Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_14097 LG3 43340131 43341647 PREDICTED: protein LATERAL ROOT PRIMORDIUM 1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 43340146 missense_variant p.Cys329Ser
T/A 43340208 missense_variant p.Lys308Met
A/C 43340245 missense_variant p.Ser296Ala
A/G 43340263 stop_lost p.Ter290Argext*?
A/G 43340326 synonymous_variant p.Leu269Leu
C/G 43340464 intron_variant
T/C 43340512 intron_variant
G/A 43340631 intron_variant
T/A 43340649 intron_variant
A/T 43340865 intron_variant
T/A 43340876 intron_variant
A/C 43340896 intron_variant
G/A 43340914 intron_variant
C/T 43341051 synonymous_variant p.Arg199Arg
T/A 43341374 missense_variant p.Asn92Tyr
T/A 43341440 missense_variant p.Thr70Ser
A/T 43341457 missense_variant p.Leu64Gln
T/C 43341522 synonymous_variant p.Glu42Glu
C/G 43341628 missense_variant p.Arg7Thr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_14097.1
MNMLGLRDLVLIAPTPSQLHHHQHQHQHQHQHQHQHHPISAEHHPNLALPSPASLSVGLGIFPLLTVPHTNDVHDQVQDCANNTTTTNHNTNYWNLKMCGVSEVNSTRKGVMNVEDEASNKHVMESEESGEFRVCQDCGNRAKRDCSYKRCRTCCKGRGFDCSTHVKSTWVPASLRRSGGNSGSDGNGDGDADAGASKRLRTIGSSKNVAATSLSSTSNATPSKSFSIDTSSCQQDAGFKQSLPRHVRAPAVFRCHRVSAIGSGEDEIAYLATVHISGHVFKGFLYDHGADARNDVPSVSELQLGNNGSGKSNNRECSSAIGVPTSAYPASVC*


CDS Sequence:
>Vu_14097.1
ATGAACATGTTAGGCCTCAGAGACTTGGTCCTCATAGCTCCAACCCCTTCTCAACTTCACCACCATCAACACCAACACCAACACCAACACCAGCACCAGCACCAACACCACCCCATTTCAGCAGAACACCATCCCAACCTTGCCTTGCCTTCTCCAGCTTCTCTCAGTGTTGGCCTTGGCATTTTCCCTCTGCTAACCGTTCCACACACCAATGATGTTCATGATCAGGTTCAGGACTGTGCCAACAACACCACCACCACCAACCACAACACCAACTACTGGAACCTCAAGATGTGTGGTGTCTCAGAAGTGAATTCCACCAGAAAAGGTGTCATGAACGTGGAAGATGAGGCGAGCAACAAGCATGTGATGGAGAGTGAGGAAAGTGGTGAGTTTAGGGTGTGCCAGGATTGTGGCAATAGGGCCAAGAGGGATTGCAGCTACAAGAGGTGCAGGACTTGTTGCAAAGGACGTGGCTTTGATTGCAGCACTCACGTGAAGAGCACGTGGGTCCCAGCCTCTCTCAGACGCAGTGGTGGTAACAGTGGTAGTGATGGTAACGGTGATGGAGATGCTGATGCTGGTGCTTCTAAGAGGCTAAGAACAATAGGGTCATCCAAGAATGTTGCAGCTACTTCTCTTAGTTCAACTTCCAATGCTACCCCATCAAAGAGCTTTAGCATAGACACTAGCTCATGTCAACAAGATGCTGGTTTCAAGCAATCTTTGCCACGGCATGTGCGTGCACCTGCTGTGTTTAGGTGCCACAGAGTGTCTGCTATTGGGAGTGGTGAAGATGAGATTGCTTACTTGGCCACAGTGCATATCAGTGGCCATGTGTTCAAGGGGTTTCTGTATGATCATGGTGCTGATGCCAGAAATGATGTTCCTAGTGTCTCTGAACTGCAACTGGGAAACAATGGAAGTGGAAAGAGTAATAATAGGGAATGTTCTTCTGCAATTGGGGTTCCAACCAGTGCTTACCCTGCTTCTGTTTGCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_14097::LG3:43341647-43343647(-)
TTAATAACAATGACTTAATTATTTTAATTATTTTGATTCAACATGTTTTTTTACTCTTTAAAAAAATATACATTATCCTTCTTAGATCAACATCTTAATACACTTTTTTTTTTCAGAAATTGGAAAATAAAATTCTTACAAATTATATATCAGTTCATCATCTTCTAAATCAAATTAACACTAACCACATTAAATGTTTTAAGAAAATACATAAAAATCACATTAAATGAAAAATTTTGAAAAAAATATTGAATCGTTAGTACAAATATGAAGACAAAGAATGCTATTAAATTTTAAATCTTACTTAAACATTGATTTTTAAATAAAATTTATACTTGGTCATAAATATTTAATTAATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATAATTAAAACTAAGGTGATTATCCCCACATAATTATCACCATATGAAAGAGCGAAAGATCCATACGAAAGAGCTAAGGGGGGGCCCCCAGAAGTCTGATCCTGTAAAAGTGGGGTGCCCTACAAGTGTAAGGTGGCTTGTAGGTCTTAGTGGATACGGGCTATATTTTTCCAATAAGGCCAATCTATTAGGGCACTTAGCTAGGGTTAGGCTATGACCATGACCTACATGGACAGACCCTCTAGGTCTATCACCCCCCATTATAGGTATAGGTGCTACCTTGGGAGGGACCCCTCCCTACCCTAATTTTTGTTCTTTCACCATTATCATCACTTCTTTACTTACACTACCTTCTAAGCATGTCCCCAATTTTATTAACACCCAATTAAATCTCTTCATTCCTTCGCTGTTCATTAGTTGAATTCTTCATTTCTCTCTTCCATTTTCTTCACACTCTTTTCTGCATTTTCTAAACTATTTATTCTAAATCTAACAACAAAATCTTAAATATCAAAATCACCATAGAAATCCCGTGAACATTTTACTGATATATTATTTAACTCGATTCCCTGTCACTGTTATATATACATAAAAAAAATTCATTTTTTATCTTTAATTTCTATTTATTTTATAATTAAACATATTCCATCACAGTTTTTTTTTTATATACATACTGTTTCTTTCACTCATAAAAAACATCGTTTCTTTCATTTTCTCCCTATATCTCGCTCTCTGTTTCTTAAAAACACTGAGCGTAGATGAATTCTTTTATATAATAATAATTAATGAGTTTTTCTTAAAAAATAATCAAATTTAAGCTTATGATGAGTCATGACATTGTTTAAATTAAATAAATTCATTATCATTGACTCAACTTTGAGAGATTGAAAGTAAATTAGTATAATTCAAAAGATAGTGATTTTACATATTAATATATCTAAATTTAATATTTAGATACCGGCACAAAGTTCATAAAAAAATGAATTTTTATATTTTTTTTTTAAGTTTGAGGTTTAAATTTTTAGTACTAAAACCAAGGTTAACAAAAAATATAAACATAAAAAAGTATATATTGAATGAATTTTTTCCATCATTGAACATTTTTAGTAAGTATTGTTGAATCTTATAGTATATTTAAATAAAAAATATTTTTTTCATAAATTAAAATCAACTTATAACCAGAAAGGGATTAAAGGTTTTTTTTATATATATTCAGAATTAAAAATTGAATCTAAGAAAAAATCTGTTAAGTGTAGTTAGAGTGTCAGAAGAAAAATCCCTGTAGCAGTAATGTCTTGTAGCATCAGAACAAATAACTGAGAATAAACCTCACTTTTCTCAATCCTAAACACAACAAAAACACCAAATCATCATCACTCACACACCACACCAGACCACAGTTTCTTTCAAAGGGAATCTCAATCTCAATCTCAACCTCTCCCATGTCCCTAACATTCTCCTTATAACCCTCCAAATCCAACATCAACACAACACACAACACCAACCTCAAAACCATAGACATAAAACATCATCAACGTTTTCATTTCAACACCTCATAAAGGCCCTCTAAAATCGAAACCTCAAAGACTGCTAAAACCTTGTTGTTACA


Gene Sequence:
>Vu_14097(-)
ATGAACATGTTAGGCCTCAGAGACTTGGTCCTCATAGCTCCAACCCCTTCTCAACTTCACCACCATCAACACCAACACCAACACCAACACCAGCACCAGCACCAACACCACCCCATTTCAGCAGAACACCATCCCAACCTTGCCTTGCCTTCTCCAGCTTCTCTCAGTGTTGGCCTTGGCATTTTCCCTCTGCTAACCGTTCCACACACCAATGATGTTCATGATCAGGTTCAGGACTGTGCCAACAACACCACCACCACCAACCACAACACCAACTACTGGAACCTCAAGATGTGTGGTGTCTCAGAAGTGAATTCCACCAGAAAAGGTGTCATGAACGTGGAAGATGAGGCGAGCAACAAGCATGTGATGGAGAGTGAGGAAAGTGGTGAGTTTAGGGTGTGCCAGGATTGTGGCAATAGGGCCAAGAGGGATTGCAGCTACAAGAGGTGCAGGACTTGTTGCAAAGGACGTGGCTTTGATTGCAGCACTCACGTGAAGAGCACGTGGGTCCCAGCCTCTCTCAGACGCAGTGGTGGTAACAGTGGTAGTGATGGTAACGGTGATGGAGATGCTGATGCTGGTGCTTCTAAGAGGCTAAGAACAATAGGGTCATCCAAGAATGTTGCAGCTACTTCTCTTAGTTCAACTTCCAATGCTACCCCATCAAAGAGCTTTAGCATAGACACTAGCTCATGTCAACAAGGTGATTTCGTTATCTTTTTTTCAAAGACGTTAGATGCAAATGCTATCGATAGATCAGTCAAATACATATTTAATCATGATTTTAAATTTCAATAATAATTATAGTTTCTTTTCATACTTTTTGACAGTGTAAAAAAATTACAGACAAATATGATATTTTATCACATTTGTGGTCATCATCGTTCCAAAAAATCCTGATGTTTTCTTAAATCTTGATGTTGTAATTCTTGATATCGTGAGAGATACAGATAGATGCAACTGGTTTGATCACAGTTATGGCTGGAGAAATCTCAAAAGCTTTGACAATATGGCCAAATGTTGCATGTGGCGTGAAGAATTTTGTATAAATTTTGATTAAAAAGCCTAATCAAACGAGTTAGGAAAGTGTTTTGATTAATTATTCTAGTACTTGTAGAAACACGTAAATAAAAGGGTGCAGATTATTTCTAAGGAACAAGTCAAATGTTGTAAAATTTTGGAATTTGGATGTGTAAGTGGTTCTCTCTGGGATTGCAGATGCTGGTTTCAAGCAATCTTTGCCACGGCATGTGCGTGCACCTGCTGTGTTTAGGTGCCACAGAGTGTCTGCTATTGGGAGTGGTGAAGATGAGATTGCTTACTTGGCCACAGTGCATATCAGTGGCCATGTGTTCAAGGGGTTTCTGTATGATCATGGTGCTGATGCCAGAAATGATGTTCCTAGTGTCTCTGAACTGCAACTGGGAAACAATGGAAGTGGAAAGAGTAATAATAGGGAATGTTCTTCTGCAATTGGGGTTCCAACCAGTGCTTACCCTGCTTCTGTTTGCTGA