Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_12546 LG3 17980661 17983455 PREDICTED: scarecrow-like protein 30
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 17980808 5_prime_UTR_variant
C/A 17980821 5_prime_UTR_variant
G/A 17980862 5_prime_UTR_variant
C/G 17981664 missense_variant p.Ala198Gly
T/C 17982118 synonymous_variant p.Asp349Asp
C/A 17982243 missense_variant p.Pro391Gln
A/T 17982423 missense_variant p.Gln451Leu
C/T 17982634 synonymous_variant p.Asp521Asp
A/G 17982805 synonymous_variant p.Ala578Ala
G/T 17982887 stop_gained p.Glu606*
G/T 17983030 missense_variant p.Lys653Asn
A/G 17983286 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_12546.1
MLSMDSLLDNFPGSVNGFISENGSVSLFTNQNRVSEFKLDDSSVSVFTNPNGGRKFKLDDSRSPSESASDDAPSSGTSSDGEHTESTKLCNPMLRFISDILMDEEDDLERKPCMLQDCLRLQAAEKSFYDALVHSYPSSPRQFNDNPDPDDNFGGTTSSESYGSYTTDHSCESDKFNGAGDFESYLLQRSLHNSPEHAYVTPDLIREAQAGFQFSNGAWNLIQSQNKAGVIEESVTRTGKGSREKRSHLMKDDVSHEEEERSNKLSAVYSDDSELCSMFDEVLLYNDGKSPAFCKSDREPSSLQLADSGGSNGKKTRSKKGSNKGKNARTTVDLWTLLTQCAQAVASFDPRTANEILKQIRQHSSPLGDGLQRLAHYFADGLETRLAAGTPKFMLFQSASAADMLKAYRVYVTSSPFHWMSFFMANRTILKFTQSESSIHIIDFGISYGFQWPCLIQRLSQRPGGPPKIRITGIDFPQSGFRPAERVEETGRRLEKYCKRFGVPFEYNCLAQKWETIRLEDLKLDRSEVTVVNCMYRLKNLSDETVTVDCPRDAVLRLIRRINPTIFMHGVGNGTYNAPFFLTRFREALFHFSALFDMFEANVPREDPSRLMFEKGLFGRDAINVIACEGAERVERPETYKQWQVRNQRARFKQLSLNRDLVNKVKEMVKKEYHKDFTVDEDGKWVLQGWKGRILFALSCWVPA*


CDS Sequence:
>Vu_12546.1
ATGCTCTCCATGGATTCCCTTTTGGACAATTTTCCTGGTTCGGTAAATGGGTTCATATCTGAAAACGGTTCTGTCTCGTTGTTTACGAATCAGAACAGGGTAAGTGAGTTCAAGTTGGATGATTCATCTGTCTCGGTGTTTACGAATCCGAACGGGGGAAGGAAATTCAAGTTGGATGATTCACGTTCCCCGTCAGAGTCTGCCTCTGATGATGCTCCCTCTTCTGGGACAAGCTCTGACGGAGAACACACAGAGAGTACTAAACTCTGCAATCCCATGCTCAGGTTTATAAGTGATATCCTCATGGATGAAGAGGATGATTTGGAGCGCAAGCCCTGCATGTTGCAGGATTGTTTGAGACTCCAGGCTGCTGAAAAATCATTCTATGATGCTTTGGTTCATAGTTACCCATCATCACCTCGTCAATTTAACGATAACCCTGACCCAGATGATAATTTTGGTGGAACCACTAGTTCTGAGAGTTACGGCAGTTATACCACTGACCATTCATGCGAGTCTGATAAGTTTAACGGTGCTGGTGATTTTGAGTCTTATTTGCTACAAAGATCGTTGCATAATTCTCCGGAACACGCTTATGTTACTCCTGATCTGATTAGAGAGGCACAAGCTGGGTTCCAATTTTCAAATGGAGCTTGGAATTTGATTCAGTCGCAGAACAAGGCGGGCGTAATTGAAGAGAGTGTGACGAGGACAGGCAAAGGATCAAGGGAGAAGAGGAGCCATCTCATGAAAGATGATGTCTCACATGAAGAAGAGGAGAGAAGCAATAAGCTTTCAGCTGTCTACTCTGATGATTCGGAGTTATGTAGCATGTTCGATGAAGTGCTACTTTACAATGATGGCAAGAGTCCAGCCTTTTGTAAATCTGACCGTGAACCTTCATCATTACAGCTTGCTGATTCAGGAGGATCTAATGGGAAGAAAACACGTTCGAAGAAAGGTTCCAACAAGGGAAAAAATGCAAGAACAACGGTGGATTTATGGACTTTGCTAACTCAATGCGCACAAGCTGTGGCTAGCTTTGATCCAAGGACTGCAAATGAAATCCTCAAGCAGATTAGGCAGCACTCTTCACCTTTAGGCGATGGACTTCAGCGCTTGGCTCACTACTTTGCCGATGGCCTTGAGACAAGGTTAGCTGCTGGGACACCAAAGTTCATGCTGTTTCAGTCAGCATCTGCTGCAGATATGTTAAAAGCTTACAGAGTGTATGTCACATCATCACCATTTCACTGGATGTCATTTTTCATGGCTAACCGTACTATTCTGAAGTTTACACAAAGTGAAAGCAGTATTCACATTATTGACTTTGGGATTAGCTATGGTTTCCAGTGGCCTTGCCTCATCCAACGGCTTTCACAGAGACCAGGCGGTCCTCCAAAGATTCGTATAACAGGAATTGATTTTCCTCAGTCAGGGTTTAGGCCAGCTGAAAGGGTAGAGGAGACGGGGCGACGCTTAGAGAAGTACTGCAAGAGATTTGGAGTCCCTTTTGAGTACAATTGCCTTGCTCAGAAATGGGAAACCATAAGACTTGAGGACCTCAAACTTGATAGGAGTGAAGTAACTGTGGTTAACTGTATGTACAGATTGAAGAACCTGTCGGATGAAACTGTGACTGTAGACTGTCCTAGAGATGCGGTGCTGAGGTTGATCAGGAGGATCAATCCGACCATCTTCATGCATGGGGTTGGCAATGGCACCTACAATGCACCATTCTTCTTGACAAGGTTCAGGGAAGCACTCTTCCACTTCTCAGCATTGTTTGATATGTTTGAAGCTAATGTGCCTCGGGAAGATCCATCTAGACTTATGTTTGAGAAAGGGTTGTTTGGAAGGGACGCAATCAATGTCATAGCATGTGAGGGGGCAGAGAGGGTTGAAAGGCCAGAGACCTACAAGCAATGGCAGGTTAGAAACCAGAGAGCAAGGTTCAAGCAACTTTCATTGAACAGAGACCTCGTGAACAAAGTAAAGGAAATGGTGAAGAAGGAATATCATAAAGATTTTACAGTAGATGAGGATGGCAAGTGGGTTTTGCAAGGATGGAAAGGACGTATTCTTTTTGCTCTTTCTTGTTGGGTTCCTGCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_12546::LG3:17978661-17980661(+)
TGACGGCTAACACCATTTTCTCTATTTCTTCTCTTTCTCTCACTAAAATTCACTCAAATATCATCATAATATATAAACAGATCTCGTTTTGATAATTTCATAACATCCTTTTACAATATTTAATATCATTTGATTCAAAATTATTTCAAAATTAATAATAATAATTATAAACAATGCAACATGTTAATATAGTGTTAAAATATTATTAAAAATATATTATTAAATAGGTATCACTTGGGAAAGAGCAGATCTGCCATCTGATTAATTTCTCGTTTACCTCACCATTTTGATTTGATTTAATCGGTCAGCGAATATTCCGTTGTGAAACACAACACAAGACAGATTGACTGAGGCAGATTCTGTATCAGAGAGTGTAGATACGTGAACTTGGAGAAGAAAGAAAAGAAAAGAAAAAGTGAGAGAGTAGATATTTATATAGAAACATGAATTAGGGTTTAAGGGGGATGTATCTGGGTAAATATAATAATATCAAACTCCCTTTAAAACTTAGAATGTTGTCGAAAGTGGAAGAAGTAATTGCTAAGAAAAAAATATTTGAAAGGTAGAAAAGAGATGCAATAATATTTCTGGCATGACAGTAGTTGAGATTTATGATGTTGACGCTAAGTCAAATGTGTCTGGACACGATCATATCCATGGAATAGGAATATTTTATCAATAACTTGTATTTAATTAACTAGTACACGCTTTAGTCAATAACTTGTTGGTCAAGGATACCTTTCAACATGTGAGTTTCTCATTTGATTAACGAACCTTCTTTCATTGCTTCCTTCTTTTCAGATAATAATTCAATTTAGGTTAATTATCAATAACTCTCACTAAAAACTAACACTTAACTTATCATAAATCTATTAAATTTTAGTTGCTTTATATTTCTATTGCTAGGATGAAATCAAATATTTGTTATTAAGTTACATGCATACATACCTATTGTTAAAATGTATGCATATCTTGGTCTTTTTACTTGAAGTTTTGTCTACCTAACTAGATAATGATAAAGTCAATATATATTTTTTAAATTGTGTTTGGATTGGAAAATGAATTTAAAAGGAGAAATAAATGAATTTGAAGATAAAAAAATTGGTTGAAAATGAAATTCTTTAGATTAAGGAAAAAATAATAAAAATGAAAAAAATAATTATGGTAAGAGTTTGTAAATAATGTGATTTATTTGATACAATAAAAATAAATATTTCGTAAATAAAATTTGGAAGTAGAAATAAGTGATCTTGAAAGAAAAAAACAAATGAAAGTAAAATTGTTTGGATTAAGAGAAAGATAATCAATAATGAAAAAAAAAAGTAAAAAATTGTAAAAGTTTGTAAATAATATGATTGGTTTGATAAATTAAAAAAAAATCATAAATAAAAGTTGAAAGTAGGATTAATTTGTCAATAAGATGAGTTAAAAGGTATAAATGAGTGAATATATGGAAAAAATTTAATGAATGTGAAATTATCTGAATTAAGAGAAAGATAATAAAAAATGAAAAGAAAAAAAAGAAGAAGAGAAATTGTAAATTGTATATAATATAATTGGTTTGATAAATTAAAAAAAAAATCATAAATAAAATCTATTAATGAATTAAAGTCAAAATCAGATTTAAAATAAAATATAAAATTCTTATCAAATTTTAATAAGAATTTTATTAAAGTTTTTGTTTACCATTTTTACTTAATCACTTCAGGACATATTTCTATACATCACCCACCAAGACTATGCAACCATCCAATTAAGATATCTATCCAAAACCAAATATTACATGCATACCATAATATAAATAAAATAAAATTTATAGTGTGTTTTTAAACTTGTATTTTGTGATTAGTTATTTATAATTTAAAATTGATAATTTATTCCCACGATAATTACAAGAAAGTAGTGGTGACAAAATGTGTCTGACCCACACCTTAAAAACACGTACACCTTCCTAGAAACTTCAGAACCTTAAAAGAAAAGGGCAAAGGTTTGTTCTTGTA


Gene Sequence:
>Vu_12546(+)
AAATTAGTATTATATATGTATTAATAGAGAGAGATGTTCCCATTCAGGACCTTCCTCTGCTTTACTTTTCCTCACTCTTTACTTCCATTGTCTTGGTTCGGTAACTCCTCACAAAACTAGGTTCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTCATTCATATCTTCATTCTTCTGTGTTTTAATCTATATTTCCAAAAGTATAGGACTAGAGTCACTGTTGCTTTCGTTAGATCTCTGAATATTTCTTCAATATTGTTGTTTGCTTGATCTGTTATTGTTCTGTCTTTGGGGTGGTAGAAGATTCTGCTTAGTCAAAGATTCTTGTCTGCTATAGCAAAGCACCTCAGGAACTAGATCTCTGTGGAAAGTACAGTTGTTTTTGTTCGAATTCTATTCTGGCTAACAGCATGCTCTCCATGGATTCCCTTTTGGACAATTTTCCTGGTTCGGTAAATGGGTTCATATCTGAAAACGGTTCTGTCTCGTTGTTTACGAATCAGAACAGGGTAAGTGAGTTCAAGTTGGATGATTCATCTGTCTCGGTGTTTACGAATCCGAACGGGGGAAGGAAATTCAAGTTGGATGATTCACGTTCCCCGTCAGAGTCTGCCTCTGATGATGCTCCCTCTTCTGGGACAAGCTCTGACGGAGAACACACAGAGAGTACTAAACTCTGCAATCCCATGCTCAGGTTTATAAGTGATATCCTCATGGATGAAGAGGATGATTTGGAGCGCAAGCCCTGCATGTTGCAGGATTGTTTGAGACTCCAGGCTGCTGAAAAATCATTCTATGATGCTTTGGTTCATAGTTACCCATCATCACCTCGTCAATTTAACGATAACCCTGACCCAGATGATAATTTTGGTGGAACCACTAGTTCTGAGAGTTACGGCAGTTATACCACTGACCATTCATGCGAGTCTGATAAGTTTAACGGTGCTGGTGATTTTGAGTCTTATTTGCTACAAAGATCGTTGCATAATTCTCCGGAACACGCTTATGTTACTCCTGATCTGATTAGAGAGGCACAAGCTGGGTTCCAATTTTCAAATGGAGCTTGGAATTTGATTCAGTCGCAGAACAAGGCGGGCGTAATTGAAGAGAGTGTGACGAGGACAGGCAAAGGATCAAGGGAGAAGAGGAGCCATCTCATGAAAGATGATGTCTCACATGAAGAAGAGGAGAGAAGCAATAAGCTTTCAGCTGTCTACTCTGATGATTCGGAGTTATGTAGCATGTTCGATGAAGTGCTACTTTACAATGATGGCAAGAGTCCAGCCTTTTGTAAATCTGACCGTGAACCTTCATCATTACAGCTTGCTGATTCAGGAGGATCTAATGGGAAGAAAACACGTTCGAAGAAAGGTTCCAACAAGGGAAAAAATGCAAGAACAACGGTGGATTTATGGACTTTGCTAACTCAATGCGCACAAGCTGTGGCTAGCTTTGATCCAAGGACTGCAAATGAAATCCTCAAGCAGATTAGGCAGCACTCTTCACCTTTAGGCGATGGACTTCAGCGCTTGGCTCACTACTTTGCCGATGGCCTTGAGACAAGGTTAGCTGCTGGGACACCAAAGTTCATGCTGTTTCAGTCAGCATCTGCTGCAGATATGTTAAAAGCTTACAGAGTGTATGTCACATCATCACCATTTCACTGGATGTCATTTTTCATGGCTAACCGTACTATTCTGAAGTTTACACAAAGTGAAAGCAGTATTCACATTATTGACTTTGGGATTAGCTATGGTTTCCAGTGGCCTTGCCTCATCCAACGGCTTTCACAGAGACCAGGCGGTCCTCCAAAGATTCGTATAACAGGAATTGATTTTCCTCAGTCAGGGTTTAGGCCAGCTGAAAGGGTAGAGGAGACGGGGCGACGCTTAGAGAAGTACTGCAAGAGATTTGGAGTCCCTTTTGAGTACAATTGCCTTGCTCAGAAATGGGAAACCATAAGACTTGAGGACCTCAAACTTGATAGGAGTGAAGTAACTGTGGTTAACTGTATGTACAGATTGAAGAACCTGTCGGATGAAACTGTGACTGTAGACTGTCCTAGAGATGCGGTGCTGAGGTTGATCAGGAGGATCAATCCGACCATCTTCATGCATGGGGTTGGCAATGGCACCTACAATGCACCATTCTTCTTGACAAGGTTCAGGGAAGCACTCTTCCACTTCTCAGCATTGTTTGATATGTTTGAAGCTAATGTGCCTCGGGAAGATCCATCTAGACTTATGTTTGAGAAAGGGTTGTTTGGAAGGGACGCAATCAATGTCATAGCATGTGAGGGGGCAGAGAGGGTTGAAAGGCCAGAGACCTACAAGCAATGGCAGGTTAGAAACCAGAGAGCAAGGTTCAAGCAACTTTCATTGAACAGAGACCTCGTGAACAAAGTAAAGGAAATGGTGAAGAAGGAATATCATAAAGATTTTACAGTAGATGAGGATGGCAAGTGGGTTTTGCAAGGATGGAAAGGACGTATTCTTTTTGCTCTTTCTTGTTGGGTTCCTGCTTGAGAAATGACCAACTCATAACCCATTTATGGATTCCTGCTTGAGGAATGACCACCTCATAACTCATTCATTGCCATGAAAAATTCTTTTAGATGTAAGAGCATAACTTTTGAGTGTATTTATACTTAAATAAAAATGTATCATGATCATGTTTTATTTCAGTTTGATTAGTGTAAATACATTATCACCTGTGCTCTTATGAACAAGTATAGAATACACCATAATCTCTTAAATCCCCTATTTGAGAATGAAATATACATCTTCATTAATAC