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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_08534 LG2 7305219 7336809 hypothetical protein
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   lateral root morphogenesis, response to auxin, response to auxin, lateral root morphogenesis, lateral root morphogenesis
Cellular Component   located in   cortical microtubule, plasmodesma, plasma membrane, phragmoplast, nucleus, preprophase band, cortical microtubule, preprophase band, cortical microtubule, preprophase band, cortical microtubule, preprophase band, phragmoplast
Molecular Function   enables   protein binding, protein binding
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 7305385 missense_variant p.Phe1629Tyr
T/G 7305449 intron_variant
G/T 7305511 missense_variant p.Pro1622His
C/A 7305752 missense_variant p.Cys1573Phe
T/C 7305757 splice_region_variant&synonymous_variant p.Val1571Val
T/A 7305823 intron_variant
A/T 7305825 intron_variant
G/A 7306218 intron_variant
G/A 7306253 intron_variant
G/A 7306596 intron_variant
T/C 7306814 intron_variant
A/T,* 7306904 intron_variant
T/A 7307068 intron_variant
A/G 7307077 intron_variant
C/G 7307086 intron_variant
A/G 7307087 intron_variant
A/T 7307093 intron_variant
G/A 7307418 intron_variant
A/T 7307564 intron_variant
A/T 7307690 intron_variant
C/T 7307691 intron_variant
C/A 7308393 intron_variant
G/T,A 7308394 intron_variant
G/T 7308417 intron_variant
G/A 7308539 intron_variant
C/T 7308557 intron_variant
A/G 7308585 intron_variant
T/C 7308596 intron_variant
T/C 7308798 intron_variant
A/G 7308825 intron_variant
C/T 7308826 intron_variant
C/T 7308834 intron_variant
G/A 7308869 intron_variant
C/A 7309034 intron_variant
G/A 7309175 intron_variant
C/T 7309196 intron_variant
T/C 7309257 intron_variant
T/C 7309275 intron_variant
A/G 7309277 intron_variant
G/T 7309304 intron_variant
C/A 7309319 intron_variant
A/C 7309320 intron_variant
T/C 7309335 intron_variant
G/A,* 7309368 intron_variant
C/T,* 7309415 intron_variant
G/T 7309902 intron_variant
A/T 7309928 intron_variant
A/G 7310035 intron_variant
T/A 7310431 intron_variant
T/A 7310499 intron_variant
A/C 7310506 intron_variant
A/T 7310511 intron_variant
G/T 7310821 intron_variant
A/T 7311149 intron_variant
G/T 7311154 intron_variant
T/C 7311292 intron_variant
A/C 7311293 intron_variant
T/A 7311403 intron_variant
G/T 7311410 intron_variant
A/T 7311601 intron_variant
T/C 7311604 intron_variant
C/T 7311614 intron_variant
T/C 7311708 intron_variant
G/A 7311789 intron_variant
A/G 7312193 intron_variant
C/T 7312194 intron_variant
A/G 7312224 intron_variant
C/T 7312260 intron_variant
G/A 7312276 intron_variant
C/A 7312278 intron_variant
G/A 7312282 intron_variant
G/A 7312342 intron_variant
G/A 7312379 intron_variant
T/A 7312380 intron_variant
G/T 7312421 intron_variant
T/A 7312789 intron_variant
G/A 7312875 intron_variant
G/C 7313060 intron_variant
G/T 7313066 intron_variant
C/T 7313096 intron_variant
G/A 7313148 intron_variant
G/A 7313195 intron_variant
G/A 7313223 intron_variant
C/T 7313224 intron_variant
T/A 7313237 intron_variant
G/A 7313263 intron_variant
G/A 7313309 intron_variant
C/A 7313641 intron_variant
A/C 7313749 intron_variant
T/C,* 7313784 intron_variant
C/G 7313853 intron_variant
T/C 7313856 intron_variant
G/A 7313857 intron_variant
G/A 7313870 intron_variant
A/G 7314032 intron_variant
C/A 7314259 intron_variant
T/A 7314366 intron_variant
C/T 7314520 intron_variant
A/T 7314751 intron_variant
G/A 7314940 intron_variant
A/G 7314991 intron_variant
C/A 7315136 intron_variant
T/A 7315419 missense_variant p.Arg1486Trp
T/A 7315475 missense_variant p.Lys1467Met
A/T 7315517 splice_region_variant&intron_variant
A/T 7315551 intron_variant
G/T 7315743 intron_variant
A/T 7316433 intron_variant
T/C 7316509 intron_variant
T/C 7316870 intron_variant
G/C 7317290 intron_variant
C/A 7317291 intron_variant
G/A 7317330 intron_variant
T/A 7317496 intron_variant
A/T 7317497 intron_variant
C/A 7317505 intron_variant
C/T 7317571 intron_variant
T/G 7317625 intron_variant
G/C 7317832 intron_variant
T/A 7318022 intron_variant
C/T 7318036 intron_variant
T/A 7318157 intron_variant
C/T 7318158 intron_variant
C/A 7318211 intron_variant
G/T 7318221 intron_variant
A/G 7318239 intron_variant
C/T 7318436 intron_variant
A/T 7318438 intron_variant
A/C 7318443 intron_variant
T/A 7319284 intron_variant
T/C 7319297 intron_variant
T/A 7319322 intron_variant
G/T 7319405 intron_variant
G/A 7319595 intron_variant
A/G 7319614 intron_variant
C/T 7319624 intron_variant
G/A 7319631 intron_variant
C/T 7319644 intron_variant
G/A 7319660 intron_variant
C/T 7319675 intron_variant
G/C 7319727 intron_variant
G/A 7319736 intron_variant
A/G 7319747 intron_variant
G/A 7319791 intron_variant
T/G 7319817 intron_variant
T/C 7319820 intron_variant
C/T 7319831 intron_variant
G/T 7319945 intron_variant
A/T 7320146 intron_variant
T/A 7320165 intron_variant
T/A 7320169 intron_variant
A/C 7320170 intron_variant
A/T 7320281 synonymous_variant p.Ser1148Ser
C/G 7320298 missense_variant p.Ala1143Pro
T/A 7320514 stop_lost p.Ter1100Leuext*?
A/T 7320575 intron_variant
A/T 7321501 intron_variant
A/G 7321698 intron_variant
G/A 7321705 intron_variant
G/A 7321728 intron_variant
G/T 7321906 intron_variant
A/G 7322080 intron_variant
A/G 7322139 intron_variant
A/T 7322445 intron_variant
A/G 7322665 intron_variant
A/G 7322675 intron_variant
A/T 7322680 intron_variant
T/A 7322947 intron_variant
A/T 7322980 intron_variant
A/G 7323103 intron_variant
A/C 7323343 intron_variant
C/A 7323361 intron_variant
A/G 7323581 intron_variant
A/T 7323605 intron_variant
G/T 7324126 intron_variant
T/A 7324159 intron_variant
C/A 7324252 intron_variant
G/A 7324500 intron_variant
C/T 7324718 intron_variant
G/T 7324864 synonymous_variant p.Ser870Ser
A/T 7325117 missense_variant p.Val838Glu
T/C 7325218 intron_variant
T/C 7325262 splice_region_variant&synonymous_variant p.Gln829Gln
A/T 7325268 missense_variant p.Asn827Lys
T/C 7325321 missense_variant p.Thr810Ala
T/A 7325326 stop_lost p.Ter808Leuext*?
A/T 7325327 stop_lost p.Ter808Lysext*?
A/G 7325790 intron_variant
T/A 7325978 intron_variant
G/C 7326470 intron_variant
T/A 7326915 intron_variant
A/T 7327253 intron_variant
T/A 7327254 intron_variant
T/A,* 7327808 intron_variant
G/T,* 7327810 intron_variant
T/C 7328282 intron_variant
T/A 7328284 intron_variant
A/T 7328291 intron_variant
G/T 7328849 intron_variant
T/A 7329223 intron_variant
T/A 7329602 intron_variant
T/A 7329607 intron_variant
A/G 7329959 intron_variant
G/T 7330245 missense_variant p.Asn464Lys
T/G 7330847 intron_variant
G/A 7330850 intron_variant
G/A 7330927 intron_variant
G/A 7331778 intron_variant
C/T 7331789 intron_variant
T/A 7331790 intron_variant
G/A 7332375 intron_variant
A/T 7332389 intron_variant
A/T 7332532 intron_variant
C/T 7332589 intron_variant
T/C 7332620 intron_variant
A/T 7332642 intron_variant
A/T 7333033 intron_variant
G/A 7333100 intron_variant
T/A 7333101 intron_variant
G/A 7333136 intron_variant
C/T 7333582 intron_variant
G/T 7333664 intron_variant
G/C 7333687 intron_variant
C/T 7333723 intron_variant
C/T 7333797 intron_variant
G/A 7333889 intron_variant
C/A 7334432 intron_variant
A/T 7335013 intron_variant
T/A 7335078 intron_variant
T/C 7335134 intron_variant
A/T 7335323 intron_variant
C/A 7335329 intron_variant
G/C 7335352 intron_variant
C/T 7335354 intron_variant
G/T 7335355 intron_variant
C/T 7335562 missense_variant p.Gly266Arg
T/C 7336635 missense_variant p.Thr59Ala
C/A 7336641 missense_variant p.Ala57Ser
A/T 7336690 synonymous_variant p.Gly40Gly
G/T 7336694 missense_variant p.Pro39His
C/T 7336701 missense_variant p.Ala37Thr
G/T 7336705 synonymous_variant p.Thr35Thr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_08534.1
MDVSSEPSGEDVAPEKPLSSSKKSVPEVSKRAAKTAAEPGGAAKRKVEPRTGSSAGAGTVAARRSGLIGGSASSVSALRRNSTGGLSQKSSISVAGRKASAESVGGGKSSVSSASEPIRKSLPELRRNSVTSSRAGAAANPVAASPVGSASRTSGTSKAEVARKPVSKLALSGSGSASSVSRRISSSSVDSTASSGGSARRTVSRVSSPTVSSGLKAGSLSTSQDRASALSGRRKGGTPDSRDSKFIALPHVEIKANDDLRLDLRGHRVRSLTASGLNLSSNLEFVYLRDNLLSTLEGVEILTRVKVLDLSFNDFKGPGFEPLENCRVLQQLYLAGNQITSLASLPQLPNLEFLSVAQNKLKSLAMASQPRLQVLAASKNKISTLKGFPYLPVLEHLRVEENPILKMLHLEAASILLVGPTLKKYNDRDLSREEVALAKRYPAHTALCIRDGWDFSRPEQAADSTFRFLVEKWKDHIPPGFLLKEASIDKPVEEDVCRCHFAIIPDGAASTGPPLDLKYQWFCGDLSLSNFAPIPDATSEVYWPKHDDIGKVLKVECTLTLEEMTYPPIFAISPRISRGNGIPKVVDLEVHGELVEGSIIRGCAKVAWCGGTPGKGVASWLRRKWNSSPVVIVGAEEEEYKLTIDDVDSSLVFMYTPVTEEGAKGEPQYKYTDFVKAAPPSVSNVKIVGDAVEGSTIKGVGDYFGGREGPSKFEWLRESMDSGGLLLVSAGTSEYTLTKEDVGSCVAFVYIPINFEGQEGKSMSVMSSVVKQAPPKVTNVKIIGELRENSKVTATGIVTGGTEGSSRVQWYKTHSSTLDENTLEALSTSKIAKAFRIPLGAVGYYIVAKFIPMTPDGDSGEPVFLISDKAVETLPPSLNFLSIIGDYNEDGILTASYGYVGGHEGKSIYSWYIHEVEGDSGSRIPGVSGLQYRITKEGIGKFISFQCTPVRDDGVVGDTRICMGQERIRPGSPRLLSLHIIGNAVEGTILRIEKKYWGGEEGDSVYRWLRTTPDGTKKEIAGATDASYMPSIDDIGSFISVSCEPVRSDWARGPMVLSEQIGPIVPGPPTCHSLEFLGSMIEGQHLSFNAVYTGGEQGDCTYEWFRVKDNSIRDRISTNDFLDLTLEDVGACIEIIYTPVRKDGIKGSPKHIVSDLISPADPKGIELLIPDCCEDRELMPLRKYFGGHEGIGKYIWYRAKRKLEGSELLDISNASDVEISGTELMYKPLLKDVAAYLALYWVPTREDGKCGEPLVAISSAPVSPAPPIVSNVLVKELSTGIYSGEGEYFGGHEGESLFSWYRENNEGTIELVNGANSKIYEVTDSDYNFRLLFGYTPIRSDLVVGELVLSAPTNIVFPELPCVEMLALTGKAVEGDVLTAVEVIPNSETQRHVWSKYKKDIRYQWFCSSEVGDSLSYDPLPNQNSCSYKVRLEDIGHHLKCECIVNDVFGRSGEAVCIETTPVLPGIPRIHKLEIEGRGFHTNLYAVHGIYSGGKEGKSRVQWLRSMVGSPDLISIPGETGRMYEANVDDVGYRLVAIYTPVREDGVEGQSISVSTEPIAVEPDVLKEVKHNLELGSVKFEVLCDKEQNSKKISSVGTYERRILEINRKRVKVVKPATKTSFPTTELRGSYAPPFHVELFRNDQHRLRLVVDSENEADLMVHSRHIRDVIVLVIRGLAQRFNSTSLNSLLKIDT*


CDS Sequence:
>Vu_08534.1
ATGGATGTGTCGTCGGAGCCTTCTGGCGAAGATGTGGCGCCGGAAAAGCCTCTGAGTTCCTCGAAGAAGAGCGTTCCAGAAGTTTCCAAGAGAGCTGCGAAAACCGCCGCAGAACCTGGTGGTGCGGCGAAAAGGAAAGTTGAACCGCGAACCGGTTCGAGTGCCGGTGCCGGCACGGTTGCGGCGAGGAGATCGGGTTTGATTGGCGGTTCCGCGAGTTCGGTTTCTGCGCTGAGACGGAACAGTACCGGAGGATTGTCTCAGAAGTCGTCGATCTCTGTTGCAGGGAGAAAAGCCAGTGCTGAGTCTGTTGGTGGAGGTAAGAGCAGCGTTTCGTCGGCGAGTGAACCTATCCGAAAGTCTCTGCCGGAGCTCCGGCGTAATTCTGTAACTTCTTCACGGGCCGGCGCTGCGGCGAATCCGGTTGCGGCCTCGCCGGTTGGCTCGGCTTCTAGGACTTCTGGTACGAGTAAAGCGGAGGTTGCGAGGAAGCCGGTCAGTAAACTGGCATTGTCGGGTTCAGGTTCGGCTTCGTCTGTTTCGAGAAGGATAAGTTCTTCGTCCGTGGATAGCACTGCCAGCAGTGGAGGTTCTGCTCGAAGGACTGTTTCCAGGGTTTCTTCGCCGACGGTTTCGAGCGGGTTGAAGGCTGGCTCTCTGTCAACATCGCAGGATAGAGCTTCTGCACTTTCTGGAAGGAGAAAGGGAGGCACTCCTGATAGCCGGGATTCGAAGTTTATCGCGCTTCCGCATGTTGAGATTAAGGCCAATGATGACTTGAGACTGGATCTAAGGGGACACAGAGTTCGCAGTCTCACTGCCAGTGGATTAAACTTATCCTCAAACTTAGAGTTTGTTTATCTCCGAGACAATCTCTTGTCTACACTGGAAGGAGTAGAAATATTGACCAGAGTGAAGGTTCTTGATTTAAGTTTTAATGATTTTAAGGGGCCTGGATTTGAGCCTCTTGAGAATTGCAGAGTACTGCAGCAACTCTATCTTGCTGGAAATCAAATTACATCATTGGCAAGTCTCCCTCAACTTCCTAATTTGGAGTTCCTTTCAGTAGCTCAGAATAAGTTGAAGTCTCTTGCTATGGCTAGCCAACCTCGACTGCAGGTCTTAGCTGCCAGCAAAAACAAAATTTCTACTCTTAAGGGTTTCCCGTATTTACCTGTTCTTGAGCATTTGCGAGTGGAGGAGAATCCTATACTTAAGATGCTTCATTTGGAAGCAGCGTCAATATTACTAGTTGGACCTACATTGAAAAAGTACAATGACAGAGATCTCTCTCGTGAGGAAGTGGCTCTAGCAAAGCGTTATCCTGCACATACGGCTTTATGCATTAGAGATGGTTGGGATTTCAGTCGCCCTGAGCAAGCTGCAGACTCAACTTTCCGCTTTTTAGTTGAGAAATGGAAAGACCATATTCCTCCTGGTTTTCTCCTCAAAGAAGCCTCCATAGATAAACCTGTGGAAGAAGATGTGTGTCGTTGTCACTTCGCCATTATTCCCGATGGTGCAGCTAGTACAGGCCCCCCATTAGATTTAAAATATCAATGGTTTTGTGGTGATTTATCTCTTTCAAATTTTGCCCCTATTCCGGATGCTACCAGTGAGGTTTACTGGCCGAAGCATGATGACATTGGAAAAGTTCTGAAGGTGGAATGCACCCTCACTCTAGAAGAAATGACATATCCTCCTATATTTGCCATCTCACCTCGTATTTCGCGAGGAAATGGAATTCCAAAGGTTGTAGATCTTGAAGTACATGGGGAACTGGTAGAAGGAAGTATCATCAGGGGTTGTGCTAAGGTTGCTTGGTGTGGTGGAACTCCAGGAAAAGGTGTTGCTAGTTGGTTACGGAGAAAGTGGAATAGCAGTCCTGTGGTTATTGTTGGGGCAGAAGAGGAAGAGTATAAGTTAACCATTGATGATGTTGATTCAAGTTTAGTTTTCATGTACACACCAGTAACAGAAGAAGGTGCAAAAGGAGAACCTCAATACAAATATACAGATTTTGTAAAAGCTGCTCCTCCTTCTGTCAGTAATGTGAAAATAGTTGGAGATGCTGTTGAGGGAAGTACCATCAAAGGAGTCGGAGATTACTTTGGTGGAAGGGAGGGTCCGAGCAAGTTTGAATGGTTGCGGGAGAGCATGGATTCTGGAGGCTTGTTGTTAGTGTCAGCAGGAACATCTGAGTATACCTTGACCAAAGAGGATGTTGGTAGTTGTGTGGCGTTTGTGTACATACCCATTAATTTTGAGGGCCAGGAAGGAAAATCTATGTCTGTAATGTCTTCTGTTGTGAAACAAGCACCTCCAAAGGTAACAAATGTCAAAATAATTGGTGAATTACGAGAGAATAGCAAGGTCACTGCAACTGGTATTGTAACGGGAGGAACGGAAGGATCTAGCAGAGTTCAGTGGTATAAAACACATTCGTCAACTTTGGATGAAAACACTCTTGAAGCATTAAGTACTTCTAAAATTGCCAAAGCATTCCGCATACCTCTTGGAGCTGTGGGCTATTACATTGTGGCAAAATTTATTCCCATGACTCCTGATGGTGATTCTGGAGAACCAGTATTTTTAATATCTGATAAAGCAGTGGAGACTCTTCCCCCAAGCTTGAATTTCTTATCTATCATTGGGGATTACAATGAAGATGGAATTTTGACTGCTTCATATGGATATGTTGGAGGTCATGAAGGAAAGAGTATATATAGTTGGTATATTCATGAGGTTGAAGGTGATTCAGGTTCTCGGATACCAGGGGTTTCGGGACTGCAGTACCGTATCACCAAAGAAGGGATTGGAAAATTCATCTCATTCCAGTGTACTCCAGTACGGGATGATGGTGTTGTTGGTGACACAAGAATTTGCATGGGCCAGGAGCGCATTCGCCCTGGAAGCCCAAGATTGCTTTCTTTACACATAATTGGAAATGCTGTTGAAGGAACAATTCTAAGAATTGAAAAAAAGTATTGGGGTGGTGAAGAGGGAGATTCAGTTTACCGCTGGCTGAGGACCACTCCTGATGGCACAAAAAAAGAAATTGCGGGTGCCACTGATGCATCCTATATGCCCTCAATTGATGACATTGGCTCCTTTATTTCTGTTTCATGCGAGCCTGTTCGAAGTGATTGGGCTCGTGGACCTATGGTTCTGTCTGAACAAATTGGGCCAATAGTACCTGGTCCCCCAACTTGTCATTCCCTGGAATTTTTGGGATCAATGATAGAAGGGCAGCACTTAAGCTTTAATGCTGTGTATACTGGAGGGGAGCAAGGAGATTGTACCTATGAGTGGTTTAGGGTAAAAGACAATAGTATTCGAGATAGAATAAGTACCAATGACTTTTTGGATTTGACTCTTGAGGATGTTGGTGCGTGCATTGAAATAATCTATACTCCTGTGCGCAAAGATGGAATCAAAGGCAGCCCAAAGCACATTGTGTCTGATCTGATTTCTCCTGCGGATCCTAAGGGAATAGAACTCTTAATTCCTGATTGTTGTGAAGATAGAGAGCTTATGCCACTGAGAAAATATTTTGGTGGACATGAGGGGATTGGAAAGTATATTTGGTATCGTGCAAAGCGTAAACTTGAAGGATCTGAACTGCTAGATATATCTAATGCCTCTGATGTTGAAATATCTGGGACAGAGCTAATGTATAAACCGCTGCTTAAAGATGTTGCAGCTTACTTGGCTTTGTATTGGGTGCCTACTCGAGAAGATGGAAAATGTGGAGAGCCATTGGTTGCAATTAGCAGTGCCCCAGTTTCCCCTGCTCCTCCAATAGTTTCTAATGTACTCGTGAAAGAGTTGTCAACGGGAATTTATTCTGGAGAAGGTGAATATTTTGGTGGACATGAAGGAGAAAGTCTCTTTAGCTGGTATAGAGAAAATAATGAGGGAACCATTGAACTAGTTAATGGAGCAAATTCTAAAATCTATGAAGTTACTGATTCGGATTACAATTTTCGATTGTTGTTTGGATACACACCTATTCGTTCAGATTTGGTTGTGGGGGAGCTTGTTTTATCTGCTCCTACTAATATTGTGTTCCCAGAGCTTCCATGTGTCGAGATGCTTGCTCTGACTGGCAAGGCAGTTGAAGGTGATGTTCTTACTGCTGTTGAAGTGATTCCAAATAGTGAGACACAGCGACATGTTTGGAGCAAGTACAAGAAAGATATAAGATATCAATGGTTTTGTTCGTCTGAAGTTGGAGACAGTCTTTCGTACGATCCATTACCTAATCAGAATTCTTGCTCCTATAAGGTGCGGCTAGAAGATATTGGTCATCATTTAAAATGTGAGTGTATCGTAAATGATGTGTTTGGAAGGTCTGGTGAGGCAGTATGCATTGAGACAACACCTGTGTTGCCAGGAATTCCTAGAATACACAAGCTGGAGATTGAAGGAAGGGGATTTCATACCAATCTCTATGCTGTTCATGGCATTTACAGTGGTGGAAAGGAAGGGAAAAGTAGAGTTCAGTGGCTTAGATCAATGGTTGGAAGTCCTGACCTGATCTCCATACCAGGAGAAACTGGCAGAATGTATGAAGCGAATGTTGATGATGTTGGTTATAGGCTGGTGGCCATCTATACTCCTGTAAGAGAGGATGGAGTAGAGGGGCAATCAATTTCTGTATCCACGGAGCCAATAGCGGTTGAGCCCGATGTTCTTAAAGAAGTGAAGCACAACCTTGAACTTGGATCAGTGAAGTTTGAGGTATTATGCGACAAAGAGCAAAACTCAAAAAAGATTTCATCAGTGGGCACATACGAGAGACGTATCCTTGAAATTAACAGGAAAAGGGTAAAGGTGGTAAAGCCTGCCACGAAGACTTCTTTTCCAACTACGGAACTTCGTGGTAGTTATGCTCCTCCCTTTCATGTGGAGCTTTTCAGGAATGATCAACACCGTCTTAGGCTTGTAGTGGACAGTGAGAATGAAGCAGACTTGATGGTGCACTCCCGACACATTCGGGATGTTATTGTTCTTGTGATTCGAGGACTTGCTCAGCGATTCAATAGTACTTCCCTCAATTCCCTTCTCAAGATAGACACATAA


Promoter Sequence:
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