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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_08984 LG2 13228253 13230381 PREDICTED: probable inactive receptor kinase At2g26730
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 13228665 missense_variant p.Pro138His
C/T 13228671 missense_variant p.Ser140Phe
C/A 13228971 missense_variant p.Pro240His
T/A 13229133 stop_gained p.Leu294*
T/C 13229137 synonymous_variant p.Asp295Asp
C/A 13229247 stop_gained p.Ser332*
A/G 13229248 synonymous_variant p.Ser332Ser
T/A 13229476 missense_variant p.Asn408Lys
T/C 13229625 intron_variant
C/T 13229879 synonymous_variant p.Gly471Gly
G/A 13229927 stop_gained p.Trp487*

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_08984.1
MSVKLIWVFFNAIFLFLLVANSEEEGTIKALVTFMDKLAPGYVPTDPSWGWNLSSDPCIDKWYGVKCHSDNKYVMSVTLEKFNFGGGFDAGSLCITKSLQMLSLKDNDLHDSIPEDIGNCKSLTHLFLSGNQFSGDLPISIGNLSNIIRLHISDNKLTGELPKMVHVSSLISFVAQNNNFTGEIPSFDFSNLKDFNVSNNNLHGPVPDVGGKFHADSFTGNPNLCGEPLSNACPPPPPPPPPPPPSPPPPHEKDKNSFPNDLFIYSGYLVLGLITLIFLTFKLLCKIKTKEKVLDVEKKEKAEESVGVVGMASEISHSNGSKKYIGIRSEYSLTSLESGMTTSGLVLLSSRTLRGLQFEDLLGAPAELIRRGKHGSLYKVMLDNGVQLAVKRIKDWGISKQDFQTRMNLIAQAKHPRVLPPVAYYCSQQEKLLAYEYMQNGSLFMLLYAGSESGLTFDWGRRLNVAAKIVSALTYMHEEFVDNGIAHGNLKSNNILFDKNMDPCISEYGLMMAENYDEFVISHNKGIKSKDLIAATFKADVYALGMILLELLTGKVIKNDGFDLVKWVDSVVREEWTIEVFDKSLISQGASEERMMNLLQVALKCLNPSPNDRPSMSQVAVMTNALIEEEEKSISFDT*


CDS Sequence:
>Vu_08984.1
ATGAGTGTAAAACTCATCTGGGTATTCTTCAATGCCATCTTTTTGTTTCTTCTAGTGGCCAATTCAGAAGAAGAAGGGACGATCAAGGCCCTGGTCACATTCATGGATAAATTGGCACCAGGGTATGTACCAACAGACCCTTCGTGGGGTTGGAACCTTTCGTCAGATCCCTGCATTGATAAGTGGTACGGTGTGAAGTGCCATTCAGATAACAAATACGTTATGAGTGTGACTCTTGAGAAGTTCAATTTTGGTGGAGGTTTTGACGCCGGTTCTCTTTGCATTACAAAGTCTCTTCAAATGCTTAGCCTGAAGGACAACGATTTACATGATTCGATACCAGAGGATATAGGAAACTGCAAGTCATTGACTCACTTGTTTTTAAGTGGGAACCAATTCTCTGGGGACCTTCCTATTTCTATTGGCAATCTAAGTAACATAATACGGCTTCATATTTCGGATAACAAGTTAACTGGAGAGCTACCTAAAATGGTTCATGTTTCAAGTTTGATATCCTTCGTTGCTCAAAACAACAACTTCACTGGGGAGATTCCTAGTTTTGACTTCTCCAACCTTAAAGACTTTAATGTCTCTAATAACAATTTACATGGTCCAGTTCCTGATGTCGGAGGTAAATTCCATGCAGACAGCTTTACTGGGAATCCTAACTTATGTGGGGAGCCACTTTCAAATGCATGTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCATCACCACCACCACCACATGAAAAGGACAAAAACTCGTTCCCTAATGATTTATTCATTTATTCAGGTTACTTAGTCCTTGGTTTGATTACGCTGATTTTCTTGACCTTTAAACTGTTATGCAAGATCAAGACTAAAGAAAAAGTGTTGGATGTTGAAAAGAAGGAAAAGGCAGAAGAAAGTGTTGGTGTTGTTGGCATGGCTAGTGAAATATCCCATTCCAATGGATCAAAGAAGTACATTGGGATCAGATCGGAGTATTCATTGACATCTTTGGAAAGTGGGATGACAACATCAGGTCTTGTTCTTCTTTCAAGTCGAACCCTTAGAGGATTGCAATTTGAGGACTTGCTTGGTGCTCCTGCCGAATTGATTAGAAGGGGAAAGCATGGAAGCCTCTACAAGGTTATGCTCGATAATGGGGTGCAGTTGGCAGTGAAGAGGATTAAGGATTGGGGGATTTCTAAGCAAGATTTTCAGACAAGGATGAATTTGATAGCCCAAGCCAAGCATCCACGCGTATTGCCACCTGTTGCATATTATTGTTCTCAGCAAGAGAAGCTCCTAGCATATGAATATATGCAGAATGGTAGTCTCTTCATGTTGCTCTATGCTGGATCTGAAAGTGGCCTCACGTTTGACTGGGGAAGAAGACTAAATGTTGCTGCTAAGATAGTTTCGGCTTTGACATATATGCATGAGGAGTTTGTTGATAATGGAATAGCACATGGTAACTTAAAGTCAAATAACATTTTGTTTGACAAGAATATGGATCCATGCATAAGCGAATATGGCTTAATGATGGCAGAAAATTATGATGAGTTTGTCATTTCGCATAACAAAGGCATCAAAAGCAAAGATCTAATTGCAGCCACCTTCAAAGCTGATGTGTATGCCTTGGGTATGATACTTCTGGAGCTGTTGACAGGGAAAGTGATTAAAAATGATGGATTTGATCTAGTTAAATGGGTGGATTCAGTGGTCAGAGAGGAATGGACCATTGAAGTTTTTGACAAGTCCCTAATCTCACAGGGTGCTTCGGAAGAGAGGATGATGAATCTGTTGCAGGTAGCATTAAAATGCTTAAATCCATCTCCAAATGACAGGCCAAGCATGAGCCAAGTTGCAGTGATGACAAATGCTTTGATAGAGGAGGAAGAAAAATCCATATCCTTTGACACATGA


Promoter Sequence:
>Vu_08984::LG2:13226253-13228253(+)
GACTTGGATTAAATTGAATTAATTGAATATTTTTTTATAAAAGTTGTAATTTGAAAACCATTTTTTTTGTTATATTTTTAGAATAATTTATTTAAAATGGATTATATTATATTGAATATTTGAAGAGTTGAATAATTTAACATTAAAAAATATGCATATAATTAGTAAAATAATATAATAGTATTATTATTAATATTATTCAATATTTTCTTTTGTGAATTTCGTTAAATCTCATATTAAGTATACAAAACCTCACCCAATTAGTAGGGGATGTTGTTAGATTAGGCTGGATTTGATTTGACTTAATTTCAAAGCAAACCCAGTTTAATTATTTAGGATTGATTTGAAAATAAATATAAGGTTTAATCCTTTTCGACATCCCTATTTATGTATGAATGTCTCAATTGGGTCCTCGTTTTCTAAAGAGTATCAAAATGGTCCTTAATTTTGAAAATTGATATCAATTGAGTCCTTTCCGTTAAGTTGGCTGGACGGCGTTAAAAAAATTGATGAGTGGATGCTGATATGACGAACGAACGCTCGTCCACCAGCGAACGAACGTTCGTCGACCACCGAACGAACGATCGTCCAGTGTGGAACGAACGGTCGTCCAGCAGTAAGAGGTCGACGAGCGTTCGTTCTCTGGTGGACGAGCGTTCGTTCACTGGTGGACGAGCGTTCGTTCACTGGTGGACGAGCGTTCGTTCGCTGGTGGACGAGCGTTCGTTCGTCATCTCAGCATCCACTCATCAATTTTTTTAACGCCGTCCAGCCAACTTAACTGAAAGGACTCAATTGATATCAATTTTCAAAATTAGGGACCATTTTGATACACTTTAAAAAACGAGGACCCAATTGAGACATTCGTACATAAATAGGGATGTCGAAAAGGATTAAACCTAAATATAACGAAGACAGTTAAGAAATACTAAAAAACTATTAAAAGAGATGAGTTTGGAAAAATGTAAAAAATATATTTTTATGATAAAAAAATATTGTTATTTCATTTGACAAAACATTAAAAAAAATTCATTTTCCATTATTTTAAACAGGTTAACATTTTTTGTCTAAAAAATAATTTATAGTGCTTGAAAATAAAAATAAAAATAATTATAGTATTTCTTTTATGTCTATATAAAGTATATATGTTTGCTAATTTACGTTTCTGTTTGAAAAAAATATTTTTATATATTATTGATTCTAAATTTTAAGATTAAAAATATTTGAATAATTTTTGATTTTTTAATTTTTAATTTTAAATTAAAAAAAAGTTATAAAATTATTTTTTATGTTTAAAGTATGTTTTCTAATGAATAATATTTTTTTTATTAATTAAAATTTGATACACTTTAAAAAGGTTATTAATTTAACAAACTCTTATATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGGAATAAATACAAGACCATTGTTGTTATTGTAATTCTAATAATGAAAATTGCAGAATTACCTTTTAACAACATTGAAGTATTAGTTAGCAACAGATACAGAACAAGTGGTCCGAATTTTGGTGTTGAAGGCTTGAAGCGCCTCGTACGTGGTGCACCGATTACGTGCTACTATTCGCATTCGAGCGAAGTAATGGGATTCGTAAAGTTGAAAAATTAGAGTGAAAGCATCATAAAGCAATAGTAAAAGGAGTGGAGAAAAGCATTGAGAGAGACGTGCGAGCTAGTAGTGCCACTGTGACCATTTCAAAATGCCGGCTGCAAAAGCTACTGTTCTGCCCTTTGGCTCGTTTCCAAGGGTTCTCAACGTCAATGTCATCCACAATACTACACAAGATGATTGTTTCGTATCTCCATTTGGCAATGTAATTTGATGCCTTTGCACATTGCATCTTATTTACTACAATACAGTTCAACCAATTTCCCTATTTTGATCATCCAAACCGCGACAGAGTATACTTTGAAACCAAAAATATAGGCACCAAACACAGTAAAAA


Gene Sequence:
>Vu_08984(+)
ATGAGTGTAAAACTCATCTGGGTATTCTTCAATGCCATCTTTTTGTTTCTTCTAGTGGCCAATTCAGAAGAAGAAGGGACGATCAAGGCCCTGGTCACATTCATGGATAAATTGGCACCAGGGTATGTACCAACAGACCCTTCGTGGGGTTGGAACCTTTCGTCAGATCCCTGCATTGATAAGTGGTACGGTGTGAAGTGCCATTCAGATAACAAATACGTTATGAGTGTGACTCTTGAGAAGTTCAATTTTGGTGGAGGTTTTGACGCCGGTTCTCTTTGCATTACAAAGTCTCTTCAAATGCTTAGCCTGAAGGACAACGATTTACATGATTCGATACCAGAGGATATAGGAAACTGCAAGTCATTGACTCACTTGTTTTTAAGTGGGAACCAATTCTCTGGGGACCTTCCTATTTCTATTGGCAATCTAAGTAACATAATACGGCTTCATATTTCGGATAACAAGTTAACTGGAGAGCTACCTAAAATGGTTCATGTTTCAAGTTTGATATCCTTCGTTGCTCAAAACAACAACTTCACTGGGGAGATTCCTAGTTTTGACTTCTCCAACCTTAAAGACTTTAATGTCTCTAATAACAATTTACATGGTCCAGTTCCTGATGTCGGAGGTAAATTCCATGCAGACAGCTTTACTGGGAATCCTAACTTATGTGGGGAGCCACTTTCAAATGCATGTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCATCACCACCACCACCACATGAAAAGGACAAAAACTCGTTCCCTAATGATTTATTCATTTATTCAGGTTACTTAGTCCTTGGTTTGATTACGCTGATTTTCTTGACCTTTAAACTGTTATGCAAGATCAAGACTAAAGAAAAAGTGTTGGATGTTGAAAAGAAGGAAAAGGCAGAAGAAAGTGTTGGTGTTGTTGGCATGGCTAGTGAAATATCCCATTCCAATGGATCAAAGAAGTACATTGGGATCAGATCGGAGTATTCATTGACATCTTTGGAAAGTGGGATGACAACATCAGGTCTTGTTCTTCTTTCAAGTCGAACCCTTAGAGGATTGCAATTTGAGGACTTGCTTGGTGCTCCTGCCGAATTGATTAGAAGGGGAAAGCATGGAAGCCTCTACAAGGTTATGCTCGATAATGGGGTGCAGTTGGCAGTGAAGAGGATTAAGGATTGGGGGATTTCTAAGCAAGATTTTCAGACAAGGATGAATTTGATAGCCCAAGCCAAGCATCCACGCGTATTGCCACCTGTTGCATATTATTGTTCTCAGCAAGAGAAGCTCCTAGCATATGAATATATGCAGAATGGTAGTCTCTTCATGTTGCTCTATGCTGGTAAGTGGTAACTTCTAAGCAAAATAAGTGTCGTTACAATCATTTTACATTGCAAGTAATGAAGCATGTGTGACCATAGTTTGACATATTATATAACTAGTCTGTGCTAAATGGAAACACTATTAAATTAGGAAAAAAGTGCCTGAGATATGAAAACTAAAATTCCGTTGCCAAACTAACCAAATGTGTTTCTTCACCTTGAATGATTTTAGGATCTGAAAGTGGCCTCACGTTTGACTGGGGAAGAAGACTAAATGTTGCTGCTAAGATAGTTTCGGCTTTGACATATATGCATGAGGAGTTTGTTGATAATGGAATAGCACATGGTAACTTAAAGTCAAATAACATTTTGTTTGACAAGAATATGGATCCATGCATAAGCGAATATGGCTTAATGATGGCAGAAAATTATGATGAGTTTGTCATTTCGCATAACAAAGGCATCAAAAGCAAAGATCTAATTGCAGCCACCTTCAAAGCTGATGTGTATGCCTTGGGTATGATACTTCTGGAGCTGTTGACAGGGAAAGTGATTAAAAATGATGGATTTGATCTAGTTAAATGGGTGGATTCAGTGGTCAGAGAGGAATGGACCATTGAAGTTTTTGACAAGTCCCTAATCTCACAGGGTGCTTCGGAAGAGAGGATGATGAATCTGTTGCAGGTAGCATTAAAATGCTTAAATCCATCTCCAAATGACAGGCCAAGCATGAGCCAAGTTGCAGTGATGACAAATGCTTTGATAGAGGAGGAAGAAAAATCCATATCCTTTGACACATGA

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