAAGTAAAAGAATAAACACATGAGTAGACAAACACAAAGGAGGGGCATAAGTTTGGAGCATAACTGTTTCCTGAGCTGGCTAGGAATAGTGGATGGTAGATAGTGCAAAGTAGGGATGAACTAAGAGGAAAGGTTTTAAGCTAGAGGTTCAGTGGATACGCAGAACTCTTGATTTATCTACTATTTTCTACATGCTCTGTTCTTGCAAAGAGCTAACCTTACTGTTTTTGTCAGTAGAAGTCAGTAGCATGAAAACTTGAAAAGAACCCTGTGTCGGATAATTATCAAAAAGGGCACGTTAATTCTTTTTATTTTCAATGTAATTGTTTCAGTATGGTGCCTTTGGAAGGTATATCTTGGCATTGTTTTATACTTCTTGTTTGCAGATTGCTGACTTGCCTGCTAGATTACCCGAGCGTGATTTGGCTGGTACCCCATATGTTCCAGTTTATGTGATGCTGCCGGTAAGCTATTAATTTACTCTTATTTTCACTAATATATTGAAGTAATGTTCCTTTTATATGCTTATATTGAGTAGTTCTTCATAATATATGGGTATGAAAAAAAAACCTGTAATTTTCTTAAGGAAATTATCTGTAAATATGAATCTAACATTATATTGGAACATTCTGTATATATTTTTGGCAGTTAGGGGTGATCAATATAAAATGTGAGCTTGTTGATCCTGATGGGTTGCTAAAGCAGCTGAGGGTGTTGAAATCGGTGCATGTTGACGGTGTTATGGTAGATTGTTGGTGGGGAATCGTGGAGGCCCATGCTCCACAAGAGTATAATTGGAATGGTTACAAGAGACTCTTTCAAATGGTGCGAGAAGTTAAGCTTAAGCTACAGGTACGTTTCATAGTTCAATCATTAAGTGCTCTCTTGCTGATTCGATCTGCCATGGGTGGTGATATGTCCTTTTGACACTTGGCTAGGTTGTTATGTCATTTCATGAATGTGGAGGAAATTTTGGTGATGATGTTTGTATTCCATTGCCGCATTGGGTTGCTGAAATTGGTAGGAGCAATCCTGACATTTTTTTCACTGATAGAGAGGGAAGGCACAACCCCGAATGTCTTTCTTGGGGAATAGATAAGGAACGGGTTTTAAGAGGTCGTACTGCTGTGGAGGTAATGATGACATTATGCAATGACAATAATACCAGTGTTAGACTGTTAATTTCTTAGTTTCAAATCATTTCCTTCCAAATAAATCAATTTGAATTATATATCAGATGTCTTTTGGGGCTAGGATTGAAGACTAGTTTCCATTTTTTTTACATTGATAAAATTAAGTGTGTTGTACTTCGTAGGTTTACTTTGATTTCATGAGAAGTTTCCGGGTAGAGTTTGATGAGTATTTTGAGGATGGCTTAATCTCCATGATTGAAGTTGGACTCGGTCCATGTGGAGAGCTAAGATATCCATCTTGTCCTGTAAAGCATGGTTGGAGATATCCTGGTATTGGTGAATTCCAGGTAATTAAGTGTATTATAGTTATCTATGTCTGTCAATTTTTAAGATTCTGTTTGTCCTTGCAAATGCTTCCTTAGCTCAAATGTATTTTTTTATTCTTGGATCTTTTTTTAACCAGTTTGCTCATCATCCCCCCATCCTGTGTACAGTGTTATGATCAGTATATGTTGAAAAGTCTTAGGAAAGCAGCAGAAGCAAGAGGTCACGCTATTTGGGCTAGAGGACCAGATAATGCTGGTACCTATAATTCTCAGCCACATGAAACAGGTTTCTTTTGTGATGGGGGTGATTATGATGGCTTCTATGGCAGGTTTTTTCTTAGCTGGTACTCTCAGGTTTTAGTTGATCATGGAAACCGGGTACTTTCTCTGGCAAAATTAGCTTTTGAGGGATCTTGTGTTACTGCAAAGGTAATTTAATAAAGAAATTTATTTTGGAGAAAATTTTGCAGTCCAAATCATGAAAAATTCTTTGATTCTTTTCTGCATCTAAAACTAATGATTTTGTCTTATAGTAGGTAAGGAATCAAATAATTGATCAGCCCTTATCTTATTTACGTGGTGTTAAATTTCAATTATTTGAAGTGTCACTTTTGAGAACTTATTTTCAGTGAAAAATATTGTTTTCTTGAGAAAATTTTAAGAACCAACCCTATCTTAAATTTATTTAGTGTGTGGGGATGGGTTCTTCAATAAGCGAAGTTTATCACAGAGGAAGGAATCATCTTTGGTAGACCGATCATGGATATTGCTAAGTAATAAATTTTCATCCACAAAAAAGAGCAACGGCCTTGTCTGCACCTTCCTTAACAAATTATAAGAGAAAAAATCATTTTTATAAAATTAATGCTACAGGTGTTGTGGCCTACTCCATTGTAAGAAAATATTCTAGTAAAAAAAGTTGGTAAAAAATAGGTCCCTAATCTTCATGATGTGGATTTGTGCTTGAAAATTACTTCCCTTTGTGTAAAATTTTTTACTTAGTTATTCAGATTGGTTTGTCCACCACTGACCACGGGAGTGTTCTATTTTGACTGGTATCCATTAGTAATACACTTTTATCCACAATCAAAAAGAATAATTTTCTGCACCAAGCCCCATAAATAAGGACAAAAGAAAACCGTTCCAAAATGCTACTTTAAAGCTAATCCTATTTGACTAGGAAGTACACATTTGTTGGTATATTTTTTTAAGTCATTGTGGTGCGTATCTCTTTTGGTCGTGTACAGTCTGATATATTTTAAGTTTTATACAGTTAGCAGGTATTTACTGGTGGTACAAGACTGCAAGTCATGCTACTGAATTAACTGCTGGGTACTATAACCCATGCAATCGTGATGGCTATGCTGCTATTATGACAATGTTAAAGATAAATGGAGTTAGCTTAAACATTCCTTGTGTTGAGTTGCACACATTAAACCAACATGAGGGTTTTCCAGAGACATTTGCAGATCCTGAGGGATTAGTCTGGCAAGTACGTGTCTAATCTTTGCCAAACTTTATACTTTTGTCTGATTAGCGTCATGTATAAGCAATTTAATTAGGAAGAATTTGTTGGAATAATTTATGTGTGTTGGTCTAATATATAGAAAGAATCATTTACACTGAATATTATTTCAAAAATTAAGGCCGATTAATGTAAAGTGTACCCCTGATTGGCTGATGGTGTATTGCAGGTGTTGAATGCCGGTTGGGATGTTGACCTACCAGTTACTAGTCAGAATGGATTTCCTTGCCTAAACAGAGTCAGCTATAACAAGGTTTTGGATCATGCCAAGCCCATGAATGATCCAGATGGAAGGCACTTTTCATCGTTTACTTACCTGAGGCTTAGTCCACTTCTTATGGAACGACAAAACTTCATAGAGTTTGAACGATTTGTCAAAAGGATGCATGGTAAGTTGATGAATATTTCAAATGTATCTTTAGGCTCTTCTTAATTTATGGAAATATCTATCGAGGAAAGACCAAATTTGTTTCATAGTTATATAGTTCAGCAGCTACTCAGTTTTTATTGAACTCTGGATGTCGTTATTTGCTCCTACTGGCAGTGTTCTTTGGTCCACCTAGCATGAGCCTATTATCTGATTGGAATCTTTAGCAATGCCTATTATCTGATTGGAATCATTTACCAAGTAATTTTATATGAAAGTTAATCAGTTATCGGAACGCCGAAACGTATATGCTAAAGTTGTTGCTAGCT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