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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_11521 LG3 2187122 2219376 hypothetical protein
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category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 2188052 synonymous_variant p.Glu72Glu
C/T 2188056 stop_gained p.Gln74*
T/C 2188077 stop_lost p.Ter81Argext*?
C/A 2188134 missense_variant p.Leu100Ile
A/C 2188172 stop_lost p.Ter112Tyrext*?
A/G 2188180 missense_variant p.Lys115Arg
T/G,A 2188215 missense_variant p.Tyr127Asn
G/A 2188238 synonymous_variant p.Ser134Ser
A/T 2188305 missense_variant p.Ser157Cys
G/A 2188330 missense_variant p.Arg165His
T/C 2188409 intron_variant
T/C 2188416 intron_variant
A/T 2188443 intron_variant
G/A 2188603 missense_variant p.Ser215Asn
A/G 2188605 missense_variant p.Asn216Asp
C/G 2188619 missense_variant p.Asn220Lys
G/T 2188625 synonymous_variant p.Arg222Arg
C/G 2188654 missense_variant p.Ala232Gly
C/T 2188721 intron_variant
A/T 2188762 intron_variant
G/A 2188836 missense_variant p.Gly263Arg
T/G 2188844 missense_variant p.Cys265Trp
T/G 2188884 missense_variant p.Cys279Gly
G/T 2189020 intron_variant
A/T 2189029 intron_variant
G/T 2189041 intron_variant
T/A 2189063 intron_variant
T/C 2189302 intron_variant
T/C 2189308 intron_variant
T/A 2189310 intron_variant
C/T 2189313 intron_variant
G/T 2189345 intron_variant
G/T 2189349 intron_variant
T/G 2189356 intron_variant
T/G 2189358 intron_variant
A/C 2189361 intron_variant
G/A 2189378 intron_variant
C/G 2189390 intron_variant
T/C 2189413 intron_variant
C/A 2189459 intron_variant
A/T 2189461 intron_variant
T/C 2189597 intron_variant
G/T 2189601 intron_variant
T/C 2189603 intron_variant
G/A 2190000 intron_variant
T/A 2190262 synonymous_variant p.Ala412Ala
A/G 2190291 missense_variant p.His422Arg
C/G 2190305 missense_variant p.His427Asp
A/C 2190325 intron_variant
A/T 2190333 intron_variant
T/A 2190340 intron_variant
G/A 2190341 intron_variant
A/G 2190345 intron_variant
A/T 2190349 intron_variant
G/A 2190359 intron_variant
G/C 2190389 intron_variant
T/A 2190390 intron_variant
G/C 2190410 intron_variant
G/A 2190512 synonymous_variant p.Gln445Gln
G/C 2190517 missense_variant p.Cys447Ser
T/C 2190601 missense_variant p.Phe475Ser
A/T 2190662 intron_variant
G/A 2190702 intron_variant
T/A 2190896 intron_variant
A/G 2190899 intron_variant
G/T 2190944 intron_variant
G/T 2191450 intron_variant
C/G 2191557 intron_variant
G/C 2191676 intron_variant
T/C 2191688 intron_variant
A/T 2191707 intron_variant
T/A 2191708 intron_variant
C/T 2191712 intron_variant
G/A 2191819 intron_variant
A/G 2191846 intron_variant
G/T 2191880 intron_variant
G/A 2191917 intron_variant
A/G 2191952 intron_variant
G/A 2191973 intron_variant
T/C 2191980 intron_variant
A/G 2192061 intron_variant
A/T 2192135 intron_variant
C/T 2192154 intron_variant
A/G 2192156 intron_variant
T/C 2192174 intron_variant
C/T 2192192 intron_variant
C/T 2192194 intron_variant
C/T 2192195 intron_variant
T/A 2192202 intron_variant
C/T 2192207 intron_variant
G/A 2192216 intron_variant
C/T 2192227 intron_variant
G/A 2192242 intron_variant
C/T 2192271 intron_variant
C/T 2192291 intron_variant
G/C 2192293 intron_variant
T/A 2192311 intron_variant
C/A 2192313 intron_variant
T/C 2192317 intron_variant
A/T 2192328 intron_variant
C/A 2192331 intron_variant
G/A 2192375 intron_variant
T/A 2192376 intron_variant
T/A 2192377 intron_variant
C/T 2192386 intron_variant
C/T 2192396 intron_variant
A/G 2192415 intron_variant
A/G 2192430 intron_variant
G/C 2192434 intron_variant
A/T 2192437 intron_variant
G/A 2192485 intron_variant
G/A 2192490 intron_variant
G/A 2193301 intron_variant
G/A 2193345 intron_variant
T/A 2193353 intron_variant
G/T 2193378 intron_variant
G/A 2193415 intron_variant
A/T 2193435 intron_variant
T/A 2193436 intron_variant
A/G 2193442 intron_variant
G/A 2193454 intron_variant
T/A 2193474 intron_variant
C/T 2193588 intron_variant
C/G 2193762 intron_variant
C/T 2193880 intron_variant
A/G 2193928 intron_variant
G/T 2193956 intron_variant
T/A 2193978 intron_variant
A/G 2194020 intron_variant
A/G 2194237 intron_variant
A/T 2194261 intron_variant
A/G 2194274 intron_variant
C/G 2194309 intron_variant
A/G 2194344 intron_variant
C/T 2194388 intron_variant
G/C 2194401 intron_variant
C/G 2194405 intron_variant
A/G 2194435 intron_variant
T/C 2194449 intron_variant
A/C 2194453 intron_variant
C/T 2194481 intron_variant
A/G 2194495 intron_variant
G/A,T 2194506 intron_variant
G/A 2194507 intron_variant
A/G 2194509 intron_variant
T/A 2194559 intron_variant
T/A 2194564 intron_variant
A/G 2194566 intron_variant
C/T 2194595 intron_variant
G/A 2194598 intron_variant
T/C 2194603 intron_variant
A/G 2194614 intron_variant
G/A 2194722 intron_variant
T/C 2202604 intron_variant
A/G 2202670 intron_variant
G/A 2202680 intron_variant
G/A 2202692 intron_variant
G/A 2202701 intron_variant
G/A 2202716 intron_variant
C/T 2202724 intron_variant
G/A 2202729 intron_variant
A/G 2202736 intron_variant
T/G 2202748 intron_variant
G/A 2202754 intron_variant
A/G 2202779 intron_variant
A/C 2202781 intron_variant
A/G 2202795 intron_variant
G/A 2202807 intron_variant
T/G 2202813 intron_variant
G/A 2202818 intron_variant
G/A 2202852 intron_variant
A/G 2203298 intron_variant
T/A 2203301 intron_variant
G/A 2203303 intron_variant
A/G 2203443 intron_variant
G/C 2203559 intron_variant
C/T 2203638 intron_variant
A/C 2203648 intron_variant
C/T 2203714 intron_variant
T/C 2203773 intron_variant
T/C 2203775 intron_variant
C/T 2203809 intron_variant
A/G 2203813 intron_variant
T/C 2203818 intron_variant
G/C 2203854 intron_variant
C/T 2203908 intron_variant
C/T 2203931 intron_variant
G/T 2203938 intron_variant
A/C 2203970 intron_variant
C/T 2204021 intron_variant
T/C 2204049 intron_variant
C/T 2204056 intron_variant
G/A 2204060 intron_variant
A/G 2204076 intron_variant
A/G 2204088 intron_variant
T/C 2204139 intron_variant
T/C 2204160 intron_variant
T/C 2204165 intron_variant
T/G 2204170 intron_variant
A/T 2204174 intron_variant
T/A 2204263 intron_variant
A/G 2204408 intron_variant
G/T 2204577 intron_variant
T/C 2204586 intron_variant
T/C 2204604 intron_variant
C/T 2204605 intron_variant
T/G 2204609 intron_variant
C/A 2204617 intron_variant
G/C 2204642 intron_variant
G/C 2204724 intron_variant
G/A 2204776 intron_variant
A/C 2204791 intron_variant
G/A 2204851 intron_variant
T/A 2204905 intron_variant
G/A 2205040 intron_variant
A/G 2205271 intron_variant
T/A 2205471 intron_variant
G/A 2205529 intron_variant
G/A 2205581 intron_variant
C/T 2205722 intron_variant
G/A 2205738 intron_variant
T/C 2205780 intron_variant
A/C 2205805 intron_variant
A/G 2205827 intron_variant
C/T,* 2205902 intron_variant
C/T 2205906 intron_variant
A/G 2205995 intron_variant
T/A 2206021 intron_variant
A/G 2206032 intron_variant
G/T 2206038 intron_variant
A/G 2206047 intron_variant
A/G 2206053 intron_variant
G/A 2206059 intron_variant
A/G 2206152 intron_variant
G/A 2206205 intron_variant
C/T 2206451 intron_variant
C/T 2206463 intron_variant
C/T 2206508 intron_variant
G/A 2206513 intron_variant
T/A,C 2206517 intron_variant
G/A 2206534 intron_variant
A/G 2206540 intron_variant
T/C 2206548 intron_variant
C/T 2206553 intron_variant
G/A 2206555 intron_variant
G/A 2206578 intron_variant
C/A 2206637 intron_variant
G/A 2206639 intron_variant
T/C 2206646 intron_variant
T/C 2206762 intron_variant
A/T 2206765 intron_variant
A/T 2206784 intron_variant
T/C 2206887 intron_variant
C/T 2206978 intron_variant
G/A 2206983 intron_variant
A/G,* 2206987 intron_variant
C/T 2207012 intron_variant
C/A 2207075 intron_variant
T/C 2207076 intron_variant
T/C 2207097 intron_variant
C/T,A 2207119 intron_variant
C/T 2207122 intron_variant
T/A 2207154 intron_variant
T/C 2207242 intron_variant
T/C 2207267 intron_variant
A/T 2207367 intron_variant
C/T 2207503 intron_variant
C/T 2207553 intron_variant
G/A 2207593 intron_variant
G/T 2207684 intron_variant
G/A,* 2207745 intron_variant
C/*,T 2207752 intron_variant
G/C 2207785 intron_variant
C/T 2207860 intron_variant
C/T 2207909 intron_variant
G/T 2207912 intron_variant
A/T 2207914 intron_variant
A/G 2208077 intron_variant
T/C 2208106 intron_variant
A/T 2208107 intron_variant
T/C 2208115 intron_variant
A/T 2208125 intron_variant
A/T 2208126 intron_variant
A/T 2208143 intron_variant
G/A 2208283 intron_variant
C/T 2208291 intron_variant
C/T 2208292 intron_variant
T/C 2208324 intron_variant
C/A 2209239 intron_variant
C/T 2209244 intron_variant
G/A 2209264 intron_variant
T/C 2209292 intron_variant
A/C 2209359 intron_variant
A/T 2209438 intron_variant
G/A 2210838 intron_variant
T/A 2210878 intron_variant
A/T 2210886 intron_variant
T/G 2210893 intron_variant
T/C 2212954 intron_variant
A/T 2216701 intron_variant
C/T 2216717 intron_variant
A/G 2216764 intron_variant
G/A 2216782 intron_variant
G/C 2216799 intron_variant
C/T 2216809 intron_variant
C/T 2216819 intron_variant
A/T 2216821 intron_variant
G/C 2216875 intron_variant
T/A 2216885 intron_variant
C/G 2216911 intron_variant
G/T 2216983 intron_variant
C/T 2216984 intron_variant
T/A 2217001 intron_variant
C/T 2217003 intron_variant
A/G 2217021 intron_variant
A/G,T 2217084 intron_variant
T/C 2217104 intron_variant
C/G 2217108 intron_variant
A/G 2217124 intron_variant
G/T 2217149 intron_variant
T/C 2217190 intron_variant
T/A 2217250 intron_variant
T/A 2217257 intron_variant
T/C,A 2217264 intron_variant
T/G 2217280 intron_variant
G/A 2217312 intron_variant
G/T 2217320 intron_variant
T/A 2217949 intron_variant
A/T 2218182 intron_variant
C/T 2218189 intron_variant
A/G 2218197 intron_variant
C/T 2218202 intron_variant
T/C 2218209 intron_variant
T/C 2218221 intron_variant
C/G 2218279 intron_variant
C/T 2218308 intron_variant
A/T 2218328 intron_variant
T/A 2218331 intron_variant
A/T 2218361 intron_variant
T/C 2218445 intron_variant
A/T 2218502 intron_variant
A/G 2218518 intron_variant
T/A 2218524 intron_variant
A/T 2218528 intron_variant
A/T 2218558 intron_variant
A/G 2218561 intron_variant
G/T 2218578 intron_variant
G/A 2218584 intron_variant
T/C 2218612 intron_variant
C/A 2218644 intron_variant
A/G 2218710 intron_variant
T/C 2218722 intron_variant
G/A,* 2218737 intron_variant
C/T,* 2218740 intron_variant
A/G,* 2218743 intron_variant
A/T 2218749 intron_variant
C/T 2218759 intron_variant
G/T 2218761 intron_variant
C/G 2218792 intron_variant
C/T 2218807 intron_variant
T/C 2218834 intron_variant
G/T 2218852 intron_variant
A/G 2218868 intron_variant
G/C 2218884 intron_variant
C/T 2218932 intron_variant
C/A 2218974 splice_region_variant&synonymous_variant p.Gly478Gly
T/G 2219054 missense_variant p.Met505Arg
A/G 2219059 missense_variant p.Met507Val
T/G 2219071 missense_variant p.Cys511Gly
A/G 2219097 synonymous_variant p.Ala519Ala
T/A 2219119 missense_variant p.Ser527Thr
T/G 2219124 synonymous_variant p.Val528Val
T/C 2219153 missense_variant p.Ile538Thr
T/C 2219302 missense_variant p.Ser588Pro
T/A 2219313 synonymous_variant p.Ala591Ala
A/C 2219316 synonymous_variant p.Ala592Ala
C/G 2219326 missense_variant p.Pro596Ala
G/T 2219350 missense_variant p.Gly604Trp

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_11521.1
MMMLWHESPSFRDLSYNKFTDKNSEACQETEGEMNLFESFPMSQRGAVTCLTSGNCTTTFDYFHINCGGEQVRSSEGILYDENSDPSGAATSKKIYENWAFSNTGHFLDANNNNAKVYIQKSQNTLSMTDSALYRTARVSPISLTYYGMCLNNGEYTVSLHFAEIVFTDDNTYSSLGRRIFDVYIQEKLELKDFNIANEAGGVGKNITKRISTTVSNGTLNIRFYWAGKGTTAIPYKSVYGPLISAISATRVNSSSKGPRDMAMGVVIGIAVSAIIFVILVGTLSDGTTIAVKMLSSKSKQGNREFINEIGLISALQHPCLVKLYGCCVEGNQLLLVYEYLENNSLAHALFRNEESCLRLDWPTRYKICVGIARGLAFLHEESRLKVVHRDIKATNVLLDKDLNPKISDFGLAKLDDEDNTHISTRIAGTYGYMAPEYAMHGYLTDKADVYSFGVVALEIVTGKSNTIPRPKQEALHLLDWAHLLKEKGNLMELVDRRLGSNFNEKEVMVMIKVCLLCTNVTANLRPTMSSVLSMLEGKTVIPEYISDSSEVMDEKKQEAMRQYYSQMEENESNETHRYDSSSKDGPWTASSSSAADLYPVHTDLLIGRKEIRRV*


CDS Sequence:
>Vu_11521.1
ATGATGATGCTCTGGCATGAGTCTCCATCCTTTAGAGATCTTTCATACAACAAATTCACCGATAAAAACTCCGAAGCATGCCAAGAGACTGAAGGCGAAATGAACTTGTTTGAAAGCTTCCCAATGAGCCAAAGGGGAGCTGTTACTTGTCTGACTAGTGGAAACTGTACGACAACCTTTGATTATTTCCATATAAATTGTGGTGGTGAACAAGTGAGAAGCAGTGAAGGTATACTATACGATGAAAACTCGGATCCATCGGGAGCAGCAACATCTAAAAAGATATATGAAAACTGGGCCTTTAGCAATACTGGTCATTTCTTGGATGCTAATAATAATAATGCAAAAGTCTATATCCAAAAAAGTCAAAATACGCTTTCTATGACAGATTCTGCATTGTATCGGACTGCACGTGTATCTCCCATTTCCTTGACTTATTACGGAATGTGTCTGAATAATGGAGAGTACACAGTATCACTGCATTTTGCAGAGATCGTGTTCACTGATGATAACACATATAGCAGTCTTGGAAGACGTATATTTGATGTTTACATTCAGGAAAAGCTAGAATTGAAGGATTTCAATATTGCAAATGAAGCAGGAGGAGTTGGAAAGAACATCACAAAAAGAATTTCAACTACTGTTAGTAATGGAACTTTAAACATTCGGTTTTATTGGGCTGGAAAAGGAACAACTGCTATCCCATATAAATCAGTATATGGGCCTCTTATATCAGCTATATCTGCCACTCGTGTAAACAGTTCCAGCAAAGGTCCACGTGACATGGCTATGGGGGTTGTAATTGGGATAGCAGTTTCTGCAATAATATTTGTCATACTTGTTGGTACTTTATCGGATGGCACAACAATAGCAGTTAAGATGCTTTCATCAAAGTCTAAGCAAGGGAACCGTGAGTTTATAAATGAGATAGGGTTGATTTCTGCTTTGCAACACCCTTGTCTTGTCAAACTTTACGGTTGTTGTGTTGAGGGAAATCAGTTGTTGCTGGTTTACGAATATCTGGAAAACAATAGTCTTGCACATGCTTTATTTAGAAATGAAGAATCTTGTTTGCGATTGGATTGGCCAACCAGGTATAAGATTTGTGTTGGTATTGCAAGAGGTTTGGCTTTTCTACATGAAGAATCAAGATTAAAAGTTGTTCACAGAGACATAAAGGCTACTAATGTGTTGTTAGACAAAGATCTAAACCCTAAGATATCTGATTTTGGTCTTGCAAAGCTTGATGATGAAGACAACACTCACATAAGCACAAGAATAGCTGGCACTTATGGATATATGGCTCCAGAATATGCAATGCATGGTTATTTAACTGATAAAGCAGATGTGTATAGTTTTGGAGTGGTTGCCTTGGAAATTGTGACTGGAAAGAGTAATACCATCCCGAGACCCAAGCAAGAAGCATTGCATCTTTTAGATTGGGCCCATTTGCTGAAAGAGAAAGGAAATCTGATGGAGCTTGTTGACAGAAGGTTAGGATCAAATTTCAATGAAAAAGAGGTTATGGTGATGATAAAAGTGTGTCTTTTGTGCACAAATGTCACTGCAAATCTTAGGCCTACCATGTCATCAGTTCTTAGCATGCTTGAAGGAAAAACTGTGATTCCAGAATATATTTCAGATTCATCTGAAGTAATGGATGAAAAGAAGCAAGAGGCTATGAGACAATATTACTCTCAAATGGAAGAAAATGAGAGCAATGAAACACATAGATATGATAGTTCATCAAAAGATGGGCCATGGACTGCTTCTTCTTCATCAGCTGCAGATTTATATCCTGTCCATACTGATCTTCTTATTGGGAGAAAAGAAATTAGAAGGGTGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_11521::LG3:2185122-2187122(+)
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