Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_12630 LG3 18983478 19002730 PREDICTED: eIF-2-alpha kinase GCN2 isoform X2
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category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   cellular response to benomyl, regulation of cellular amino acid metabolic process, cellular stress response to acidic pH, cellular response to benomyl, peptidyl-serine phosphorylation, cellular stress response to acidic pH, response to herbicide, cellular response to amino acid starvation, protein phosphorylation, cellular response to amino acid starvation, cellular stress response to acidic pH, cellular response to hydrogen peroxide, cellular response to hydrogen peroxide, peptidyl-serine phosphorylation, regulation of cellular amino acid metabolic process, protein phosphorylation, response to herbicide, protein phosphorylation, cellular response to amino acid starvation, peptidyl-serine phosphorylation, cellular stress response to acidic pH, cellular response to amino acid starvation, cellular response to hydrogen peroxide, cellular response to benomyl
Cellular Component   is active in   cytosol
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   protein kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, tRNA binding, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, protein kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity
Pathway   "B 09123 Folding   sorting and degradation"
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 18983539 5_prime_UTR_variant
G/T 18983565 5_prime_UTR_variant
A/T 18983810 missense_variant p.Lys19Met
G/A 18983820 synonymous_variant p.Thr22Thr
C/G 18984474 upstream_gene_variant
T/A 18984594 missense_variant p.Ser83Thr
G/A 18984930 upstream_gene_variant
T/A 18985115 upstream_gene_variant
T/A 18985204 upstream_gene_variant
C/G 18985210 upstream_gene_variant
A/G 18985376 missense_variant p.Ile155Val
T/A 18985388 missense_variant&splice_region_variant p.Ser159Thr
A/T 18985470 upstream_gene_variant
A/G 18985552 upstream_gene_variant
T/A 18985694 upstream_gene_variant
G/A 18985946 missense_variant p.Ser237Asn
C/A 18985982 missense_variant p.Pro249His
G/T 18986495 upstream_gene_variant
G/A 18986504 upstream_gene_variant
T/C 18986527 upstream_gene_variant
G/C 18986652 intron_variant
A/T 18986653 intron_variant
A/G 18986835 intron_variant
T/C 18986920 intron_variant
A/C 18987266 splice_region_variant&intron_variant
A/T 18987267 splice_region_variant&intron_variant
G/A 18987270 intron_variant
C/G 18987276 intron_variant
G/A 18987305 intron_variant
A/T 18987444 missense_variant p.His388Leu
A/G 18987450 missense_variant p.His390Arg
C/T 18987634 missense_variant p.Arg424Cys
G/A 18988070 intron_variant
C/T 18988092 intron_variant
G/C 18988197 intron_variant
A/G 18988216 intron_variant
C/T 18988547 intron_variant
A/G 18988560 intron_variant
G/T 18988566 intron_variant
G/C 18988704 intron_variant
G/A 18989125 missense_variant p.Arg450Lys
T/A 18989169 splice_donor_variant&intron_variant
A/G,* 18989343 intron_variant
T/C 18989505 intron_variant
G/A 18989622 intron_variant
C/G 18989863 intron_variant
T/A 18990037 intron_variant
T/A 18990046 intron_variant
A/C 18990048 intron_variant
T/A 18990329 intron_variant
A/T 18990458 intron_variant
T/C 18990877 intron_variant
C/G 18990943 intron_variant
T/A 18991095 intron_variant
A/T 18991170 intron_variant
A/G 18991934 intron_variant
A/C 18992570 intron_variant
T/C 18992702 intron_variant
A/G 18992815 intron_variant
C/G 18992816 intron_variant
G/A 18992895 intron_variant
G/A 18992906 intron_variant
G/T 18992918 intron_variant
G/A 18992984 intron_variant
G/A,* 18993001 intron_variant
G/A 18993044 intron_variant
G/A 18993056 intron_variant
T/C 18993085 intron_variant
G/C 18993105 intron_variant
G/A 18993245 intron_variant
G/A,* 18993317 intron_variant
A/G 18993320 intron_variant
T/A 18993348 intron_variant
G/A 18993444 intron_variant
G/C 18993453 intron_variant
C/T 18993473 intron_variant
T/A 18993500 intron_variant
A/G 18993521 intron_variant
C/G 18993651 intron_variant
G/T 18993663 intron_variant
A/G 18993667 intron_variant
C/A 18993879 intron_variant
A/G 18994061 intron_variant
C/T 18994089 intron_variant
A/G 18994382 intron_variant
G/T 18994894 missense_variant p.Gly684Trp
G/A 18995057 intron_variant
C/T 18995134 intron_variant
A/T 18995205 intron_variant
A/T 18995353 intron_variant
A/T 18995355 intron_variant
C/A 18995371 intron_variant
A/G 18995378 intron_variant
T/A 18995386 intron_variant
C/G 18995388 intron_variant
T/A 18995709 intron_variant
A/T 18995899 intron_variant
T/G 18995903 intron_variant
C/A 18996149 intron_variant
T/C 18996151 intron_variant
C/T 18996152 intron_variant
A/C 18996245 intron_variant
A/T 18996330 intron_variant
T/G 18996388 intron_variant
C/T 18996522 intron_variant
C/T 18996566 intron_variant
A/T 18996794 intron_variant
T/G 18996967 intron_variant
G/T 18997049 stop_gained p.Glu866*
A/G 18997050 missense_variant p.Glu866Gly
T/C 18997252 intron_variant
A/G 18997367 splice_region_variant&intron_variant
C/T 18997374 intron_variant
A/C 18997376 intron_variant
T/C,A 18997378 intron_variant
A/T 18997383 intron_variant
G/A 18997540 intron_variant
C/G 18997585 intron_variant
T/C 18997595 intron_variant
T/A 18997600 intron_variant
A/T 18997608 intron_variant
A/G 18997610 intron_variant
A/T 18997613 intron_variant
C/G 18997617 intron_variant
T/C,A 18997618 intron_variant
T/G 18997653 intron_variant
C/T 18997736 intron_variant
T/A 18997874 intron_variant
C/G 18997961 missense_variant p.Ala916Gly
A/C 18998317 intron_variant
A/G 18998675 missense_variant p.Tyr1051Cys
A/T 18998811 intron_variant
A/T 18998987 intron_variant
T/C 18999270 intron_variant
C/T 18999294 intron_variant
A/C 18999297 intron_variant
A/G 18999302 intron_variant
C/T 18999312 intron_variant
T/A 18999319 intron_variant
T/A 18999323 intron_variant
C/T 18999332 intron_variant
A/C 18999415 intron_variant
T/G 18999503 intron_variant
C/T 18999528 intron_variant
A/G 18999529 intron_variant
C/T 18999839 intron_variant
C/T 18999877 intron_variant
C/A 18999890 intron_variant
C/T 19000047 intron_variant
A/G 19000107 intron_variant
G/C 19000117 intron_variant
G/A 19000170 intron_variant
G/C 19000197 intron_variant
T/C 19000226 intron_variant
T/C 19000256 intron_variant
C/G 19000340 intron_variant
T/A 19000344 intron_variant
T/A 19001228 downstream_gene_variant
G/T 19001333 downstream_gene_variant
T/A 19001336 downstream_gene_variant
C/T 19001340 downstream_gene_variant
G/C 19001341 downstream_gene_variant
G/T 19001546 downstream_gene_variant
T/A 19001662 downstream_gene_variant
T/A 19001663 downstream_gene_variant
T/C 19001854 downstream_gene_variant
A/T 19002073 downstream_gene_variant
T/C 19002347 3_prime_UTR_variant
T/C 19002350 3_prime_UTR_variant
G/T 19002355 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_12630.1
MGHSSKKKKRGGGSGRRSKGRTQSKDHASQFGADDYDQLSEEITAVCAIFQEDCKVLPGSPPRIVIKLRPYSKDMGYEDLDVSAALVVRCLPGYPFKCPKLQITQEKGLSEADTDKLLSLLHDQATLNAREGRVMIYNLVEAAQEFLSGIEPIGISNDSKLLHSTVESNEEMFTKDKTSLSKKGSFVYGFIDLFSGYGETWSWGFGMDETARKSSSLPLSNLDGSKQRFEAHEKKFSSKEMPLVMQEHPAELGTVEEVIEDSKSSLSLTSSSTSSEEDFVGNDNEGEKEYFIVDKYTTEDNDGINESESPKALPSDFLPHHQPSQTIEKDILMVHMLRLVCASNGSLADCLPQVVTELYNIGIISDSARDMASKSPSIFNKTFDRVFHKHLASSRISQFWNPDLGGSNTISHTSRYLNDFEELRPLGHGGFGHVVLCKNKLDGRQYAVKRIRLKDKSMPDRILREVATLSRLQHQHVVRYYQAWFETGVSDSSGDSGWGSKTTLSSTFSFTAATSNDVFGHEKQLESTYLYIQMEYCPRTLRQKFESYDHFDKELAWHFFRQIVEGLAHIHAQGIIHRDLTPNNIFFDARNDIKIGDFGLAKFLKLEQLDQDVGHTADATGVSIDGTGQVGTYFYTAPEIEQGWPKIDEKADMYSLGVVFFELWHPFGTAMERHVVLSDLKQKGEVPPIWIAEFPEQESLLRQLMSPAPSDRPSATELLQNAFPQRMESELLDDILRTMQKSEDTSIYDKILNAIFDEEMLSTKHVRQVGRLGSVGDSSSSIQYTEFETEVRDYVVDMSREIFRQHCAKHLEISTMRLLEDCPQFNRNAVKLLTYGGDMLELCHELRYPFVNWIISNQKSSFKRYEISYVFRRAVGHSSPNRYLQGDFDIIGGTSALTEAEVIKVTRDVVTCFFHADSCDIHLNHADLLDAIWSWTGVKVEHRLKVAELLSLMGSLRPQSSERKSKWVVIRRQLLQELNLAEAKVNRLQTVGLRFCGSADHALPRLRGALPSDKRTFKVLDELSELVSLLRIWKIEKNIYIDALMPPTESYHRDLFFQVYLRKENSPGSLSEGALLAVGGRYDYLLHQLWRSDSKGNPPTGVGTSIALETIIQNCPVDIKPNRNEGTTNILVCSRGGGGLLVERMELVAELWEENFKAEFVPTPDPSLTEQYEYANEHGIKCLVIIADTDFSLTDSVKVRHLEHKREKSVERKNLVKFLSDAMATQFRNPSIWI*


CDS Sequence:
>Vu_12630.1
ATGGGGCACAGTTCGAAGAAGAAGAAGCGCGGAGGCGGGAGCGGTCGCCGGAGCAAGGGGAGAACGCAGTCCAAAGATCACGCTTCTCAATTTGGCGCCGACGATTACGACCAGCTCTCCGAAGAGATAACCGCAGTATGCGCTATTTTCCAAGAAGACTGCAAAGTTCTTCCAGGCTCGCCTCCTCGTATAGTTATTAAGCTCAGGCCTTACTCAAAGGACATGGGTTATGAAGATCTAGATGTTTCTGCTGCTCTTGTTGTCAGGTGCTTGCCTGGGTATCCTTTCAAGTGTCCCAAGCTGCAGATTACACAGGAGAAAGGGTTATCAGAAGCTGATACTGATAAGCTTTTATCTCTCCTCCATGATCAGGCTACTTTAAATGCTAGGGAGGGACGAGTAATGATCTATAATCTGGTTGAGGCTGCTCAGGAATTTCTTTCTGGTATTGAGCCAATTGGCATATCAAATGATTCTAAGCTTCTACATTCAACTGTGGAAAGCAATGAAGAAATGTTTACCAAGGATAAGACATCTTTAAGTAAGAAGGGTTCCTTTGTTTATGGTTTCATAGACCTTTTCAGTGGCTATGGAGAAACGTGGAGTTGGGGTTTTGGAATGGATGAAACTGCCAGGAAAAGTTCTTCTCTTCCCTTGTCTAATTTAGATGGCTCAAAACAACGCTTTGAGGCTCATGAGAAGAAATTTAGTAGTAAGGAAATGCCGTTAGTTATGCAAGAACATCCTGCCGAATTAGGTACTGTCGAAGAAGTTATTGAAGATAGCAAAAGTAGTTTATCTTTGACTAGTTCAAGTACATCATCAGAGGAGGATTTTGTAGGAAACGATAATGAAGGTGAGAAAGAGTATTTTATTGTTGATAAGTATACAACTGAAGATAATGACGGTATTAATGAAAGTGAGTCTCCAAAGGCTCTGCCTTCTGACTTCTTGCCTCATCATCAACCATCTCAAACAATTGAAAAGGATATACTAATGGTTCACATGCTTCGCCTTGTTTGTGCTTCTAATGGATCATTGGCTGACTGTTTGCCACAAGTGGTAACAGAGCTGTATAATATAGGGATCATTTCTGATTCAGCACGTGATATGGCATCTAAATCACCATCCATTTTTAACAAAACATTTGATCGTGTTTTCCACAAACACCTGGCTTCATCGAGAATATCTCAATTTTGGAACCCTGATCTTGGAGGCTCGAACACAATTTCCCATACTTCACGATATTTGAATGACTTTGAGGAGCTGCGTCCTCTAGGTCATGGTGGTTTTGGTCATGTTGTGCTGTGCAAAAATAAACTTGACGGAAGGCAATATGCAGTAAAGAGAATTCGCCTTAAGGACAAAAGCATGCCTGACCGAATACTAAGGGAAGTAGCTACACTTTCTCGTTTACAGCATCAACATGTCGTTCGGTATTATCAGGCATGGTTTGAAACTGGAGTTTCTGATTCTTCTGGTGATTCTGGTTGGGGTTCAAAGACTACACTAAGCTCTACTTTCAGCTTTACCGCTGCAACTTCCAATGATGTCTTTGGGCATGAGAAACAGCTTGAATCAACTTACCTTTATATACAAATGGAATACTGTCCCAGGACTCTTCGCCAGAAATTTGAATCATACGATCATTTTGACAAAGAACTGGCTTGGCATTTCTTTCGTCAAATAGTGGAAGGCTTGGCACACATACATGCACAAGGAATAATTCATCGGGATTTAACACCAAATAACATATTCTTTGATGCTCGCAATGATATTAAAATTGGTGATTTTGGTCTTGCCAAGTTCTTAAAGTTAGAGCAGCTGGATCAAGATGTGGGCCACACTGCTGATGCAACTGGAGTTTCCATTGATGGCACTGGACAAGTGGGGACATATTTCTATACAGCTCCTGAAATTGAGCAAGGATGGCCCAAGATTGATGAAAAGGCTGATATGTACAGCTTAGGAGTGGTTTTCTTTGAGCTTTGGCACCCATTTGGGACAGCAATGGAGAGACACGTTGTTTTATCTGATTTGAAACAGAAAGGGGAAGTTCCACCAATTTGGATTGCTGAATTTCCAGAACAGGAATCCTTACTGAGGCAGTTAATGTCTCCAGCTCCTTCAGATCGCCCTTCTGCCACAGAACTTCTGCAAAATGCATTTCCTCAGCGAATGGAGTCTGAATTATTGGATGATATCCTTAGAACAATGCAGAAATCAGAGGATACAAGCATATATGATAAAATTTTAAATGCTATCTTTGACGAAGAGATGCTAAGCACAAAACACGTTCGTCAGGTTGGTAGATTGGGATCAGTTGGAGATAGCAGTTCATCCATTCAGTACACAGAATTTGAAACAGAGGTTCGGGATTATGTTGTAGATATGAGCAGGGAAATTTTTAGACAGCATTGTGCAAAGCACCTTGAAATATCAACAATGAGATTATTGGAAGATTGTCCACAGTTTAATAGAAATGCAGTTAAACTTCTGACGTATGGAGGAGACATGCTTGAACTTTGCCACGAGTTGCGTTATCCGTTTGTGAACTGGATTATATCTAACCAGAAATCTTCATTTAAACGGTATGAGATATCATATGTCTTTAGAAGAGCAGTTGGACATTCATCGCCAAATCGCTACCTTCAGGGGGATTTTGACATTATTGGTGGCACTTCGGCATTGACAGAAGCAGAGGTCATAAAGGTCACAAGGGACGTAGTCACTTGTTTTTTTCATGCAGATTCATGTGACATTCATCTCAACCATGCTGACCTTCTGGATGCAATTTGGTCATGGACTGGAGTCAAGGTAGAACACAGACTCAAAGTAGCAGAGCTTCTCTCCTTGATGGGTTCTTTACGCCCACAATCCTCAGAAAGGAAATCAAAATGGGTCGTGATAAGGCGGCAGCTTTTGCAGGAACTGAATTTAGCAGAGGCTAAGGTAAATAGGTTACAGACTGTAGGTTTAAGATTTTGTGGATCTGCAGATCATGCACTCCCCCGTTTAAGAGGAGCTCTTCCATCTGATAAACGTACATTCAAGGTACTTGATGAGTTGTCTGAGCTTGTCAGTCTCCTGAGAATATGGAAGATTGAAAAAAATATATATATTGATGCATTAATGCCACCAACTGAAAGTTATCACAGAGATTTGTTTTTTCAGGTATACTTAAGGAAGGAGAACAGTCCTGGATCTCTCTCTGAAGGTGCCTTGCTGGCTGTTGGTGGTCGATATGACTACTTGCTTCATCAGCTGTGGAGAAGTGACTCTAAAGGAAATCCTCCCACTGGTGTGGGGACTAGCATTGCACTGGAGACAATAATTCAGAATTGTCCTGTAGATATCAAGCCCAATAGAAACGAAGGCACCACCAATATTCTTGTCTGTTCTAGAGGTGGAGGAGGTCTCCTGGTGGAGCGCATGGAGCTAGTTGCGGAATTATGGGAGGAGAACTTTAAGGCTGAATTCGTTCCTACCCCTGATCCCAGTCTTACGGAGCAGTATGAGTATGCTAATGAACATGGTATCAAATGCCTTGTCATCATCGCAGATACAGATTTCTCCTTGACAGATTCTGTTAAGGTTCGACACCTTGAACATAAGAGGGAGAAAAGTGTGGAGAGAAAAAACCTAGTTAAGTTTCTATCGGATGCCATGGCAACACAATTTAGAAATCCCTCCATTTGGATTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_12630::LG3:18981478-18983478(+)
GAGAGAGTTTGTGGCCATTTTTGTTTGAGGGTTGAAGAGAAGTGTTTGTGTTTTTGTGTATGTGTTGATGTGATTTGAAGGAGTTTTCTTGATGCAGGTTTGGGTCAGAAGGAAGGGATAAGGAATGTGTGGGGTGGGACTGTGATCAGTTAATCAAAAGCAATATAATACAAGTTTTTGATTGGCTGAATCAGGGTGAGGCTTTATCACACTCTCTGTCTTTCCCTCTCAGCACAATTAATTCCCTTAGCTCATCAAATTCACTTCTTTTCTTTCCTTACAAACCAGTTATATCATATGTGGCACACTACACTCCTTTTCTTTTCTTTTCTCACAAACAACAAAACAAGAAAGACTATGACACATTTCTGGATATTTCTATGTATCTAATTTCAGTTTGCTTTTGTACATTTGAGAAAGAAAAGTTAACATAAAATTTAATGTAGGAATTGTTTTACAAATTGCCATTTCTGTGTCATAATGCATAAACGAATGTATAAATGGAAAAAGAAAATATAAGGATTGAATATGTTTTTAACTTTAAAATTTAGACAGGTAAAATTGAAACTTGTTTATGTTTTAAATATCGTTATATTTTGATTTTTATGCGCAAGACTGTTGTTGGTCGGTTATATATTATTGCTGGGAGACGTTCTTTAAGATATTGGTGTTAAAGTTTACATATTTCGGACAATATTTTTAAGTGGTTTATGGGACGATGGTTCTTTAAGATATGTTCTGAAAATTATATTCCGAAATTTTTGGTTTCGATCTTGTTTTAGAAACTTTGTTCTAAAAATTTTAAAAATCTTATTCCAATTTTGTTTTTCAGAATATTTATTTCGGAAGTTATTTTTCAAAAAGTAAAATATCATTTTAAAAATACGAAGGAGTGTGCGAATAATTTGTACGGGTGCAGGAAGTCAAAGGCTAAGGCTTTCATGCTCCTTTTGTCTGAAGCATTTTTCATGACTGTGGGCTTGGCAATTACTTTCTGCACTCCATAATTTTCTTCCTCTACCCCATCATTTCTGGAATTTATTTTTTCTGAACACAATAAATAACTTTAGAATTTTATTTTATTTTTTTAAGTCAAACACCCTTTTTTTAAAAAGGAAAGCATTTTCAGGAAAAGTTTTAAGGGGTGGAAGGAGAAATTTGATGAGATGGAGGAAGAAATTGCCTAATTGCTTACATGTTTAATGTTGGCATTATCATGTTAATAGTTTTAGCTTACATGCAAGCATTTTATGTTTATTTCACGTAAAACTTAATTTATAATAATATATGATGTGATATTTCTATTTCATATACACATTCTATGTTTATTTTACTCTTTCACAAATTTATATTTTTACCATTTAAAAAGTTTAATATTATAAATATCATCTTTCAAGTGTTTAAAGAAACAAATACTACACATTTAATTTATTTTCAAGTGTCGTTATATTAACAAACATTCAATTTCAGTCTATACAAATATATTTTAAATTGTATAGTAAAAATAAATTCTAAATTCTAAATTCTGCCATTCAAAAATTTAAAATATGAATTTTATAGCACCCTTTTCATTTTCATGAATTTTAGTAAAAAAAAAGAGAGTAATTTTAGCTTTTAACGCAAAAAAAAATCGACATTTCATTGTTTATGTATCACGTAGTTTAAGTTATTAATTTGGTATTAATCTACAAGGTAAGCTGAGTCTACGATCATATATTCTCCCATACACATCCTAGAATTAAGAGAAAGGTTAGAAACGTACTTTCAAATATATTTGTTTATTAGTAAAAAATTATTGAAAATAATAAAAAATTATTGAAAATAATAAAAATTTAGTATGTCTTGAAATCTCCTCAATGTTCTGTACCGTGACTTGTAGTTTTTAAATTGGTTTAATTAATTAAAAAAGATGACATAATTGTGATTTTAACCCTATTCCGTAGTTAATTAACCTCTGTTTTGGATTTAATCAACCAACTTGTGTACAAGTTCAAAAGTGT


Gene Sequence:
>Vu_12630(+)
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