Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_13439	LG3	28546505	28548196	PREDICTED: nodulation-signaling pathway 2 protein-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/C	28546573	synonymous_variant	p.Gly23Gly
G/A	28546574	missense_variant	p.Val24Ile
A/G	28546634	missense_variant	p.Thr44Ala
C/T	28546654	synonymous_variant	p.Ala50Ala
A/G	28546659	missense_variant	p.Tyr52Cys
G/A	28546686	missense_variant	p.Gly61Asp
A/T	28546951	synonymous_variant	p.Pro149Pro
C/G	28547230	synonymous_variant	p.Thr242Thr
G/T	28547240	missense_variant	p.Asp246Tyr
C/G	28547263	missense_variant	p.Phe253Leu
A/G	28547384	missense_variant	p.Ile294Val
A/T	28547490	missense_variant	p.Asp329Val
G/T	28547652	missense_variant	p.Arg383Met
G/C,*	28547810	missense_variant	p.Glu436Gln
T/A	28548007	synonymous_variant	p.Gly501Gly
G/A	28548103	synonymous_variant	p.Ser533Ser

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_13439.1

MQQEDMQSPWSFFEGMNSTFESGVESLGFTVYDHVADCGSYGFTVDDHVADYGAYGFAVDGDHVDDCGLNTLLSTLEDSTSEISSIPFSSSSLFFSNDHVHTQYPINEETLQLPSLMEFDDFDSIMDTEIASIQGHGYIWESEGSFFPPQNLSSEVENAWSPTPSVRSELSTNQASPLTLPHQNMEIENQVSLPHLLEAHGEALEQGQKSLAEVILRCMSQKASPLGESLERLVFYLSQSMTNHGDYLKGEAFKNYEAALRALYQGLPVGKVAHFAAVSAILEAMPQDCNSVHIVDSCVGHGFQWVPMIEAIAHMNKTVKLTSIKWDGDGEGLECFSTPSNFEETKRQLCEYAKSCGLKLKVEEKGVKELVAEIKKMNKRGGRGEFLAFNSMIDLPHMGRESSRKQALEFLRVAEDLINTSGNRGIITFGDGSAYEKVKNNLNFRSFFKAHLEHYQALLEAIESHFPTRFSEARIAMEQLFLQPCISSLDWLQTWEEMHSGDPLEAEISFKGCQLSKNILMEIREVLGGSEGSYQARIEGQNHNELVLEYKGTQLLRFSTWKN*

CDS Sequence:
>Vu_13439.1

ATGCAGCAAGAGGATATGCAGTCACCATGGTCATTCTTTGAAGGCATGAACTCAACTTTTGAATCAGGTGTTGAGTCCTTGGGTTTCACTGTGTATGACCATGTTGCTGATTGTGGATCCTATGGCTTCACTGTGGATGACCATGTTGCCGATTATGGAGCCTATGGTTTTGCTGTGGATGGTGACCATGTTGATGACTGTGGACTCAATACACTGTTGAGCACTCTAGAGGATTCCACTTCTGAAATTTCCTCCATACCCTTTTCTTCATCCTCTTTATTTTTCTCCAATGATCATGTTCACACCCAATACCCAATCAATGAAGAAACCCTGCAACTTCCATCACTCATGGAATTTGATGATTTTGATTCCATTATGGATACTGAAATTGCTAGTATTCAAGGTCATGGATACATATGGGAGAGCGAAGGGAGCTTCTTCCCTCCACAGAATTTGTCAAGTGAGGTGGAAAATGCTTGGAGTCCTACCCCATCCGTGAGGTCAGAGTTGTCCACAAATCAAGCATCACCATTGACTTTACCTCACCAAAACATGGAAATTGAAAACCAAGTGAGTCTTCCACACTTGCTAGAGGCACACGGAGAGGCCTTGGAGCAAGGACAAAAATCACTGGCAGAAGTGATTTTGAGGTGCATGAGCCAGAAAGCTAGTCCACTAGGTGAGTCTCTAGAACGCCTTGTATTCTACTTGTCTCAGAGCATGACCAATCATGGAGACTATCTCAAAGGTGAGGCCTTCAAGAACTATGAGGCTGCTTTGAGGGCACTCTATCAAGGTCTCCCAGTTGGGAAAGTCGCTCACTTTGCAGCTGTTTCTGCAATTCTTGAAGCCATGCCACAAGACTGTAATAGTGTACACATAGTGGACTCTTGTGTTGGACATGGGTTTCAATGGGTTCCAATGATTGAGGCTATTGCACACATGAACAAAACAGTGAAACTGACATCGATTAAATGGGATGGTGATGGTGAGGGTCTTGAATGTTTTTCAACTCCATCAAATTTTGAGGAAACTAAAAGGCAGCTCTGTGAGTATGCCAAATCCTGTGGTTTGAAGTTGAAGGTAGAGGAGAAAGGAGTGAAGGAACTTGTTGCTGAGATTAAGAAAATGAACAAAAGGGGTGGGAGGGGTGAGTTTTTGGCCTTCAATTCGATGATTGATCTTCCACATATGGGAAGAGAAAGTAGCAGAAAACAAGCCTTAGAGTTTCTAAGGGTAGCTGAAGATCTGATCAACACCTCTGGCAATAGGGGGATTATAACTTTTGGGGATGGAAGTGCTTATGAGAAAGTGAAAAACAACTTGAATTTCAGGTCATTCTTTAAAGCACATTTGGAGCATTACCAAGCCTTGTTAGAAGCAATTGAATCACATTTCCCAACTCGTTTCTCAGAAGCAAGAATTGCCATGGAGCAACTGTTTTTGCAACCTTGTATTTCGTCTCTTGATTGGTTACAAACATGGGAGGAGATGCACAGTGGTGACCCTCTTGAGGCTGAGATTAGCTTTAAGGGTTGCCAATTGAGCAAAAATATTTTGATGGAAATCAGAGAAGTGTTGGGAGGAAGTGAAGGCTCGTATCAAGCAAGGATTGAAGGACAAAATCACAATGAACTGGTTTTGGAGTACAAAGGAACTCAACTGTTAAGATTTTCAACTTGGAAAAACTAA

Promoter Sequence:
>Vu_13439::LG3:28544505-28546505(+)

CCAGCATTACTTTTTTTATTAATTAACACTATGTTGAGTCAACATTAGGATTATTTACAATATTCACTATTAAAATGAGCGAGGATGAATTTGATTGAAATTTATTTCATAATTTGCATTCGTTCTTATTATTTTTTATTAATGAATACTAAATTTAATCATTATTAAGGATTGTTTACAGTACATTCATAAGAACAAACATGATAATTTTGATTGACGACATTTCAGAAGTGTTTATTTTTGTTAGTAAGAATTAAAACACGTGTAAGAAAGTTTATACGAAGTCATTCATTCAATTAAGTTTTAATTTTGAGGACATAACAAGGATTATGTCAAATTCATCATCAAAACTCTTTTGTTTTTAATAGGAACCAACATTAGAATATAAATTTATCAAAATATTTAAAAAACAATTGCATGTAAGACTGCCCAAAGGTTTTTTATAGGCCTAAATAAGAACGAGATTTTTATTTAAAATATATTTTTTGAGTTTTTTTATTTAAAATTATATATTAAATTATCATAATTAATTTTATTTAATTTTTACATTATTATCTAATTTAAATTTGTATTCATTACTTATTTTATTAAAGATTTCGTCTTCATTATTCATCAAAAGATAACCTAGTTAATAGTTCTGTAATTCAATATTAAAAAAAATCAGTTTCTTATTATGTCAAAAAAAACTTTCAAAATTCATAAATAAAAAAATACTAAAAAATAAAATCAGACAATAAAACTTTTCTAATTCTAATACAAATTCAACAAATAAAATAAAAAAACAACAACATATAAATAAAAAATAGGATAGAAAAGTTGATATACACAAACAATATGAAATTTAAAAAATGAAATATATCCAAACTCTCGTCAAAAGAAAAATTTTAGAATAAAAGAAAATAATAAGAGATAAGAAATGAAATTAGTAGATGAGAAATATGAAAATAAAAATAACTAATTATTCTTTTTTTTTCTAAACAAAATTATGATTTATTAAAAAAAAATTAACTCATTAAATATCATTTTTAATACTAATAAAAATTAACAAATACTTATGACAATTTAATTAAATTTTATTTTCAAACATAAAATTATAATTAACTTAGTAAAGGTATATTAGTATTTGTTTTTATTTTATTTTCTTTTTCCTAAACATAATTTTATAATTAATTGAATAGAGTTATATTAATATTTAAATATTTTCTTAAATATTATTCTATAATCGATTTAAATATTAATACTAAAAAAAATTAAGACATTCTTTTAAAGCCTAAAACAAGTGCCTGTTATACTTTGAGCGGAGCCACCTTCCATGGAGTAATTAAACTCTAATTTTGTTTGTATTGGTTTGGAAAGCACCTTTGTAATGAGTAATTAGGATAACACGTGTGACTGAATGAAGGATCCTTCCCACATGACGCGTGTACATGAAATTTCGGAAGTGAAATTTCCTTGTCATTGAAGTTGAATTTGATGATGAATTGATGCGTAATTAGGTTGAAAAGACATGAACTATTAACTAATCAATTATTTAATTGTAATATAGAATAGTGATAACACCGGTAATCGTGGTACCCATTCAGTTCAAGCTTCCATCGATGCTGCCAAAGCAGGAAATACACTTTTCATGGCAACCTTGAAGGAATAAAACTCTGCAAAAAACTGCTTCAAAATTTTTCGTCATTTTCAATTCCTAATCAATAATACTGTTTTCTTTAAAAGCATATCCAAGGCTTGGTGCTGGGTAAGTTTGACAGGAATGCAAAATTTGAAATAATATATTCATTGATGATGTATAATTTAAGAGACTATTTTAATGCCTCATTAAAATATAATTCATGTTATTTTAATCATGGAAATTTGGCTGAAACTGAGGGAAGACAACCTTTTTCTAATATTTGTTTCTATAAATAGTCAAACATTCACACTCATCAAACCCTACCTACTCCAAAACAAGACTTTTCCTTTTACAGTGTGGGAAACTTGAATCGAAAAGATAA

Gene Sequence:

>Vu_13439(+)