Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_10172 LG2 41801632 41804458 PREDICTED: transcription factor TGA3
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09132 Signal transduction   C 04075 Plant hormone signal transduction [PATH:ko04075]
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 41801634 splice_region_variant
C/A 41801727 3_prime_UTR_variant
C/T 41801766 3_prime_UTR_variant
T/C 41801768 3_prime_UTR_variant
C/A 41802139 upstream_gene_variant
C/T 41802282 upstream_gene_variant
T/A 41802640 upstream_gene_variant
T/G 41803511 upstream_gene_variant
C/T 41803650 upstream_gene_variant
C/A 41803691 upstream_gene_variant
A/G 41804234 5_prime_UTR_variant
T/A 41804336 5_prime_UTR_variant
A/G 41804347 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_10172.1
MKMDIYEPFQQVGMWGDAFKVDGGLNSIASPILMVDTNVETQSEYIPQESREPSGADQETTDKDANKMRRRLAQNREAARKSRLRKKAYVKQLESSRMKLVQLELEIGKARKQGLYMGTALDASYIGSTSETINPVIVAFEIEYGQWVEEQHRRNEELRHAFQTQAPDVQLNAVVQSVLNHYSNLFRMKADAAKADVLYLLSGVWKASVERIFLWIGGSRPSQLLNIIVPQLEPLTDQQIVGIKNLRQSSQQAEDALSQGLEKLQQSLVLDMAVDPLGVGNFGLQMALAIDKFEALEGFVSQADHLRQQTLLHMSRILSTHQAARGLLALGEYFHRVRTLCSLWNSRPCELP*


CDS Sequence:
>Vu_10172.1
ATGAAAATGGACATATACGAGCCATTTCAGCAAGTTGGCATGTGGGGTGACGCCTTTAAAGTTGATGGTGGCCTGAATTCAATTGCTTCCCCAATATTAATGGTTGACACTAATGTCGAGACCCAGTCTGAATATATTCCTCAAGAATCAAGAGAGCCTTCTGGAGCCGATCAAGAGACCACAGACAAAGATGCTAATAAGATGAGAAGACGTCTAGCTCAGAATAGAGAGGCTGCTCGGAAAAGTCGGTTGAGGAAAAAGGCGTATGTTAAACAGTTAGAATCAAGCCGCATGAAGCTCGTGCAATTGGAGCTGGAAATTGGGAAAGCAAGAAAGCAGGGTCTGTACATGGGCACTGCATTAGATGCCAGCTATATAGGATCAACATCAGAAACAATAAACCCAGTTATTGTTGCATTTGAAATTGAATATGGACAATGGGTTGAAGAGCAACATAGGCGGAATGAAGAGCTTAGACATGCATTTCAAACTCAAGCACCTGATGTTCAGCTGAATGCAGTGGTTCAGAGTGTCTTAAACCATTACTCAAATCTCTTCAGAATGAAAGCAGATGCTGCAAAGGCTGATGTTCTGTATTTACTCTCTGGTGTGTGGAAAGCATCAGTGGAGCGCATCTTCCTTTGGATTGGAGGGTCCCGTCCTTCACAGCTTCTAAACATTATCGTACCACAACTTGAGCCTTTGACTGATCAACAAATTGTTGGTATTAAAAATCTCCGCCAATCATCTCAGCAAGCTGAAGATGCTCTTTCACAGGGATTGGAAAAACTTCAGCAGAGTTTGGTCCTTGACATGGCAGTTGATCCATTGGGTGTAGGAAACTTCGGACTTCAGATGGCTCTTGCTATAGACAAATTTGAGGCACTAGAAGGTTTTGTAAGCCAGGCAGATCACCTTAGACAACAAACTCTGCTTCACATGTCACGCATACTCTCAACTCATCAAGCTGCTCGTGGCTTGCTGGCTCTTGGGGAATACTTTCACCGTGTTCGCACTCTTTGCTCTCTTTGGAATTCTCGTCCATGTGAACTTCCCTAG


Promoter Sequence:
>Vu_10172::LG2:41804458-41806458(-)
CATCCAAGAAACTAGCATTATATATTAACATATTACGAATTTTTTAAATAAATTTGAAAAACTTTTCTCATTACAAATTTTTTTATATAAACCCAATGCTTTTTTTCCATTACAATCCCATCATCCCTCAATCTCTCAGGGTTCCTATTAAAATTAGTATATCAAAACTTGTTTAGTGTTTTTAATGCATTTACTAAATATATAAATTGGGTCATGAAAGTAACTTTATTACTTTTAAATTAACATCGTTGACAAGTAATCATCCTAATCACATATGTTTTTAGGTATCTTACATGTTAAAACTAGTATGTGAACACGGTTAATTCAAAAAGTATCAAATTATGAGACCTAAATCACATATTTATTAAATATTGGGTATTAAAAATAATAAAACTTCTTGGGAGTATCAATTTCGATACGAGTTAATTTTAGAGTAAAAAAAATTTAACCCATTTTCGTCCAAGTTTTAGTTTAATATGGTATTTTAAAATCAAATAAGAAAAGTGAATATAATTTTATTAAAATTATAAGGAAGATAAAAGCCATTAATTAAAAAAAAATAAAGAGAAAATTTTACTTGCATATGTGTTTGAATCAATCATTCTAAAAAGTTAAAAAATATATATTTGGAAAAACCACAGAATAATATTTTGATGTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTGACAAAAGTTATAGAACCAATGTCACCAAACTAAACTTCTTCTTTTCTAATTTCAAAAACATTTATATGAAGTTATTTCACACAAAAAAAAACTGGAAATATAAATCTAAAACACAATCAAATAGTCCAGTAAGATAGCATTTCGATTAATTTAGATTCTGCTGTGGATTTTTGATACTGTGTCTATGTTATACTTTTAAAATATATTAAATATTAAATTTTTAATATATGTATATTTTAAAGTCACAATATAGAGACAACACCAAAAATTAATAGAAAATCTGAACTTGATTTCAATTGTTAATAATATAATTTTTTATATATATGACCTACAACAATTAGTTAGTAAAATTCACAACATGTTCTATATATAGAAACGATTTAAGTTGAACAAAAGAAAATGAAACTCATTATTGTAACGCGAACGAGGAAGATGCACAATTTTATCAATAAATTAAGAATAAAAGGTTTACTATGAATATATTAAATTATGTGTATGTATATCCACACGTAAGTGGTCGCAGGAAAGGAGCAGGAAGGGATGACAATGGTGTTAAGGAAAGTGGGAGTTGTGAGCTAATAAAGTTCTTGCTTTCTTCTTTTTCATATTTCGTGGAGGAACGTTATTTCCCTTAAATATTCACACCATAATTTTTATCATAAAGAAAGAAAAAAAAATGAGATAAAAACGAGTGATGTGACAAAAAAAAAATGTCTGTGAGAAGAGAACTGAAACAATGCATTATTGATTTTTTAACACTGTCACACTCACTCATTTTTGTTGGAGTGAGAACGTAGGGAAGTTAGCAAGTTGACGGTTCAGAGAGTTTTCTAATCAAAGAAGAAAAAGTAAAAGTTGTGATTAGTTTTATTTACTGTACCTTTTAAATTTCATTTTGTTATCTTTGGCCCAGCATTGCTTTTATAATTTGTTTGCATGCGGAGGAAGAATAATAAGGATACTATTAATCAAGCAATCAGCTACTCAGTTTTCACATCTACATATCCATATATCTATATATATTCAATTCTGAGCATCAACTGGGAGACTTTCTTCGACTAACCAAATTCCAAGGTTGCATATTCTATCAAGCTAGCTGGCTATCTGTATAGGTTGGTGTATGTTCTTCCATCTGCAACAGTAGTATTAGTGTTTCGTTTGGTTCCAATTTCTATTCCTTGTCGTTTTGAGCAACAGCTTGGACTCAAGTGGGTCAAACACTAGTACCACTTTGGCTGATTGCTGTTTAGTTCTAGAAAAAATTCATGTCATGCATGACGTTGAATTTGCTATGACAGAATGAATACGACGGGTTTGATT


Gene Sequence:
>Vu_10172(-)
GTTTGAGTTAAACTAGTTAACTTTATTTTAATTACCTTTTGATGGGGGGTTTTCTGCTGATCTTTTTTCTATTTTGACCTGCTGACACAAAAACTCTAGTGTGAATCTGGTTAGAGGTTGAGAGCTTTATTTTACTAGCAAAGTTTAGCACCATTTCTGCCAAGGGAAGCCTTGCTGTCTGTTCTGCAGATGGCAACATAGATGCTGTTTTTGTTTCTGCAGACTGCTGATGCTGTTACATTTTTTCATCATTTTTGGGACAGAGGAAGAGAGTATTTGAAGTTTTTGAGATTGGAATCAGAATTAGGATTGTAGAAATAGCTGCATGTCTCTTGTTTGTTTGATGATAAGTGGCATCGAACTAATGTTTTTGCAGAGAACTTTTCTTTTATCATTTGACTGCAAGAGATAAATGAAAATGGACATATACGAGCCATTTCAGCAAGTTGGCATGTGGGGTGACGCCTTTAAAGTTGATGGTGGCCTGAATTCAATTGCTTCCCCAATATTAATGGTTGACACTAATGTCGAGACCCAGGTGGGTTTTTTTTTTGGTGGGTTAACTTCATTTTATGAGAAAACTAGACTGTAAGTCTAAGAGCTTTTTCAATTTGAATTCTGCAGTCTGAATATATTCCTCAAGAATCAAGAGAGCCTTCTGGAGCCGATCAAGAGACCACAGACAAAGATGCTAATAAGGTGATGAAATTTCTTCAAGGCATAGCCATTGAAATGTTTTCTTGTCTCTTGTTTCGTTGTAAATTTTTGATAGTACTAGGAAGTTTTGTCAGTGACTGAAGAATTCTCTGAAACATGAATGTCTTTGCTACTTGTCTGTGTCTGATAACCGCGTAATATGAATGTTTAGATGAGAAGACGTCTAGCTCAGAATAGAGAGGCTGCTCGGAAAAGTCGGTTGAGGAAAAAGGTAGGATGAATGAAGTTACAAGAAGGTAGCCAGCATCTGTCTTCTGATTGTTCCTTTTTGTTATCCATAGGCGTATGTTAAACAGTTAGAATCAAGCCGCATGAAGCTCGTGCAATTGGAGCTGGAAATTGGGAAAGCAAGAAAGCAGGTGAACCGAAACTCTACAATCACCAACACCTTTAATCCTCCTTTCTTATTATATTGTGAATTTCTGATTTTGTATTCCATCCTTCTTTTATCATGTGAAGTTTATACAAAACATCTACTTGCAGGGTCTGTACATGGGCACTGCATTAGATGCCAGCTATATAGGATCAACATCAGAAACAATAAACCCAGGTTTGTGACTCTTTCTGCAGAAAATTTTCCCTTTATGTATGCAGCATTGTGTACATTCTGTTTAGGAGTCCTTCTGTTATATGAAACAGTTATTGTTGCATTTGAAATTGAATATGGACAATGGGTTGAAGAGCAACATAGGCGGAATGAAGAGCTTAGACATGCATTTCAAACTCAAGCACCTGATGTTCAGCTGAATGCAGTGGTTCAGAGTGTCTTAAACCATTACTCAAATCTCTTCAGAATGAAAGCAGATGCTGCAAAGGCTGATGTTCTGTATTTACTCTCTGGTGTGTGGAAAGCATCAGTGGAGCGCATCTTCCTTTGGATTGGAGGGTCCCGTCCTTCACAGCTTCTAAACGTACATTCCCACATTAAATCTCATTTTGATAACTGCTTTCACTTTCGCTTTTTCTACACAGATTGTCAATGAATGAGAGTTCTCTACCAATTTTCATTTTCTCAAGCTACACTGTCTATTTGAGTTTCAGTGAAAAAATTTCATAACAAGAGTTTAGTCAGTATGTATTGGCTACGTTCAGAACAAAAATATTTAATCTGATAATGTTTTTGTATAAGGGGTGTTGCTTTACATGTTCATGGTGAAGTTTAGATGTATTAGAACTCAATAAAACCAATCACTTAGCCTTTTTTTGCAGATTATCGTACCACAACTTGAGCCTTTGACTGATCAACAAATTGTTGGTATTAAAAATCTCCGCCAATCATCTCAGCAAGCTGAAGATGCTCTTTCACAGGGATTGGAAAAACTTCAGCAGAGTTTGGTCCTTGACATGGCAGTTGATCCATTGGGTGTAGGAAACTTCGGACTTCAGATGGCTCTTGCTATAGACAAATTTGAGGCACTAGAAGGTTTTGTAAGCCAGGTAACTGCATGCCCATTTTTTTGTAATTCTTTTTGAGATGGTACAGACTGATATTCCCCATTTGAGAAACCTACTAATTACATATAAAATTTATATGAAGTTCTCTGTCGAGAATTTAGGTAAAACTCTAATTTTATAAAAGAAGAACCCAAAAAAACATGCAAGGAATAGTACATTGGAAATTCTTACAACTTAAAATTTACTAATTCTGACCTATGAATGAAATATTTGGTCATTTGTAACACTGTCATGAAGAAATCAAATGCATTTTGTTCTCCACAGGCAGATCACCTTAGACAACAAACTCTGCTTCACATGTCACGCATACTCTCAACTCATCAAGCTGCTCGTGGCTTGCTGGCTCTTGGGGAATACTTTCACCGTGTTCGCACTCTTTGCTCTCTTTGGAATTCTCGTCCATGTGAACTTCCCTAGTTTCCTTAAAGGAAGAAACATGTACCTCGTACTGCATAACTTCAACTGGACGATCTGTTATGTGCTCTGCAGAACTGTTTCTGAGTTTTGGATATGAATGTATGATTATCAAAAGTTAGTGTACTACCAGGAAGCAAATTATGTGATTTGCTGCTGTAGCTGTAGAGAGTATGATTGTACATAAACAGTGTATCATCTGAAGTGCTATATCACTATGAGAATCTTTCTGCTATCTCAG