Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_12373	LG3	16251350	16257314	PREDICTED: receptor-like serine/threonine-protein kinase NCRK	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	protein phosphorylation, protein phosphorylation, xylem development, protein phosphorylation
Cellular Component	is active in	plasma membrane
Cellular Component	located in	endosome membrane, endomembrane system, endosome membrane, endosome, plasma membrane, plasma membrane
Molecular Function	enables	protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, kinase activity, GTPase binding, protein serine/threonine kinase activity

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/T	16252846	downstream_gene_variant
T/A	16253005	downstream_gene_variant
T/G	16253006	downstream_gene_variant
A/T	16253060	stop_gained	p.Arg34*
T/G	16253307	downstream_gene_variant
C/G	16253309	downstream_gene_variant
C/A	16253310	downstream_gene_variant
A/T	16253368	downstream_gene_variant
A/T	16253408	downstream_gene_variant
T/C	16253409	downstream_gene_variant
T/A	16254319	intron_variant
C/A	16254880	missense_variant	p.Pro212Thr
T/A	16255129	intron_variant
A/G	16255450	missense_variant	p.Gln367Arg
T/C	16255459	splice_donor_variant&intron_variant
G/A	16255819	missense_variant	p.Ala392Thr
G/A	16255823	missense_variant	p.Arg393Lys
G/T	16256102	intron_variant
A/T	16256702	intron_variant
C/A	16256822	missense_variant	p.Asn555Lys
C/A	16257064	3_prime_UTR_variant
G/A	16257276	3_prime_UTR_variant
T/A	16257286	3_prime_UTR_variant
G/A	16257310	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_12373.3

MKPQLKIALALVISLLWIQSSFCDEASDNLNKWRCRCSFEGNRSFSLANCSKSCDCHSDAEESASVWKCICDSNGFPQVAADGHSPNCFKACNCTWGTVSNRGGSKKRVSIKIVVVILLICVICTTMAFLVSLLCHVYRRDRCTIQSPIFSTYKETSSGSSTNLISHRSGVSSVPEAKFAINSPICHITGCFQKASFLFGSPKETYHGNIFPFSLAELENATENFSSSNLIGLGGSSYVYHGRLKDGSNVAVKRLKDQGGPEADSAFFKEIELLSRLHHCHLVPLLGYCSELKGKHVQRLLVFDYMANGNLRDCLDGVSGKHIDWTTRVMIALGAAKGLEYLHEAAAPRILHRDVKSTNILLDENWQAKITDLGMAKNLRSDDLPSCSNSPARMQGTFGYFAPEYAIVGRASLESDVFSFGVVLLELISGRQPIHKSTGKEESLVIWATPRLQDSRRVIIELVDPQLKGNFPEEEVQVMAYLAKECLLLDPDTRPTMSEVVQILLSISPGKSRRRRNITGSLFQDEEKQRQATPSKFPTHSSLPIYLDHNHSVKNKSNEADPVSAEYMESLIILAAKSDGSCVSEEEMVDLTEPRFESFCITSGKAP*

>Vu_12373.1

>Vu_12373.2

CDS Sequence:
>Vu_12373.3

ATGAAGCCACAGCTCAAAATTGCTCTTGCTCTAGTTATTAGCTTGCTTTGGATTCAGAGCTCATTTTGTGATGAAGCTTCTGATAACCTAAACAAGTGGAGATGTAGATGTTCTTTTGAAGGGAATCGGAGTTTCTCTCTGGCTAATTGTTCTAAGTCCTGTGATTGCCACTCAGATGCTGAAGAAAGTGCATCCGTATGGAAATGCATATGCGATTCAAATGGGTTTCCCCAAGTGGCAGCAGATGGTCATAGCCCTAATTGTTTTAAAGCTTGCAACTGCACTTGGGGAACTGTCAGCAATAGGGGAGGTTCAAAGAAACGTGTTTCCATCAAGATTGTTGTAGTTATCCTATTAATATGTGTTATATGCACAACCATGGCGTTTCTTGTCTCACTCTTATGCCATGTATACAGAAGGGACAGATGTACTATTCAATCACCCATATTCTCAACATATAAGGAAACAAGTAGTGGTAGTTCCACCAACTTAATTAGTCATAGGTCAGGGGTTTCCTCGGTGCCAGAAGCAAAATTTGCTATAAATTCTCCAATTTGTCATATTACAGGATGCTTTCAGAAAGCCTCTTTCTTATTTGGGAGCCCAAAAGAAACTTACCATGGAAATATTTTTCCATTTTCCTTAGCTGAACTGGAAAATGCCACTGAAAACTTTTCCTCTTCCAACCTGATTGGACTAGGCGGAAGCAGTTATGTATACCATGGTCGGCTGAAAGATGGTAGCAATGTGGCAGTTAAACGACTAAAAGATCAAGGAGGGCCAGAAGCAGACTCTGCATTTTTCAAGGAGATTGAACTATTATCTAGACTTCATCATTGTCATTTGGTGCCTTTGCTCGGATACTGTTCAGAGTTAAAAGGAAAACATGTTCAGAGGTTACTTGTATTTGACTACATGGCTAATGGAAATTTGAGGGACTGTTTAGATGGAGTTTCTGGAAAACATATAGATTGGACTACTCGTGTAATGATTGCGTTAGGAGCTGCGAAGGGCTTGGAGTATCTCCATGAAGCAGCTGCTCCAAGAATTCTTCATAGAGATGTCAAATCAACTAACATTCTTCTGGATGAAAATTGGCAAGCAAAAATAACTGATCTTGGCATGGCTAAAAACCTGAGATCTGATGACCTCCCTAGCTGTTCAAATTCTCCAGCAAGAATGCAGGGTACATTTGGCTATTTTGCACCTGAGTATGCCATTGTTGGTAGAGCTTCTCTTGAGTCAGATGTCTTTAGTTTTGGTGTGGTTCTTCTTGAGCTTATCAGTGGTCGGCAGCCCATCCATAAATCAACTGGCAAAGAAGAAAGCCTTGTTATATGGGCTACTCCTCGCTTACAGGATAGTAGGCGAGTAATAATTGAGCTGGTTGATCCACAATTAAAAGGAAATTTTCCAGAAGAAGAGGTGCAGGTGATGGCATACTTAGCAAAGGAGTGTTTGCTGCTAGACCCTGACACTCGACCAACCATGAGTGAGGTTGTTCAGATTCTTTTAAGTATTTCCCCAGGAAAATCTAGGAGGAGAAGAAACATTACAGGCAGCCTCTTTCAGGATGAAGAAAAGCAAAGGCAAGCCACACCCAGTAAATTTCCAACGCATAGTTCACTGCCAATATATCTTGATCATAATCATTCTGTTAAGAACAAAAGTAATGAAGCAGATCCAGTTTCAGCTGAGTATATGGAGAGTTTGATCATCTTGGCTGCAAAATCTGATGGCTCTTGTGTATCAGAAGAGGAAATGGTAGACCTAACTGAGCCTAGGTTTGAATCCTTTTGCATCACCTCTGGCAAAGCCCCTTGA

>Vu_12373.1

>Vu_12373.2

Promoter Sequence:
>Vu_12373::LG3:16249350-16251350(+)

CCGATCTTTCATTGCAAACCTAAACATATAATGATATGGAGACGTATGGACACTACGTGATTGGATATACCTCGTAATGTGAGTCATGAGTCACGTGATTGTCATACCAATCTACGTAATAAATTTTCTTTGATGCAGATAATTAATCTGTTTAATCGAAGATTAGAACAGCTACGATGTTGGGGTTAGATATTTAATTTGTAATAAAGTGAGATTAATATGATATAGAAAATTAAAATACTGGTTCTATGTCCTTAAATATAAAAAATTTCATTTAACTATTACAGTGAATTTATTGCATGTGTATGACAAAAACTTGGCAGGACCACGTGTTTGATAAAGTAAGCAATGGTTGCCACCTATGCACTTGCTTCTCTCTAGCTATGGAGCTACCTTCGGGCACTTCATCAATCTCTTCTTCTCTGTGACTTCATTATAAGCCCTTCGACACTCTCAAAGTCCTTCCTATTCTTCACCAAAACTTGCACTCAAATTCTCATTTCCCCAACATTGCATGTTTCACAGTTAGCAGATCTAAGGCTTTGAGGTATGTACTGTGGTGAGTCCTAGTTTTTTTTTTTCAAAAAATATAGATGGTGTTATTATTCTCGTACGTAGTTGTACCTAAAGACGGTGGCATTGTTGTTTGGTTTGGCACATCAACCCCACCAAATTAAGGGAAAAAGTTAAGAGGGTATGTTTATTAGTGTAGGACATGATTGATTAAGGATGCTTGAAAGCATAATTTGATGGCATTTTTGGATTAACATGCTTTCCAATAACGATCTCAGAGTCACCACCGCTGATTAAGATTGTTCTTGAGGAATGCAATGCTCATTTTTCTGATTGATTTCTGTGCTGACATCTCTCTCCTTCACGATTGACACTGACCCCACAAACGACAAAGCAACATGTCACTTGGGGCCCACACTTTAGATCAAAACAACTCAGCGTTGAATTTCTTCTTTACGGGATGAAGTACATTTTAACCATATGTAGATAGCTCCATGTCTTTCAAGCTAAGTTATGTTATATGATATGTATAGAAACAGTCATGAACCAGTGGACAAACAGTATAATTATTTTAATTAAACCTATTCATTTCTCATCTGGGTTCTCTCACATTTTCACTGGTAACTGTTAAATTACTAATTAACATTTATTGATTAAAAGGTTGTGGTTTTGGTTTACATATACAAGTAGTAGAAACTGAGTTTAAAAAGATCTTGTTGTAGCCGTTATTAATGTGTGATCTGTATTCTGTAACATTTTCAATGGCATCTTAATCATACATTTATTGATTAAAATTTATTAAGAGAGAGACGTTCAAAGTTTAGTGGTTTTTAATAAATTTAACTGAGTTCAAAGAAGTCTTCGACTACTACCACAGAATATTACTAACGGTTCTCTTGTAACATGAAGTTATGGTATGCTTTATTTATCTAAATCCTTTAAACTGTGTATACCGTCAGTGTTTTTTCATTGTCTCACGTCTTTTCATTCAAGAAATGACAAAGCAGTACTTTATCTTTTGGTCGTTAGCTACACCCTATTGTTCTATTCTTTTGAAGTAAGTAAAATTTGGTGCTCCAAAGTTGAAACTAACTTATTCCACTTCGTTTTTCATGTTTGTGATAAAAGGATATACTTGACCCTAAATTTTTATTTATTTTTAAATAAAGTACAGATTCTGTTACGACTACAAGACAATTCTGTAAATTCAGTGGGTCAGATAGTTCATACGAAGGAAGAATTGATCAGGGAATGGGTGAGAAACCAGCTGAGCTGTGAGGTGGTTTTATTTTGGATAAATGCAAGTAAATTTGGAAGGGAGGTTGAAGTGTTGTTTTCAGTTAGCAAAGGGTTATTTTCAAAGAGGTGGAGGATTAGATGGTTCCCTTTTTAAGTTTCAATTGAATAAATTCATATCTAGATGTTTATGTTGTTTTTGTAGAATAGACTCATTTGGATAGGTCTCTATCCTCCATATCTGTTTACCA

Gene Sequence:

>Vu_12373(+)

ATTTGTGTGATTGATTTTCTTCTGATTGCCCTTTATTGTTCTCCAATAATGAAACTTGGAGGTTGGTGACTAGGGTTCTCATTACTCTATTTTACTTCTGTTTTTTCCTTGTTTCAGTTTAGTGGAATAGTTTAGTTTCTTTCCAGAACAGAGAAAATGTGCATAATTTGAGGGGAAATTACAAAACCTTGCAAACCCTCCTAGCTATATTATGAATCTTAGTCTTTGCTTTCAAAGATGATCATTGTAGCTTTCTTTCTCTTATGCTCTGACTTTCTTTGCACCAAAACCCTCTTCTCCTATCTCCAAAACTCAAAAGCCTTGCAGAATTGTGGGTAAAAACCGTGATGGTTTCTTGTGTTGTGGTACATTCCATTTGTAGACTTTCGAGGCTGTTCTTAAGCCCTGCTTCTACCAGTTCACTACCTGTACTGATTTCTTTTTTTATGGTTTAAGATGTAACAATTCTGTCGGTCGATCTGTCTTCCAGCTAATTAACATTATTGCAACCTTTTTTGTTGACTTCCTAACTCTGCATGCAATGTTTTTAAGTCAATAACCTCCCCACGGCCATAGTTTCAGTATATGGTACTGAGGGAGAATAACCTTGACTCTGATGTTTTGTTGGCAAACCCAGCATTTGTTCCTTCCTACCCTTGTTACCTCCATTGCATACATTGCTGTGAAATTAGGTCAGGAAACGAGATTTCATATCCCCTTATTGAGAATGAAATGATTGACATCCATTTCCTTGCTGTAGCACAGGGTAGAAACTGAAAAATGGGTGTGCTGTTGGCTCTCTTGATTTTTTTGTGTGAAGCTTGTAATTTTTGGATTAGTTTAAGAGGTGGATCATTTTTCCATTTTGCTTCCACAGATGCAGATTGGACTCAGAATATTAGAAGACTAAGCCTGTTCTTAATACTGGTTTAACATTTGATGCTATTTTCTTTCTCTTTTTCAACTGTGATCATTAAAATGGCATAGTTATTTCAATACAGAGATTAAGTCATAATTAAGTTTTGTTAGTTGCTTCAGTTTCATGTTTGCTCAAGCATTTTGTAGGCATCTAAAGTAATTTTTTTTACTTTCTTTTACTTGCAGTGTATGGGTTGGAATAAATGAAGCCACAGCTCAAAATTGCTCTTGCTCTAGTTATTAGCTTGCTTTGGATTCAGAGCTCATTTTGTGGTTAGTATAGCAATTTAGAAAATGTTATGTATTTGGCTCTCCAATTGTTTTTAGAGCTTAGCTCAGAAATTTAGGTGATTTACTGCTTCAATGAAAAACGAATCCTATGGACACTTCGGGTAGTATATACATTCAGTTTGCTCTGTATTTTAGCACTAGTTATTTCACAAATTACGAAAAAAATATTAATTTGTCTTTTTGATTTTGTGAGTAGTATAGCATAGCTTACCTTGAATACTGATATTTAGGTTCTTTCTGCATAAATAAAGAAAAAAGGAAAATAGCTGTATTTGATAAACGGGGACATTACATGGACTTATTCCTGCAACGTGAGATAATTGATAATTCATAATTAGTTTCACTTTCATGTTCTTTTAATATGGAGTTTTTTGAGTTTCTCTGTTCCATATTTTACATGTTTCATCTTAGTGATAAATAAAATCCAAAAGAGCCAAAAATACTTTTTTTTGCCTTCTATTGTTCTTTACAGATGAAGCTTCTGATAACCTAAACAAGTGGAGATGTAGATGTTCTTTTGAAGGGAATCGGAGTTTCTCTCTGGCTAATTGTTCTAAGTCCTGTGATTGCCACTCAGGTATGCGATTAATATTTTAGTGGAATGAAGACCGATAGCCTCCTGCTGCATATTTTTAGGAACCTACAAGCAAGACAGCTGAGAAAAGAAAGAAAGAAGATCTGCAAACTTTGATTACATTTTAATAAAGAAATCAATAATTCTATTTCACAACAGAGCTGGTGCTCAGTTTTCCAATACAATCAAAATTCAGAATGAATTTTTTTCTACTCCCTTCTAAGCTAACCACCTAACCAATTCTTTAAGGAACTGCTCTTAGCCAACTCAAGCTCATTCTAAACCGCTCTGATTACCTTGCTTTGTTTTCCTTTATTACTATGTCCCATCAGTTTTTACCCTTCTTTTCACCTATTATATTCTTACCCTTTATTATTTAGCTTGATCTTTGACTTTGGGTATGATTAGCAGATGCATTTTTGAAAAAAATTCCTGGTATAGTGAATTAACCGAGATTTATACAAGGTGCTTTTGTAATAAATTTCAAATTATATTTGTTGATAGCAGAACACCCTGTAGAGTGGCAAAAACTCATTGGATATTAGTAGGTGTAGGTTAACTTTGATCCTCCAAATGTTTCATTGTAGAATTCATATTAAATGTTCACACTAGCATAAAGAAATTTTGGAGCTAAGATGCTAAAGTACCTAATTGTGGTTGATAATCAATATACATGGTAGGAATGCAATGTATTTCTCCATTTCGGTTGAAATGGGGATACCATGATCACAGCTTCAGTATTATATGGTGACTGCTTTGCCTTCCATGTAGATGCTGAAGAAAGTGCATCCGTATGGAAATGCATATGCGATTCAAATGGGTTTCCCCAAGTGGCAGCAGATGGTCATAGCCCTAATTGTTTTAAAGCTTGCAACTGCACTTGGGGTACTTTCCCTCTATCTCCTCCTCTAGTCCTGAATTTCCATCTCTTAAATTTCACTTGCTGTTTTTTGGGGACATTTAATACAATTTTTCTATAACAGATAGCTTTTTACTTGAAGATTGGATTTGTTTCTCAACTTTTTACCTATTTTCATCATATTCTTATCCAATTGATACTGGAAAAAGATTATACCATTTCACAGAAAATTATTGATTTATTCCTATATCAAGCAACTCAGAAGCTGAATACATGATTTCTTATAGCAGATCACTTCTTACTTGAAGATGTTTTTGTTTCTCAAATTTTTGCTTCTTTTCATCGTATTTTTGAGTTAATGATATTGGAAATTTTTTACTGAATGTATGATTTCTTTATGTATTCTTCAGGAACTGTCAGCAATAGGGGAGGTTCAAAGAAACGTGTTTCCATCAAGATTGTTGTAGTTATCCTATTAATATGTGTTATATGCACAACCATGGCGTTTCTTGTCTCACTCTTATGCCATGTATACAGAAGGGACAGATGTACTATTCAATCACCCATATTCTCAACATATAAGGAAACAAGTAGTGGTAGTTCCACCAACTTAATTAGTCATAGGTCAGGGGTTTCCTCGGTGCCAGAAGCAAAATTTGCTATAAATTCTCCAATTTGTCATATTACAGGTGAGTTGGTTTTAATTTCATGCTTCAAATGTATATCCCTTTTGAAATTTTATGAATATATATGCAACTCCGGGGATTTTCTGTTAATTTGCTATTGTTCATTGGTTCTCAATTATCATTTTTCTTTTCTGTAGGATGCTTTCAGAAAGCCTCTTTCTTATTTGGGAGCCCAAAAGAAACTTACCATGGAAATATTTTTCCATTTTCCTTAGCTGAACTGGAAAATGCCACTGAAAACTTTTCCTCTTCCAACCTGATTGGACTAGGCGGAAGCAGTTATGTATACCATGGTCGGCTGAAAGATGGTAGCAATGTGGCAGTTAAACGACTAAAAGATCAAGGAGGGCCAGAAGCAGACTCTGCATTTTTCAAGGAGGTTGTTCATAATGTTGCAATATCAGTATTCTTTGGCTTTCCATTTGAAGTTATCGCTGCACAGCATTTACATTAATTATTGATTAATCGTTTTTGTTTGCGCAGATTGAACTATTATCTAGACTTCATCATTGTCATTTGGTGCCTTTGCTCGGATACTGTTCAGAGTTAAAAGGAAAACATGTTCAGAGGTTACTTGTATTTGACTACATGGCTAATGGAAATTTGAGGGACTGTTTAGATGGAGTTTCTGGAAAACATATAGATTGGACTACTCGTGTAATGATTGCGTTAGGAGCTGCGAAGGGCTTGGAGTATCTCCATGAAGCAGCTGCTCCAAGAATTCTTCATAGAGATGTCAAATCAACTAACATTCTTCTGGATGAAAATTGGCAAGCAAAAGTATGAATCTTGTGTGTTCTGGGTTCACGGTAGTAGTAAATTGGGAATTAGATGAAATATTTTACCTGGATTTGCACATGAATACGAGTTTGGCTTATGATACAGAGCCAGTAAGATACTGAAAGCAAATAAAAAATGGTGGTTTTGGACTAGAATCCCGTAACACCTTTCTGACCGCTAAATTTTTTTTATGAATCTACTATGTTTAGGAAGTAGAGTTAGTGATTCATAGCTGGTAGTGGTCGGTTAAATCGAAAGGTATAAACCATAATCTTTTCAAATATTCAACTTGCAGATAACTGATCTTGGCATGGCTAAAAACCTGAGATCTGATGACCTCCCTAGCTGTTCAAATTCTCCAGCAAGAATGCAGGGTACATTTGGCTATTTTGCACCTGAGTATGCCATTGTTGGTAGAGCTTCTCTTGAGTCAGATGTCTTTAGTTTTGGTGTGGTTCTTCTTGAGCTTATCAGTGGTCGGCAGCCCATCCATAAATCAACTGGCAAAGAAGAAAGCCTTGTTATATGGGTATTTTAAATTATCCTCATAACTAATAACCACAACCTTGATTTTACATTTGTTCATATTAGGAAGATCTTCAATGTGCTAACTCGATGCCCATACTAGGACTTCATTTTCATGAGGATCTTTGACTTATGATAGCTTAAACTTCTTTTGTTTTTTCCATTTCAATCATTGATTCAACATGTCTTCTGCATCCCCATAATATATTTCATTTTCCATTTACAATCTGAACTAGGATGCTTCTGTTCTTGATATTGCATAGCTTAGTGAATTCAACTGCAAAAGATTATGGACAATCAGGCATTGATATATGTTTCTTAACTTCTGTTTTAGGCTACTCCTCGCTTACAGGATAGTAGGCGAGTAATAATTGAGCTGGTTGATCCACAATTAAAAGGAAATTTTCCAGAAGAAGAGGTGCAGGTGATGGCATACTTAGCAAAGGAGTGTTTGCTGCTAGACCCTGACACTCGACCAACCATGAGTGAGGTTGTTCAGATTCTTTTAAGTATTTCCCCAGGAAAATCTAGGAGGAGAAGAAACATTACAGGCAGCCTCTTTCAGGTTAATGCTGTTTTGATTCCTAATTGTGATCTTTCTAGTTTCAGGTTTCTTATTTTTCAAAGTTTTGATGTATACTTCGGTTATCTGGTTGTTACATTTGCTGGTATCATAGATCATTCTGAAGTGGCATGTAAACCGAAAAATAAACCATATCATGATATTTTCTTTCTTGATGGACGCAGGATGAAGAAAAGCAAAGGCAAGCCACACCCAGTAAATTTCCAACGCATAGTTCACTGCCAATATATCTTGATCATAATCATTCTGTTAAGAACAAAAGTAATGAAGCAGATCCAGTTTCAGCTGAGTATATGGAGAGTTTGATCATCTTGGCTGCAAAATCTGATGGCTCTTGTGTATCAGAAGAGGAAATGGTAGACCTAACTGAGCCTAGGTTTGAATCCTTTTGCATCACCTCTGGCAAAGCCCCTTGAAAACATAGCAGCTGGCAGAATTATGAGGAGTTTACGTTGTGTTTCTTGTGCATGGCAGAATGATATACTATAAGCGATTCTGCAATTAATCTGTTGTGGAGATTATCATGGTCTACACATTTTTTTCACTTTGTTTTGAAAGGAAGAGCACTAGGTGGTGTTAGATAAGCTCTGATCATATTCGTTTGTTTCTTGTACAGAAAAACATATAGGATGATACAAATTTCTGGTTTTCTTTATGTGAAAAAGAACTAAAGAAGAACCGGATGACATACACATTAAGTTAAAGGTTTTGATCATAGATTTATTTATGCTACAATTATATTTTGGTAT