Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_11261 LG2 52558703 52563220 PREDICTED: telomere repeat-binding protein 3-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   negative regulation of cellular process, regulation of cell cycle, negative regulation of nitrogen compound metabolic process, regulation of cell cycle, negative regulation of gene expression
Cellular Component   located in   nucleus
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 52558719 3_prime_UTR_variant
A/G 52558971 missense_variant p.Glu367Gly
A/T 52558978 stop_lost p.Ter369Cysext*?
G/T 52559892 missense_variant p.Lys531Asn
G/A 52560008 stop_retained_variant p.Ter570Ter
T/C 52560522 3_prime_UTR_variant
A/T 52560527 3_prime_UTR_variant
T/A 52560921 3_prime_UTR_variant
C/A 52560944 3_prime_UTR_variant
T/C 52560948 3_prime_UTR_variant
T/C 52560950 3_prime_UTR_variant
T/A 52561119 missense_variant p.Asn441Tyr
A/G 52561418 downstream_gene_variant
A/T 52561419 downstream_gene_variant
G/T 52561601 missense_variant p.Phe366Leu
T/A 52561604 missense_variant p.Arg365Ser
C/A 52561605 missense_variant p.Arg365Ile
C/A 52561897 stop_gained p.Glu344*
T/A 52562029 missense_variant p.Asn300Tyr
A/T 52562030 missense_variant p.Asp299Glu
A/T 52562050 missense_variant p.Leu293Ile
C/T 52562355 upstream_gene_variant
A/T 52562357 upstream_gene_variant
G/T 52562458 upstream_gene_variant
T/C 52562557 missense_variant p.Gln203Arg
T/C 52562722 missense_variant p.Lys148Arg
G/A 52562966 missense_variant p.Leu67Phe
T/A 52563040 missense_variant p.Lys42Met

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_11261.1
MDAHGQWLLEFLLRSPDTENKDNLIKDVLRMISVSDLDFRIKKIFLLKTLQNDFSSHSITETLLKTLELLEEVFRCDASPVTATMSAAYCAVAVECTIKYLQVNLYNHNAPYLRAVNRIWQLRIPQMIGSGSREGSLLFSVELEQWRKDIETSLLDLQVRERLASIDTRRDAIIKFRAFLEEAWTVMDSSFVPLAATEHKLNQEGEVQKCSIVAAENLHLPKTIEVEKIGDCISEELLAKDSLAKIVEVEKVRDCISGELQDMAKNSLPTTVEVEKVGDCISGEVQALAKDTLTTTMEDNEDARQTVEADVSCPQDINDNEADPVEKGQASIPSNCEQRPNLMEKNSTARVDEWDSIDGLEGVSRFNLPSPKRRKLPPLETYKPTDITKRRKAKRWSQLEEETLKNGVEKFGKGNWKLILNAHQDIFEERTEVDLKDKWRNMTRYGFANKS*


CDS Sequence:
>Vu_11261.1
ATGGATGCTCATGGACAATGGCTGTTGGAGTTTCTTCTTCGGAGCCCAGACACAGAGAATAAAGATAACCTAATAAAAGATGTGCTTCGAATGATCTCTGTTTCTGATCTTGATTTCCGTATCAAGAAGATCTTTCTTCTCAAAACTCTTCAAAACGACTTCTCTTCTCATTCTATCACCGAAACCCTTCTCAAAACCCTCGAGCTCCTTGAGGAAGTCTTTCGCTGCGATGCCTCTCCGGTCACTGCCACCATGAGTGCCGCCTACTGCGCCGTGGCGGTGGAATGCACAATCAAGTATCTGCAAGTGAATCTTTACAACCACAATGCCCCCTACCTCCGAGCCGTGAACAGGATATGGCAACTTAGGATTCCGCAGATGATCGGTTCCGGTTCCAGAGAGGGGAGCCTTCTGTTCTCAGTGGAGTTGGAGCAGTGGAGAAAGGACATTGAAACTTCACTTTTGGATTTACAAGTGAGGGAGCGGTTGGCCTCCATAGATACCAGAAGGGATGCCATCATAAAGTTCAGGGCCTTTTTGGAGGAAGCCTGGACCGTTATGGACTCTTCTTTTGTTCCGTTAGCAGCTACTGAACACAAACTAAACCAAGAAGGAGAAGTTCAGAAGTGTAGCATTGTTGCAGCTGAGAATTTGCATTTACCAAAAACTATTGAAGTTGAAAAGATTGGGGATTGCATTTCTGAGGAGCTGTTGGCTAAGGATTCTTTAGCAAAAATTGTTGAAGTTGAAAAGGTTAGGGATTGTATTTCTGGGGAGTTGCAAGACATGGCTAAGAATTCTTTACCAACAACGGTTGAAGTTGAAAAGGTTGGGGATTGCATTTCTGGGGAGGTGCAAGCCTTGGCTAAGGATACTTTAACAACAACTATGGAAGATAATGAGGATGCAAGGCAGACTGTAGAGGCAGATGTATCTTGTCCACAAGATATAAATGATAATGAGGCTGATCCTGTGGAAAAGGGTCAAGCTTCTATCCCCAGTAATTGTGAACAAAGGCCTAATTTGATGGAAAAGAATAGTACGGCACGTGTTGATGAGTGGGATTCTATAGATGGTCTGGAGGGTGTAAGTAGATTCAATTTGCCTAGTCCCAAGAGGAGAAAACTTCCTCCATTAGAGACTTATAAACCAACCGACATTACAAAGAGGAGAAAAGCAAAAAGGTGGAGTCAGTTAGAAGAGGAGACACTTAAGAATGGCGTAGAGAAGTTTGGCAAGGGAAATTGGAAGTTAATCCTAAATGCTCACCAAGATATATTTGAGGAGAGAACGGAAGTTGATTTGAAGGACAAATGGAGGAATATGACGCGGTATGGGTTTGCAAATAAATCGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_11261::LG2:52563220-52565220(-)
CGTGTTTTGGCCCTCACTGGCACCCACCACATGAATAAGTTTGTAAGTTTATAACAGGTTTTTCACTTCAATATGATTTAATAATATTACACATTTTTAAAGAAAAAAATTTACTATTAAAAGTATGCCAGAATTACTTACCCAGGAAATATGAAACAAGGGTAAATTTTTACCAATTAATTATTTATTTAAGTAGCACTCACTTCAAATCCTTCCAACAATAAACAATACTTTGTATTTGTTTGTAGAAAATAAACTTGTGAGGTAAGATTTTGTGAAAGCCAAACATCACAAAAATAAATAAATCTCTACCTTTGATTTTGAAAGGAAAATTTAGAAGAAAATGACTTGTTTTTTTGGGACTCACTATAAAACATTTTCTCTCACACTGTAACTCGAGGAAAACTATCTCTCTCTCTTAATGTATTCTTTTTACTTAGAAAAACTATGACATGTTTTTTTAAATAATAAATAAGTCTTTGTTAGGAAAAAAAATTAGATTAAAATAAGTCTTTTGTCAATTATTGTGTATTTGTTTCATTCTTTGTGTATTTCAGCGTAAATTTACATTGTTTGTAGTTTGTGTACTTATTATTTCTCCATTTATCAAATATCATTGGTTTTAAAATAAATTTGAATTTGTAAATAGAAATGTTAAACATAAAATGGTTCAACTATTCATATTTTAAGTAAAATTTTAATTTACATTAATTTTAGATTTTCTAAATCACATAAACAAGGAGATGTTAATTTTGTTGATGATTGAACTAGCAACAAAAATCTATTTGTACAACAGATTTGAAAATCTTAAAAATACATAATAATTTCGAAAAATGGAGACAACCACGTAGAAATCAAAGATCTTAACATTGATTAGTTGAACAAATAAGAAATTTGTATAATACATGCTATTTGGCTTTAAATAATTACAAACATTATTCATAGAATATAATCTCATGTTAAATACTATTTAGGACATAACACATTTTATTCTATCTAAGTGTAAATAATTATTAGAACATCATAAGATACTCTATCGTAAAATCTTATATTTAAGACATATATTAAATTCACCATACATGTCGACAACAATATTACCACATTAATCAAACACAATGATGATAATAAACATCCATAAAATCTCTTATAAATTCATCTTAAACAAGCAAAGAAGAAAATAAATCCAATACACACTAGTGCTATAAGTGATGCGTAGTGTCAAACTTTTCGCAATAGGTGGATTCAAGGACGGATTCATGCTCAATGTTATTTTTCTTGCAAAACTAGGCGCTCAAAGATGCAATTTCTGATGCTCAACTGTTATGGTGCTCAACGATCTAGGGCCGAAATGCTTCTAAACATGTAGTGAAAGATTACATTCATTAGTGTCCCGCCACCATTCAACGCAAAGCATTAGCAAACCTAAACACTCAGCGACACTTTTTGTGCTCAACTTGAAGCTGAAATGCTTCCAGACGAATCTAATGCTCAATGCTCGTACAACACCGCCCAATACTATATTAGATATCACAAGCATAATTTTACTTTTAAAGAGGACTAATACCTATCAGATATCAAAAAACATAATTTGTACTTTTTAAAAGGATGATTGACCAAATGGATACTCTTTTTCTCATTAATTCAAAACAGTTTTAGGCATAAAAACTTGTACCACTCGACCAATTGCTCGTATTATAACTCTTTTAAACACATAAAATAAGATATTTTATGTAACCTTGTTTTTCTAATAATAACTTTAATTTTTTATAATACAGATTACTACTATTAATAAATTAACACATAATAATAACTTATTTAACAGTCACTTTTGTTAGACATACATAATTTTTTTTTTCTAAAATAAAATGAATATTTTTATAGATAATATATTTGGCTGATTAAATATTATATGTTTTAATAATATTTAATTTAATAAAACATTAATCGAAATAATTATCTCTCTCTCTCTATATAAAAGAAATAAAATTAGCCGTGCTATT


Gene Sequence:
>Vu_11261(-)
GAAATTAAGAAGAAAGAGAGGGAAAGAAGTGAGGAAAGCGAAAGCAGACAGAGAGTATGGATGCTCATGGACAATGGCTGTTGGAGTTTCTTCTTCGGAGCCCAGACACAGAGAATAAAGATAACCTAATAAAAGATGTGCTTCGAATGATCTCTGTTTCTGATCTTGATTTCCGTATCAAGAAGATCTTTCTTCTCAAAACTCTTCAAAACGACTTCTCTTCTCATTCTATCACCGAAACCCTTCTCAAAACCCTCGAGCTCCTTGAGGAAGTCTTTCGCTGCGATGCCTCTCCGGTCACTGCCACCATGAGTGCCGCCTACTGCGCCGTGGCGGTGGAATGCACAATCAAGTATCTGCAAGTGAATCTTTACAACCACAATGCCCCCTACCTCCGAGCCGTGAACAGGATATGGCAACTTAGGATTCCGCAGATGATCGGTTCCGGTTCCAGAGAGGGGAGCCTTCTGTTCTCAGTGGAGTTGGAGCAGTGGAGAAAGGACATTGAAACTTCACTTTTGGATTTACAAGTGAGGGAGCGGTTGGCCTCCATAGATACCAGAAGGGATGCCATCATAAAGTTCAGGGCCTTTTTGGAGGAAGCCTGGACCGTTATGGACTCTTCTTTTGTTCCGTTAGCAGCTACTGAACACAAACTAAACCAAGAAGGAGGTCTGTTTCGTTAAATTGTAATCATCCCAAATCATTTTTTATCATCTGAGATATTTTTTTGATTTAATATTTTGAGAAGATAGTATGTGTCATGTGATGAATAACATTGTTCTGTGTCATAATTACTAACTTATTTGTCATACCTATAATTTAAACACATACTAACTGTTATTGGTTTGATTTTATGGTCATAGTAATTAGAATTTAAATTCGGTGATATTTTCATGGTGTCCAACAGAAGTTCAGAAGTGTAGCATTGTTGCAGCTGAGAATTTGCATTTACCAAAAACTATTGAAGTTGAAAAGATTGGGGATTGCATTTCTGAGGAGCTGTTGGCTAAGGATTCTTTAGCAAAAATTGTTGAAGTTGAAAAGGTTAGGGATTGTATTTCTGGGGAGTTGCAAGACATGGCTAAGAATTCTTTACCAACAACGGTTGAAGTTGAAAAGGTTGGGGATTGCATTTCTGGGGAGGTGCAAGCCTTGGCTAAGGATACTTTAACAACAACTATGGAAGATAATGAGGATGCAAGGCAGACTGTAGAGGCAGATGTATCTTGTCCACAAGATATAAATGATAATGAGGCTGATCCTGTGGAAAAGGGTCAAGCTTCTATCCCCAGTAATTGTGAACAAAGGCCTAATTTGATGGAAAAGAATAGTACGGCACGTGTTGATGAGGTAATTGTGTTTTTTTTCTATTATAATTTCTTATTATGATGACAGATTCCTTTTGACTCTTTAGAAAAGACTGAATGTTTATTTATAGGGATGACAATCCAATATCTTTCTTTAACGCCTCTTTCTCCTTTTATAATTTTTATGTTGTTCATTCTTTTCTGAATGTCTTCAAAAAATGTGCAATTAAACTGTGCAATCAAAGGTAATTGTGTTCATTCTCTTTTGCAGTGGGATTCTATAGATGGTCTGGAGGGTGTAAGTAGATTCAATTTGCCTAGTCCCAAGAGGAGAAAACTTCCTCCATTAGAGACTTATAAACCAACCGACATTACAAAGAGGAGAAAAGCAAAAAGGTGGAGTCAGTTAGAAGAGGAGACACTTAAGAATGGCGTAGAGAAGTATGTGCTTGTTCTAAACTAGAAAAATTTGTGAATTTTGATTACCCAAGTTTTATCTTGATATGCTGTTTTACCATTGCAACAGTGATACCCTTCTTCTTTATTTGAGAATATAAGTAGAATTAATTACCATTTGAATACGACTTCCCAACCTCATTATATTTATTTCACATGTAAAGGTTTGGCAAGGGAAATTGGAAGTTAATCCTAAATGCTCACCAAGATATATTTGAGGAGAGAACGGAAGTAAGATTGATAAGAAGTTGTTGATATATACTTGCTTTTTTAATTTATGCATTTGATATTGATCTAATTATTTTTGTCAGGTTGATTTGAAGGACAAATGGAGGAATATGACGCGGTATGGGTTTGCAAATAAATCGTAAAGGTGGAATTTATTTTGATTAAAACTGAATGACATTGTAACTAAATCAGACAAAATCATAAGAAAATTAGTCAATAGGCTTTTAGAATTATTAACTTTTGGAGAAAAACTGTAGTTAGAATTATTAGCTTTTGAAAAAGGAATTGTAGTTATTAGCTTTTGAAGAAGGAATTGTAGTTATTAGCTTTTGGAGAAGTAAGTGTAGTTATTATTAGTTTTTGGAGAAGGAAGTCTAGTTTGTAAAAATTAAGAAGAATGTGGTGTTGCTACGGTTTTTTTCATTCCTAAAGCAAAGCTTCTTTCAAATTTTAAATGTTTAAGCAGCTTGATTAGTTGAAACTTTTATCATTAACTAAAGTTAGTAGGTCCAATAAAAATATGTAATTTTAATTACGCAAGGTGTTTAATATTTTATATTTAATATGTATCTTATATTTTATAATGCTAGGTGTTTCTAATAAAATGTTGATTAGAATATTTAACAGCACAGAATCATTAATAGTCAATTAGGAATGTGATTAATGCTTTTATGGTAATAGAAACGGAAAGAAACTTACTGACAAATAGCATTTGCTTGGGAAAGGCATGTCATGTTTATTCATTGATTAGAGAAGTTCTCATCCAAACAGTGCTGGCCGAAAGAACCCCAGTTCAAAGTACTTAAATTCATACATTAGTTCAGTTTTTCCTCGAGTGGTGCTTTTAGATTCTTGTAAGTAGTAACAATATCCTAAAGAAATGCGTCCCATTACCAGTGCCTATGCAGGTAAAAAACCATACAACACCAAGCTGCATATATAGAATAAAGATTAAGACAATCTATTGAAGAGTATTCAATTTTCTATCCTGCATTTTTGAATTTTTTTTTGGGGGTTAAGAAGGTTTTTATCAAAAGTTGTAAGAGAACCTTTGAAATAAAACTGATTATTCCCTCAAAACAATCCTTTTCGATCGCTATATAGGAAGAAGCCTATAAATTAATTGCAAGTGGTGAATTTGCAAGTGACATTCCCAGCACCAGAATTGGCCCTCTTGAAGTGTAGAGCAGTAAGAAGGACTCTCCTGGTTGAACCCATCAAAGCCAAATTCATGTGTTGAACCACCCCAATAGGATGATAAGAGAATTGAAAGCTATTATAGGAGTTAAGAAGTGCAGTGATCCCTTCTCTGAGAAGTGTCCTGTAAGGATCTCCTTTCCCTTGCAACCCATGCCACAGTGTAATGTCTGTTCCATATCTCCTTGCCGCAACCATTCCAAAAGCCACTGCTACTTTAGTGTCCCGGTTCACACCCCTCCAGTAGCATTTGTATTCTGACATTGTCCACTTCCTGACAATTTAGACAATTTAGAAAATTATCAATGTCCTTGGATATTGTAATCAAACTTGTTTGTGAAAGTCCTGATTTTGTACGTGGAACCAATTGAACTTAGTTACTGACAAGTAGTATAAGATTGTGATTTTTCAGAACGACTACATAAATGTATATTAGACACAGGTAGAGCTTGCTAAGTTCTCCCATGTCCCTTTTCTTGACTTAAATAGTGACATTGCTACTTAAATTTGCGTTAAAAAATGCATATCGGCACATGGTGAGGGTTGTTTTCATTAGTCCTACCTATACGTACATGGAAAGTTTACTCATGCTTTAATCGAATAGGCAGGTGATTCAATTAGCTTCAACAAGTATTAATGAATATCGGTATGAGCTACTGCATTAAACTGATTAACCCTGTTTAGTCAAGAATAAACTTACTCTGATGGACATGCCGAAGCTTCTGCAAAGATCACTGGTGGTAGGGGTGGTAATGATGGTAGCGGTGGTAGTGAGGGTAATGGAGGGAATTCTGGTAGTGGAGGTAGCTTGAAATGTGGAGTAGAATTGGGTGGTGTGACTGGTGCTGGCACTGGGTTGGAAGATCTCGAGCAGTACTGCATTGGCTGTGAAGGCTGAGCAAGGAGAGAATCCACCGTATACATCTCCATGTCAAACATCCTAAACATGAGTTTGGGATTTTGAGAAGGACCAGCTCCTTCACCACAACCCATTGACCCTTGCCCACTTCCTGAGACACGGGCAGAACAGCCACTCAAGTCCGGTGCACCATCAAACCTCATCGTATAGCTTCCAAACCAATTGGTTGTTTCTTCTCTTGACATTATAATTTGTCCATTACTGTCAACACAGGACAGAGTTACTTTTGCACCTGCAGCAAGCAAGAGGGTGCAAAAGAAATTTAAGAATATTGATCTTTATAAGTAATCAGATTTATGGTTACACATTATTTATTGAACATGTAAATTACCAGCTGGCCACCTGTAATATTTTCAAACTTCATTTATTGAAAGAATAAAGGGTTGACTTGTCCATGCTTTTTATCCG