Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_08508 LG2 7020650 7031338 PREDICTED: squamosa promoter-binding-like protein 12
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity, DNA binding
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 7020717 5_prime_UTR_variant
G/T 7021396 stop_gained p.Glu6*
T/A 7021694 missense_variant p.Val105Glu
G/T 7022142 intron_variant
C/T 7022152 intron_variant
A/T 7022199 intron_variant
A/T 7022917 intron_variant
A/T 7023031 intron_variant
T/G 7023032 intron_variant
T/G 7023208 intron_variant
T/A 7023223 intron_variant
T/G 7023318 intron_variant
C/T 7023343 intron_variant
A/T 7023344 intron_variant
A/T 7023654 intron_variant
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A/G 7027362 upstream_gene_variant
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A/T 7027525 upstream_gene_variant
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T/A 7027606 upstream_gene_variant
T/A 7027635 upstream_gene_variant
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G/T 7027785 upstream_gene_variant
A/T 7027852 upstream_gene_variant
A/T 7028002 upstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_08508.1
MEAQLEGKNQYLYGPVVPEMKSVGKRSLEWDLNDWKWDGDLFTATQLNSLPSDCRSRQLFPGDPEIRAAGDASNSLSSSYDNVNLAEGRRELEKRRRGVADEGGVEMNDGAGSLNLNLGVQVYPIVEGEEKSGKKTKITGSTLNRAVCQVEDCRADLSNAKDYHRRHKVCDMHSKASKALVGNVMQRFCQQCSRFHVLQEFDEGKRSCRRRLAGHNKRRRKTHPDASVVNDGSVNEEKGSSYLLMSLLRILSNMHSNGSDNMTSQDVLSHLLRNLASLAGTINGRNIVSLLEGSQDLVKAGTSGTAQNVPKTNSNGPEMSRPVDTSNKMDNGVISQDPPESMIQCEMTPANGMPKGFIGSGSDGVGSSKSPSLPQLSNVLLSRDSLPPYSVSAETTVGRIGLSNIDLNSAYDDVQDYVENTRNSRPPLPSGNGSLDNPLWVQCDSLKSSPPQTSRNSDSTSTQSPSSSSGEAQSRTDRIVFKLFGKAPNDFPHALRSQILNWLSHSPSEIESYIRPGCIILTVYLRLENSAWEELCHNLGSSLRKLAVPNDSFWRSGWIYTRVQHSVAFLYNGQVVLDVPLRFKSPQNCQIFCVKPLAVSSSSCVQFIVKGFNLLFSNTRLLCALEGKYLVQDSCYDSVDADAAIGHNELQHLSFSCSIPNLTGRGFIEVEDNGLSSCSFPFIVAEQEICSEICKLENVIEAAETADDIQMKTKLMEEKTQALYFVQEMGWLLHRNRAKVRLGPVAPLQDCFHFNRFMWLVGFSMDHDWCAVMKKLLNIIFEGTVDIGEHTSVELSLLKMDLLHKAVKRNCRPMVELLLKFVPANTSDGGDSKEKQVNKSPNRFIFRPDSVGPSGLTPLHVAASMHGSDNVLDALTDDPGLVGIEAWKSAQDTTGLTPYDHASLRGYYSYIQLVQTKISNTCKSEHVLNIPGTLVDSNIRQKQSDGHRSSKVSSLQTEKIETTAMVRHCGVCQHKLAYGGMRSALVYRPAMLSMVAIAAVCVCVALLFKSSPKVYFVFQPFSWESLEYGSM*


CDS Sequence:
>Vu_08508.1
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>Vu_08508::LG2:7018650-7020650(+)
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Gene Sequence:
>Vu_08508(+)
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