Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_09251 LG2 18757520 18761266 "shikimate kinase 1, chloroplastic "
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09105 Amino acid metabolism   "C 00400 Phenylalanine
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 18757641 synonymous_variant p.Ala5Ala
G/A 18757642 missense_variant p.Val6Ile
T/A 18757658 missense_variant p.Phe11Tyr
G/A 18757899 intron_variant
T/G 18758259 missense_variant p.Leu75Val
A/T 18758297 missense_variant p.Lys87Asn
T/C 18758355 intron_variant
A/G 18758931 intron_variant
T/C 18758972 intron_variant
C/A 18759443 intron_variant
A/T 18759520 intron_variant
C/T 18759714 intron_variant
A/G 18759777 intron_variant
T/A 18759952 intron_variant
C/T 18760488 intron_variant
C/G 18760496 intron_variant
T/A 18760502 intron_variant
A/G 18760504 intron_variant
T/G 18760615 intron_variant
T/G 18760745 synonymous_variant p.Thr277Thr
T/C 18760955 3_prime_UTR_variant
A/T 18760963 3_prime_UTR_variant
A/T 18760966 3_prime_UTR_variant
T/G 18761053 3_prime_UTR_variant
T/A 18761122 3_prime_UTR_variant
C/A 18761215 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_09251.1
MEAKAVQAFQFSTMKRSTKPERTGPNDSLRRFGGFKKQLFVSSTFHPPRPSTKILRRTKSLVVACSHNNIPARTLESETFHAPVDEKFILKSKSQEIEPYLNGRCIYLVGMMGSGKTTVGKILSQALSYAFFDSDALVEEEVDGTSVADIFKHYGETFFRTKETEILRKLSMMHRNVISTGGGAVVRPINWKYMHQGISVWLDVPVEALAQRITAVGTDSRPLLNYESGDAYTKTFMRLSALFEERSEAYANANARVSLENMVAKLGQRDVSDLSPTAIAMEALEQIKGFLMSEDGC*


CDS Sequence:
>Vu_09251.1
ATGGAAGCTAAAGCGGTTCAAGCCTTTCAGTTTTCAACAATGAAGCGTTCCACGAAGCCTGAGAGAACAGGGCCAAATGACTCTCTCAGAAGGTTTGGTGGATTTAAGAAACAGCTTTTTGTTTCGTCAACGTTTCACCCACCAAGACCTTCAACAAAGATACTGCGAAGGACAAAATCTTTGGTGGTTGCATGTTCGCATAACAATATTCCAGCGAGGACATTGGAATCTGAAACATTTCATGCTCCTGTTGATGAAAAATTTATTTTGAAGAGTAAATCACAAGAGATCGAGCCATATTTAAATGGGCGCTGTATATATCTTGTTGGAATGATGGGATCTGGGAAGACAACTGTGGGGAAGATATTGTCACAAGCGCTTTCTTATGCGTTTTTTGATAGTGATGCATTGGTGGAGGAGGAGGTTGATGGAACATCTGTAGCTGATATATTCAAGCACTATGGAGAGACATTTTTTCGTACTAAGGAGACTGAGATATTGCGGAAGCTGTCAATGATGCATAGAAATGTTATTTCTACCGGTGGAGGTGCTGTTGTGAGGCCCATCAATTGGAAATATATGCACCAAGGAATTAGTGTTTGGTTGGATGTACCTGTAGAGGCATTGGCTCAGAGAATAACAGCCGTAGGAACTGATTCTCGCCCACTTCTAAACTATGAATCGGGAGATGCATACACAAAGACTTTCATGCGTTTGTCTGCCCTTTTTGAAGAAAGAAGTGAAGCGTATGCAAATGCCAACGCTCGGGTCTCCTTGGAAAATATGGTAGCAAAACTGGGTCAAAGAGATGTGTCAGATTTATCTCCAACTGCTATTGCAATGGAGGCGCTAGAACAAATCAAAGGCTTTCTTATGAGTGAAGATGGTTGTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_09251::LG2:18755520-18757520(+)
TGTTTTTGGATGACTATAAAGGTAACACTTTATACTTTAGATGAATAATTTATCATGCATGTAGCTTCTCTTTAATATAGTTTATACTATATATTTTGGGATGTTACAACTTTACACATTTTTAAAATTTACAATTATTTAAAATATAAATTCAAATAAGAAATTAATATAAAAGTATAATGTAATGAAATATCAATACACATAAAGTTTACAAAAAATATAAATTTTAAAAGAATTGAAAAAGTTGATAAAATTATTTGATTTTATGAAATGTAATTGATAAAAAAATTTAACATATTTGTTAGTTAAAATTAATTTTTAACTTTTTCTATTATAATTATTTTTATTAACAATTTTAAAACAATTTTAAATAAAATTTAATGTAAAATATAAATTTAAATAAACTTAATTTTGTAAAAAATATTTAATAAAAATATCAATTTTAATATAAATATTTATATAAAAATTAAATTTGATTTTAATGTGAAAAGAGATAAAAATGCTCAATTTAAAAAAATGTAACTAAATTGAAATAAAGTAAAAATAACATTCCAAATTGAGACTAAAAACAAATGTCAGCTTTAACACATGATAATTTTTTGCTTTTAGAAAAGAATTAAAAAAAATAAACAAAAGATAATAAAAAAATTAAAAAATGAACGAACAAACACGTGATACTTATATTATTAATATAATACTAATATAAAGGACTTGATTGCGTCAAATTTTCTAAAATAAGAATGAAATTGAGATACATCAAACTAAATGGATCTGTTTGAAATTTTTCTAAAAATTGAAACGAAAGATCTAATTTAACATTTTTTTTGAAATAGATATAGTTATCCTATGTTTGATTAAGTGTATTTTTTTAATCATGGTTTGATGTAGTCCTCCATAATTTATATATTTTTATTTTTTATTTTAGTTATTTTTCATATGATAACAAATGACCAATAAATTTTTTTAAATATTAATATAAATCAGATGTCAAATTTTATAATAATACCTAAAATGAATTTATTTGGAATAAATAGAAAAATATGAATCTCACGTATAATCTTGGACATGATTTGATAAAGATTAATGTTTAAATAAATATAACTAAATCTTGTACTTTTTCTATCTAGCGTTTATGTTTGAAAATTATATTTTATTAAAATATTTAAATCCTTACTCTTCTATTTGTCCTTTACTCGCTATATAAATTTTAAACTCTAAATCCTATATAAATAAGGCAAGATATCAAGTCATCAAAGTCCCTCTTCTTTGTAAAATGTATCCTAATAGATGAGAAAATCAATAAACAACTACAAAATTTAAAATCTATTAAAATTATATTGAATTGCAAACACACTGTTGTTGTCGAATAACTATATCAAATATATAAGGACCATGTATTATCAATGAAATAAGAAGTAAAAGAGAAAAATCAAGAACTCAATACATAAGTTTTACACCAAAATTTTCTATTCCCTTAATCTCGTTTTTCTATATATTCTTTTGACTCTCTTTAAATATATTAGCTATATTTAAATAAATTCATTCAATTTTTTATTACTTTAATTTATTAAAAATTAAATTTATTTTTATGATTTAAAATTAAAGTCTCTCCCTTATCTTCAATTCCAACAAAAAAGTTCAGATCTCAGTGACCAAGTTCCAATCCCACCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGAAATTTTAATCGAAACTATTGCTTAAATTCAAATAACATATGAATAACCTTGGTTACATCCACCTTTAAAGTGAATAAGCTCATTTATCTGGTAAATATTTATGAAGGTTATAAGAACAAGACGAATTATTACTATGATATCTAATCTGTAATTCATGTGTATTTAATTACCAACCATTGGTTCGAGGTTCACTTACGTATTTTATCACTAATTTTTGTCGTCTTGCTCCAAAATTTGTTTGGTCCACTTTGAATCATGGAGACATGAATTTTATTAAAGTGTGAGTGTGCCATAGTTGCCA


Gene Sequence:
>Vu_09251(+)
AATACAAAAAGTGGCTCTTCATTATTCGAGTCGGCCGACACCATTTTTTTATTGTACAATCACTGTCTAGTTTACTCATGAATTCCACAGTTTCACGCTGAAGCGCCATGGAAGCTAAAGCGGTTCAAGCCTTTCAGTTTTCAACAATGAAGCGTTCCACGAAGCCTGAGAGAACAGGGCCAAATGACTCTCTCAGAAGGTTTGGTGGATTTAAGAAACAGCTTTTTGTTTCGTCAACGTTTCACCCACCAAGACCTTCAACAAAGATACTGCGAAGGACAAAATCTTTGGTGGTTGCATGTTCGCATAACAATATTCCAGGTTGTTGTGGAAACCATTCACACTTTGACTATTTGTACGAATGCCATTTTTTCTTTCTGCCTTTAGCCTTCAAACTTACGTGTATATCTGTTTTGTATGTTATTCGTGCCAGTCACTGTCAAAATAGTATAATGATAATGTCAATTTGTACAAATCAAAATTAATTAATACATTAGTGTTTCAAACGAGGATTGCACTCTTGCTCTTTGATATTTAGTGTGACTGACTACAGAAAGGAATTCTATAATTTGGACTGGTCATTTTGCAAATCAAAATTTGAATTACTTACTACTGATTACATCTCAGCTGATATTTAAGGGAAGGCATGTGTTTGACCTATATCAGGTTTGTAGATGTTATGAACAAGTGTTGCCAGTGCTAACATAAATTTTCAAATTTTACTCCTGTAGCGAGGACATTGGAATCTGAAACATTTCATGCTCCTGTTGATGAAAAATTTATTTTGAAGGTATATAGCACGATACCCTTCGTCACTTTCGATTGATTTGAGGCCTTTTAGTGTACTGATGTTGCAATCTTAAGTGATAGTACATCTGGTCATTATCTGACTCGAATCCGTAAAATTGCAGAGTAAATCACAAGAGATCGAGCCATATTTAAATGGGCGCTGTATATATCTTGTTGGTCAGTCTCTTGCAGAAGTATTTGTGCTTAATTACATTGCAAGTACAAAATATTTTGAATTTGAGATGCAGGAATGATGGGATCTGGGAAGACAACTGTGGGGAAGATATTGTCACAAGCGCTTTCTTATGCGTTTTTTGATAGGTTAGCGTGTTAAATGCTCCTCCTTTCTTCTTTTCAAAATGAAAAATACAGTATTGAAGGTAACTGAAGCATAGAACATTTGAATAACAGATTGATGTCATCTGACTTTAGCATAAATTAAATTTCAACTGGACATGTTCTACGATCTCTTTTTTGGCATTTATGAGAACAGTGATGCATTGGTGGAGGAGGAGGTTGATGGAACATCTGTAGCTGATATATTCAAGCACTATGGAGAGACATTTTTTCGTACTAAGGAGGTCAGTTAAAGAACACAATATTTCCAGATTACGTGTTCCTCACTCTTTAGTATATAGAGGACTTTAGTTAAGGTTTTGGAAGTGTTAGGCTTTCCTATTTCTTCTTTCCTATGCAATCCACTCATTTTTCTTCTATCCAAATTTAATCTGTACAGCACGTGCACCTTTATAAAGTAAGTTGCAACAAGGAAATCATAGTTATTCTAAAGTACCAATTAATGAACAGAATAGCCACTTTCAGTTAATTTGATGGAATACCTATCCCAGATACTAACTCCTCTCCTTATATAATACATATTTACACTTGCAAATTTGGAATTTGGAAAATAAAATTAGTTCGGTTTGGTGTTAGAGAAATTAAATATAAACTGTCAGGGGCATGAATCCTGCGTTAAGCCTTTTAAGACAGTGATATATTGTACTGTATTATTCAAGTAAAGTGATGGAAAGAAAGAATGAGCACTTGATTCTTGGAAGAAGAAACACTTCAAACCTAAGCTTAACCCCCAGAGGAACTCCTCTCATGTAGTATACTGAATGAGTTCTGTTCATCCCTTCCATATCACAATTTCCCCTATTTTACCTCACTCCTCTCCGTGTTTAAGTCACACCCACCTCATCTATCCATGCACCCCTTCTCCTCCCCTTTGTGGCATACCCCTCCAGGCCCTCTAGCAATATGAGTTATCAACCCTAGCCACAAAAGCTTTTAAATGGTGTTGAAGTTGAAACCTAACAACAATCCTATGAGAGACATATGTATTTGCTCTAGTTCTACAGTTAGTTTGATCACTAAGTTCATGATCGTTTCTCTAACAGTTTGACTGATATCAACCTAAAGTTAAATTTTGGTTAATCTGTTAAATAACTAATGGTTAGGCTCACTGAATATTGTGTTAGCTAAAGTGGTTGGCTTACTATCTAATGAATACATGTGGGAACAAATCTCAGATGAATCTCTCAATTACTATTCTTCTGACTCACAAAAAGAACATTTAGGAGTGCTTTGAATTCCTCTGTTTTTCCTCCAGGTTCAACTATCTCATTAACTGTTCATTCTCCTTGCTTATTTAACCGTTATAGACTGAGATATTGCGGAAGCTGTCAATGATGCATAGAAATGTTATTTCTACCGGTGGAGGTGCTGTTGTGAGGCCCATCAATTGGTATAATAATTAACATACCAATTAGCAAAGTTTTACCTCCTATTGTGCATTAACTCTTCTCAATTTAGCTTCACACATGCTTATATATGGATTGCCAGGAAATATATGCACCAAGGAATTAGTGTTTGGTTGGATGTACCTGTAGAGGCATTGGCTCAGAGAATAACAGCCGTAGGAACTGATTCTCGCCCACTTCTAAACTATGAATCGGGAGATGCATACACAAAGGTAAATGATTCCTCTTCCATGACAACGATCTAAGTAGGGTAATAGAATCAACTATTTTTTTCCCACTAAATAATTTAGTGTTTTACATCTGGAATTCACCTGCAGACTTTCATGCGTTTGTCTGCCCTTTTTGAAGAAAGAAGTGAAGCGTATGCAAATGCCAACGCTCGGGTCTCCTTGGAAAGTATGTCTGCAATGGTTATTCCATTTTTCAAAAATGAAATTAAGAATAGTGATTCTTTCCAGAATCCTTGTGAATACAACATGGAAAGGAAATGCTATTTATAAACTCTTTTGACTTCTGCAACTAAACTTTTTTGGTCTTGAGTTCTGGGTATTAGTCTTTAAAGATTGTCAAATGCTAAAGCATGGAAATTCATATTGCTTTATTAAGTTATGTTCTTTTGTACAGATATGGTAGCAAAACTGGGTCAAAGAGATGTGTCAGATTTATCTCCAACTGCTATTGCAATGGAGGTCTTCCACTTCTGTTCCGTCTTCTGAACTTCATTTTAGTTTGCTCGGGCTAACTAACATTTCCCAGAGCAAAAATTGTTTCTACATTTTGCATCATTGATACTTATTGTGCCTATGTATTTCTCAGGCGCTAGAACAAATCAAAGGCTTTCTTATGAGTGAAGATGGTTGTTAAGCACGTTCTGGCAGAATCTTCAAAACAAGCATGTTTTGGTAATGCATAATTCTCTCCCCAAATTAAAATGGATATGAGAATGGCAGTGTGGTGTATCCTTTTGTTTGGGAAAATAATTATGCATGCAGATATTCACTGTTTATGCGTAATTTGTGTAAACGTAATTTGACGGCATGCAGCGTTTAATTTTCACATCTTCTGTGATGTTTGTAGTAATGTGAATTGGAAAAATCAGTGTGCATGCCTTATTCGCTGAGTTTGCAAGACAAGGGGTGCTGGCTCAATTCCAGCGTAATAAACAAAACTTTAATGATTGACTTCATGTTTGGTC