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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_11969 LG3 8378075 8381530 PREDICTED: DNA-damage-repair/toleration protein DRT100-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 8379043 intron_variant
C/T 8379202 intron_variant
T/A 8379205 intron_variant
C/A 8381464 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_11969.1
MNLLATTLFIFLFAFTPHKATAATCLPDEEAGLLGFKSGIRSDPSGLLDNWIPGTDCCTWNGVECHFNSTRVQRLYLTGQPEGNPKAILSGTISPTLSKLRLLDGLYLFNLKNITGPFPTFLFQLPNIEFVYLENNKLSGRIPENIGKLTKLYALSLVGNRFTGTLPSSITELTQLTQLKLDNNSLSGTLPKAINKLVNLNYISLEGNQFEGTIPAFPANLRSLILSRNKFSGNIPASIATLAPNLTYLELGHNSLSGKIPDFLGKFKALDTLDLSWNRFSGTVPASFANLTKIFNLDLSNNLLVDPFPEMNVKGIESLDLSNNSFHLGKIPKWVLSSPIIFSLKLANCGIKMRIEDFRPSETFFYDFIDLSGNEISGNAISLVNSTQYLVGFWAARNNLRFDLGKLRFGERFRYLDLSHNAVFGKIPNSVVGLQKLNVSYNHLCGQIPKNTFPASAFVGNDCLCGSPLKPCKVLNIALHMLLQLGPAASTNQTTYNLPQPT*


CDS Sequence:
>Vu_11969.1
ATGAATCTCTTAGCCACCACCCTCTTCATCTTCCTCTTCGCATTCACACCCCACAAGGCCACCGCTGCCACGTGTCTCCCCGACGAGGAAGCGGGTCTGCTGGGTTTCAAATCCGGCATCCGATCCGACCCGTCCGGCCTCCTCGACAACTGGATACCCGGTACAGACTGCTGCACCTGGAACGGAGTAGAGTGTCACTTCAACAGCACCCGGGTACAGAGACTGTATTTAACGGGTCAACCCGAAGGAAACCCCAAAGCCATCTTATCTGGCACCATCTCACCCACCCTCTCAAAGCTCCGACTTCTTGATGGACTCTACCTCTTCAACCTCAAAAACATTACGGGTCCTTTCCCCACTTTCCTCTTCCAACTTCCCAACATCGAATTCGTTTATTTAGAAAACAACAAACTTTCGGGTCGGATACCCGAGAACATTGGCAAACTCACCAAACTATACGCGCTGAGTTTAGTGGGGAACCGCTTTACCGGAACCCTACCGAGTTCGATCACCGAGTTGACTCAGCTAACACAGCTCAAACTCGACAACAACTCGCTCTCTGGAACACTCCCCAAAGCCATCAACAAACTCGTTAACCTAAATTACATCTCCCTCGAAGGGAACCAGTTCGAAGGAACCATACCTGCTTTTCCCGCGAATCTTCGGAGTCTCATACTCTCTCGGAACAAATTTTCCGGGAACATTCCTGCCTCGATTGCAACTCTGGCGCCCAATCTGACTTACTTAGAGCTAGGGCACAACTCGCTTTCCGGGAAAATCCCCGATTTTCTCGGAAAATTCAAGGCGCTGGACACGCTGGACTTGTCGTGGAACAGGTTCTCGGGAACCGTGCCGGCGAGCTTTGCAAATTTGACCAAGATCTTCAACCTTGACCTCTCGAACAATTTACTCGTGGACCCGTTTCCAGAGATGAACGTGAAGGGGATCGAATCGTTGGACTTGTCGAACAACAGTTTTCACCTGGGGAAGATTCCGAAGTGGGTACTTTCTTCCCCGATAATATTCTCCCTGAAACTCGCGAACTGCGGAATCAAGATGAGAATCGAGGATTTCAGGCCTTCGGAGACCTTCTTCTACGATTTTATAGATCTCTCGGGAAACGAGATATCAGGAAACGCGATTAGTTTGGTGAACAGCACACAGTATTTGGTCGGGTTTTGGGCTGCGAGGAATAACTTGAGGTTTGATTTGGGGAAATTGAGGTTTGGGGAAAGGTTTAGGTATCTGGATTTGTCGCATAACGCCGTGTTTGGTAAGATTCCGAACAGCGTCGTTGGGCTTCAGAAGTTGAACGTGAGTTACAACCATCTCTGCGGTCAGATTCCCAAAAACACGTTTCCGGCAAGTGCTTTTGTCGGAAACGATTGTCTCTGCGGTTCTCCTCTGAAGCCTTGCAAGGTGCTCAACATAGCACTGCATATGCTCCTTCAACTTGGACCTGCAGCAAGCACAAATCAAACCACGTACAACCTTCCCCAACCAACATAA


Promoter Sequence:
>Vu_11969::LG3:8381530-8383530(-)
GTATACGCGTGTTTCATGAAGGTGAGGTATAAAATAAATAGGATTGGTATTTGAGTTGTTGAGTTAACTTGAGTTAAATATAACTTTAAGATAAATAAAAGAGAGAAAAAAGATGAGAGAGGTAAAAGTAACAAGTTGTTAGGTATAAAAGATTTTTGGAGTCTTAGAATTTCACTTACTAGTTTTTTTGATGATGTCTTTAATGAGGTAAAACAAAGAATTTGTGACTTTGATGGGATAAGAAAAATGTTTTATCTGTGCATTAATGAAATTTTATGCATTAATTTATTTTGCACTAGTTAACCTATACATTATTGTTTTATAAATGTGATGACCATGTATTAACACTTTAACAAATATATATTACAAGCTTAATGACGTTTTATTTCAAATATATATATATGCATTTAAGGATAAATAACCTACTACTCAATTATTAGAATTTTATGATAAAGTTTTGTTGATTAAATTGATAAGAAAGTAGTCACATTAAAGTTTCTTACACAAGTTCTACACTCAAGCTTCCAATACCCTTTATGTCTATACAACAAACTTGATCACTGCTTGTTAGCTCTACCATTAATAGAGAGAAAAGGATCTGAAAGACACAGGATAGAAAATGATTTAACTAATAATAGAGTGAAATTTATAGTATAATCAAAATTTTAGTTCGAGAATTTTTTTTTAAAAAAATAGTGAAATTCAAGTAAATACCAAGTTAAATTGGTATTATTCTGTTAATTTTACTTAATATATATAAATAACAATAAGACTTGATATACATGAGCATTAATATTAATTATTTACCAAACATATGAATAGTAATAATAATAATTAATATATTAGTATGGATAATAATCAAGGAAGTAAAGGAAAAGTGAAACACACTAAGAAACATGTGAGTGAAAAATACAATAAGATCCAACCTCCATCCACTTCTTCTCATGTTCAAAAAGTGTTTTTAGCTCAATCTAAAATCACTTTTTCTGATTCACCTATTAACGGGCTTTCGGCCTTTAATAATCTTATGAGAGAACTGAAGTTTGGCTAAAAATATTTATCCAAAATTAATATTACTTTTACAAATATATTACATAGATTTGTAACAATAAGAAATGTAAATTGCATAAATTTACCTGAGTGATTCAATAAAAGTGACTCAAAAATAAATAAACAAATCAAGTAAAAATTTTCATTTTTACTTGATAAATCCAACACTATTAAAATATAAATCTAACTCATTAAAATATTAATATCAAATTCTATTCAAAATTTTAAAATAATAAACTTATATGTTTTCTTCTCCAAAACTTTTTCATCTGTAATTAATATATAAAAAAAAATTAAGCTTTCCAACACATACGTACCCAATAATCTCATATCCTTCAAAAAGTCCATATTAATAATAATTTAAATTCATTCTCTTTATATCTTATGAAAGCAAAATTATGATAAAATTTTCAATTCTAAAATACACAAACCTCGAATACAATAACTTACTCTAGAAATATTATCTAGACAAACCCAAAGTGGAACTGATAAATTTTGGATTCTATTACAAGTCTTTGTTATGATACACAAACATGATATTTATAAATAAGAAATGATACATCTAACATACAAATTTTTTACATTAACTTGATATTATTATTTTTTATCTTTTATTTATTTTAAATACAAAAATGTATTCTTTTATCATCATTTTATCATTTTTCTTTTCTTATAATACGTATAAAACAAATGTAAATATATATCTTTTATCATTATTTTATTATTTTTTATAGATATCTACATATACTTTCGTGCGTTGCACTTGCTCAAAGCGGTGAGTCAAACATGGTGGCTGCTTCCACATAATTATCACCCACCCACAAAGAAAACAAATGCTATAAACTAGTCTCCACAGTCAAAACCTTTCTCAAAATACAAGTAAATTTTATACCAAAATCTATACTAGAACTATTTACAGAATGGTATTTTGAAGAGATTTAGATAACGTT


Gene Sequence:
>Vu_11969(-)
GAAAATGAAAATGAATGTTTAGTTTTACTTACTACTTATATATCATAATCCATCATAAAGTTTAGTGTTGTAGTTGCACACGTAAAAACCATATTCATATCATCTAGAACCTGTTTTGTCTACCGAAACATGGTACAACCCTTCCATTAAAGACAACACAACACTCTCAGAAACACTCATAATCCAAAATGAATCTCTTAGCCACCACCCTCTTCATCTTCCTCTTCGCATTCACACCCCACAAGGCCACCGCTGCCACGTGTCTCCCCGACGAGGAAGCGGGTCTGCTGGGTTTCAAATCCGGCATCCGATCCGACCCGTCCGGCCTCCTCGACAACTGGATACCCGGTACAGACTGCTGCACCTGGAACGGAGTAGAGTGTCACTTCAACAGCACCCGGGTACAGAGACTGTATTTAACGGGTCAACCCGAAGGAAACCCCAAAGCCATCTTATCTGGCACCATCTCACCCACCCTCTCAAAGCTCCGACTTCTTGATGGACTCTACCTCTTCAACCTCAAAAACATTACGGGTCCTTTCCCCACTTTCCTCTTCCAACTTCCCAACATCGAATTCGTTTATTTAGAAAACAACAAACTTTCGGGTCGGATACCCGAGAACATTGGCAAACTCACCAAACTATACGCGCTGAGTTTAGTGGGGAACCGCTTTACCGGAACCCTACCGAGTTCGATCACCGAGTTGACTCAGCTAACACAGCTCAAACTCGACAACAACTCGCTCTCTGGAACACTCCCCAAAGCCATCAACAAACTCGTTAACCTAAATTACATCTCCCTCGAAGGGAACCAGTTCGAAGGAACCATACCTGCTTTTCCCGCGAATCTTCGGAGTCTCATACTCTCTCGGAACAAATTTTCCGGGAACATTCCTGCCTCGATTGCAACTCTGGCGCCCAATCTGACTTACTTAGAGCTAGGGCACAACTCGCTTTCCGGGAAAATCCCCGATTTTCTCGGAAAATTCAAGGCGCTGGACACGCTGGACTTGTCGTGGAACAGGTTCTCGGGAACCGTGCCGGCGAGCTTTGCAAATTTGACCAAGATCTTCAACCTTGACCTCTCGAACAATTTACTCGTGGACCCGTTTCCAGAGATGAACGTGAAGGGGATCGAATCGTTGGACTTGTCGAACAACAGTTTTCACCTGGGGAAGATTCCGAAGTGGGTACTTTCTTCCCCGATAATATTCTCCCTGAAACTCGCGAACTGCGGAATCAAGATGAGAATCGAGGATTTCAGGCCTTCGGAGACCTTCTTCTACGATTTTATAGATCTCTCGGGAAACGAGATATCAGGAAACGCGATTAGTTTGGTGAACAGCACACAGTATTTGGTCGGGTTTTGGGCTGCGAGGAATAACTTGAGGTTTGATTTGGGGAAATTGAGGTTTGGGGAAAGGTTTAGGTATCTGGATTTGTCGCATAACGCCGTGTTTGGTAAGATTCCGAACAGCGTCGTTGGGCTTCAGAAGTTGAACGTGAGTTACAACCATCTCTGCGGTCAGATTCCCAAAAACACGTTTCCGGCAAGTGCTTTTGTCGGAAACGATTGTCTCTGCGGTTCTCCTCTGAAGCCTTGCAAGTAAGCCTAGTTAATAATGTATTACACTAAGTAAGTTTAGATGTGTTTTATTTTAGTTTAAAAATAATCAGGTTATTCAAAGTCAGACCTGTGATATTGCTAAGCAAATAATAAATAAACTTATCTAAAAAGCTGTTGTAATTTAATTAGTATATTTTGTTGATTACTTTGTTCTTTAAGATTTTTGCACATGCATAAATGATCGTAAATATATATTTTTTAAAATAACTGTACTCTTTTAATAAGCGTGTGTTATTTTCATTATAATAAATAGATATATAAAAATCAATCTATTAATATTGTTCAGTAAATTAGTTTAAACATTTATTAATTCAGGAAAGACATTAATAAAAATTAAAAAATGAGAACAATCCTTATTTAATGTCAATTTTATCTATTTTCATAATTTATTTTCATTAGTTTTTTCCATTATGCTGAATTTTTGCAATTTTTAATATATTGTGAAGAACCTTATTTTGATTATGATACGTGTAAAACATATTTTAGTAACCAAATGAAAAATGTAAGATTATAAATTTATAATTTCTTAACATTTTATTGAAACAAGAAAAAAAGTTATGGTATTTGTACGCATATAAATATCATATTGTATTACTAACTACAAATTTATCAAATAAATATATGTAATGACCTAATTAATCTATAGAAAATATTAATCATAGCAACATCAAGCAATTTAATATATACATAGTATATATAAAGTCCTCCTTTGTATAAAATATTTTTTTCAAAAAATACTAATCATTCACAGGTGAGGATCTTTACATAACTAAATATACTCAATCATCTATCACCAAAACACCAACTTCACATCCACACCTCAAAATTTGTACCATTGTTCATGTAGATCATATAGTAAACAAACAATTAACCGTACACAAAAAACAAAATTAGGTTTATTATTTTTATAAAATTTTGTCATGCTTTTTGCATCATATGATTCATGTTTGTAATAAGATATTTATCCACGAATATATAACATTAAGGCTCCACTTGAGCAACCTACCATGAAAATATTAGTTCTTATGAATCCTTTAGGTCACAACAATATTACATATTGATTACATATTGATTTTATAGATAAAGAATTTTTTTGGAATTTCATCATCTAAAGTGTATTTTCTATGTGAATTTATGAGTTTATTAAAATCAGGATGACTGGAAGTGGAGGGAAGAATGGAAGAGGAAGAGGAAGGAGTGGTAAAGAGAAGCAAGAATAATAAAATGAGTTAAATATGTTTTTATCTTAAAGTATCATGTGACGTTGGTTTTCGTCATTATTCAAACCTTTGATTCATTTTCATCCACTATTTTTAAAAAGTTTCAAAATTTAGTTTTCCATGACTAATGATATTAGTTTTTTTGTGTGACGTGACTAATTGTATATCTCGTGTAAGGCCAATTCTAGTTTTCTTTTATGATTATAATTAAAATTAAAAAAAAACATTAAATCTTTAAGGCCAAAACTGAAATTCCTATTCTTCTTCATTCCAAGTTGGAAAACTTCTCTGTTCCTTTTCAATGTTCTTCATCATGAAGCCTTTAACTTCATAAACCTAAGTCTTCACCTTAGGAAACTTGCTTATCTCTTCAGGGTGCTCAACATAGCACTGCATATGCTCCTTCAACTTGGACCTGCAGCAAGCACAAATCAAACCACGTACAACCTTCCCCAACCAACATAAATCACAGTCACAACAAATTCGCCATCATCAAGATCCCACAACATAAACTCAATACCTAAATTTCAATTCAGTGTGAAAATAATTCACAACAACACGAATTTCTTTTAATTTAAATTTCATTTCTATTTTCAATTTCATTTGCCT

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