Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_10283	LG2	43232510	43235581	PREDICTED: serine/threonine-protein kinase PEPKR2	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/G	43232530	5_prime_UTR_variant
C/T	43232688	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
A/T	43232991	5_prime_UTR_variant
C/G,*	43233486	missense_variant	p.Leu110Val
C/T	43233707	synonymous_variant	p.Cys183Cys
C/T	43233710	synonymous_variant	p.Ser184Ser
A/G	43233719	synonymous_variant	p.Arg187Arg
C/T	43233725	synonymous_variant	p.Ile189Ile
G/A	43233731	synonymous_variant	p.Gln191Gln
T/C	43233743	synonymous_variant	p.Asp195Asp
T/G	43233749	synonymous_variant	p.Pro197Pro
A/G	43233755	synonymous_variant	p.Ser199Ser
T/A	43234041	intron_variant
G/A	43234074	intron_variant
T/A	43234195	intron_variant
C/G	43234199	intron_variant
T/C	43234254	intron_variant
C/A	43234299	synonymous_variant	p.Ala265Ala
T/A	43234556	missense_variant	p.Val351Glu
C/T	43234637	intron_variant
T/A	43234647	intron_variant
T/C	43234899	missense_variant	p.Ile370Thr
T/C	43235321	3_prime_UTR_variant
G/A	43235349	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_10283.2

MRKKRKGSEADASADLPVILSPNLGSASSNLKSHYSLEDCSRLKKRCCKEEDAATEPAASFKRRLAGIATAPPCGTSSLITPGRGLKRKIGCIDVATQMGRKKKIEDDYLTGETIGQGKFGSVWLCRSRVSGAEYACKTLRKGEETVHREVEIMQHLSGHSGVVTLQAVYEEADCFHLVMELCSGGRLIDQMVKDGPYSEQRAANVLKEVMLVINYCHDMGVVHRDIKPENILLTASGKIKLADFGLAMRISEGQNLTGLAGSPAYVAPEVLLGRYSEKVDIWSAGVLLHALLVGSLPFQGDSLEAVFEAIKTIKIDFQTGMWESISKPARDLIGRMLTRDISARISADEVLRHPWILFYTAQTLTMLPIKSKLKNQIGATTQQFVAVPEPGLGGNRIDNYSLSEGSFSESCTSDDQDESVLIDVLASAISHVRISEPKRSRVCGPTGPIVQQGSSNMKPNNLCKAF*

>Vu_10283.1

CDS Sequence:
>Vu_10283.2

ATGAGGAAGAAAAGGAAAGGAAGCGAGGCTGATGCGTCTGCGGATCTGCCTGTTATTTTGTCTCCAAATCTTGGCTCTGCTTCGTCGAATTTGAAGTCCCATTATTCGCTAGAGGATTGTTCTAGGCTGAAGAAGAGGTGTTGTAAGGAGGAGGATGCTGCCACTGAGCCTGCTGCTTCCTTTAAAAGGAGGCTTGCCGGCATTGCCACTGCCCCGCCTTGTGGGACGTCTTCGTTGATCACGCCGGGGCGAGGGCTTAAGAGGAAGATTGGATGCATCGATGTTGCTACCCAGATGGGCAGGAAGAAGAAGATTGAGGATGATTATCTGACTGGTGAGACGATTGGACAAGGCAAGTTTGGGTCTGTTTGGCTGTGTCGGTCCAGGGTTAGCGGAGCAGAATATGCATGTAAGACCTTGAGGAAGGGGGAGGAGACGGTTCACCGAGAGGTTGAGATAATGCAACACTTGTCCGGTCATTCTGGGGTTGTGACACTACAAGCAGTATATGAGGAAGCTGATTGCTTTCATCTTGTAATGGAATTGTGCTCCGGGGGACGACTGATCGATCAGATGGTTAAGGATGGTCCTTATTCAGAACAGAGGGCTGCCAATGTACTCAAGGAAGTGATGTTGGTCATCAACTATTGTCATGACATGGGAGTTGTGCACAGAGATATCAAACCTGAAAATATACTGCTCACCGCATCTGGGAAAATAAAGCTTGCAGATTTTGGTTTGGCCATGAGAATTTCCGAAGGTCAGAACTTGACTGGTTTGGCGGGAAGCCCTGCCTATGTTGCCCCAGAAGTATTGTTAGGCAGATACTCTGAGAAGGTGGATATATGGAGTGCTGGAGTGCTTCTGCATGCTTTGTTGGTTGGCAGTCTTCCATTTCAAGGAGATTCATTGGAAGCAGTTTTTGAGGCTATTAAGACCATCAAAATAGATTTCCAAACTGGGATGTGGGAATCAATATCTAAACCTGCGCGAGATCTTATTGGGAGAATGCTAACAAGGGATATCTCAGCTAGGATATCAGCTGACGAAGTACTTAGACATCCATGGATATTGTTCTACACGGCACAGACATTGACGATGCTACCCATCAAATCAAAATTGAAGAACCAAATTGGCGCAACAACTCAACAGTTTGTTGCCGTTCCTGAACCAGGATTAGGAGGAAATAGAATAGATAATTACTCACTTAGCGAGGGTTCATTCTCCGAAAGTTGCACTTCAGATGATCAGGATGAATCGGTGTTGATTGATGTGCTTGCCTCTGCAATTTCGCATGTGAGGATATCTGAACCAAAGAGGAGCAGGGTGTGTGGTCCCACAGGTCCGATAGTTCAACAAGGTTCATCTAACATGAAGCCTAACAACCTTTGTAAAGCATTTTAA

>Vu_10283.1

Promoter Sequence:
>Vu_10283::LG2:43230510-43232510(+)

ATAACACATGCATCAGTACATTAATAAGAAGTATTTTTTATAAATACTATTCAAACAATTTAGACAATATGTCGGTAATTAAACATCGGAAATTGATCTCACACCCAAAACATTATATATATATATATGAAAAAAAGTTAAATTATAAACTCCTTTATTTACTCTATAATATACACATAAATTATATATAATTCTGAACACTACGTAGTGTAAAATAAAATACTGTACGATAAATGGCAATGGAGAAATTTGAACCATGCAAGCTTCTCTTTCTTTCTATTTCTCGTCACATTTCAATTATATTAGATTTTAGGTGGACCTAACATTTCATCTTTTAGTTTCTTTCCATATTCGGCTTTTCCCTTTCTATTCTTTTTTTTTTTCTTGAACACGACGTGGCTGAATAGGAGCTTAAAAGTTAGTCCCAAACAATATATAAATTTTAGAAAGTTCATGAAATGCACAACAATTTTAGGGAAGTGTCATATCATCAAAAGTAAAGCACACTTTAATTAAAAAAATATTTAAAACTAATTCCTCCTGAAGTATTTAAAAGATTTTAAATTCTTTAAGATGTAGAATTCTTAATAACACAAAATATACCAAATTTTCACAATTACATTTATTTTTAGAGAAGACTTGAACTTAGGATTGAAAAATATACTCACAATCAATACTAAAGACATTATCAGAATATCTTTTTCACTACATTTGTCGTACAAATCAGAAAAGAAACTCCCTGACTACAACTTCTTAAATCCAACTTGTGAATAACGTACGATTTATTTTATTTAAGCTCACTTTTATTTATTTATTTTCTCTATTTTAATTGATAATCTTTCTATTTCTTTCTAGGGTGAGTCACTCCATGGGAATATAATTTTACCTCTTTTAGGCATGTGTTGTCCATATGGATTGTTTATGCCAATTAAGGCTACTCTCAAATTTAATGATGTATTCACCAATACAATTAACATGCTCAACCCTCGATTACAATTAAGAACCATCAACTTAAGCTAAAATGTGTGGCGTTTCAATAGAAACTACATTCCACATAAAATTTTATTCGGATATTTTTTAAGAAGTGGAGAAATGTCAAATTTAGCATACATGAAAACCGTTAAAATAATATTTATGTTAATTAGTTCATCACCTACTTGTTGATAATAAAAAACTTGAATACTTAACAAAAAAAAATATATAATATTCTCTTAACTCTAGCCTTTTAAATGTATAATTGTCTGAATCAAGCTTCGAATATAAATATTATTTTATAAGAACTAAATTGGATTAAAAAAATAGTATACTCTTTTGAATATAGGATTGATGTCAATTATCTAAGTTACAGTAAATTGTACAATGTTCTGGTTTGTGATTAACCAAACAATCTTACAGTCCATATATTATAAAGTATAGCTTAATGTAGACGTTGACTGTTATTTTATCGTGAAAACATAAAACTAAATGAATATATAATAATACTAAAAATGAATATATTAATTCATCTTGGCATATGGGTTAAATATGTTTTTAGTCCCTAAACTATTAGTCGTTTTTGGTTATCGTCCCTCTTTCAAAGTAACGTACAATTTGGTTCTCATTCTTTTTGAAACGTTCGTTTTAGTCATCAAAAACTAAACACTGTTTAAAAATTTGGTCCTCATTTAGCAACAAATGAGGACTAAAACCAAAATTCCGAGGACTAAAACGAACGTTTCGAAAAAAATGAGGACCAAATTGTAAAAAAAGAGGGACGAAAACCAGAAACGACCAATAATTTAAAGACTAAAAACATATTTAACCCTTTTGTAAAATATCGTGAGTAATTAAGAAAAACGCATGAATGGAGGTGGAGCGAGTGGAGTCACGTGAGGTGTGGGCCCAAGAACAGTGGCATTAGCAGTTCCATGAACTTAGCGTGGATGCGGGCACAGCATAAGATAACCCTACGGTGAACCAAGTTAGGTTTGGTTTTTAGAAAAGAAAAAGAAGACACTTGA

Gene Sequence:

>Vu_10283(+)

ACCACACCATACACGACACCAAGACTTCCCTTTTTCACCAAACATAACACCATCAAGATAACTCTTATTCACCTATTTCCCCCAATTCTTGGATCCAAGATTTTTAGGGTTTCTGCACCAATCTTCTTCGCCATTCTTCCTTTTCCCATTTATTCTTTCTCCAGCGCATTTTTTTTTCCGATTCTCTCTAATCTTCCAGTGGAGACCCTCCTTCGCTCTAACTAAACCTAAGAGGTTCGTTCTTTTCGCGCTAATTTTCTTGTGTCCAATTATTGCTGTTTTATTATTAGTAAGCCACGCTTGATCATTGGGAAAATGTTAATTCTCACACGCAACCAAAAAGTTTCTGGTTCTTCTCTTCCTCATTCTGGTGGCGGGGGAACGGGGGTTTTCCCTTTTCCCTTTGCCTTTCCCTTTTTGCGTGCCGTATAATAATGACGGTGTTTTCTTGAAATTGGATGTGATTGCGAATATAATACATATATATGTGTATGTATTTATCGGACGGGTTTTCGATTATTGTTGATGCTCTCTGTATTGATTGTAGAAGACTGATCAAGGTGTGAAATAGGGGTTTGCTTGCGGATGGGGTTGTTGTGATCCTGAGATTTTTGAGAGTGGTGATAGTTTGTTAACGTTAACCGATGTAATGAGGAAGAAAAGGAAAGGAAGCGAGGCTGATGCGTCTGCGGATCTGCCTGTTATTTTGTCTCCAAATCTTGGCTCTGCTTCGTCGAATTTGAAGTCCCATTATTCGCTAGAGGATTGTTCTAGGCTGAAGAAGAGGTGTTGTAAGGAGGAGGATGCTGCCACTGAGCCTGCTGCTTCCTTTAAAAGGAGGCTTGCCGGCATTGCCACTGCCCCGCCTTGTGGGACGTCTTCGTTGATCACGCCGGGGCGAGGGCTTAAGAGGAAGATTGGATGCATCGATGTTGCTACCCAGATGGGCAGGAAGAAGAAGATTGAGGATGATTATCTGACTGGTGAGACGATTGGACAAGGCAAGTTTGGGTCTGTTTGGCTGTGTCGGTCCAGGGTTAGCGGAGCAGAATATGCATGTAAGACCTTGAGGAAGGGGGAGGAGACGGTTCACCGAGAGGTTGAGATAATGCAACACTTGTCCGGTCATTCTGGGGTTGTGACACTACAAGCAGTATATGAGGAAGCTGATTGCTTTCATCTTGTAATGGAATTGTGCTCCGGGGGACGACTGATCGATCAGATGGTTAAGGATGGTCCTTATTCAGAACAGAGGGCTGCCAATGTACTCAAGGAAGTGATGTTGGTCATCAACTATTGTCATGACATGGGAGTTGTGCACAGAGATATCAAACCTGAAAATATACTGCTCACCGCATCTGGGAAAATAAAGCTTGCAGATTTTGGTTTGGCCATGAGAATTTCCGAAGGTAACATGTGAAACTTGTCTTGATTATTTAACTTCGATTCCAATCTGACTTTTGTGAAAATATATCCAGTTCAGTATCTATCAAGAAAAAAAAAATGTATAGGGCTTACGTAGATATGCTGCTGTTCCTACCACATGTTTGTTATTCCCGTTTCCGTGCATTAATCGAAGGAATTCATCATAATGAACTTTCATCTTAAAACAGACGAATTTTGAAAGCGATAGGATCCACATTGTTTGCATTTAAATGCAATATCATTTTTTTGTTTGGCAATTTTTTTCCAGTCTGGCTTCACACATCAAACAGTTATCCATGTCTTGTTTTCTAAATAGTTGTATTATCTCAGGTCAGAACTTGACTGGTTTGGCGGGAAGCCCTGCCTATGTTGCCCCAGAAGTATTGTTAGGCAGATACTCTGAGAAGGTGGATATATGGAGTGCTGGAGTGCTTCTGCATGCTTTGTTGGTTGGCAGTCTTCCATTTCAAGGAGATTCATTGGAAGCAGTTTTTGAGGCTATTAAGACCATCAAAATAGATTTCCAAACTGGGATGTGGGAATCAATATCTAAACCTGCGCGAGATCTTATTGGGAGAATGCTAACAAGGGATATCTCAGCTAGGATATCAGCTGACGAAGTACTTAGTAAGTTCATTATATATTATGAATGCATTGTAGATTGCCTGTTTTATCTTTCACAGGTTATTTCATTGAAATAATCAAACCTCAGTATATGCAAGTTTACTTCAAATTTATCTTTGTTATCACAATGACTTTAAGTAAATAGCCTTGTTTTATCAGTCTTTAACTAGCTGTTAAAAGATTGTACCCTAATATTTTGTGGACAAGAAGTTACAATACCTTCAATGTTTGAGATAGTTTTAAGTTGACTGTTTGCGTGTTATATTAACCTTATGGTTTAATTTCTCAGGACATCCATGGATATTGTTCTACACGGCACAGACATTGACGATGCTACCCATCAAATCAAAATTGAAGAACCAAATTGGCGCAACAACTCAACAGTTTGTTGCCGTTCCTGAACCAGGATTAGGAGGAAATAGAATAGATAATTACTCACTTAGCGAGGGTTCATTCTCCGAAAGTTGCACTTCAGATGATCAGGATGAATCGGTGTTGATTGATGTGCTTGCCTCTGCAATTTCGCATGTGAGGATATCTGAACCAAAGAGGAGCAGGGTGTGTGGTCCCACAGGTCCGATAGTTCAACAAGGTTCATCTAACATGAAGCCTAACAACCTTTGTAAAGCATTTTAACCTACTGACAGGCTGACACCAAATATACCACTTGACTGTTCTTGCTGGGATTATAGAATCTACTTTCCTCAACGCATCACACAGTGGGCTTAACTGAATTTTACATGCTGACTCCTATGGAAGGTTTGCCTGGGTGCCGCTTCCTCCCCAAGTTGCTTTATAGTGAGATCTAATTGCAATATTTTTTTGTCCCTTTGCTTGATAAACTAATAATGATTAACTGCAATAATTGTACAGCATTTGTGAATAGAATGGTAATGTATCATTTTCTTGAAATCGCTACTTTTTAGCAAATTGAATATTTTGTCCTTTCTCATTATTAAAACCTATTGACATATCTTCTTTACATATGACAAAATTGAATTGCTATAAAGTTCTTATTAAGGC