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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_12838 LG3 20831120 20860794 PREDICTED: MAP3K epsilon protein kinase 1-like isoform X1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of unidimensional cell growth, pollen development, regulation of extent of cell growth, regulation of unidimensional cell growth, regulation of embryonic development, protein autophosphorylation, protein autophosphorylation, protein phosphorylation, regulation of unidimensional cell growth, protein autophosphorylation, protein phosphorylation, protein phosphorylation, regulation of unidimensional cell growth, regulation of unidimensional cell growth, plasma membrane organization, regulation of cell division, regulation of extent of cell growth, regulation of extent of cell growth, regulation of embryonic development, regulation of extent of cell growth
Cellular Component   is active in   cytoplasm
Cellular Component   located in   plasma membrane, cytosol, cytosol, cytosol, plasma membrane, nucleolus
Molecular Function   enables   protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein binding, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity
SNP Position Effect Amino acid change
G/T 20831216 stop_gained p.Glu33*
A/T 20831217 missense_variant p.Glu33Val
G/C 20832030 missense_variant p.Glu119Gln
G/C 20832604 downstream_gene_variant
C/T 20832943 downstream_gene_variant
C/T 20833217 downstream_gene_variant
G/C 20833385 downstream_gene_variant
G/A 20834056 missense_variant p.Met250Ile
G/T 20834343 intron_variant
A/T 20834352 intron_variant
G/A 20834955 intron_variant
A/G 20834964 intron_variant
A/G 20834970 intron_variant
C/A 20835073 intron_variant
A/T 20835650 intron_variant
T/G 20835727 intron_variant
A/G 20835736 intron_variant
T/A 20835786 intron_variant
A/G 20835822 intron_variant
A/T 20835948 intron_variant
A/T 20835997 intron_variant
T/C 20836451 intron_variant
T/C 20836576 intron_variant
A/C 20836577 intron_variant
C/A 20837063 intron_variant
A/G 20837332 intron_variant
A/G 20837340 intron_variant
C/T 20837634 intron_variant
A/G 20837643 intron_variant
G/T 20837926 intron_variant
T/C 20837931 intron_variant
G/A 20838207 intron_variant
T/A 20838222 intron_variant
T/C 20838224 intron_variant
T/C 20838738 intron_variant
T/G 20838764 intron_variant
G/A 20838955 intron_variant
G/A 20839039 intron_variant
T/G 20839153 intron_variant
C/A 20839157 intron_variant
T/C 20839282 intron_variant
A/G 20839298 intron_variant
C/A 20839470 intron_variant
T/C 20839612 intron_variant
C/G 20839639 intron_variant
A/T 20839883 missense_variant p.Gln580Leu
T/A 20840465 intron_variant
A/T 20840470 intron_variant
T/G 20840799 intron_variant
G/T 20840802 intron_variant
A/G 20841143 intron_variant
G/C 20841524 intron_variant
C/T 20841925 intron_variant
G/T 20841957 intron_variant
G/A 20842014 intron_variant
C/A 20842248 intron_variant
A/G 20842252 intron_variant
A/T 20842562 intron_variant
G/T 20842820 intron_variant
C/T 20842959 intron_variant
G/T 20842998 intron_variant
G/T 20844199 intron_variant
G/C 20844208 intron_variant
G/C 20844210 intron_variant
G/T 20844856 intron_variant
A/G 20844900 intron_variant
A/T 20844958 intron_variant
T/C 20845038 intron_variant
C/A 20845137 intron_variant
A/T 20845145 intron_variant
C/A 20845356 intron_variant
C/T 20845417 intron_variant
T/C 20845494 intron_variant
G/C 20845515 intron_variant
G/A 20845535 synonymous_variant p.Glu999Glu
G/A 20845539 missense_variant p.Asp1001Asn
A/G 20845589 intron_variant
A/G 20845650 intron_variant
A/G 20845807 intron_variant
G/T 20845957 intron_variant
T/G 20845965 intron_variant
A/T 20845972 intron_variant
A/T 20846065 intron_variant
T/A 20846145 intron_variant
A/T 20846146 intron_variant
G/C 20846375 intron_variant
T/G 20846473 missense_variant p.Leu1035Arg
G/T 20846530 missense_variant p.Arg1054Leu
T/C 20846892 intron_variant
A/G 20847110 intron_variant
T/A 20847144 intron_variant
T/C 20847169 intron_variant
C/A 20847263 intron_variant
T/A 20847322 intron_variant
T/G 20847339 intron_variant
T/G 20847403 intron_variant
C/T 20847419 intron_variant
A/T 20847456 intron_variant
C/T 20847476 intron_variant
A/G 20847479 intron_variant
T/C 20847481 intron_variant
T/C 20847500 intron_variant
T/G 20847523 intron_variant
C/A 20847697 intron_variant
C/T 20847724 intron_variant
A/G 20847824 intron_variant
C/T,* 20847827 intron_variant
G/A 20847886 intron_variant
G/A 20848149 intron_variant
C/A 20848171 intron_variant
T/G 20848179 intron_variant
A/T 20848202 intron_variant
C/G 20848325 intron_variant
G/A 20848331 intron_variant
G/A 20848360 intron_variant
A/G 20848371 intron_variant
T/A 20848380 intron_variant
T/G 20848517 synonymous_variant p.Leu1144Leu
T/C 20848754 intron_variant
G/A 20848761 intron_variant
A/G 20848891 intron_variant
G/A 20848983 synonymous_variant p.Pro1168Pro
T/C 20849085 intron_variant
C/T 20849114 intron_variant
C/T 20849129 intron_variant
A/T 20849247 intron_variant
T/G 20849307 intron_variant
G/A 20849332 intron_variant
T/G 20849338 intron_variant
T/A 20849358 intron_variant
G/T 20849369 intron_variant
T/C 20849516 intron_variant
A/C 20849528 intron_variant
T/C 20849532 intron_variant
A/G 20849549 intron_variant
A/G 20849566 intron_variant
C/T 20849568 intron_variant
A/G 20849799 synonymous_variant p.Thr1221Thr
G/T 20849848 intron_variant
T/C 20849885 intron_variant
G/A 20849952 intron_variant
T/A 20850020 intron_variant
T/A 20850038 intron_variant
T/G 20850264 intron_variant
T/A 20850308 intron_variant
T/C 20850402 intron_variant
G/T 20850546 missense_variant p.Arg1236Leu
T/C 20850584 missense_variant p.Trp1249Arg
T/A 20850661 splice_region_variant&intron_variant
A/G 20850687 synonymous_variant p.Ser1258Ser
G/A 20850862 missense_variant p.Val1317Ile
C/T 20850882 synonymous_variant p.Thr1323Thr
A/G 20850883 missense_variant p.Ser1324Gly
G/T 20850963 missense_variant p.Met1350Ile
A/C 20850978 synonymous_variant p.Gly1355Gly
A/G 20851026 synonymous_variant p.Gly1371Gly
A/G 20851200 intron_variant
A/G 20851505 intron_variant
C/A 20851584 intron_variant
C/T 20851585 intron_variant
T/A 20851653 intron_variant
A/G 20851657 intron_variant
T/C 20851658 intron_variant
A/C 20851700 synonymous_variant p.Gly1391Gly
C/T 20851808 synonymous_variant p.Ser1427Ser
G/A 20851824 missense_variant p.Val1433Met
T/G 20851825 missense_variant p.Val1433Gly
T/A 20851928 synonymous_variant p.Ile1467Ile
T/C 20851955 synonymous_variant p.Leu1476Leu
A/T 20852038 intron_variant
A/T 20852064 intron_variant
A/T,* 20852071 intron_variant
C/T 20852091 intron_variant
C/T 20852190 intron_variant
T/*,A 20852241 intron_variant
C/T 20852257 intron_variant
G/A 20852312 intron_variant
G/C 20852423 intron_variant
G/A 20852596 intron_variant
A/G 20852670 intron_variant
C/T 20852682 intron_variant
T/A 20852697 intron_variant
T/A 20852772 intron_variant
C/T 20852909 intron_variant
T/A 20853029 intron_variant
T/A 20853030 intron_variant
G/T 20853172 missense_variant p.Glu1524Asp
A/G 20853180 missense_variant p.Glu1527Gly
T/A 20853252 missense_variant p.Phe1551Tyr
C/T 20853413 intron_variant
T/A 20853480 missense_variant p.Phe1589Tyr
C/T 20853532 intron_variant
T/C 20853636 intron_variant
C/T 20853666 intron_variant
G/A 20853862 intron_variant
A/C 20853878 intron_variant
T/C 20853963 intron_variant
A/C 20854025 intron_variant
G/A 20854113 intron_variant
C/T 20854187 intron_variant
G/T 20854279 intron_variant
G/C 20854284 intron_variant
A/T 20854805 missense_variant&splice_region_variant p.Ser1629Cys
C/G 20854833 intron_variant
C/T 20855205 intron_variant
G/A 20855265 intron_variant
C/G 20855288 intron_variant
T/C 20855380 intron_variant
T/A 20855422 intron_variant
G/C 20855627 intron_variant
C/T 20855774 intron_variant
T/A 20856143 synonymous_variant p.Ser1730Ser
T/C 20856232 missense_variant p.Phe1760Ser
G/A 20856308 missense_variant p.Met1785Ile
T/A 20856331 missense_variant p.Ile1793Asn
A/C 20856334 missense_variant p.Gln1794Pro
G/A 20856388 stop_gained p.Trp1812*
A/T 20856439 missense_variant p.Glu1829Val
T/A 20856547 missense_variant p.Phe1865Tyr
G/A 20856582 missense_variant p.Ala1877Thr
T/C 20856679 missense_variant p.Met1909Thr
A/G 20856712 missense_variant&splice_region_variant p.Gln1920Arg
T/C 20856721 splice_region_variant&intron_variant
T/A 20857004 intron_variant
G/A 20857085 intron_variant
T/C,* 20857125 intron_variant
C/T 20857193 intron_variant
A/G 20857198 intron_variant
T/C 20857199 intron_variant
A/G 20857215 intron_variant
C/G 20857224 intron_variant
A/T 20857251 intron_variant
C/T 20857379 downstream_gene_variant
A/T 20857492 stop_gained p.Lys1928*
A/G 20857965 missense_variant p.Thr2059Ala
C/A 20857972 missense_variant p.Pro2061Gln
T/G 20858082 downstream_gene_variant
C/A 20858143 downstream_gene_variant
A/G 20858214 downstream_gene_variant
C/T 20858327 downstream_gene_variant
T/A 20858376 downstream_gene_variant
G/C 20858791 missense_variant p.Lys2208Asn
T/G 20858793 missense_variant p.Phe2209Cys
T/A 20858795 missense_variant p.Phe2210Ile
C/G 20858815 synonymous_variant p.Arg2216Arg
A/G 20859023 downstream_gene_variant
G/A 20859074 downstream_gene_variant
G/A 20859166 downstream_gene_variant
C/A 20859213 downstream_gene_variant
A/C 20859319 downstream_gene_variant
C/A 20859403 downstream_gene_variant
A/G 20859476 downstream_gene_variant
T/A 20859550 downstream_gene_variant
T/G 20859551 downstream_gene_variant
G/T 20859560 downstream_gene_variant
C/T 20859644 downstream_gene_variant
T/G 20859681 downstream_gene_variant
C/G 20859683 downstream_gene_variant
A/G,* 20859749 downstream_gene_variant
C/G 20859914 downstream_gene_variant
A/C 20860060 downstream_gene_variant
A/T 20860065 downstream_gene_variant
T/A 20860068 downstream_gene_variant
G/A 20860148 downstream_gene_variant
A/T 20860158 downstream_gene_variant
A/G 20860173 downstream_gene_variant
G/A 20860198 downstream_gene_variant
G/A 20860212 downstream_gene_variant
C/T 20860331 downstream_gene_variant
A/C 20860349 downstream_gene_variant
A/T 20860408 downstream_gene_variant
T/G 20860514 downstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_12838.1
MAKEGNEFDEVNHAVDGTGEEEEEHADDNDMEEEDEYIFRFENGMNPLDFVDNNDSSLLPYERFERLEQEALADKKRKATECHSEEPPSKMARESDISGSKIAEIMEAMNYHGVRKRSRKPKKRGRRKGSKNKMDPKIERMLGDANLHYSCKDYDKAKDVLLEVIKLAPNVAESYHTLGLVRNSLQDDKGTMTFYLIAALLNPTKYSSLWEMIFNLSIKQGHKDQARYCLLKAITADPKNITLRCDLAGLYVELGDHQKAAVTYEQVHQLCYENVDPLKEAAKLYKKCGQVEHAVCILEDYLKSQLDGANASVVDLLCTILMETKAHDRALQYIKHAQAANAWEELPLNLKIKAGICHAHLGKMEMAQVLFNDLKPENASKHVDLVIEVADSLMGLEHYNPALNYYLMLEGNIGNENGPLYLKLAKCYRSLKESSQAITFFYKALEILQDDVDARITLASLLLEEGKEDEAISLLSPPNDSDSGDANPEKSNRWWVNTRIKRKLCNIYRNRGTLGDFVDKIFPLVRESLDVATLRQKGKSKRRLTKRDLVERVRMVDGPENDNVFRGFRPVAAPSDRLKASRAKKLLQKMAIEKEKRKAEALASGIDWLSDDSDDEPQIENREPPLCILQKYEEHHQLIIDLCKALASLQRYWEALEIINLSLRLAGTSLSTDKKEELRSLGAQMAYSTTDPKHGFDCVKYIVQQHPHSVAAWNCYYKVISRLENRDTRHYKFVRVIQGKFVDCVPPILISGHQFTIFSHHQDAARKYLEAYKLLPENPLVNLCVGTALINLALGFRLQNKHQCLVQGLAFLYNNLRICENSQESLYNIARAYHHVGLVTLAAVYYEKVIGIREKDCPIPKLPNENPDVIENHKPGYCDLRREAAYNLHLIYKKSGALDLARQVLKDHCTFQIGAFLLRRFHVPFLGFAFCDCSSALAEMSRQTTTTAFTKSKTLDNKYMLGDEIGKGAYGRVYKGLDLENGDFVAIKQVSLENIAQEDLNIIMQEIDLLKNLNHKNIVKYLGSSKTKSHLHIVLEYVENGSLANIIKPNKFGPFPESLVAVYIAQVLEGLVYLHEQGVIHRDIKGANILTTKEGLVKLADFGVATKLTEADVNTHSVVGTPYWMAPEVIEMAGVCAASDIWSVGCTVIELLTCVPPYYDLQPMPALFRIVQDEHPPIPDSLSPDITDFLLQCFKKDSRQRPDAKTLLSHPWIQNCRRVLQSSLRHSATLRNIEEDDSADAEDSGGYHKSAYEGSSVEKEDSGKELSSVAAQGRKSHEGNASVPNFSDERIQKEDHVPSDHVLTLAIREKSLLQTGSSNLSPNREVGNSEPTSNHEISNEGLHEVMMNGEVGSPQSRGMASKVGGKDSSVNNGNKSFAFGPRGQDNGSLKAMKMPTTVEGNELSRFSDPPGDACLDDLFHPLDKQPGDVAAEASTSTSTSHVVKGNTSTTDGGKNDLAKELRATIARKQWEKESEIGQANSGGNLLHRVMIGVLKDDVIDIDGLVFDEKLPGENLFPLQAVEFSKLVGSLKPEESEDVIVSACQKLIGIFHQRPEQKIVFVTQHGLLPLTDLLEVPKTRVICSVLQLINQIVKDNTDFLENACLVGLIPAVTSFAVPDRPREIRMEAAYFLQQLCQSSSLTLQMFIACRGIPVLVGFLEADYAKYREMVHLAIDGMWQVFKLQQSTPRNDFCRIAAKNGILLRLINTLYSLNESTRLASSSVGGGFSVDGSAQRPRSGILDPTHPYINQKEALLSSVDQQDSSKVRRGVLDHHLEQSHPSSSNPRRSDANYSIDDAMSLEKNSTQTPRESSASALKERENMDRWKTDPSRADVESRQRISTNRTSTDRPPKSTEPSSNGISVTGVTHQEQVRPLLSLLDKEPPSGRFSGQLEYVRQMSGLERHESVLPLLHASEKKTNGELDFLMAEFADVSQRGKENGSLDSSSRVSHKVTPKKLGTFNSSEGAASTSGIASQTASGVLSGSGVLNARPGSATSSGLLSHMVSSLNAEVAREYLEKVADLLLEFAQADTTVKSYMCSQSLLSRLFQMFNRVEPPILLKILKCINHLSTDPNCLENLQRAEAIKYLIPNLELKEGSLVSEIHHEVLNALFNLCKINKRRQEQAAENGIIPHLMQFITSNSPLKQYALPLLCDMAHASRNSREQLRAHGGLDVYLNLLEDELWSVTALDSIAVCLAHDNDNRKVEQALLKKDAVQKLVKFFQSCPERHFVHILEPFLKIITKSSRINTTLAINGLTPLLIARLDHQDAIARLNLLRLIKAVYEHHPQPKKLIVENDLPEKLQNLIGERRDGQVLVKQMATSLLKALHINTVL*


CDS Sequence:
>Vu_12838.1
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