Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_10294 LG2 43428172 43433068 PREDICTED: geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha 1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   protein geranylgeranylation, protein geranylgeranylation, protein geranylgeranylation, protein geranylgeranylation, protein geranylgeranylation, protein geranylgeranylation
Cellular Component   is active in   cytoplasm, Rab-protein geranylgeranyltransferase complex, Rab-protein geranylgeranyltransferase complex
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   Rab geranylgeranyltransferase activity, Rab geranylgeranyltransferase activity
Pathway   B 09181 Protein families: metabolism   C 01006 Prenyltransferases [BR:ko01006]
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 43428271 3_prime_UTR_variant
A/G 43428272 3_prime_UTR_variant
A/G 43428412 3_prime_UTR_variant
G/C 43428415 3_prime_UTR_variant
T/C 43428688 synonymous_variant p.Val666Val
T/C 43428808 synonymous_variant p.Glu626Glu
G/C 43428828 missense_variant p.Pro620Ala
A/C 43428829 synonymous_variant p.Ser619Ser
T/A 43429153 downstream_gene_variant
A/G 43429328 downstream_gene_variant
G/C 43429330 downstream_gene_variant
A/G 43429492 downstream_gene_variant
G/T 43429788 downstream_gene_variant
A/C 43429789 downstream_gene_variant
T/A 43429837 downstream_gene_variant
A/T 43429838 downstream_gene_variant
G/A 43430183 missense_variant p.Thr469Ile
T/A 43430196 stop_gained p.Arg465*
T/G 43430357 downstream_gene_variant
T/A 43430750 missense_variant p.Lys319Ile
T/A 43430939 missense_variant p.Asn256Ile
C/G 43430943 missense_variant p.Asp255His
A/G 43431486 downstream_gene_variant
A/T 43431507 downstream_gene_variant
C/T 43431508 downstream_gene_variant
A/G 43431543 downstream_gene_variant
A/T 43431553 downstream_gene_variant
T/A 43432322 downstream_gene_variant
C/T 43432323 downstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_10294.1
MHGRPRKALKQEDETVLSAKTEKLRSLQAQFLANHHNRIYSKEALDVSAKLLEVNPECYTAWNYRKLAVQHHLTNSDSDPHSIFQGELKLVEIALRKNFKSYGAWHHRKWVLSKGHSSIDNEMRLLNGFQKADPRNFHAWNYRRFVTELMKRSDEDELKYTEEVIGANFSNYSAWHNRSVLLSNLLKRKAERYFPKEKFLEEEFEHVHNAIFTDPDDQSGWFYHLWLIDQTVKTDAPLLVSSWPSHGSSITLIGDNSLQGCHLSLLNGTLSDTATLPVILNFNLAVEGINSSTVSIKSELLEEELVWKPLSMSNSNTAKVWVVYLNLGNMELQSSKTYSVDICIGHSEGIVSSNENHYGDPSQISFKVFVQTASIKHSEGQGGKRTTWKNTNFHKIDHFQESDPILSAVQNHHIPTTSNWHAEEIGEEITQFRDLLSEYDCKIGKLTLARLLTALDLLSSQHEGRISNTEEVLQLYTDLIKLDPTHSLYYKDEHSLISIQQITSTRDSLLPYCHYYRDETETITGYICLRLQNLSLSRLGSIENLLWVQMLDLSHNELQSIEGLEAMQLLSCLNLSHNKIGSFTALGPLRLVKSLKVLNISHNELGCHSVDTTRYLCPSPLSHTEEFAWDRFEILTGNVSATKFWEAFLIFGSLALTELNIIGNAVADENFRSFLVKVLPTLKWLDDEELS*


CDS Sequence:
>Vu_10294.1
ATGCACGGTAGGCCTCGCAAAGCGCTGAAGCAAGAAGATGAAACTGTTTTATCAGCGAAGACTGAAAAGCTTCGTTCACTGCAAGCTCAGTTTCTTGCCAATCACCACAATCGCATATATAGCAAGGAAGCGCTAGATGTGAGTGCGAAGCTTCTAGAAGTTAATCCAGAGTGTTACACAGCTTGGAATTACAGAAAACTCGCGGTTCAACACCACCTCACTAACTCCGATTCCGATCCTCATTCTATCTTCCAAGGCGAGCTCAAACTCGTGGAGATTGCGCTGAGGAAGAATTTCAAGTCTTACGGCGCGTGGCATCATAGAAAATGGGTGCTCAGCAAGGGGCATTCGTCCATCGACAACGAAATGCGCCTTCTGAATGGTTTTCAGAAGGCCGATCCTCGAAATTTCCACGCGTGGAATTACCGAAGGTTTGTTACCGAACTGATGAAACGATCTGATGAGGATGAGTTGAAATACACGGAGGAAGTTATAGGAGCTAATTTCAGTAACTACTCTGCATGGCACAATCGTAGTGTGCTTTTATCTAATTTGCTGAAAAGAAAGGCTGAGAGATATTTCCCGAAAGAAAAATTTTTGGAAGAGGAGTTTGAACATGTTCACAATGCTATTTTTACTGATCCAGATGATCAGAGTGGCTGGTTTTATCATCTTTGGCTTATTGATCAAACCGTGAAAACTGATGCTCCTCTTCTTGTTTCGTCTTGGCCATCCCATGGATCTAGTATAACACTAATTGGGGACAACAGCCTTCAAGGTTGTCATTTGTCTCTTCTGAACGGTACACTATCAGACACTGCAACTCTACCGGTCATTCTTAATTTCAATCTAGCTGTAGAAGGAATAAACTCATCCACAGTGTCTATTAAATCTGAACTTTTAGAGGAGGAACTTGTTTGGAAACCACTTTCCATGAGCAATTCGAATACTGCTAAAGTTTGGGTTGTATATCTAAACCTTGGAAATATGGAGCTTCAATCGTCAAAAACCTATTCGGTAGATATCTGCATTGGACATTCTGAGGGTATTGTATCTTCTAATGAAAATCATTATGGTGATCCTTCCCAAATTTCCTTTAAAGTGTTTGTACAGACTGCATCTATTAAACATTCTGAAGGACAGGGTGGGAAAAGGACTACATGGAAGAATACAAATTTCCATAAAATTGATCATTTTCAGGAGTCAGATCCCATTCTTTCTGCCGTTCAAAATCACCATATTCCAACAACTTCCAATTGGCACGCTGAGGAAATTGGGGAAGAAATAACTCAATTTCGGGACTTATTGTCAGAGTATGATTGTAAAATTGGAAAGCTTACACTTGCAAGACTTTTGACTGCTCTTGATTTGTTATCATCTCAACATGAGGGAAGAATATCTAACACTGAAGAAGTTCTTCAACTTTACACCGATCTGATTAAGTTGGATCCAACACATTCTCTATACTACAAAGACGAGCATAGTCTAATATCAATACAGCAGATAACTTCAACTAGGGACTCTTTACTACCATACTGCCACTACTATAGAGATGAAACAGAAACAATCACTGGTTATATTTGTCTACGATTACAAAACCTATCATTGTCACGGCTGGGATCCATTGAGAATTTATTGTGGGTGCAAATGCTAGACCTTAGCCACAACGAACTTCAATCCATTGAAGGATTGGAGGCAATGCAACTTCTATCTTGCTTAAATCTGAGTCATAATAAAATTGGTAGCTTTACTGCTTTGGGGCCTCTCAGATTGGTTAAGTCACTTAAAGTGCTAAATATTTCACATAATGAGTTGGGTTGTCACTCGGTTGACACAACGAGATACTTATGCCCGTCTCCTCTATCTCACACTGAAGAATTTGCATGGGACCGTTTTGAAATCCTCACTGGCAATGTTAGCGCCACAAAATTCTGGGAAGCTTTCTTGATTTTTGGAAGCTTGGCACTGACAGAATTAAACATAATAGGGAATGCAGTAGCCGATGAAAACTTCAGGTCATTTCTGGTCAAAGTTTTACCAACGCTCAAGTGGCTAGATGACGAAGAACTATCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_10294::LG2:43433068-43435068(-)
CGATGGTGGGGCTGGTGGAGGGAATGGTGTATGCGCACAAGGCGGGGTTGGATGTAGGGTTGTACCTGGAGGCGATTTCCACCGGCGCGACCGGTTCGAAGTTGCTGGACTTGTACGGAAAAAGGATCTTAAAGAGAGATTTTGAAGCGGGGTTTGTTGGGGTTATTAAGGGATTGAAAACAAACAAATTTCTTTTTTTTCTTTTTCCTTGTCATTTTCCTTTTATTTTCTTAATGATTCTATCATTGTTGGTACTATAAATGGGTATAGTTTGATTTCCTGTGTAATTGGGCAGAGCGGTGTGATCTTCTTGCTGCCGGATTTATCGCGGGAAAGATGAGTGTGAGAGAGATAAGAACTTCAACCCATCAAACTGTAATAAAAAGCTGATTGGTGCAAGGTTTTTCGCCAAGGGTTTAGACAGTTGTACAAGACTTAATAACAAATTAAATAAAAAATTTCACATAATATAAGATGTATGCATATGTGTGTATCACGTCATCACAGTTAGATAGCGTCAGTGATAACTTAACGGAGATGGCTTAATTGATTCATTTTTACAAGTTTATGGTCTCGATTAAGATCGAAAAAAAAAACGATTATCCATTTCAGATTGACACACAAATACCATAAACAAACGAGGTTTTAAACCTACATGATAATATGTGAATCAATAAATTTAAATTTTAACAAACTTAAGTCATACATTTAAGGAAAAAATTCACTAAGAAAAAGGTGGTAGAAGGATTTATAAAAGAAACTGAGAAAGATCATAATGTGAGTAATGAATAATGTGAGTAATGAATAATGTGAGTAATGAATGTTTATCGGTTTTAATCAAGATTACTTGTTACTTATGATTTTTTAAAATTAAATATTTACCCTTTATTATGTAAATATTTAATGAATCACGTGTATGTTTTGACTCAATATTACTTTTAATTTAAAAAGTTTATTTAGATATTTTATTGAGTGTACGGTTTATAATTTATCATAATAAGTTATATATTAATCTCATACAAATTTAAGTATATTGAGATGACATAAAAAATAATGTAATAGCCAAATCATTATTTTGAATAATATTAATTTGTAGTAAATATTTAATATTTTTCTATTTTTTTATTATGTGTAAATAATAATAAAAATACTAGATGCTTTCCAGACATAAATTATGACTTTTTCTCTTAAAAATAAATAATATTTGAACTTTAATTTTATTAATATATTTAATAATTAATGTAAAATATGTAATTTTGATAATTTTTATTTTTACCACTCATTGTTTAACATGTATTGTGAAATAAATAGGTGTATTTGCATGTACCATTCAATCTAAGTAAACGAATGAAGATAAAATAATTCAATCCTTAAATACCTTGAGAGATAAAAAAATTCATTAAAATCTTTTATGTAAATTTTGTTCTTAAGAAAAATAAATTCTTCAAAGTTGTCAAATATGTTTCGTATTTTTAAATTAATGTATAATCTTATAAAATTAAAATATAAATAATATAACTAAAATGCAGAACAAAAAAAAATGACATTTTAAATTTTTACACCTTTCAATCTAAAAGTCTTTATAAATCACAAAACACTCTAGAAAATATAATTAAAATTTTTTAGGATAATTTAAAATATATTCTAAGATACATTTCTAAACAGCAATTTCTTTTATTTTCAATATATTTTTTTAAATTCATTTTCCAAAATAATAACAGAAAGGTCTTTGGTGTTTTCTGAGATATCTTAAACTCTAAAGTGAGATTTTTTTATGATTGGATTTCATAACTAAAGTTTAATTTCGAAATACATCTTGAAATTCTCATTTTTTATTTTATTTTTGTTCACAATATCAATACAAGATTCTTTTAATATATTCTGAATAATACTTTATGAGAGATTCAAAACATTATTTTGGAAATTACACAAACTCTAAACCCACCACTGGGTACAAGCCTCTATTACTAATTATTAATTATCAGAAAACAATGAGATCT


Gene Sequence:
>Vu_10294(-)
GCCCAAACACTAGAACTCAAAACGACGGCGAAGGGCAGAGAAGTGTGAATTACGTTTGAGAATGCACGGTAGGCCTCGCAAAGCGCTGAAGCAAGAAGATGAAACTGTTTTATCAGCGAAGACTGAAAAGCTTCGTTCACTGCAAGCTCAGTTTCTTGCCAATCACCACAATCGCATGTTGCTTCTTCTTCCTTCGACTCTCTCTCTTTCTCTTTCTCTTCTCCTTCGATTAATTCAAATTGTGCAAATCTGGTTGATTGCAGATATAGCAAGGAAGCGCTAGATGTGAGTGCGAAGCTTCTAGAAGTTAATCCAGAGTGTTACACAGCTTGGAATTACAGAAAACTCGCGGTTCAACACCACCTCACTAACTCCGATTCCGATCCTCATTCTATCTTCCAAGGCGAGCTCAAACTCGTGCGTGTTCACTTTCACTTATTGCGGTTCAATTATTTGAATAAATAATTAGTTTAATTTTTTTTCCTGTGAATCGATTTGCTAGAGTTTGCTATTTTGTTTAAAATGCTTTAGGTGGAGATTGCGCTGAGGAAGAATTTCAAGTCTTACGGCGCGTGGCATCATAGAAAATGGGTGCTCAGCAAGGGGCATTCGTCCATCGACAACGAAATGCGCCTTCTGAATGGTTTTCAGAAGGCCGATCCTCGAAATTTCCACGCGTGGAATTACCGAAGGTTCAATACTGCTTTTCCTTTTGGTGTTCTCTTTTCAACCAGAGAAAGAAAATGATTCAATTTGAGAAATTTTTGTTTCTCTTGTTTGTTATTAGTAGTTGAAAATTTAATTCTGGCATTTTGAAGAAAAAAAAACACGTTTAAAGTGCAGTTTTGCGGAATAATTCTGTTTACCTCCTCCCGAATGCTAAACTAAACTGGTTATGTTGGTTTCCTTTTTTGCGTTGATATTACTTCCAGGTTTGTTACCGAACTGATGAAACGATCTGATGAGGATGAGTTGAAATACACGGAGGAAGTTATAGGAGCTAATTTCAGTAACTACTCTGCATGGCACAATCGTAGGTAGTTATAACTAGAGATTTACTCGTTCAAAGGGACATTCTTGTGCTTGCTGGCTGTGTGCTTTTTCTGTATGGAGCCAATTATTTAATTACATGAATTACATAAGTGTGTTTTTCAGAACTTTTGAATTGACATCGGACTGTTTTGCTTGTGTTTGTATGCTTATCTGAAAAGGCATGAAATTGAATGTCAGGAATAAAATTGTATCTTCGTCTTGTACATCTTTGTCTACATATATTTGTTTTGTTCTTAGGTTATGTCCTTGAAATAAGCATTGGCATTTAACAACTCTACATAATTAAATGTTTTCCATGTGAGCCTTCGAGGTGCACTTTTGATATCTATGCTTGATCAATTGTGACCAAGAAAATGGTTTGATTTCATGTCAATAAGAACCAATTAGCTGCTAATTTGAAGCATTCTACAAGATTCTCCTGTAAGTGAAAAAAACTGAAAGCATATCATTGGATGCGTGTACTTCAAAAAATTAGCCCTTTTGTTGCTTGATATTGTTACATGCCACGTTCTATCGAAATATGAAACTGTCCTTTTTCCTTAAACGATCATCATGATGCAATGACTTTCATCATTCCAGAGATATTTTGACATTGTAGGAAAAAGTTTGTGTATCTGTATGCACTAAGTACTAATACTGCTCTTGCCCTTCATAAGTGGGAAACCCTTTTTTCCATTGAAGGCTTTTGCATAGTGTTTATTTGAACCAACTCCTTTCTTTAGGACTTTATTTCAAGGTTAAAATTTTACTTGTCTTGATCAACCAAATTTATTAATCTAAATAAAAAGGCTGAGAAAGGTGTATCAACTAATTTTACTAATGTATATTGCATTTGGAATTTTTCAGTGTGCTTTTATCTAATTTGCTGAAAAGAAAGGCTGAGAGATATTTCCCGAAAGAAAAATTTTTGGAAGAGGAGTTTGAACATGTTCACAATGCTATTTTTACTGATCCAGATGATCAGAGTGGCTGGTTTTATCATCTTTGGCTTATTGATCAAACCGTGAAAACTGATGCTCCTCTTCTTGTTTCGTCTTGGCCATCCCATGGATCTAGTATAACACTAATTGGGGACAACAGCCTTCAAGGTTGTCATTTGTCTCTTCTGAACGGTACACTATCAGACACTGCAACTCTACCGGTCATTCTTAATTTCAATCTAGCTGTAGAAGGAATAAACTCATCCACAGTGTCTATTAAATCTGAACTTTTAGAGGAGGAACTTGTTTGGAAACCACTTTCCATGAGCAATTCGAATACTGCTAAAGTTTGGGTTGTATATCTAAACCTTGGAAATATGGAGCTTCAATCGTCAAAAACCTATTCGGTAGATATCTGCATTGGACATTCTGAGGGTATTGTATCTTCTAATGAAAATCATTATGGTGATCCTTCCCAAATTTCCTTTAAAGTGTTTGTACAGACTGCATCTATTAAACATTCTGAAGGACAGGGTGGGAAAAGGACTACATGGAAGAATACAAATTTCCATAAAATTGATCATTTTCAGGAGTCAGATCCCATTCTTTCTGCCGTTCAAAATCACCATATTCCAACAACTTCCAATTGGCACGCTGAGGAAATTGGGGAAGAAATAACTCAATTTCGGGACTTATTGTCAGAGTATGATTGGTAAGGTTTATTTATTAAATAGATAAATTTATGATTTGAAATCCCACATTGGATGTTTTATTCCCATGTTTTTGTCTCTGTTTAATTCTAAGATAATGTGTACCCTTTTCTTTTTAGTAAAATTGGAAAGCTTACACTTGCAAGACTTTTGACTGCTCTTGATTTGTTATCATCTCAACATGAGGGAAGAATATCTAACACTGAAGAAGTTCTTCAACTTTACACCGATCTGATTAAGTTGGATCCAACACATTCTCTATACTACAAAGACGAGCATAGTCTAATATCAATACAGCAGGTAATTTACTTTTCTTCAGAATTAGTTATCTATCATAACATGATCTCATTGGACTTTCACTGCTGTTGATAAAGATGTCAAATACTCTTGTGAATATCTACCTTTCATATATGTATTTGTGTTTTACTGAAAATGTTTTCCACTATGGAGAAAAATCAGTTGACTGGAGAAAAGGCATTTAGAAAATACAAGATTTTTTTTTTAATGCTGGTTTTCTTACAAAATCGTGCTAGACTTTTGAAGCTTTTATCTAGCCATGCTGGTGTATTTTTATATTTACTTTAACTTTACAATTGTCCAATTGTCTGTTTCTTCCACAATACATCATTTTCTCGTTTTATGTTTTGATGATTCTGCAGATAACTTCAACTAGGGACTCTTTACTACCATACTGCCACTACTATAGAGATGAAACAGAAACAATCACTGGTTATATTTGTCTACGATTACAAAACCTATCATTGTCACGGCTGGGATCCATTGAGAATTTATTGTGGGTGCAAATGCTAGACCTTAGCCACAACGAACTTCAATCCATTGAAGGTAAAACTCGTGTATCTTGTAAATTTATTGTAGCTTAGTTTTTCTATATGTTCAAATACAACAAGAACCTATCCATATTCCTTCTTAGTGGGGTCAACAACATGTATTCTAGCACACAATTGTGCTTAATTAAACTGTATAAAATTACGCTCTTCTATTTTCTCTTTAACTTACTCAACAAGATGCTTTACGTGTATTAGCAAACCACTAGGCATCATGTTTCTATCCATGTTTCCCAGGCCAATGGAGCATAAACTATAATCCTTTTGAATCTATATAGCTTAAGCAGACTATTGATGTCAATAGTTTAATAAAATTTAATTAATTAATATTAATGATTTAGATGTTATTTTTGTTTCTCGCAATATAGAATTACTTAGTTTTATATAAAAAAAAAAATAATTTCCAAGTTCTTATGCAGCAGAATTCAATCATGAAAGGTTGTCTCTAGCTTAGGCTGTATCCTTGGCAAATCACTTTTGGAAAATTTTGCTTTTGACGTATCTAAAATTCAAATAAATATCATGCTGAATCTTTTTGACAGGATTGGAGGCAATGCAACTTCTATCTTGCTTAAATCTGAGTCATAATAAAATTGGTAGCTTTACTGCTTTGGGGCCTCTCAGATTGGTTAAGTCACTTAAAGTGCTAAATATTTCACATAATGAGTTGGGTTGTCACTCGGTTGACACAACGAGATACTTATGCCCGTCTCCTCTATCTCACACTGAAGAATTTGCATGGGACCGTTTTGAAATCCTCACTGGCAATGTTAGCGCCACAAAATTCTGGGAAGCTTTCTTGATTTTTGGAAGCTTGGCACTGACAGAATTAAACATAATAGGGAATGCAGTAGCCGATGAAAACTTCAGGTCATTTCTGGTCAAAGTTTTACCAACGCTCAAGTGGCTAGATGACGAAGAACTATCTTGACCAATCTTGGCTTTTATGGATGCGTTTTATCTTACTGGTATAATGTGAAGATTTTGCATTTGGTCCTTGTTGGCATCAGGTGCTACACTACTAGTGACATTTTTACTGTCTATACAAATGTCGAATGACTTCTTGGGTAAGTAGTACAAGCTCCTTGTTCAAATCTCTGCTTCGCCATAGTCGGGAAGAAGATGCAGTTTATACGATCCTTAAGCATGTATATGACCGGTGATATTAGGCTTGCATTTCTCTATTTATATAATTTTTTATGCCAAGATAGGAAGGTGTGGTCCGTCCTTGTGAAGGACGAAGTATCATTTGTGTATCAATCTCGCGTTGCTTTCATCTTAAACTTTTATTTTGAACATTGTATTAAAGAACGTTTTTTGGGACTTGCTGCCTCGCTTTGATACGAGTAAATTGATTTAGTTATAGACG