Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_10642 LG2 47083017 47086087 hypothetical protein LR48
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09132 Signal transduction   C 04075 Plant hormone signal transduction [PATH:ko04075]
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 47083017 stop_lost&splice_region_variant p.Ter328Trpext*?
C/G 47083025 missense_variant p.Gly326Arg
A/C 47083032 missense_variant p.His323Gln
T/C 47083171 upstream_gene_variant
T/C 47083181 upstream_gene_variant
C/A 47083244 intron_variant
T/A 47083247 intron_variant
A/G 47083384 intron_variant
T/A 47083489 intron_variant
T/A 47083622 intron_variant
T/A 47083633 intron_variant
T/A 47083644 intron_variant
A/T 47083684 intron_variant
C/G 47083695 intron_variant
C/T 47083703 intron_variant
T/C 47083777 synonymous_variant p.Ala248Ala
T/A 47084152 intron_variant
C/T 47084153 intron_variant
G/T 47084157 intron_variant
A/T 47084165 intron_variant
C/T 47084458 intron_variant
T/C 47084462 intron_variant
C/A 47084534 intron_variant
C/A 47084630 intron_variant
T/C 47084647 intron_variant
C/A 47084653 intron_variant
C/A 47084670 intron_variant
A/G 47084776 intron_variant
T/C 47084792 intron_variant
T/A 47085065 intron_variant
A/T 47085068 intron_variant
C/T 47085119 intron_variant
A/C 47085151 intron_variant
T/C 47085205 intron_variant
A/T 47085208 intron_variant
A/G 47085294 intron_variant
T/G 47085318 missense_variant p.Gln163Pro
A/G 47085426 intron_variant
G/T 47085431 intron_variant
G/A 47085921 intron_variant
C/T 47085925 intron_variant
G/C 47085978 intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_10642.1
MSNSVINGNDSLTGHIISTTIGGKNGEPKQTISYMAERVVGTGSFGIVFQAKCLETGEAVAIKKVLQDRRYKNRELQLMRVMDHPNVITLKHCFFSTTSTDELFLNLVMEYVPESMYRVLKHYSNANQRMPIIYVKLYMYQIFRGLAYIHTVPKVCHRDLKPQNILVDPLTHQVKLCDFGSAKVLPLFPGENAVDQLVHIIKVLGTPTREEVRCMNPNYNDFRFPQIKAHPWHKIFHKKMPPEAIDLASRLLQYSPSLRCTALEACAHPFFDELREPNARLPNGRPFPPLFNFKQELTGASPELVNKLIPDHVKRQIGLQFVHLGGS*


CDS Sequence:
>Vu_10642.1
ATGTCTAACTCTGTCATCAATGGCAATGATTCTCTCACTGGTCACATCATATCTACAACTATTGGAGGCAAAAATGGGGAACCTAAACAGACTATTAGTTACATGGCAGAACGGGTTGTAGGAACTGGGTCATTTGGAATTGTTTTCCAGGCAAAATGCTTGGAAACTGGGGAAGCAGTGGCAATTAAAAAGGTTTTACAAGACAGGCGATACAAGAATCGTGAACTGCAGTTAATGCGTGTGATGGATCACCCAAATGTGATCACTCTGAAGCATTGTTTCTTTTCCACTACAAGTACAGATGAACTTTTTCTTAATTTGGTGATGGAATATGTTCCAGAGTCCATGTATAGAGTCTTGAAACACTATAGCAATGCTAATCAGAGAATGCCCATCATCTATGTGAAACTTTACATGTACCAGATTTTCAGGGGGTTGGCTTATATCCACACTGTTCCCAAAGTCTGTCACAGAGATTTGAAGCCTCAAAATATACTGGTGGATCCTCTTACACACCAAGTGAAGCTATGCGATTTTGGAAGTGCAAAAGTTCTACCATTATTCCCTGGTGAAAATGCTGTAGACCAGCTCGTACATATTATAAAGGTGCTTGGCACACCCACTCGAGAGGAAGTGCGCTGTATGAATCCCAATTACAATGACTTTAGGTTTCCACAGATAAAAGCACATCCATGGCACAAGATATTCCACAAAAAGATGCCTCCAGAAGCCATTGATCTTGCATCTCGGCTTTTGCAATACTCCCCAAGTCTTAGGTGCACTGCGCTTGAAGCATGTGCTCATCCTTTCTTTGATGAACTCCGAGAACCCAATGCTCGCCTGCCAAATGGTCGTCCATTCCCCCCTCTATTTAACTTCAAACAGGAATTAACCGGAGCATCTCCTGAGCTTGTTAATAAGCTGATACCTGACCATGTGAAGAGGCAAATAGGGCTGCAATTTGTTCATCTTGGAGGATCGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_10642::LG2:47086087-47088087(-)
CCATCATTTAATCAGTATTTTACAAGGACTTTACATTATGAGTAAGATTTTATCAAATGACAATAATTAAGTATATACTTTTTGAGTTCAGAAATTTGTTTCCAAAATTTTAATAATCTACTCTACAAAAAAAAAAAAACAACGCGTGATTTAGCTTACATGCTACTTTTAATCTACTTTGTTAAAACTAAATGCATATATATGAAAAGAAAAATCAAAAGTCTAAAAATTTGATTAATTATTTTTTTAGAAAGGTGGCTCTGATTAAATAATTAGTCTAAATTTGACTTGGATCATGTCATAGACTTTTAATGAGTCAAGTGATGTTTAATTATTTTTTAGAATAAATATATTTTTTTACAGTGAGATAACTCATCAACGACAACTTACCATTTTTATTTTTTTAAAACCAATAATTAATGAAAAACAAAAGGGTTATTTATCTTATTGTAAAAAAGAGAGAAGAATTTAAAAATATGTTAAAGAAAATAGATTGTTTAGGGTGATGTCTGAAGCAGGAGCAATGATATCATATGGAACAATCATTCTAAGAGGAATTCGGCCGAGGTTAAAATGAAAAAAGCAAAAAACATGAAACTCAATTATCATTATTGATTTTTCTCAAAAAAGAAAAGAAGGTAGCGCTATGATTGTTCGTTACCTTTTCTTTTTATTGATAGTTTATTTACATTTTTTAATTATGATTTTTGTTTAGCATACCTAATGATTATGATTAACAGTGAGGTCTTCCTAATGTGCAAAGTTAGTCAAGGAAATTGGGAAAAGTCCAAAAAAAATTAAATGGAAAAGAAAAGAAAAAAGAAGACAGAGGAAAGAAAGGAGAGCTGGAATCACATGGACTTGTCTTTCTCTTGCTGGGACCTCCATTGAAATTTTCTTCTCTCCCTTCTCTCTTATCATTCTCTCCTTCATCTTCTCCTCATCTTCTTCTCCCATTCTTAGATTACTTTCCTCTTCTTTCTTCTCTCTCCCCTCTGCCATGGCTGAGGACAAGGTACTTTTCCTCCCGGAAAAAAAATGTGTTTTTTTTTCTTTGTATTATCTGGTTGGTGAGAAAACTGAGTGACCCAGAAATGGGAGAGTTGAAAATGCATTTTTGATTTCTGCTTTGAAGAGGATGAACCTGGAGTTTTTTGTCTGGGATGTGTGATTTGTGTTTCTATTTCTTTTTGTCTGCTTGCACAGTTAACAAAGGGGAGTTAGGGTTTGTTATTTTTGGGGGAATTCGTTTTCTTTCTAAAAATATTGTCTTCGAGCTTGATGAAGAAGACCCCTCTGGTTCATTTTGGGGTTGATCTATGGGTTTTATGAGGTTTCATTTTATATATTTTGGGGAGAGACTGAGATTTGTTTTTTTGCATATACTTGTATCGGTATCTGATCGTGTTTGTTATGATCTTGTATTGGTGTTGGACTACCAAGTGTCAACGATTTTGGTTTTCTGTTTGTCTGAACTTATGATCATTTGCCAGTTACTCACCAGATTGGATTTTGTTTTTCTGATTCTGATCAAATATCTTTGTCCACACCTTTGTACTCTGCTGCTTGACGGTGGTTTGTTTTAATTAGTTTAGCAACGTAACACGTTATCTTCCCTTAAATATTTGCTCTCAACATTTTCAATTGAAGTTTGTCCTCTGAACTTAGTGATGCTATTGTTCTTGGTTCCTTGTATTTACTTTGTTTTGCAGCTTATATCCTTAAGTTACTAACCTGGTTTTTTACCCAATTCACATCGTTTATGAAACTTACCTGAGTTATTCGATGAGTTGTTGAAATATGATGTTTTAATTTTGTATTATGTCGATGATCTTAGTCTTTCCCTAGTGTTTTTTTTAATATCTGCCAATTGTTTAAATATATTCTTCCAAATTTTAGCTTCCTTCTGAAACCAAACCCATTTTGAAATATTTTGTGAAGAAGGATAACATTCTTATATTTTTTATAACTTGTTTTAAATATGACTATTTTAACAGGAG


Gene Sequence:
>Vu_10642(-)
ATGTCTAACTCTGTCATCAATGGCAATGATTCTCTCACTGGTCACATCATATCTACAACTATTGGAGGCAAAAATGGGGAACCTAAACAGGTATTATCTTTGTAAATCCCTGATATGATGTCTTATTTAGATTTTTTGCTTGGTTATTAAAAGCACCTTTACGACGCTTTTCCTCGATTGTGAGTTTAATGTCTTGTTCAATGATTCTTCCAGACTATTAGTTACATGGCAGAACGGGTTGTAGGAACTGGGTCATTTGGAATTGTTTTCCAGGTATGCTATTTTCTCAATACTAGATTCGTTACTCTTGCTATCTCTACCTATTTTTCCTCGTGCTGATCATTATTTTCTTAGGCAAAATGCTTGGAAACTGGGGAAGCAGTGGCAATTAAAAAGGTTTTACAAGACAGGCGATACAAGAATCGTGAACTGCAGTTAATGCGTGTGATGGATCACCCAAATGTGATCACTCTGAAGCATTGTTTCTTTTCCACTACAAGTACAGATGAACTTTTTCTTAATTTGGTGATGGAATATGTTCCAGAGTCCATGTATAGAGTCTTGAAACACTATAGCAATGCTAATCAGAGAATGCCCATCATCTATGTGAAACTTTACATGTACCAGGTATGCTGCATACTTTCTGGCATTTCATTCTGATTTATTTGCTGTGTCTAATATTAAAAGATTGTTAAATGCATGCAGATTTTCAGGGGGTTGGCTTATATCCACACTGTTCCCAAAGTCTGTCACAGAGATTTGAAGCCTCAAAATATACTGGTTTGTTGATATGTCATTGTTGTGCCTGTGTGTATATAGGGGTGTATCTAATGAGAGCCTTTTGTTTGTGATGGTTTGAGAAATAAATATTGAGTCATCTCAATTTTTGAAAAAAATCACATGACTATTTTACGTGGTCATGTGACTTTAAAAAACTTCGAATCCTATCCATTCATTTATTGTTGTACGGCTCAAATTTGTTCTCTCTAATCTCACACTTACAAAACTGGCTTTCTCACTGTATAATATGGTGAGAGGAGTTAAGTTTGGCTATACAATCATACATGGATGGTTAAGATTGTGCTAATTAGTTTTTATCTTAATCATTCATTTGAATTATGTGGTTGGGGATTTGCTCCTCTCATTTGTATACGCACCCTATATTTGTCAGTTCATTCTTGAAAGTTGTAATTATTTATGGCTTAAATGTCATTCTGTGTACATTCCAGGTGGATCCTCTTACACACCAAGTGAAGCTATGCGATTTTGGAAGTGCAAAAGTTCTAGTAAGTTGAACTCCCTATTTTGCTTTTATGTGCCTAAATTTTGTCCATTTTTTCCAGGCATCATCATCTTTTATATTGATGGCGTAATAACTTAGTGTCAACCAATAATCTATCAGTTGCCATAAAGTTTTGACGGTTTGGATGAAGAGGGTCTAATTTTTATTCTCTTTTGATTATAGTCCCTTGTGTACATGTATTGGTCAGCTCAACAGCAAGCTTTGAAGCTTTATTTTAAGATTTTTATTTTTATATTTTATTAAACATTTTGATTATTTTTCTTTGTGGAAACAGCATATTTTAAAATTTTGGGAGGTTTTTGTTATGTTCTGTATGCTTTCAAGTTGTGTATTATTATTGAGGATCATTTACTAACCGTTAATCTTGTCTCATCAGGTCCAAGGTGAAGCTAATATATCATACATATGTTCGCGATTTTATAGAGCACCAGAACTTATATTTGGTGCCACTGAGTATACAAGTTCAATTGATATTTGGTCAGCTGGCTGTGTCCTTGCTGAACTTCTTTTGGGCCAGGTCTGTGTTATTGATTTGTTTTCATTAATTTGTATTACTAAATACTATTATGTAAATCTATCACAAAGTGATGTAAATGTTCTCTTGATTATCTGCTCCCTGTGAGTTATCTGAGACAATTTGAACTTTTGCAGCCATTATTCCCTGGTGAAAATGCTGTAGACCAGCTCGTACATATTATAAAGGTGCAATTGGTGTTAACATGTGTTTTATGTTTCATTAGTCATGTAATTATTCCTTTTCATCATCAGTCACCTTTATAAAATTTTGTATTCTAGGTGCTTGGCACACCCACTCGAGAGGAAGTGCGCTGTATGAATCCCAATTACAATGACTTTAGGTTTCCACAGATAAAAGCACATCCATGGCACAAGGTCTATAATTTTCTCTTCTTTCATATATTGGCATGAAATATTCCTGGCATTCTAACTCCTCGAAATTGTGTGTAGATATTCCACAAAAAGATGCCTCCAGAAGCCATTGATCTTGCATCTCGGCTTTTGCAATACTCCCCAAGTCTTAGGTGCACTGCGGTAAGTGAGGCTGTCTCCTACCCAAATCTCAGCCTATATGTGTCCTGAGTTTGATTAACTAACTGGTGAATGTTATCTAGAAAAACTGGCAAAGCAATTTTAAAAAAAATATATTTTTTTATGCAGCTTGAAGCATGTGCTCATCCTTTCTTTGATGAACTCCGAGAACCCAATGCTCGCCTGCCAAATGGTCGTCCATTCCCCCCTCTATTTAACTTCAAACAGGAAGTAAGTCCTTAAAACATATTTTTTTTGTCATATTTGTACTCTGCTAGTAAATTATTTGTACAGACTAATTCAAGACTTGGAATAGAATTGATAATAATTATAAAAAAAGTTAAAAAAAATCTTGAAGCCTGATAAGGGTCTGTACATCGACAGATGCTTTAGGGCTGCCTGGTAATCTGAATATTGCCTCTTGCATTGGGCAAGTGATGCTCATCCTGAACCCATCTGTGTAAAAAATAAATTTTGAAGTGTTCTCTTTACTGCCTTTCTTTTTGTTTGTCTGTTAGGGTACACAAAGCAATACTTACATATATGCATTGTGTTCAATCATGATAAACATCCAAGCTAAACACAACTGATGGGCAACTGTATTTTTTATTCTCCCTTTTGACAGTTAACCGGAGCATCTCCTGAGCTTGTTAATAAGCTGATACCTGACCATGTGAAGAGGCAAATAGGGCTGCAATTTGTTCATCTTGGAGGATCGTGA