Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_09010 LG2 13622649 13627383 PREDICTED: serine/threonine-protein kinase HT1-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 13622656 5_prime_UTR_variant
A/C 13622740 5_prime_UTR_variant
G/C 13622823 5_prime_UTR_variant
T/A 13622849 5_prime_UTR_variant
G/T 13622880 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/A 13623025 5_prime_UTR_variant
G/A 13623160 missense_variant p.Glu24Lys
A/T 13623164 missense_variant p.Tyr25Phe
A/G 13623487 upstream_gene_variant
A/C 13623531 upstream_gene_variant
G/A 13623537 upstream_gene_variant
A/T 13623540 upstream_gene_variant
G/A 13624132 upstream_gene_variant
T/C 13624187 upstream_gene_variant
G/T 13624200 upstream_gene_variant
C/A 13624212 upstream_gene_variant
G/T 13624300 upstream_gene_variant
C/A 13624398 upstream_gene_variant
C/T 13624960 upstream_gene_variant
G/C 13625318 upstream_gene_variant
A/T 13625454 upstream_gene_variant
T/A,C 13626197 upstream_gene_variant
T/A 13626201 upstream_gene_variant
G/A 13626309 upstream_gene_variant
G/T 13626389 upstream_gene_variant
T/C 13626492 upstream_gene_variant
G/T 13626548 upstream_gene_variant
C/T 13626581 upstream_gene_variant
T/C 13626681 upstream_gene_variant
A/T 13626828 upstream_gene_variant
C/T 13627164 3_prime_UTR_variant
T/C 13627248 3_prime_UTR_variant
A/G 13627316 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_09010.1
MKNLRWHKQISNSGKLGRRLSLGEYNRAVSWSKYLVSPGAEIKGEGEEEWSADMSQLLIGSKFASGRHSRIYRGVYKQKDVAIKLVSQPEEDEDLAAFLEKQFTSEVSLLLRLGHPNIITFIAACKKPPVFCIITEYLAGGSLGKFLHHQQPDILPHKLVLKLALDIARGMQYLHSQGILHRDLKSENLLLGEDMCVKVADFGISCLESQCGSAKGFTGTYRWMAPEMIKEKHHTKKVDVYSFGIVLWELLTGKTPFDNMTPEQAAFAVSHKNARPPLPCECPWAFSDLINRCWSSNPDKRPHFDEIVSILEFYTESLDQDSEFLSTYKPSPSSSSSNTILGCLPKCNARHKFGACKA*


CDS Sequence:
>Vu_09010.1
ATGAAGAACTTGAGGTGGCACAAGCAAATTTCCAACAGTGGCAAGTTGGGGAGAAGGCTTTCACTTGGGGAGTACAACCGCGCAGTGTCATGGTCTAAGTATCTGGTGTCTCCGGGGGCTGAGATAAAGGGAGAAGGAGAAGAAGAATGGAGTGCAGATATGTCTCAGTTGCTCATTGGATCCAAATTTGCCTCTGGCAGGCACAGCAGAATCTACAGAGGGGTTTACAAGCAAAAAGATGTGGCAATTAAGCTCGTTAGTCAACCGGAGGAGGATGAGGACTTGGCTGCTTTTCTTGAGAAGCAATTCACTTCTGAGGTCTCTTTGCTCCTTCGATTAGGCCACCCAAATATCATTACTTTTATTGCTGCTTGCAAGAAACCTCCTGTGTTTTGCATAATCACTGAATATTTGGCTGGAGGTTCACTGGGAAAATTCCTGCACCACCAGCAACCAGATATACTTCCACACAAACTTGTTCTGAAGTTAGCCCTTGACATTGCACGGGGGATGCAGTATCTTCATTCTCAAGGGATTCTTCATAGGGATCTCAAATCAGAGAATCTCCTCTTGGGGGAAGACATGTGTGTAAAGGTAGCAGATTTTGGTATCTCATGCTTAGAATCTCAGTGTGGCAGTGCAAAAGGATTCACCGGAACATACCGTTGGATGGCGCCCGAAATGATCAAAGAAAAGCATCATACCAAGAAAGTAGATGTGTATAGTTTTGGCATAGTTCTATGGGAGCTTTTGACAGGAAAAACTCCATTTGACAACATGACTCCAGAGCAGGCAGCATTTGCAGTTTCCCACAAGAATGCAAGACCACCATTGCCATGTGAGTGTCCTTGGGCATTTAGTGATCTGATAAATAGATGCTGGTCAAGCAACCCAGATAAGAGGCCTCATTTTGATGAGATAGTTTCCATTTTGGAGTTCTACACAGAATCACTTGATCAGGATTCAGAGTTTTTGTCAACTTACAAACCAAGTCCTAGTAGTAGTAGTAGTAACACTATTCTTGGGTGCCTCCCAAAATGCAATGCACGCCATAAATTTGGTGCTTGCAAAGCTTAG


Promoter Sequence:
>Vu_09010::LG2:13620649-13622649(+)
CTGTCATTCATTTCTTTGCATGTTCATCTTTTTTCTCAAATCAAAGAAAAAAAGTTGAAACTCCACCACAAAACCTCATCATCATCAAATTATGGCCTCACTTTTATTTTCCTCAAACAGATAATATCAATTTATATTATTGAAAATGTGTTTCTATGCATTTTTATTTGAAATTTTATTTTAAGAAATTAATGACCTGTAAATAATTTATTAAAATTTTATCATTACTTTTTCTTTTAAATGTTTAAATGATATACAATCATGGAAAGTGATAAAACTCTTTCTCTGAATATTTAAATACTACAATATTAAAAATTTAGTAAAATTAGAAAGGAATGAAAAAATATATAAGTTTAATTTTTTAATTAATGTTGAATATTGTAGAAAATTATATATGAGATTAATTTTTCTTGTATTGAATATATGTAGGATCTTTTATTTATAATATAAAATATGACTAAATCCAAAATACTAAAAATAATAATAAATTAATTAAAATAAATAAATATAAAATAAAGATAATATATTTAACCTAAGTTATAAGATAGTTTATTTGGTGAAAAAATTTTAAAAATTATAAAAGAAGTTGTGATTTCAATTTTTTTATTAAAAACAATATATTAACTACTAACATTTCCTTATAAAAAACAACTATTAACATCTATAATATCTATAATTATAAATAATTATGTAAAATAAAATATTAGTTCATAATCTTTATTAAGGTTTCTCTATGAAAGGAAAGTATCTATCGATCCCTTTTATTTTAACTTACTTTTTAGTTCTGTTAAACATTATTTCTTTCGCCAAATAACGATAATTTAAGACTTGTTTATAATATAAACACGTCATTTGCAAAACAAACGTACAAATGATTATTTTAATAAATCTATCGGTTGCAAATATAAAAATTCATTTGAGGACGAGTTAAAAACAAAACAATTAATAAAATATTAAAACTATGACAGTTTTGGTAGGACCAATAAAAGTATTATTTGATATAAAATCTAAACGAAACATCGTAAATGATTAAGTGCATAATTTAAGAGTGCTGGTTTAATAATTAAAGACGTGAGGAGAGTTGGCTTAATAATTAAAGTGATGATGCATCTTTTATCTTCACAACTTTTGGGTTCAAAGCTAATCAATCATTCAATAAACTTAATTATCTCTTCAAATAAACTCATTAAAAACAAGATGTTACTTGGGCCAAAATGATACAATATTTAGTTAATAAAAGTTAGTTTGTAACACCAATTATGTAATATTTTAGATATTTATTATAGTTGATAATTTTATGAATAAATAAAGTTAATATAGAAGAGGAGGCAAATGAAGTAATAAATGAAGGTAAAGAGAAAGTGTGTTGCATTATTTAGAGGTTTTGTAATTATGAAGTAGTGCAGTATAAAAAGAAGGGAGATGTGATAATTTTGGTGTAAGTTTGAGTAGACAGAAACATTAGTTTGTTGTGATGTGTGCGTAGAGAAGAGAGTAGAAAGTAGAAACCACCACGTGGTGCGTGGGGAGTGGGGGTTGGTTGGGTGGCACAACATAATGAGAGAGACACAAGGGTGGGGTAAAAGGTAAAAGCAAATGGCAAGACTTGAGAATGTGGGAGAAAGACAAGGGTAAAAGAGGAAATCTTAGTACATAGCTGTCGCTGTCAAACAGACCCGGTTTGTCTCCTCGGAAGTGGATCTTCGCACGTTACGAATACCAATGTAAAGAGACTAATGTACCCAACCCAACACATATGCCCTCACTCACTCCTCACCACCCCAACCTAAATTATCTCAAACTGTAACTACTACTATAATTTTCTTTTCTTTTTTACAAAAATAATTAAATTAAAATTAATTTATATATTTTTTAAAAGAATATTTACAAAATTACCTATTTATAGATATCTTTAATGGACTAAAGATTCAAACTTGTGTGTCTCTGTAAGATATCAACTTTATCTTTACTCATTGTATTGGTCTTTGTTTGTCTTGTTA


Gene Sequence:
>Vu_09010(+)
ACGACCAACTATAACTATTTCTCCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCATTTGGTGCAGGCACTTGATTGGAAGTTGGAAATCAACAAAACTTAACTCTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTGCGCTAGCTCTGGTTAAAATTTTGTTCTTTTCACCGAGGCTGGGAGCTTCTTCTCCTTGGTCCTGCTTTTCTTCCTCCAGTTATCAGCTGCTGTGGCTGAGAGGGGAGGGACTGAATGGTGAGAAAAAATTATAATGTGGTTGCCTCACTTACTTTTTAAGCCATGATAATGAAGTTTTCCTCACTTGGGTGTTGTGAGAATTGGTGCATTTGTTTAGAGGTTTAGGCCGTTACTGGATCTGCATTTGGGGTGTGGGAGGCTTGGGAAAAGGTTGAACTTTGATGGTTTTGAGAGGTGGTAGGTGTGAGCCACATGAAGAACTTGAGGTGGCACAAGCAAATTTCCAACAGTGGCAAGTTGGGGAGAAGGCTTTCACTTGGGGAGTACAACCGCGCAGTGTCATGGTCTAAGTATCTGGTGTCTCCGGGGGCTGAGATAAAGGGAGAAGGAGAAGAAGAATGGAGTGCAGATATGTCTCAGTTGCTCATTGGATCCAAATTTGCCTCTGGCAGGCACAGCAGAATCTACAGAGGGGTTTACAAGCAAAAAGATGTGGCAATTAAGCTCGTTAGTCAACCGGAGGAGGATGAGGACTTGGCTGCTTTTCTTGAGAAGCAATTCACTTCTGAGGTCTCTTTGCTCCTTCGATTAGGCCACCCAAATATCATTACTGTAAGTTTATCTCTCTTCAACTACGTGTTTTCTATCAACATGGATTCATACAATGGGTTCATAGTCATGTTTTTTTGCATATTTTTGTCAGAAGTTTGATCTCGGGGGTGATGTGTAAGAAATAACATGAACTGGTCAGAAGTCTCTTAAACTTCGTCACAAAATATCATGACTTTACCAAAAAAGTACAGAAAAATGAAGTATTTTGTTTTCTTGATTTGTTGTTCTGTTCTTGTGTCTGTGTTATTATTAACATTGGCATAGAATACGAGAGATGATTCTCTTGCTTACGTTGTTAGGAATATTTATTGGTGCCTTTTGAGAGGAAGATGCTGGCCTTCATACTTTGTCTAAATGTCCAATTCTCATTTATTCTTCACCTTTTGAGGATAGCTTCTTTACCCCTTTAATCTTTTCGATGGTTCAGTGGTAAGGTCGTTTTTGTCTTGCAATTCTAACTAGGCGTTGTGAAATTTCGTGAAGGAACTAGAAAGAACAAAAAGCAATCAGTTATCTTCAAAATGAAGTAATGGATTAGTTGGAAAAGTGGTGCAATAGGCTTGCGCTTATGAAGTTAAAACTGCCAAAGGTGCTTTCCAATGCCTTAGTATATCGTTGCATTCCATTTATTGAAAGGTTGAAATTGAACATAAGAGCAGAGATTCGTCTTTGATTTAGGCTGTTTCTTTAGCTAGTCATTTAATTACCCTCTCACCCCAATTATTCCAGAGTCTTGTGGTGGATCTTGTGGTTGATCAAGTCTTGAGTTTTAGGAGCTCTGAGAGACAAGTGTTTTAACTGATTAATGCTTTCTCTAGAAAGTTGATAATGGCCTAACTAACACAGAAAGCAATAAAAGCAGTCATTAATGCTTAGATTTGCTCATTTTAAAGAGAAGAGAATGTTTGAAATACAAGATTTCTGGTGCTGAATATAGAGACATTAACCCTTCATCAGGAACTGTTGACTTTTATTGATGATGCAGTTTATTGCTGCTTGCAAGAAACCTCCTGTGTTTTGCATAATCACTGAATATTTGGCTGGAGGTTCACTGGGAAAATTCCTGCACCACCAGCAACCAGATATACTTCCACACAAACTTGTTCTGAAGTTAGCCCTTGACATTGCACGGGGGATGCAGTATCTTCATTCTCAAGGGATTCTTCATAGGGATCTCAAATCAGAGAATCTCCTCTTGGGGGAAGACATGTGTGTAAAGGTAGCAGATTTTGGTATCTCATGCTTAGAATCTCAGTGTGGCAGTGCAAAAGGATTCACCGGAACATACCGTTGGATGGCGCCCGAAATGATCAAAGAAAAGCATCATACCAAGAAAGTAGATGTGTATAGTTTTGGCATAGTTCTATGGGAGCTTTTGACAGGAAAAACTCCATTTGACAACATGACTCCAGAGCAGGCAGCATTTGCAGTTTCCCACAAGGTTTGCATCAGAATTTACTTAAATTGTTTCACTCACACTCTTATTGTATTTCTTAAAGAAAATAAGTGCTCATTGCATTGACTTGTCTCATAATTAAACATCATATTTACCTAAAAAATTGGTGGTATGCACATGTTGTCTTCTGTCTCAATGTTTCAGTTCTTAGTGGTATAATAGATTGCTTTATTAAATCATTGAATGACACTAGGCATATTCAGTCACTAAATTTATACATGAATCTGGTTAAATCAAGTAATGTTCTCTATCTGTTGTCAAAGGGGAAAACAACAGAATGCCATACCAGATATTTTGTAAAGAAAAATACTAGTAAAAAACTTTCAAACAGAATTTCTGACACATTTTCTTATATAGATTGAAATTCATGTGGGTTCCATTTCTCATTTGATGAGTCTCGTTTTCAAACTAGTTGGACCCACAAGAACTTCATCCCGTGGAGAAGAACGTGCTAGAGAGAAAATGTGTTGGTAACACTGTTCATTGTTGTTAATTTCATGGATGCTGTTAAAGATCTCAATCCAGTCAAGCGAGCTAGAATAAGAAAAAGAAAATAGTTAGAAAGAACTTGAGCACAGAAAAGAGCTTCTTAGAAAGGAATGAAAAACTCCATCTCATCAAAGTAGATTTTGTCAATATATCATTATGATAGTACTATTGAGGATCTATTTCGTTCTCTATTATTCTAAAGTTGTTTTCTTACTGATCCTTTTAGTGGGAACAGTTTGCCATTGTATTATTTGTTTACACGTATATAACATGGGCATGCATGATTATTATCTATGTAACAAAAGTTTATCTTGTTCCTCATATTAAAATCTTTAATATCCACCTTTGTATGCATATATACATATATTTGTATGTTCGTTTTCACTATCTGCTTTAACACTATCATGTCTCTATGCATTCTCTATGCATGCACTTGGCTATATAACCCCATTTTGATGGTTTATGTGCCCCGAATCTTTCTCAAACGTGTTGGCGTGGTGGGCAACAATTATTCTCTGTCTATGATCTTTACAGAACATGTGGTTGTGTTTGTGATATGATAGCCTTGTTTATCCAAGCTCATTTACAACATTGAATTACGATGATAACATTAGATTTTTCTTCATTTTGCCTGACATCTGCATGATGGTTACTTTTCCAACATTTAAGATATGGCATAGTGTTAGATATAACATTATTTAAGAAAATCAATGATTGCTACCACCTCTGCTTCCCTGTCACATGCACACCACATCACAACAAGCTGCCACATAATTGACTCACTAATTGACACAGAAGCTTTTATTTTATTTATTTTTTTTTCTCATTTTTCTGATATTGCTTCCAACCAATCACAGTTGCAAGAAACATATACATAGTCCATTCCAACTTTTCGTTCATTGTCTTTGCACATGCTTCACTATCCTAGAGATATTCTTTGAATCTAAAAAAATGCTTAAAATATACATGCCATTAAGTAAAGGCGGTTTATGTGTGTACTATTTTGCCTTTGATATGTTCCACGTACAGGACTCATGAAACTCAGCAATATAACTTCATATTTCATACATATGTTTCGGAAAATTTAACTTTTTATTTTACAGTTTTACAGTACTACTAGTAAAAAATCATGTTGAATTGAATATGGTTTAAGGCAATTGTTCAACAAACTATGTATGTCTTAGACGATAATATAAAAATAATTTACACCATTAATATATATAAATTATCTAAGGTATGTTTGGATAACTTTTTTTCCAAAAACAAAAATGGAGTAACCCTTATGTAAACTAAAATCAACTTGGGTATAATCTTTTGTTAATTTGTCTAAAAAAGCTAACTTTTAACTTAAGCTAACCCTTATACTCTATAAGGTTTGGTGGGGTTTTATAACTACGAAAGCTTCTCTTATGGATTAAAACTTGCAAAGTTAAGTGGGGTTTTGTATTTTTTTTTTCTATGAATCTTGAAACTGAGTATGATGAATTTTTTGTGTGTGTAGAATGCAAGACCACCATTGCCATGTGAGTGTCCTTGGGCATTTAGTGATCTGATAAATAGATGCTGGTCAAGCAACCCAGATAAGAGGCCTCATTTTGATGAGATAGTTTCCATTTTGGAGTTCTACACAGAATCACTTGATCAGGATTCAGAGTTTTTGTCAACTTACAAACCAAGTCCTAGTAGTAGTAGTAGTAACACTATTCTTGGGTGCCTCCCAAAATGCAATGCACGCCATAAATTTGGTGCTTGCAAAGCTTAGCATTACCAATGGATGCTATTATTTCTCAGTTGTGTGACTATCAAGAATTGTATTATATCAGAACCTATAGGAAGAAAAAAGTTTGTTCAATTAACAAATGCAATTCTCTTCCTCTTCAAGACTAAGTAAGAAAAGACTAAACATGTGTTCCATCCATCAATTGTTTTCATTTCTATAGTAAAGATATATTAATTATTAATGGCTAAATGTATCTTCTTTTTTTACC