Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_08811 LG2 10822743 10827586 PREDICTED: two-component response regulator ARR12-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09132 Signal transduction   C 04075 Plant hormone signal transduction [PATH:ko04075]
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 10822958 5_prime_UTR_variant
C/A 10822979 5_prime_UTR_variant
G/A 10823030 5_prime_UTR_variant
G/A 10823299 missense_variant p.Val22Met
C/T 10823445 intron_variant
T/C 10823606 intron_variant
T/A 10823734 intron_variant
C/T 10823739 intron_variant
T/C 10823839 synonymous_variant p.Asp76Asp
G/A 10824000 intron_variant
A/G 10824093 intron_variant
G/A 10824107 intron_variant
T/C 10824138 intron_variant
C/A 10824270 synonymous_variant p.Arg141Arg
T/C 10824434 synonymous_variant p.Asp195Asp
T/C 10824512 synonymous_variant p.His221His
C/T 10824526 missense_variant p.Ala226Val
C/T 10824529 missense_variant p.Ala227Val
C/T 10824699 synonymous_variant p.Asp243Asp
G/A 10824796 intron_variant
T/C 10824842 intron_variant
A/T 10824862 intron_variant
A/C 10824893 intron_variant
T/G 10824910 intron_variant
A/G 10824918 intron_variant
T/G 10824919 intron_variant
C/T 10825273 synonymous_variant p.Ser325Ser
G/A 10825277 missense_variant p.Ala327Thr
G/T 10825330 missense_variant p.Gln344His
C/G 10825332 missense_variant p.Thr345Ser
G/A 10825347 missense_variant p.Ser350Asn
C/G 10825404 stop_gained p.Ser369*
C/T,G 10825445 stop_gained p.Gln383*
T/A 10825448 missense_variant p.Ser384Thr
C/A 10825449 missense_variant p.Ser384Tyr
G/T,C 10825458 missense_variant p.Ser387Thr
C/T 10825459 synonymous_variant p.Ser387Ser
T/C 10825463 missense_variant p.Cys389Arg
T/C 10825579 synonymous_variant p.Cys427Cys
G/C 10825672 synonymous_variant p.Ser458Ser
G/A 10825696 missense_variant p.Met466Ile
G/T 10825958 stop_gained p.Glu554*
T/A 10826184 stop_gained p.Leu629*
C/T 10826569 3_prime_UTR_variant
G/C 10826605 3_prime_UTR_variant
C/T 10826608 3_prime_UTR_variant
C/A 10826833 3_prime_UTR_variant
A/T 10826949 3_prime_UTR_variant
A/C 10826960 3_prime_UTR_variant
C/T 10827326 synonymous_variant p.Cys676Cys
G/A 10827331 stop_retained_variant p.Ter678Ter
T/A 10827459 3_prime_UTR_variant
G/A 10827467 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_08811.1
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>Vu_08811.2
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CDS Sequence:
>Vu_08811.1
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>Vu_08811.2
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Promoter Sequence:
>Vu_08811::LG2:10820743-10822743(+)
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Gene Sequence:
>Vu_08811(+)
ATGTCACACTGGCATTGGCGTGAAGAGGAGAGAGAAATTGGGGAATGTCATGAATTAAAAACTAGAGAGGGTGGAAGCAAGCTGCATTATTGTATTGTATTTTGCATTTGCATCAGCGATTAACTAATAATTAAAGTCAAAGGCTTTTTTTCCCTGTTTCTTTGGTAGAAAAAGTGAAGGACAAATAACAGAGGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGATGAAGAGAGAGAGATTTCACTCAAATACTAAATAATTTATGTTTTTGTTTTGCTGGCTTCAAATCCATCACTGTCCATTTTCTACAGGTTTCGTAACCTTGTTCCAGTTCCGCATTTTTTTCCCCTTTCTTTCTTGCCCTTTTGATTCTTGGTGAAAGAGAGGCCTTGGGAACAAAGTTTCCGTTTTCAAGATTGAAGCTTTTGGGTCTGTGAGTTCTGATCTCTGCATAAGAGTCCTGTTGTTTCATCTGGGTGTGTTGGTTTGCTTCTGGCTCGACATGGCTGTGGAAAATCCAAGGGATCATTTGGGGGATGAAGATGGGGGTGGTGACCGTTTTCCCGTGGGTATGCGTGTTCTGGCAGTGGATGACGACCCACTTTGTCTCAAAGTGTTGGAGAATCTGCTTCGCAAATGCCAGTATCAGGGTTCGTTGCTTTTAATCATTTTTGTTAAGCAAAAATTTGTGTGTCCTCAACTTAGGCACAGCTAGGCTTGCCCTGTAAAAACTGACATTGCGTATGAATACAGTGTTTGGTGTTTTGTATGTATTGACCTTACTTTTTGGTTTTTGTTTTTCTGCAAGATATAAAAATTCTTACTTCTCCTAAAGTTGAAGGCTTTGGTACGAATTTGAATATTTTCTTGAATGAAGTTCTTGGATTCTTACATTTAGAGCTATTAGTTGACCAATCTGTGTAGGCCCTGGTTATGGGGGGCATTGATCTGCTTTGATGGTTTATGATGTCTTTGACTTTGCCAAATCTCATATCTGATTTGTTGCTTTTGTTGCTGTTGTTGCAGTTACTACAACTAATCAGGCAGTCGAGGCTCTGAAAATGTTGAGGGAAAACAGAAACAAGTTTGACCTTGTAATCAGCGATGTGAATATGCCTGACATGGATGGATTTAAGCTCCTTGAGTTGGTAGGACTTGAAATGGACCTCCCTGTCATCAGTAAGTTCACACTTCTTTTAACTTATGATGCATTTGACCTGAGTTTTTCCTAACCATATTATGAGGGTTTGGTGTATAATCGATGAAGGTTATCCCATTTACAACTCAACTTGTTTAAATAGTGTTCCTTTTGTTTTCCCCAAAATTAGGGAGTTTAATTTTTATCATCCAAATCTAACTATAATGGGTTGAATGTATTGTTGACTGACATAAGTTATTATTGTTTATGATGTTCCAGTGTTGTCAGCACACAGTGATACAAAGCTGGTGATGCAGGGTGTTACACATGGGGCTTGTGACTATTTACTGAAACCTGTTCGAATTGAAGAGCTGAAGAACATATGGCAGCATGTGGTCCGAAGAAAGAATTTTGACGGCAGGGATCAGAGCAAGGCTTCCAATGATGAAAAGGCTCTGAATATTGCTGGGGAAGGTAGCCTAAGCCTAAGATCAGAAAACAGTGCTGACCAGAATAAAAGGCTTGGTAAAAAAAGGAAGGACCAGAGTGAGGAAGAAGAAGATGATGGGGAAGGGAATGGAGATGATGATGACCCCTCAGCACAGAAGAAACCTCGTGTTGTTTGGTCTGTTGAGCTGCATAGAAAATTTGTTGCTGCTGTTAATCAACTTGGCCTAGAAAGTAAGTTAGTGAAAGCAAAAGATAAGGTTCCCAATTTGTTAGACTTCAGTTCATTATAACTTCATATCTCAAAATGAGTACTATAATCCCTGGTGCCATGTTTATTCACCTTTTACTGCAGAGGCTGTTCCCAAGAAAATTCTTGACCTGATGAATGTTGAAGGGCTTACCAGGGAAAATGTGGCAAGCCATCTACAGGTATAGGTTTTGTAGCTATTATTATAATTGTTTGATTCAGTTGTTGACAGATCAAGGATGCAAAATCTTCTAGATCAGATGATTCTTTAAATTTTTTGTGATGAAAGTATTATGAAAAAGAGTTTGTACAGCGAAATAGTAAATCTGGGAAAGTGTATATCAATGTCATCTATGAAAGTGTTAAAACTTTTACTTCAACTTGATTGAAAGATCCTCTCAGTATAATGAAAGTTTTAAGACTTTTGCACCTATGTGTGTTTGGCTTACTTGACAAAGTATACATTTAATTCTGTGCCATATTTTTCTTGCTGTTCATTCTGTGTTGCAGAAGTATAGACTCTATCTGAAAAAGGCAAACCATCAAGCTAACATGGTTGCTGCATTGGGTGGTAGTGATTCTTACTTACGAATGGGTTCAATCGAAGGATTTGGAGATTTTTGCACCGCTTCTGGTTCTGGAAGGATCTCAAACACTACATTACCATCATATGCATCTTCTGGAATTTTCAGTAGGCTGAATTCCCCAGCTGGATTGAACATGCGAGGAATCAGTTCTTCTGCACTTATCCGTCCTGTTCAGACTCAAAACATCAACAGCTCCTTAAACGCACTTGGAAACATTCAGCCATCAATTTTTTCTGCAAATCAGAGCTCAAGTTTGTTACAGGGCATTCCAACATCAATTGAGCTTAACCAATCTAAGCAAAGCAACTGTTCAACCGGTTTATCGCAGCTAAGCCAAGTTGATTCAAGTGCATTTACAGTTGCCTCTGGTTTCCCAGACAGTAGGGCTACTACAGTTAATGGTCCAAACAATTCTCTATCATGTGGCTCAAATAATCATATAATCTTACAAGGAAATCCACAGCAAACACATGGCCCTGGAACATTTAGAAATCAGTCTTCTGTTAGAGCAGCTTCGTTGAATGCAGAATCTTTTGGCATGGGTGGTTCTTCTAATATGTTGGATTATAATCGATGCAACAAAAACTGGCAGAATGCGGCACAGCTATCCAAATTTCCGTCCAATTCCTTGCCATTGTGTGAGGCTTTCAGCAATGACCAACTGCCTCCCACTAGCATCAATGTTTCCAACTCAGGTACTCATATTGGCAACAGTCCGATTGATTTTTCTTCCAGAATGGCAATGACTGTTCCTTTGGAAGATGTACAGCCTTTAAGCTACACGCCACAACAAAGATGGGAAGAACATAAATCGGATTATGACCAAAACTTGAGTCGACCCTTCAATCCTGTAAATTCATATGCTTCTTCCAGTGCAGCAACAACTTCTATGGGGCATGGCTTAAATCACAATAACACAATTTGTAGCAATAGAATTAATGCATCTTTGGTTGGTCCATGCACTGAAGTTGATAAATTCTCTTCTGACATTCCACTGAAGTCGAATGAAGCCTACATTTTGGAGCAATTAAAGTCCCAAGAAGGATTTATGCAGAATACTTTTGGTACCTTGGATGACATAATGGGTGCAATGGTCAAAAGGGTATGATCAAATAGCCTACTCTTGTTTGTTCCATTCTTTAAAGGAAACCATCATGTTTCTTCCCCTCTTTCAAATGATTTTCTTTTCGCATTTGATCATAAAGGATCGGTTTTTAGATTACCATAATAAAAGCACAGTTGACTATTTTAACAGGAACTACAAGATCACCCCGTTCTTTTTGGGGTGGCAAGATCACACTATTCGAGTCTTTTTTTCATGCTTTTCTGGGCTTCTGACTGTTTCTTATTTATGTTTGTGTAGCTGCTGTGCTTTTGTCAACTTGATCTAGATAATCAACAACTTAATTTTATCAGTTAAATCTACCCTTCAGAAATACTTCAAAAATTGAACATAACTAGTAAATGTTTGTTTTCTATGAAGTTTTGTTAGACTGTAAAAATAATACACTTTGCCTGGTTTTTATTTTATCTAGCAATGCCATTTTGCAGTTACTTTTTTAACATATAGGATGACTTTTTCATATGCAACGGAAAATGTGAAGGTTTATGCAGTTTATATATGCAGTAAATAAGATTTTAGGTTGAGCCTCGTGTCATTCGTTACATATTTTTGATCTAGCTCGTATTAAAAGGAAATGAATGTTAGGTTCTTAACTGTGCAACTTTTTCTGTAGTTTTGCTCTTTTGAAATGAATTAGCAAATCTTGCAAAGTTAAGGCAAACCAGTGTCAATTCAGTTAAAAAGCACATGAGAAATCAAGTGGTAGATCATTATATAAAATATTACCAAATGTAATCACATAATCTGCAGTTATATATGGGTCATTTACATTTCTCGCATAAACTTTATCTAAACTACCATCCTCTCAAACTATGCTGCATAATTTACAATCAACCATTCATTTGTTGAGGTTGAGGTAGGTTTAAGTACATATACAACAAGTTATATCCTTTGGTTTCTTCATTAAGTTATCTCCCTAAGAATTTATATAATTTGTATCCTTTGTTAAACCATTTAAGGCAAGACTACTATGATGCAGGAACAAAATGAGTTAACGTTGTTGGATGGAGAAATTGGATTTGATGCCTCCTACCCTGTTGGATCATGCAACTGATTTCTTATTCAGTTTGAATTCAGGACCATTTATCTGTCTCTGGAGCTGATTGATTGTGTAGTTTCTTTGATGTACTTATTTTCATGTTCTGCCACTAAATTTATTGTCATGGTCAACATTGTTTCTTTACTTGAGGACTCGTGTTAGCCATTATCTGTTCTATCTTGTTTTCAATCTTGTAGTGCATAAAAATTTTCTGTATTGGTTTAGATAAAATAATTGTAATATGAATGTGTTTCTTGGTGCTCTCTCTC