Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_09142 LG2 15810001 15814407 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 43-like isoform X1
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category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
G/C 15810054 5_prime_UTR_variant
A/T 15810056 5_prime_UTR_variant
G/A 15810641 synonymous_variant p.Glu116Glu
A/G 15810642 missense_variant p.Ser117Gly
T/A 15810829 splice_donor_variant&intron_variant
C/A 15810834 splice_region_variant&intron_variant
A/T 15811654 intron_variant
A/G 15811748 intron_variant
T/A 15811819 intron_variant
T/A 15812590 downstream_gene_variant
T/A 15812625 downstream_gene_variant
A/T 15812629 downstream_gene_variant
G/A 15813026 missense_variant p.Gly282Arg
A/T 15813614 stop_gained p.Lys402*
C/A 15813638 missense_variant p.Pro410Thr
T/A 15813901 downstream_gene_variant
G/T 15814407 splice_region_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_09142.1
MGKRLSRTLDHDPQQSDLNHVAQDDDALNRELQDKLDLKDVSESEDKGSNLEDEGGKLSDEGAAPEGAAPEGAAPEGGKGEGSEDGGGGGGDDVGVVDDDCNGGDGWCNWIEYVNESESDKVGGDVEGVDSRDERSSGRDQQYPLRPEAENCAYYLKTGSCKFGFNCKFNHPLKRKNQAKKENAGEKEEQAERSGQTECKYYLRSGGCKFGKACKFNHKREKCSSASPIAELNFLGLPIRVGEKECHYFMRTGSCKFGLNCKFNHPDPTAGGGDSPSRFGNGSSVSLQGVSQSSISSWSSTRPLNESTPFVPMILSANPGVSPQSSEWDGYQAPVYLPERNMHLPSTYVMNNPVMETNVYMHHQQQVQVEEFPERPGEPECSYFLKTGDCKFKSNCRFHHPKNRIARLPPCSFSNKGLPLRPDQNVCTYYSRYGICKFGPACKFDHPPPSTMSGLDQQSSYSNSASVGVAENVGVSDGKQ*


CDS Sequence:
>Vu_09142.1
ATGGGTAAACGTTTGTCCCGAACACTCGATCACGATCCTCAACAGTCAGATCTCAATCATGTTGCCCAAGATGATGATGCACTTAACAGGGAGCTTCAGGACAAGTTGGATTTGAAGGATGTGAGTGAGAGTGAGGATAAAGGTTCGAACTTGGAAGATGAGGGTGGCAAGTTGAGTGATGAAGGTGCTGCACCTGAAGGTGCTGCACCTGAAGGTGCTGCACCTGAAGGTGGTAAGGGTGAAGGGAGTGAGGATGGTGGCGGTGGTGGTGGTGATGATGTTGGTGTTGTTGATGATGATTGCAATGGAGGGGACGGATGGTGTAATTGGATTGAGTATGTGAATGAGAGTGAAAGTGATAAGGTGGGTGGAGATGTGGAGGGAGTAGATAGCAGGGATGAGAGGAGCAGTGGGAGAGATCAACAGTACCCGTTGAGGCCAGAGGCTGAAAACTGTGCATATTATCTCAAAACCGGAAGTTGCAAATTTGGATTCAATTGCAAGTTCAATCATCCACTTAAGAGGAAAAACCAGGCTAAGAAAGAGAATGCGGGAGAAAAAGAAGAACAGGCAGAAAGATCAGGGCAGACGGAATGCAAGTATTATTTAAGATCTGGTGGGTGTAAGTTTGGGAAGGCTTGTAAGTTTAATCACAAAAGGGAAAAGTGTTCATCCGCATCCCCAATTGCAGAGCTTAACTTCCTTGGCTTGCCTATTCGAGTGGGAGAGAAAGAGTGTCACTATTTCATGCGTACTGGCTCTTGTAAGTTTGGATTAAACTGCAAGTTTAATCATCCTGATCCTACGGCTGGAGGAGGTGATTCTCCTTCTAGATTTGGTAATGGAAGTTCTGTTTCATTACAAGGTGTATCGCAGTCATCTATATCCTCATGGTCTTCTACTAGACCATTAAATGAATCCACTCCTTTTGTGCCAATGATACTTTCAGCTAATCCAGGGGTTTCTCCTCAGAGTTCTGAATGGGACGGATATCAGGCACCTGTCTATCTACCTGAGAGGAATATGCATCTACCTTCAACATATGTCATGAACAACCCAGTTATGGAAACAAATGTTTATATGCATCATCAACAACAAGTGCAGGTTGAAGAGTTTCCAGAAAGGCCTGGTGAACCTGAATGCAGCTATTTTTTAAAAACTGGGGATTGCAAGTTTAAATCTAATTGTAGGTTTCACCATCCAAAGAATCGGATTGCAAGATTACCTCCATGCAGCTTTAGTAACAAGGGTCTACCTTTGAGACCGGACCAGAATGTTTGCACATATTACAGCCGTTATGGAATTTGCAAATTTGGACCAGCTTGTAAGTTCGATCACCCACCACCCTCAACTATGAGTGGACTTGATCAACAATCCTCGTACTCAAATTCTGCTAGTGTTGGTGTGGCTGAAAATGTAGGTGTCAGTGATGGGAAACAATAG


Promoter Sequence:
>Vu_09142::LG2:15808001-15810001(+)
TGAAATCGTGTAAAGGAGTGATGACCTTCTCGAGAAGTCACTAACATTAAAGTAATATAGTGCTGATAATTTCTTCATTTTTATATATTTTTTTAATGTTTTGTATAGAAGTTTTATTCTTTTTGCCCGACTTCACTTACCCAAATTTGTTTTTTAACTTTTTTATTTTTTAAAATTTTAATATGCATAATTTTTATTTTAAATTATTTTTTAAAAATTTGATTAATTGAATTTAAAAATTTCAAACATTTTTAAACTTTTTATATTCTCATATATTTTCTAATTTTAATATATTTCTTTTAATAATTTAAAAATTTTGATAACATTTTATATCGATTTTTTTTATAATAATATGATTAAAATTTTTGAAATTTTTATTTTAATTTGTGAATGGAGTTATAAAAACTGTCTACACCAAAATTAATTTTTTTATCGTATTATTATAAAACATTTAAGATATAAATTATTATAAAAAAATTTAAATTATTAAAAGAAATATCATAAAATTAGAAAATATATGATTGTATAAATTTTTTAAAATGTTATATTTTAAAATCAATTAATCAAATTATTAAAAAATAATTTATAATAAAAAAATATGCACATCAAAATTTTAGAAAATACAAAAAGTTAAAAAAAATAAAAATAGCAAAAGAGAATTGATGCATAAATAGCATGACTTTTATAAAAGAAAACATAAAATAATATGAAAATGAAGAAATCATCAACAGTAGTTGGAAGAAATGGTCACTCTTCTGAATAACTGCAGTGATTGTCTAATTGGAGCAGATAGAGCAGAAGTCGCCGCTTCTTGTTGGACTTTAATTAAATGTATGATTAAGTATAATTAATCTTAATTGAAGTTGTATTTGACCCTGATAACTTAAGATAGTACTAGATAGGCACAATTTATTCTTGAACATAATTTTTTAAAAATGTAATCAAGATATACGCTTTCAAAATCAAATTAACCCAAATATGTAAAAATAAAATCCATACATACTATGAATACATGATCAAATCAATTAAAATTTAAGGATACATCAAATTAATTATATTTTTTATTTTTTATTTTATCTTACACGTGTATTCAAACACAAAAGAATTCTTGCATTCTAAAGTTATGATATTATATTATTTTACATATATTTTTTAAATTATTTAATTATTATTATTTTAAAACACAATATTATATTAGTGAAGGTAATTACAACCGGTTTTCATTATCCGAAAATTCAATTTGATAACTCAAAATATAACTATAGTATTGAAATTAAGAAAAAAAATATGAAGTGATACAATTTTCCTTTTTTTATTCATTAAAAATACACTAATTCAATGATAACTTAAATTATTTTTCTTAAAGAGAAATGTGTATTCCTATGTAATTATTTAAGGCATGTTACAACTATAAAAGTAACACCAATTATAAAATATTTAATATCATGGTTTAATTGACATTTGAATTAATTTGCAAATAGATTTTCATTTTAAAATAGAAATAAAATATGAAATCCATTTTATTTTTATAATTTGAAAAGTGAATAATGTATTCAAGTGAAAGAAATATTAGCTATTAATGTTAAGAAAATGAGTAATTATGATAAATTGGTGTCATTCTCTCTCTCTCACACACACACACCCCGTTATCACCTAATACTTGTATCTTAAAATATTATTAAATAGTTTCTAAAAATTATATTTCATATACAAGAGCTTCTCATACTCTTATTTTGTTTCCGAATTACTTGTTTATCTATTTTATTTGGTCTGTAAAATCCGTCCAAAATCATACTTATCATAGTTTTTTTCTTAATTACCATATAAAATCTTCTATATATAACAATACATAAAAAGGTATTAGATTAATATTTTGATTTATAAAAATAAGAGAAAAACAGGAAAATAGTGTTATGTATGAGTTGACATCTGAAGGAAATATGTCATGGCAGTTGAATGAACTGTATTGAAATACGTAGTAAGGTACATGCACCCAGACA


Gene Sequence:
>Vu_09142(+)
ATAGGAAAATACAAGAAGACAGAGAGTCCTAAGTAGCATGTACTAAACACACAGCATTCCCATTTGCTCACCCACAGCAAGAAAGTAAACCCCTTTTCGTTTCACACTTTCTTCATTCTTCGTCTTATGGTTTTTCCACATAAATAAATTCTATTCCTTCTCTTACACTCTAGTTTTTCTTAGCTATCTATAATTTTCTCCATTATTAGGGTTCTTCATTTGAAATGTGGGGGTACATCAATGGAGTCTTCTGAATCCGAATCAGTTAGTTCTCCCACCAAGAACTCTTGCTAATGGGTAAACGTTTGTCCCGAACACTCGATCACGATCCTCAACAGTCAGATCTCAATCATGTTGCCCAAGATGATGATGCACTTAACAGGGAGCTTCAGGACAAGTTGGATTTGAAGGATGTGAGTGAGAGTGAGGATAAAGGTTCGAACTTGGAAGATGAGGGTGGCAAGTTGAGTGATGAAGGTGCTGCACCTGAAGGTGCTGCACCTGAAGGTGCTGCACCTGAAGGTGGTAAGGGTGAAGGGAGTGAGGATGGTGGCGGTGGTGGTGGTGATGATGTTGGTGTTGTTGATGATGATTGCAATGGAGGGGACGGATGGTGTAATTGGATTGAGTATGTGAATGAGAGTGAAAGTGATAAGGTGGGTGGAGATGTGGAGGGAGTAGATAGCAGGGATGAGAGGAGCAGTGGGAGAGATCAACAGTACCCGTTGAGGCCAGAGGCTGAAAACTGTGCATATTATCTCAAAACCGGAAGTTGCAAATTTGGATTCAATTGCAAGTTCAATCATCCACTTAAGAGGAAAAACCAGGTCTCTCTCGTTGGTTTTCGCTCTCTATCGCACTATTACTAATTAAATATTGGTATAGTAGCATGAAGTGTGAAATAGTTAAGTTAAGCATCAATAATTAGGTGTTAGTGTGATTGCATTAGGTGCTAAGTTGTTAAGCAGATGAACATCAGTTAAGTATTATATGCTAAATAATTGAAGACAGGGAGTTTAATTTACATGCTATAAGTTGTGAAGGATTTGCTAGGCAAAAAAAATAAAAAACTGGAAGTATTATTTAAAGGGTTACATTTGTTGAACAATTTATGAATGAGAATATCTTATACATGTTCACTTATTGAGTTTTAAATGTATTAACACCACATGAAGGCTAAGAAAGAGAATGCGGGAGAAAAAGAAGAACAGGCAGAAAGATCAGGGCAGACGGAATGCAAGGTATTTTCAGAATACTGTAACTTTTGTTTTATTTTATTTTTTTTGGTTTTTTCATGTATTTTGCATAAGAAGCATTGTTATCTGAGACATGATTTGAAGGTATGAACAACTCTAGTATGTTTGTCAGTGTCTGTGGATTAGCCCCTCCCACTAGACTCAAATCCCATGTTGGTTTGCAAATGCTAGATTGTATTATCTGAATTTTGGACATAGGCATGTAGGTTTATATTAAAATCTAGAAAATGTAGATATCATTATAATGTATGCATATGAGACACTGACAACAAAGGTGGAAGAGGTAGTTCTCTGTAAATAAATACAACCAAATAGGAATAAGACTGATAGATTTGCCAAAAGGGCCATATTATCAGCTACAGGACACTCTCTCTATCGAACCTCCCAATATTCTCTCATAAGTTGCCTACCTGTAACAGATTCCGCACAATTCTACCCAAAGACTCCATACAGTTATTTGTTATTTACCCTTCCATTCTGATTCTCAATATATTTCCCAATGCTTCTCTACTCAGAATTTGCTAACTGTCTCTGTGTAACAGACTTCCCTTCTGGATATTTCTTTCCATTTTCCCCAAGTCACCCATCCTTTATGTTGTGCCCATTCTTTCCCATTCCATGTATGTTTGTCTTGTATACTTGGGCCAAGGGTGTATCACATCTATTTATTAAAATGTAATTTCGGTCTGTGGAAGATTGTCTAAGGTTAACTTGAGGAGGTTTAAGCATGCATTACCTTTAGGTTTTATCTTATCTGCTAATGTTATTAGTTTATAGTTCATGGCAAATAACTACGGCTTTTTATCGGAATGTCATGTTTAAAGTAGATACTTTTTTTTTATTATTTGTATGCCATACAATGCTTTTAGTTTTTGGGACTTTCATATTATTTTTTATTTAATCCCTTTGCCATTAAGGGATGCTTTACTAGATAATGTAAAAATGATATACCCGAGTTTGATTTGGTGAGTGGTAGAACCATATAAGGAATAATATTCTCTATTAGAATTTTGTGATCATTATGCAGAATTCAGTAGTTGTCAAATGATACCCGTTTTTGATACACTTTCTGATTAGGTATTGGTATGTCTTTCTATATGTTGTGCATTTGCCATGAACAAAGATTCTGTCATGGTGGATCATGGCATATTAGTTTGGCTGATTTCTTTCTCTGATGCTATACTCCTATATGTTTGGTGATTACGAAGTTCTCTGTTTTGCTTTTTTTTGGCATTGTGAATCATGTTGGCCTAGCCTTGCTATGTTGAAAAATGTTGGATCCCTATAACAATTTTTGGATGAAACATGCTTGTATATGTATGTTTAATCTCTTTATTGTGTCGTGTTTTCAAAATGTCGTACTATTTATTACAGGTTCATAACAGAATTTTCTTTTCCTGATGTTGTGGCAGTATTATTTAAGATCTGGTGGGTGTAAGTTTGGGAAGGCTTGTAAGTTTAATCACAAAAGGGAAAAGTGTTCATCCGCATCCCCAATTGCAGAGCTTAACTTCCTTGGCTTGCCTATTCGAGTGGTATAACCTTGATTCCTCATTGCATGTTATGCTGAAAATTACTTTGTTCCCGCTATCTTTTGTTTCTGTTTAATACTTATACCTAAAACTTGATGAAGTTGTTTTTCATGACAGGGAGAGAAAGAGTGTCACTATTTCATGCGTACTGGCTCTTGTAAGTTTGGATTAAACTGCAAGTTTAATCATCCTGATCCTACGGCTGGAGGAGGTGATTCTCCTTCTAGATTTGGTAATGGAAGTTCTGTTTCATTACAAGGTGTATCGCAGTCATCTATATCCTCATGGTCTTCTACTAGACCATTAAATGAATCCACTCCTTTTGTGCCAATGATACTTTCAGCTAATCCAGGGGTTTCTCCTCAGAGTTCTGAATGGGACGGATATCAGGTAAATCAATAGATTTCAATAACTATCTTGGTAGGGACATTGTATTCTATTATTAGTATATGATGGCAAACTAGTCTGCCAATTTTCTATCATACAAGATCTATTCAATTTAAAGCAAGAAATCTAATGTTCTTTTTATCATTTCACTTTCTGAGTTAAATATTCTGCATATTAACCCTTATAATTGATTGTTTTCCCTGCTATTTATTCAACTTGGGTTTTCTACAGGCACCTGTCTATCTACCTGAGAGGAATATGCATCTACCTTCAACATATGTCATGAACAACCCAGTTATGGAAACAAATGTTTATATGCATCATCAACAACAAGTGCAGGTTGAAGAGTTTCCAGAAAGGCCTGGTGAACCTGAATGCAGCTATTTTTTAAAAACTGGGGATTGCAAGTTTAAATCTAATTGTAGGTTTCACCATCCAAAGAATCGGATTGCAAGATTACCTCCATGCAGCTTTAGTAACAAGGGTCTACCTTTGAGACCGGTAAGTTATTTTGTTCTATTGTTTTTTGCATTCATGGAGACTCTAAAATTTACAAGATTCCTGCCACATTTGTTCCACAGTTTCTGTTTAGTTTTATCTTAACACATTCAAGACAAATTATTTGATGAGAAATGTAGAACAAAGAAGCTGTTGGTTCTGAAAAAAATGCTAGTTCACATCATGAAAGTTCTGAACAAGAAAATGTTGTGGTAATATGGGTTCTTTTAGATAAAATTAAAACAGTTATGTATTGCTTTTCTGATTCGGAAAAGACAATATCTTGTATTCTTTGATTGGTGATGACACAAAAGGTTAGGCTTGCTGGTTTACCTGATCTATGTGGAATGTCTTATGAAAATTCAGGACCAGAATGTTTGCACATATTACAGCCGTTATGGAATTTGCAAATTTGGACCAGCTTGTAAGTTCGATCACCCACCACCCTCAACTATGAGTGGACTTGATCAACAATCCTCGTACTCAAATTCTGCTAGTGTTGGTGTGGCTGAAAATGTAGGTGTCAGTGATGGGAAACAATAGTCTCTATAAACATTTTCTGGTTTTGAATATGGATATCAACTAAAAGTTGTAATTTTTATTTTAAAAAACATGATAAATTTATTTAATTTCTCTAGTTATGCCTAATGTGGCGCAAGCCTTTCAGAATAGCAATATGTATGTTTAACAGAAGTTTTATTACCAGTAGTAATATGTATATTATTTTTTTCTTG