Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_11492 LG3 1683805 1688105 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 30-like isoform X1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, response to salt, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, cytoplasm, cytoplasm
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity, protein binding, protein binding
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 1683974 5_prime_UTR_variant
T/C 1683986 5_prime_UTR_variant
T/A 1684001 5_prime_UTR_variant
T/C 1684067 5_prime_UTR_variant
A/T 1684199 intron_variant
G/A 1684368 intron_variant
T/C 1684397 intron_variant
T/A 1684434 intron_variant
C/T 1684439 intron_variant
G/A 1684618 intron_variant
G/T 1684640 intron_variant
T/A 1684756 intron_variant
T/A 1684797 intron_variant
A/C 1684861 intron_variant
A/C 1684862 intron_variant
T/C 1685280 intron_variant
T/A 1685304 intron_variant
C/G 1685456 missense_variant p.Pro35Ala
C/T 1685563 synonymous_variant p.Leu70Leu
C/T 1685695 synonymous_variant p.Phe114Phe
C/T 1685698 synonymous_variant p.Ser115Ser
T/A 1685869 synonymous_variant p.Leu172Leu
G/A 1686014 missense_variant p.Val221Met
T/C 1686533 missense_variant p.Ser394Pro
A/T 1686535 synonymous_variant p.Ser394Ser
A/T 1686554 missense_variant p.Met401Leu
C/A 1686734 missense_variant p.Gln461Lys
G/T 1687062 missense_variant p.Arg570Met
A/G 1687096 synonymous_variant p.Pro581Pro
G/T 1687394 missense_variant p.Val681Leu
T/C 1687395 missense_variant p.Val681Ala
A/G 1687615 3_prime_UTR_variant
G/A 1687637 3_prime_UTR_variant
G/T 1687638 3_prime_UTR_variant
T/C 1687644 3_prime_UTR_variant
G/A 1687696 3_prime_UTR_variant
G/T 1687722 3_prime_UTR_variant
G/A 1687808 3_prime_UTR_variant
A/T 1687858 3_prime_UTR_variant
G/C 1687897 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_11492.1
MCRGPEKSKSLSTPSSSAVEGSTRAEDMKDLTVCPEDSFSCLLELASNNDFEDFKLALDSDISLINEVGLWYVRQIGSKQIVLEHRTPLMVAAMYGSVDVLKLILSCPEVDVNFSCGTDRSTALHCAASSGSLNAVDVVKLLLSSGADVRCVDANGNRPVDVIVVPPKLKGLKASLEDLLSDSGCDGSVGDCFIPLAVNSSCSDSATHFLSPENGLPSSPVASKFTDTTVNSASEKKEYPTDPSLPDIKNSIYATDEFRMFSFKVRPCSRAYSHDWTECPFVHPGENARRRDPRKFHYSCVPCPEFRKGACRRGDMCEYAHGVFECWLHPAQYRTRLCKDGVSCNRRVCFFAHTAEELRPLYVSTGSAVPSPRSSASTPNVMDMAAAMSLFPGSPSSLSGMSPSPFAQQMSPSGGIPHSSSAWPQPNVPALHLPGSNIQTSRLRSSLNARDMPPEDLDVLQDFDGQQHLLNDLSCFSQPRPGAISVNRSGRSKTLTPSNLDDLFSAEISSPRYSDPAAACVFSPTHKSAVFNQFQQLQSSLSPINTSVSSPRNVEHTLLQASFGVSSPGRMSPRSLEPISPMSARLSALAQRDKQQLRSLSSRDLGAHNPVSIVGSPGNSWSNWGSPHGNGKVDWSINGNELGRLQRSSSFELGNNGEEPDLSWVQSLVKESPSEIKEKLVGSGGPVVSADGQNSNQVESIDHSVLGAWLEQMQLDQLVV*


CDS Sequence:
>Vu_11492.1
ATGTGCCGTGGTCCAGAGAAATCAAAATCTCTATCAACTCCATCTTCATCTGCTGTAGAAGGTTCAACTAGAGCCGAAGACATGAAAGATCTAACTGTTTGTCCTGAAGATTCTTTTTCCTGCCTACTCGAGCTTGCTTCTAACAATGATTTTGAAGATTTCAAGCTAGCTTTAGATAGCGATATTTCTCTAATAAACGAAGTTGGCCTCTGGTATGTCCGTCAGATTGGATCCAAACAAATTGTTTTGGAGCACCGAACTCCTTTAATGGTTGCTGCAATGTATGGGAGTGTGGATGTTCTAAAACTTATACTGTCGTGTCCCGAGGTTGATGTCAATTTCTCCTGCGGGACAGATAGAAGCACTGCCCTTCATTGTGCTGCATCAAGTGGTTCTTTAAATGCAGTTGATGTTGTGAAATTGCTCTTGTCATCTGGTGCTGACGTCAGATGCGTGGATGCTAATGGAAATCGTCCTGTTGATGTTATTGTTGTTCCTCCTAAGCTCAAAGGTCTTAAAGCATCTCTTGAAGATCTACTTTCAGATAGTGGTTGTGATGGGTCTGTTGGTGACTGTTTTATTCCACTAGCAGTTAATTCGTCATGTTCTGATTCAGCGACTCATTTTTTATCACCTGAAAATGGGTTGCCATCCTCTCCTGTGGCGTCCAAGTTTACTGATACTACTGTTAATTCTGCCTCCGAGAAGAAAGAATATCCAACTGACCCATCACTTCCTGATATAAAGAACAGCATATATGCCACAGATGAGTTTCGCATGTTTTCATTCAAGGTGCGACCTTGTTCCCGTGCATACTCTCATGATTGGACTGAATGTCCTTTTGTTCATCCTGGAGAGAATGCTCGTAGGAGAGACCCCAGAAAATTCCATTATAGTTGTGTGCCATGCCCTGAGTTTAGAAAGGGGGCTTGTAGACGCGGGGACATGTGTGAATATGCTCATGGAGTATTTGAGTGTTGGCTACACCCTGCCCAATATCGGACAAGGCTGTGCAAAGATGGTGTTAGTTGTAATAGAAGGGTTTGTTTTTTTGCCCACACAGCAGAAGAGCTGCGTCCATTGTACGTGTCCACTGGATCCGCTGTTCCTTCACCCCGTTCTTCTGCTTCTACTCCTAATGTCATGGACATGGCTGCTGCAATGAGCCTCTTTCCTGGTTCACCATCGTCACTTTCTGGCATGTCTCCATCTCCCTTCGCTCAGCAAATGTCTCCATCAGGTGGCATTCCTCACTCATCTTCTGCTTGGCCGCAGCCAAATGTTCCAGCTCTTCATTTACCAGGAAGCAATATTCAAACTAGTCGACTAAGGTCTTCTCTTAATGCTCGTGACATGCCACCTGAAGACTTGGATGTGTTGCAAGATTTTGATGGTCAGCAACATCTGTTGAATGACCTGAGCTGTTTCTCTCAGCCCCGTCCCGGTGCCATTTCAGTTAATCGATCTGGTCGGTCTAAGACACTAACTCCATCAAACCTTGATGATCTATTTTCTGCTGAAATTTCATCTCCTAGGTATTCTGACCCAGCAGCGGCTTGTGTATTTTCCCCAACACACAAATCAGCTGTTTTTAACCAGTTTCAACAACTTCAAAGTTCCTTATCACCCATAAATACGAGTGTTTCGTCTCCTAGGAATGTTGAGCATACTCTTTTACAGGCTTCATTTGGTGTCTCTTCCCCGGGAAGGATGTCACCGAGAAGTTTGGAACCAATCTCTCCAATGAGCGCCCGATTATCTGCACTTGCGCAGCGTGACAAGCAGCAGCTGCGGAGTCTTAGTTCAAGGGATCTTGGTGCCCACAATCCTGTCTCAATTGTTGGGTCCCCAGGTAACTCCTGGTCTAATTGGGGTTCTCCTCATGGGAATGGAAAGGTAGATTGGTCGATAAATGGAAATGAGCTAGGTCGATTGCAAAGGTCATCCTCATTTGAGCTTGGAAACAACGGGGAGGAGCCTGATCTGTCCTGGGTTCAATCCCTCGTGAAGGAATCGCCATCCGAGATTAAAGAGAAGTTGGTAGGTTCTGGTGGCCCTGTTGTATCTGCAGATGGGCAGAATTCCAATCAAGTTGAGTCTATTGATCACTCTGTTCTAGGAGCATGGCTTGAGCAAATGCAGCTGGATCAGCTTGTAGTCTAA


Promoter Sequence:
>Vu_11492::LG3:1681805-1683805(+)
GTGATTTATGAGCCAAAAGAGGAGATATTATATAGGTTCGTTTACCATGCTTGACATGATATGTGGTTCACTTTGTGGGTCTTGTATTATTTTGTTTGTAATTTGTTAGGATACTTGTACTGCTATATATCATTTGATATGTGAAATGCAGAGACTTAGTCATGTACCATTCTTGAACTACAATTTTCACATTAATGCTGATACAAATGCTGATACAATTGATAGGAAGATTCAAAAGAAGGTAATCTAAATTGTTAGGCCTAAAATGTTGTGTTGATCTTTACATGCTTTACTTAGGTAGAAGTAGACCCAAAATTTTTACACTTGGCCTAGGTAAAAAACATGTGTGTTTATTCTTAAGTTGAGTTATTTTTTGTTGTTTAATCCTTAGAAACCGTTAATAATTAGTTTAGAATTTTCCTTAGTTTCATTAGTTTCCTTTCAACTTGATTTGATGTTATGTCTAGGAATTATATTGCATGTTGTAGTCTAAATTTTGTGTTACACTTTACCTATGTTAAAAACATGAAAATTGAATTGCATGTGTGTCTGTTCTTATATTCAATTTTTCTTGTACTGTTATATCATTAACAAAACTCCGAAAACATATTTTTTTGTTTTGTAGGTTCTAATGATAGGGCGTGAGTTTGCACTTTTGTTGATTTGAAAAAAAAAAATTATATTAAACATGATGGTTTAATACATGTATCTTCTTTGAATGGTAGTGATTCTAAAAACTCATTACTTGAGTTCTTATGAGTTAAGGGAAAGTAAAATTGGTAAAGTATCCTCACTGAATTAGAAGTTCTAATATGTTATGAGCTCTTGAGATTGGTAGATTAGTCTATTTGTATTAAACCCAATAAAATTAACATTTCAAGTTCACAAAATGTAAACTTGATTAGATTCCAAATAAATGCATTAGTTTAATTTTGTTGAGCTCTAATAAGCTTAATATCATTTTCTTTCAATATAACATGAAAATAATAACTATAATTTAAATCTTTTAATATTTAATAGATTACTAAGACATAAATTTCATAAAAAAAAACTTTTTGCAATGTTTCCAAACATTAATTTTTAAGCATATGTTATGTGGGGTTTAAACTCAAATTGCACACTTTTGATTCAACTCACACTGAAAACATTTATTGTACAATGAGTATCTTTTTGTGTGGAAACTTATCAAACAAATTATAATAATAATAGTAAAATCAAATTTAACATAAGATTCAAACAAATCTACTTGTATATTAGCAAAGATACACACATGATTAAATGTCATGCATTCCAATTTCAAATTCATTCTTATAATATCAGTAGAAATTACATCAACTTTTTATTCTTATCTATGTATAGAGAATTGATTTTTGGTATACATATTTTATTATCAATTTTATTTATTTTTAATAAAACATTTTATTATTTTATCTTTAACATTTCATAATTATTTTTTAAAATAATTAGTTACTTATAATAAAATTTTGGAAAATATTTATTATATATATATGTTAAAAATTATAATAAAAAATATTTTTTTAATTATTATAATAGAAAAAGAGTAAAAACATGTGTTTTCACAAGTGCTAAGAAGAATTGATTTTTTTATAATTTAAAAAAAAACATACAAAGTAAATAACTTTTATAGTTTTATTATAAATAATTAATTAAATTTTAAGAAATAATTATAAAATTTAAAAGAATAAATAAATACAATCATTTACCATTAAAAAATATATATTTACACGGCACAGAGTATCTAAACCGCCAACATATAGTACCCGTTTGTCCCTATCGCTCTTACAAATGGTGCGTTCCGATTGGTGGAATCCAAACCCTCATTTCATTTCACTTCATCTTTCTTTTCACAGTCAACCGCTTCAACCCATTCACTCATTTCCTAAATCCTTCTATTCTCACCTTTCCCTTTCACCGGCCCTTCCAGTTCCCCGCTTCTCCACTTCCCGACTTCATTTGGACTTAATTTGGCGTGCATTTCA


Gene Sequence:
>Vu_11492(+)
ACCGTCATTTCATTTCACTGCCATTCCGCCCTCCCCCTCTGTCTTCGTTTTTTAAATTCGCCCTAAATTTCTCTGCATTTCAATTTCAATTTCAGTTCTCACTTTCTCTCGCTCTATGAATATTCTTCCTATGTTTCCTCGGTTCTGCAGATGGAGATGGAAACTCTGAGCCTCGTTTTTGTCTAATATCGCTTTCTTCTTCCGATTCAGTGTTTGGATTTTGTCATTTTTCGTTTCGATTGACACGAAACATCTTCCCCTTTCCGTTATTTTTCATCGGGTTTGGAATTCGATCTTCACTTCATCCTCTCGCAATCGGTAAGTTCTCGTGCTCCAAATCCAATTTATACTCTTCATTCATTTCAAACTTAAGTTGATTGTGTAGATAGATGAAACATGTGTATTTTTAGTGTGAAGCATGCTGATCATTTTTAGGGAATTATATTGATATAATATTTGACAATAACACTTTTAATTACAACATAAGTAAGTTTTGATGTAGATTTGTGAATTTTTTTCTTTGTATTGTCTATAATTTTTAAATGTTTTTTTTTAGTTTGTGCGGTTTATTAGTGATATCTTGCAAGTTTTGTTTTTTCTTTTTGGGAATAAGAATAGTTTTCACCTTTTTTTTCTCTCTTCTCTTGTGTGATCTTTTCTATGCTTTTGTGACAAGGTCTTAACTTTTTTTTTTGTCTTGGTTTTAACTTTATTCAGTATGCCTGATATGATTCTGATTCTGGATTTTATTCAGATCTTGTTCCATTGCTCAAGCTTTTCTGGAATATTCTCTCGTTTTTTTTTACTTTATGGGTTGAGTACTATACTTTCCTGCGGCTGTTGTTTGAACTTCAACTTTTCTTTTTGATGTCTAAGTTCATATGCTCCAGAGGTATGGTTTTGATATTATTATTATTATTTGATAAGTTGATCCATTTTCTTCTTATATTATTATTATTGTTATTATTACTAAGTTGACCGGTATTTTTATGTGCGTGTTTTAAGCATGTTTTTTCTCCATCTGTTGCAATTTGTGTGCATCTGTTGTTTTTTTGGAATTAATACCATACTTTACCGACTTAATTTTAATTCCAATGACAGTTGATTGTCCGGTAAATATTGAGCTTAAGTTGTGTGTGCGTGTTTTTTTTTTGCTTCTTCTATGTACTTTTTGTTTCTTGACTTAATTGATATCCCTTTTTAGCCTTTACAGATTAACAGGTGAGGCGTTTTTGGGGATATTCATAGAAGTTCTTTCAGTTTGAATTTGTAGTTTGTTCTGACCTAGATTACGAGGGACCCAAATATTTTTCTTTAAGCTAGAAGTATATAACATAAATATTGAAGGTTATAGGACTCTATTTGAATTTTGTAAGGTATAAAAGACTTGCAACTGCTTCAGTGCATGCAAATAAATTTTTAAAGGTGTTTATTCATCTATCTCTCTTTTTTCTTTCCTTCTCTGGTGGGTTTAATTACTATTTTAATTCAATTATATCTTTTTTCACTTATTAAATTCCATGATTATTATCATCCAGCTAACCGAAGCATGTGCCGTGGTCCAGAGAAATCAAAATCTCTATCAACTCCATCTTCATCTGCTGTAGAAGGTTCAACTAGAGCCGAAGACATGAAAGATCTAACTGTTTGTCCTGAAGATTCTTTTTCCTGCCTACTCGAGCTTGCTTCTAACAATGATTTTGAAGATTTCAAGCTAGCTTTAGATAGCGATATTTCTCTAATAAACGAAGTTGGCCTCTGGTATGTCCGTCAGATTGGATCCAAACAAATTGTTTTGGAGCACCGAACTCCTTTAATGGTTGCTGCAATGTATGGGAGTGTGGATGTTCTAAAACTTATACTGTCGTGTCCCGAGGTTGATGTCAATTTCTCCTGCGGGACAGATAGAAGCACTGCCCTTCATTGTGCTGCATCAAGTGGTTCTTTAAATGCAGTTGATGTTGTGAAATTGCTCTTGTCATCTGGTGCTGACGTCAGATGCGTGGATGCTAATGGAAATCGTCCTGTTGATGTTATTGTTGTTCCTCCTAAGCTCAAAGGTCTTAAAGCATCTCTTGAAGATCTACTTTCAGATAGTGGTTGTGATGGGTCTGTTGGTGACTGTTTTATTCCACTAGCAGTTAATTCGTCATGTTCTGATTCAGCGACTCATTTTTTATCACCTGAAAATGGGTTGCCATCCTCTCCTGTGGCGTCCAAGTTTACTGATACTACTGTTAATTCTGCCTCCGAGAAGAAAGAATATCCAACTGACCCATCACTTCCTGATATAAAGAACAGCATATATGCCACAGATGAGTTTCGCATGTTTTCATTCAAGGTGCGACCTTGTTCCCGTGCATACTCTCATGATTGGACTGAATGTCCTTTTGTTCATCCTGGAGAGAATGCTCGTAGGAGAGACCCCAGAAAATTCCATTATAGTTGTGTGCCATGCCCTGAGTTTAGAAAGGGGGCTTGTAGACGCGGGGACATGTGTGAATATGCTCATGGAGTATTTGAGTGTTGGCTACACCCTGCCCAATATCGGACAAGGCTGTGCAAAGATGGTGTTAGTTGTAATAGAAGGGTTTGTTTTTTTGCCCACACAGCAGAAGAGCTGCGTCCATTGTACGTGTCCACTGGATCCGCTGTTCCTTCACCCCGTTCTTCTGCTTCTACTCCTAATGTCATGGACATGGCTGCTGCAATGAGCCTCTTTCCTGGTTCACCATCGTCACTTTCTGGCATGTCTCCATCTCCCTTCGCTCAGCAAATGTCTCCATCAGGTGGCATTCCTCACTCATCTTCTGCTTGGCCGCAGCCAAATGTTCCAGCTCTTCATTTACCAGGAAGCAATATTCAAACTAGTCGACTAAGGTCTTCTCTTAATGCTCGTGACATGCCACCTGAAGACTTGGATGTGTTGCAAGATTTTGATGGTCAGCAACATCTGTTGAATGACCTGAGCTGTTTCTCTCAGCCCCGTCCCGGTGCCATTTCAGTTAATCGATCTGGTCGGTCTAAGACACTAACTCCATCAAACCTTGATGATCTATTTTCTGCTGAAATTTCATCTCCTAGGTATTCTGACCCAGCAGCGGCTTGTGTATTTTCCCCAACACACAAATCAGCTGTTTTTAACCAGTTTCAACAACTTCAAAGTTCCTTATCACCCATAAATACGAGTGTTTCGTCTCCTAGGAATGTTGAGCATACTCTTTTACAGGCTTCATTTGGTGTCTCTTCCCCGGGAAGGATGTCACCGAGAAGTTTGGAACCAATCTCTCCAATGAGCGCCCGATTATCTGCACTTGCGCAGCGTGACAAGCAGCAGCTGCGGAGTCTTAGTTCAAGGGATCTTGGTGCCCACAATCCTGTCTCAATTGTTGGGTCCCCAGGTAACTCCTGGTCTAATTGGGGTTCTCCTCATGGGAATGGAAAGGTAGATTGGTCGATAAATGGAAATGAGCTAGGTCGATTGCAAAGGTCATCCTCATTTGAGCTTGGAAACAACGGGGAGGAGCCTGATCTGTCCTGGGTTCAATCCCTCGTGAAGGAATCGCCATCCGAGATTAAAGAGAAGTTGGTAGGTTCTGGTGGCCCTGTTGTATCTGCAGATGGGCAGAATTCCAATCAAGTTGAGTCTATTGATCACTCTGTTCTAGGAGCATGGCTTGAGCAAATGCAGCTGGATCAGCTTGTAGTCTAATCAAATTGACCCATTCCAACTTGTGATAGGTATTAATTTCACAACGTACATATTCTTTTTGTCAATTTTTTTGGGTGGAGCAAGGAGAGGGGAATGTGACGATACTGAAGCAAGGAGGGGGGATGGCTGCAAAGTTGCCGAATGATAATCTATTTTTTCCCATTATTTTGTCATTCATTGTTTTACTAAAGGAGAGCTTTTGGGGGGGAGGGAGAAGAAAGCCCCTCTCTCTCTGGTGTCGATGATATCCTAGTAAAAAGAGAACATTCTTCCAAAAATATCTAGTTTCGGGACTCTTTCCTTCGTTCTATTCTGAGCCAAGCTTGATGGTTTTTATAGACAAAACCAGTAGCTTCATTTGTATTGAAGTTTATTTTCTTGGTTAGGAATATTTTAGTATATTGCTATTGCATGTATAGAAGGTCAGAGTGTGTTTCTCAATAGAGGTGATCATCATTAAATGTTTATTTCTGGCAGACCAAGGCCACTATCTGTGGAAGCCATGTATGTTGTATTGGTTATTATTCAAATTCAATGTAATGGTAATTTAATTGTTATTATCTAGTTTCAATGGAAATTATAAAAGTTG