Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_13076 LG3 22706428 22708327 PREDICTED: two-component response regulator ARR14-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 22706448 synonymous_variant p.Pro7Pro
C/T 22706499 synonymous_variant p.Ile24Ile
A/C 22706513 missense_variant p.Asn29Thr
A/G 22706581 upstream_gene_variant
G/T 22706640 upstream_gene_variant
C/A 22706691 missense_variant p.Arg57Ser
A/G 22706742 missense_variant p.Ser74Gly
A/G 22706830 upstream_gene_variant
A/G 22706837 upstream_gene_variant
A/T 22706848 upstream_gene_variant
A/T 22706857 upstream_gene_variant
T/C 22706872 upstream_gene_variant
C/T 22706916 stop_gained p.Gln106*
G/A 22706920 missense_variant p.Gly107Asp
G/C,T 22706925 missense_variant p.Gly109Arg
A/G 22706933 synonymous_variant p.Glu111Glu
C/T 22706997 missense_variant p.His133Tyr
G/A 22707030 missense_variant p.Asp144Asn
T/A 22707044 synonymous_variant p.Ala148Ala
T/C 22707057 missense_variant p.Trp153Arg
A/T 22707085 missense_variant p.Lys162Met
A/G 22707100 stop_retained_variant p.Ter167Ter
C/T 22707110 synonymous_variant p.Thr170Thr
A/G 22707121 missense_variant p.Tyr174Cys
G/A 22707234 missense_variant p.Val212Ile
T/C 22707292 upstream_gene_variant
T/C 22707294 upstream_gene_variant
C/A 22707626 synonymous_variant p.Arg280Arg
G/A 22707627 missense_variant p.Arg280Gln
T/G 22707675 missense_variant p.Leu296Trp
A/C 22707680 missense_variant p.Thr298Pro
G/T 22707739 missense_variant p.Glu317Asp
A/G 22707798 missense_variant p.Asn337Ser
G/A 22707947 missense_variant p.Val387Ile
G/A 22707986 missense_variant p.Val400Ile
C/A 22708149 missense_variant p.Ser454Tyr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_13076.1
MAKFGSPATHIEDTVPQVPSALTIVAIDNNLTVLEFIKNTCNQDGIRVLACSESQSAVNALRKRKQRIDLILVEVDMPIMNGYEFLEFIKKEQVNVPLIMMSSDNSRASVMKAMEHGAYDYWVKPLQEFNFTIMRARVFQKKCMIADKLQKDSGCLKDDDKRRGRSDNSEPASCMVHRSNSNFEEADVVDESCNPPPTKKPRVVWDQKLNASFISAVQIIGIEKATPKKILEVMNDPRLEITHIASHLQKYRKYLKQQQQKQEQQQQQKDMSLVSGGQIERQQSKQKDMSLPRTSALQTCSATAMTNFHPGFTGNMEEEALAYGHPLAAFPNVVIPENFSEEQSNLNRQLPNNFNAEQVLAHDHPSATFPNIASNLISQPGTLDDASVYGLLTPSDTPLFVNPTILQIDTTQQPMNHNQIYPMNFQPSFTMISGNPAFASQNYNFGMNMGHGSQSIQDGNSIGEGIVDQYSTIDSIYRPEFQNAGLPSGAVRRFAASDYRSQNPYIDGNLYQQ*


CDS Sequence:
>Vu_13076.1
ATGGCGAAATTTGGTTCTCCTGCAACTCACATTGAGGACACAGTTCCTCAAGTCCCATCAGCTCTTACTATCGTTGCCATCGACAATAACTTAACCGTTCTTGAATTCATCAAGAACACATGCAACCAGGATGGTATTCGAGTTCTGGCGTGCTCTGAATCTCAAAGTGCCGTGAATGCCTTACGAAAAAGAAAACAGCGTATTGATTTGATACTCGTAGAAGTTGATATGCCAATCATGAACGGCTACGAATTTCTCGAATTTATCAAGAAAGAACAAGTTAATGTTCCTCTCATAATGATGTCTTCGGATAATAGCAGGGCTTCGGTAATGAAGGCGATGGAACATGGAGCTTATGATTATTGGGTTAAACCTTTGCAGGAGTTTAATTTCACGATCATGCGGGCACGTGTATTTCAGAAGAAGTGCATGATTGCAGATAAGCTGCAAAAGGATAGTGGTTGCTTAAAAGATGATGATAAAAGAAGAGGAAGAAGTGATAATTCTGAACCGGCTTCATGTATGGTTCATAGGAGCAATAGCAACTTTGAAGAAGCCGATGTTGTTGATGAATCATGTAATCCACCTCCCACCAAGAAGCCTCGTGTTGTATGGGATCAAAAACTGAATGCTTCGTTTATCAGTGCTGTCCAAATAATTGGAATTGAAAAGGCTACGCCAAAGAAAATTCTTGAAGTCATGAATGACCCTCGTTTGGAAATAACACATATTGCCAGTCATTTGCAGAAATACAGAAAATATTTAAAACAGCAGCAACAGAAACAGGAACAGCAACAGCAACAGAAAGACATGTCTCTCGTTTCAGGGGGACAAATAGAGCGACAACAATCGAAACAGAAGGACATGTCATTGCCAAGGACGTCTGCATTGCAAACTTGTTCTGCTACTGCAATGACAAATTTTCATCCTGGTTTTACTGGTAACATGGAAGAGGAAGCTTTGGCATATGGTCATCCTTTAGCAGCCTTTCCTAACGTTGTCATTCCCGAGAATTTTTCAGAAGAACAGTCAAATCTAAATAGACAACTGCCTAACAATTTTAATGCAGAGCAAGTTTTGGCACATGATCATCCTTCAGCAACCTTTCCTAACATTGCCAGTAACCTGATATCTCAACCGGGAACTCTAGATGATGCTTCTGTATATGGATTACTTACTCCATCTGATACACCGCTATTTGTCAATCCCACTATTCTACAGATAGATACTACGCAGCAGCCGATGAATCATAATCAAATATATCCAATGAACTTTCAGCCATCTTTCACGATGATTTCTGGAAATCCAGCTTTTGCCTCCCAGAATTACAACTTTGGCATGAACATGGGTCATGGTTCTCAATCTATACAAGATGGAAATAGCATAGGTGAAGGAATTGTTGATCAATATAGCACTATAGATTCCATTTATCGTCCAGAGTTTCAAAATGCAGGTTTGCCAAGTGGTGCTGTCAGACGTTTTGCTGCAAGTGATTATAGGAGCCAAAATCCCTATATTGATGGTAACTTGTATCAGCAATGA


Promoter Sequence:
>Vu_13076::LG3:22704428-22706428(+)
ACATTTTAAATGTGTTACTATGCAATATGTTTTCTCTAATATGCGAAATGAGAGTATCGTGTATTATTTGAGTTATTTTAGTGAATTTTTCAAAGCAATCATTTTATCGAAAATTCTACTCGTTTAAGTGAATGTTTCATCTGAGATGCTATGTGACAATATCATTTGAGTCACTTTAAATAGTATTTCATCTAATCATAACTCAACAAAAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGACTTCCTATTGAGTCTTAGCTACTGTTAAATCTTTTGGATGTTTGGTTCTATTTTTGGTATATATTTTAATATATATTGTTAACAAAATTTTGATTCACATATATATTATTTAAATATATTAAGATAATTAATTGATTAATTAAAATTAGAAAGTAATAAATTAATATTAAATTTATAATTAAGGATATATATACTTGTTATAAAAAACTATTGTATATAAACACTAAAGTAATATGTTGGTTTGATTGAGAATCAAATTAAAATTATTAAAATCTGAAATATGACTAGCAGTAATTATAAAATGGATTAATGTGTTATGATTTACATTTTGTAGATGATGTAACATTAAGTATTCTATTAGGGTTTTGTTTTTCTTTTTTCGTCCTCGTCAGAAAACATAACAAAACTGCTGTCTAAAGCCTTCTATATAAATATCACATACTTGTGGTTAATATCATCATCACATAATTTAAAGTGATAAACTCAAATGTAATTTTTATTTATTTATATTATTTATAGATAAAAATATTGATTAAGTACAATTATTATTTTATAAAATTTTGTAATATAATTTAAACTTTTTGTAATATAATTTATAATTTTTGTAATATAATTTATGGTAGTTTATTTATAAATTTATTTTGCTGTAAGAAGTCAAGGGTATGAATGTTTTCTGAATAAATTTAAAGGCTTGACTCTTTGTATAGTCAAACTATTTAATATTAAGAAAAGATAAATAAATATATGAATGTAATATATTATACTAAAGTTAATATAATAAATTAATAATAGCAAAATATTAATATTTACTTGAATAATCCACGTGTTTTAGAAATTAACATTATTTTAATACTACAGGAACTAAACCTAAAAAATTTCGATACTAATAACAACTGTTAACAATACTTAACTAGCCAGTTGAGGTAAAAGATAACCTTACATCAAGTAATTCTCATCATTTAGAAACCAACTAACAAAACTAATTAATTTGTCTTTTAAAATTGAATTTCTTTACAAAATCTATCTATGGTTTCTTGTAAAAATGTTCAGTTTTATTTCATTTTTTGTTCTAGTTTAACAAAAAGTTAAGAATTCGGACCATTAACTTTGGAAGGTCTTTTATCAACCATGAATAATTTATATATTGATCATTTTAGTAATTTTTTTAACTTTAATATAAACCTAGTTTTTTTTTTTTTACAAATCTTAAATGTATTTTAATACATCATACTTTTGATTAATAAGAATAGATGCAATGCATCATATTACAACATTTCATTAATATTTAATTTACTAATCAAATATTTTTTTTATAATTTTTTTAATTTCATCTTCTCTCATTATTTGAAGTTTTAAGATATTAGTTCAGTATTTCTTAAATAACCTATTCCACATCACAATTTTTTTTTTGTTTGTTTTACTTTTCAAACTTGCCATATATATAATTTTTTTTGTCTTTACCGGAGTTATTTTTGTTTAAAAAGATAATTCTATAACTACATTCATCTCTAGTTTATCATATCAGTTATAAAATCAGTTGATAATCATTTAATAGAAATATTATTAGTTAAGTTAGGTATTATCATTATTATTATTAAAGAGGTACAGTCAATTAATTATATATGAAAAAACACTGTAATTTTTATATTGATATATATCATATCAATATATATCTCTTTCTTTCACTTGCTTTCTCCCTCTCCATTGTAAGGTTACACTGCAAAGCCA


Gene Sequence:
>Vu_13076(+)
ATGGCGAAATTTGGTTCTCCTGCAACTCACATTGAGGACACAGTTCCTCAAGTCCCATCAGCTCTTACTATCGTTGCCATCGACAATAACTTAACCGTTCTTGAATTCATCAAGAACACATGCAACCAGGATGGTATTCGAGGTTAGATATATACTATCTTTTTTTCGTACTTATTTCTTGAGAGAAAGATTTATTCTTTTCTCATCTTGACGCTGGTTTTAATGTTGTGTGCAGTTCTGGCGTGCTCTGAATCTCAAAGTGCCGTGAATGCCTTACGAAAAAGAAAACAGCGTATTGATTTGATACTCGTAGAAGTTGATATGCCAATCATGAACGGCTACGAATTTCTCGAATTTATCAAGAAAGAACAAGTTAATGTTCCTCTCATAAGTAAGCGACCAATCCTATATGTTTTACTCAAGTTTTCAAGTTTTTGACTTTGTTTTACTGATAAAGAATAATTTGCAGTGATGTCTTCGGATAATAGCAGGGCTTCGGTAATGAAGGCGATGGAACATGGAGCTTATGATTATTGGGTTAAACCTTTGCAGGAGTTTAATTTCACGATCATGCGGGCACGTGTATTTCAGAAGAAGTGCATGATTGCAGATAAGCTGCAAAAGGATAGTGGTTGCTTAAAAGATGATGATAAAAGAAGAGGAAGAAGTGATAATTCTGAACCGGCTTCATGTATGGTTCATAGGAGCAATAGCAACTTTGAAGAAGCCGATGTTGTTGATGAATCATGTAATCCACCTCCCACCAAGAAGCCTCGTGTTGTATGGGATCAAAAACTGAATGCTTCGTTTATCAGTGCTGTCCAAATAATTGGAATTGAAAGTATGATTGATGTGTTATTTTTCTCTATCGATCATCAATATTTGTATCTCTTTGTTGGTAGTTTTAATTTTTCTTGATTAATTTGTTTTAGAGGCTACGCCAAAGAAAATTCTTGAAGTCATGAATGACCCTCGTTTGGAAATAACACATATTGCCAGTCATTTGCAGGTTAGTTTCTATGTTCATCTTATTTTCTTTCTATATATATCTCATCATGATGTTAGTCATAGTGGCTGAATGTGAACTGAAATTTCTGATGGGCAGAAATACAGAAAATATTTAAAACAGCAGCAACAGAAACAGGAACAGCAACAGCAACAGAAAGACATGTCTCTCGTTTCAGGGGGACAAATAGAGCGACAACAATCGAAACAGAAGGACATGTCATTGCCAAGGACGTCTGCATTGCAAACTTGTTCTGCTACTGCAATGACAAATTTTCATCCTGGTTTTACTGGTAACATGGAAGAGGAAGCTTTGGCATATGGTCATCCTTTAGCAGCCTTTCCTAACGTTGTCATTCCCGAGAATTTTTCAGAAGAACAGTCAAATCTAAATAGACAACTGCCTAACAATTTTAATGCAGAGCAAGTTTTGGCACATGATCATCCTTCAGCAACCTTTCCTAACATTGCCAGTAACCTGATATCTCAACCGGGAACTCTAGATGATGCTTCTGTATATGGATTACTTACTCCATCTGATACACCGCTATTTGTCAATCCCACTATTCTACAGATAGATACTACGCAGCAGCCGATGAATCATAATCAAATATATCCAATGAACTTTCAGCCATCTTTCACGATGATTTCTGGAAATCCAGCTTTTGCCTCCCAGAATTACAACTTTGGCATGAACATGGGTCATGGTTCTCAATCTATACAAGATGGAAATAGCATAGGTGAAGGAATTGTTGATCAATATAGCACTATAGATTCCATTTATCGTCCAGAGTTTCAAAATGCAGGTTTGCCAAGTGGTGCTGTCAGACGTTTTGCTGCAAGTGATTATAGGAGCCAAAATCCCTATATTGATGGTAACTTGTATCAGCAATGA