Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_08335 LG2 4877213 4883560 PREDICTED: transcription factor bHLH35
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity, protein dimerization activity, sequence-specific DNA binding, DNA-binding transcription factor activity, DNA-binding transcription factor activity
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 4877545 missense_variant p.Ile227Leu
T/C 4877715 3_prime_UTR_variant
G/T 4877753 3_prime_UTR_variant
G/A 4877767 3_prime_UTR_variant
A/G 4877860 3_prime_UTR_variant
G/T 4877868 3_prime_UTR_variant
G/A 4877915 3_prime_UTR_variant
C/A 4877961 3_prime_UTR_variant
T/C 4878158 3_prime_UTR_variant
A/T 4878161 3_prime_UTR_variant
A/C 4878203 3_prime_UTR_variant
A/G 4878298 3_prime_UTR_variant
T/A 4878403 3_prime_UTR_variant
T/G 4878407 3_prime_UTR_variant
T/G 4878455 3_prime_UTR_variant
C/A 4878458 3_prime_UTR_variant
A/G 4878597 3_prime_UTR_variant
C/T 4878615 3_prime_UTR_variant
A/T 4878619 3_prime_UTR_variant
C/T 4878649 3_prime_UTR_variant
G/T 4878675 3_prime_UTR_variant
T/C 4878716 3_prime_UTR_variant
G/T 4878736 3_prime_UTR_variant
T/C 4878766 3_prime_UTR_variant
A/T 4878771 3_prime_UTR_variant
G/A 4878776 3_prime_UTR_variant
A/G 4878849 3_prime_UTR_variant
T/A 4878881 3_prime_UTR_variant
A/T 4878884 3_prime_UTR_variant
G/T 4878930 3_prime_UTR_variant
A/T 4879271 3_prime_UTR_variant
C/G 4879335 3_prime_UTR_variant
G/C 4879377 3_prime_UTR_variant
G/A 4880031 3_prime_UTR_variant
C/T 4880338 3_prime_UTR_variant
T/C 4880384 3_prime_UTR_variant
C/T 4880428 3_prime_UTR_variant
A/G 4880518 3_prime_UTR_variant
A/T 4880532 3_prime_UTR_variant
A/G 4880581 3_prime_UTR_variant
G/A 4880765 3_prime_UTR_variant
A/T 4880836 3_prime_UTR_variant
A/G 4881236 3_prime_UTR_variant
C/T 4881328 3_prime_UTR_variant
T/C 4881337 3_prime_UTR_variant
A/G 4881366 3_prime_UTR_variant
A/T 4881382 3_prime_UTR_variant
G/A 4881436 3_prime_UTR_variant
C/T 4881457 3_prime_UTR_variant
C/T 4881548 3_prime_UTR_variant
T/A 4881788 3_prime_UTR_variant
G/A 4881988 3_prime_UTR_variant
T/C 4882120 3_prime_UTR_variant
A/T 4882121 3_prime_UTR_variant
T/A 4882141 3_prime_UTR_variant
A/G 4882143 3_prime_UTR_variant
G/A 4882629 synonymous_variant p.Pro162Pro
A/T 4882642 missense_variant p.Leu158His
C/A 4882734 missense_variant p.Gln127His
C/A 4882750 missense_variant p.Ser122Ile
C/T 4882759 missense_variant p.Ser119Asn
T/A 4882810 missense_variant p.Lys102Met
C/A 4882979 intron_variant
A/T 4883039 intron_variant
T/C 4883050 intron_variant
G/A,* 4883059 intron_variant
C/T 4883432 missense_variant p.Gly5Ser
A/T 4883449 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_08335.1
MENIGEEYKHYWETTMFLQTQELDSNWGFEEAFSGYYDSSSPDGAASSAASKNIVSERNRRKKLNERLFALRSVVPNISKMDKASIIKDAIDYIQHLHEQEKIIQAEIMNLESGMPNKSSSSYDFEQEQLPVVLRSKKKRTEQIYDSVISRNSPIEVLDLSVTYMGEKIAVVSLTCSKRTDTMVKLCEVFESLKLKIITANITSFSGRLLKTVFIEANGEDKYHLEIKIQTAIAALNEPLSPMSI*

>Vu_08335.2
MENIGEEYKHYWETTMFLQTQELDSNWGFEEAFSGYYDSSSPDGAASSAASKNIVSERNRRKKLNERLFALRSVVPNISKMDKASIIKDAIDYIQHLHEQEKIIQAEIMNLESGMPNKSSSSYDFEQEQLPVVLRSKKKRTEQIYDSVISRNSPIEVLDLSVTYMGEKIAVVSLTCSKRTDTMVKLCEVFESLKLKIITANITSFSGRLLKTVFIEVSLLSSFPSSHDIYHFSLHNHSYLYYNILFPLLPFFIPIKLALVNW*

>Vu_08335.3
MENIGEEYKHYWETTMFLQTQELDSNWGFEEAFSGYYDSSSPDGAASSAASKNIVSERNRRKKLNERLFALRSVVPNISKMDKASIIKDAIDYIQHLHEQEKIIQAEIMNLESGMPNKSSSSYDFEQEQLPVVLRSKKKRTEQIYDSVISRNSPIEVLDVNPLLFLSLALLIL*


CDS Sequence:
>Vu_08335.1
ATGGAGAATATTGGTGAAGAGTACAAGCATTACTGGGAGACCACCATGTTCCTCCAGACCCAAGAGCTTGACAGTAATTGGGGGTTCGAGGAGGCTTTTTCAGGCTACTACGATTCCAGTTCCCCTGATGGTGCTGCTTCATCTGCAGCATCTAAGAACATTGTTTCAGAGAGGAATAGGAGGAAGAAGCTCAATGAAAGGCTTTTCGCGCTTAGATCGGTGGTTCCTAATATCAGCAAGATGGATAAGGCTTCAATTATTAAGGATGCTATTGACTACATCCAGCATTTGCACGAGCAAGAGAAGATAATCCAAGCTGAGATCATGAATCTTGAATCTGGGATGCCAAACAAGAGTAGTTCGAGCTATGACTTTGAGCAGGAACAGCTTCCTGTGGTGCTGAGGTCCAAGAAGAAGAGAACCGAGCAGATATACGATTCAGTCATTTCAAGAAACTCCCCAATTGAAGTCCTTGATCTGAGCGTGACCTACATGGGGGAGAAAATTGCCGTGGTGAGTTTGACATGCAGCAAAAGGACAGACACAATGGTGAAACTGTGCGAGGTGTTCGAATCTTTGAAGCTCAAGATCATCACTGCTAACATAACTTCGTTTTCAGGGAGGCTTCTGAAAACAGTCTTCATCGAGGCCAATGGAGAAGATAAGTATCATTTGGAGATAAAGATCCAGACAGCCATTGCAGCTCTTAACGAACCTCTGAGTCCCATGAGCATTTAA

>Vu_08335.2
ATGGAGAATATTGGTGAAGAGTACAAGCATTACTGGGAGACCACCATGTTCCTCCAGACCCAAGAGCTTGACAGTAATTGGGGGTTCGAGGAGGCTTTTTCAGGCTACTACGATTCCAGTTCCCCTGATGGTGCTGCTTCATCTGCAGCATCTAAGAACATTGTTTCAGAGAGGAATAGGAGGAAGAAGCTCAATGAAAGGCTTTTCGCGCTTAGATCGGTGGTTCCTAATATCAGCAAGATGGATAAGGCTTCAATTATTAAGGATGCTATTGACTACATCCAGCATTTGCACGAGCAAGAGAAGATAATCCAAGCTGAGATCATGAATCTTGAATCTGGGATGCCAAACAAGAGTAGTTCGAGCTATGACTTTGAGCAGGAACAGCTTCCTGTGGTGCTGAGGTCCAAGAAGAAGAGAACCGAGCAGATATACGATTCAGTCATTTCAAGAAACTCCCCAATTGAAGTCCTTGATCTGAGCGTGACCTACATGGGGGAGAAAATTGCCGTGGTGAGTTTGACATGCAGCAAAAGGACAGACACAATGGTGAAACTGTGCGAGGTGTTCGAATCTTTGAAGCTCAAGATCATCACTGCTAACATAACTTCGTTTTCAGGGAGGCTTCTGAAAACAGTCTTCATCGAGGTTAGTCTTCTTAGCTCCTTTCCTTCATCACATGATATATATCACTTTTCCCTTCACAACCACTCCTATCTTTACTATAATATATTATTCCCTCTCCTCCCTTTCTTTATCCCCATTAAATTAGCTTTGGTAAATTGGTAG

>Vu_08335.3
ATGGAGAATATTGGTGAAGAGTACAAGCATTACTGGGAGACCACCATGTTCCTCCAGACCCAAGAGCTTGACAGTAATTGGGGGTTCGAGGAGGCTTTTTCAGGCTACTACGATTCCAGTTCCCCTGATGGTGCTGCTTCATCTGCAGCATCTAAGAACATTGTTTCAGAGAGGAATAGGAGGAAGAAGCTCAATGAAAGGCTTTTCGCGCTTAGATCGGTGGTTCCTAATATCAGCAAGATGGATAAGGCTTCAATTATTAAGGATGCTATTGACTACATCCAGCATTTGCACGAGCAAGAGAAGATAATCCAAGCTGAGATCATGAATCTTGAATCTGGGATGCCAAACAAGAGTAGTTCGAGCTATGACTTTGAGCAGGAACAGCTTCCTGTGGTGCTGAGGTCCAAGAAGAAGAGAACCGAGCAGATATACGATTCAGTCATTTCAAGAAACTCCCCAATTGAAGTCCTTGATGTTAATCCCCTTCTCTTTCTCTCTCTTGCATTATTGATACTATAA


Promoter Sequence:
>Vu_08335::LG2:4883560-4885560(-)
AAATGGTCCAAGTGTATGTGTTCACACAATATTCACACGTCAGCACAACCAATTTTGCTGACCACTTAAACAAGTCATCACACTACTTTTCCTTAGTCATTTCTTTTCTACTAACCCTATTCTATGCTTTTCTTTCTCCATAACATTCCTATCTCTCAAAATACAAATAAATACATTCACATTCTTTTTAATCATACCATCAATTTTATATTTTTACACATATTATATCACCAAAATTCAAACCATTTCATTAATAAACAAAAACTCCATCACTCATCTTAATCAAACTTATTAATTAATTTCAAAATACCCAAAATGTTGCAAAATTATAAATATTATTGTCGCTATCAAAAAATAATTATGTATAAACAATACTTAAGGATAATTATGCTAAGCTAATTTACAAGAAAAAAAAGTATGAAATAAATCGAGTATTTTAATCCACGTTTCACATAACTCAAAGTTTATGTAAGTTAAGGTTAATAAGGAAACGGAACGGTTTAGTATGCATAAATTGCAAAAAATAATTTTACCATATTTTTAATATCTCTAATTCTAAAATATTTTATTTTATTTTACTCTATCCTTAACCATATTGTAGAAATTCCTCTATAGAAAAATAAGCTATTTTGATTTCGGCAGCATTTTCCAAACATGGCTATTAACTAAATAATTAAGCATGGACTTATGTTATATGAAGAACCCTGTTAATGATTTAAACATTCAAGTTACTAACATAAGTACTAGGTGTGTTTTAGGCCTAAGTTAAAACTGTTTTTCAGTTTTTTTTTTTATTAAAAATAAAAAACATGTTTTTAATACAAAAGCTTTTTAAATGGATCCGTTTGTTTGTTCACACTCACTCAAAGTATCTGTGCCCTGGACTCCAGGCCCAACAACCAAAGGACAGGTGGCACAATATCATATACGGCGTCTATTTATGCTGATTGCACAATGATAAATATTATTCTGATTATTTTTCTACCTTTCTCTATCACACGTAAGAAAATACGATAAAAAATAATAATTATATAAAAACAAGTTTCAGTTCTTCTAATTATTGATGCAGTTCCTAGATTTTCAATTTTCTCATACAAGCAAAATTATTTCTTCTTTCTAATATAATTACACTTATATTTCCTACAAATTAAAAAAAATATATCTAGTATAAAATTTAGATGATCTAGTAATGACGTCATCTCGACACATCTATGCAAGTCAGGACAACAGTTTAAAATAAGATAAGAAATAATTAATTAATGATTAAGAAATAGATAAAATATTAGAGGATTTTAAACTCGTGTAGATTAGCTTTAATATAATTAATCAGGTTCATCCGATTAAAGACGTATGAAAAACATTATATTTACTCATTAATTTCTTTACATAAGGCTAGAGTGTTTTTACAAAAATACCCATCCATCAAACTTAGAAGATTTTGATTCTCTTGAAAAGAGAAGAATAATGACATTTTAGATTCTCAAACTTACAAGATTTCAGTTAAATAAAAAGAAGCACGACATGAAATTAACTAATTATCAACATGAATCTTGTTTATCTATGCTTGGAAAACAACAACAAACATATAAATACCATATTTTTATCTTTTGCAAATACTTTATTTAATAGTAAAGTTAAATTAAATAATTATTATTTTATTGAAAAATAAAAAATACAAGTTAATTGAAAATTACATAAAAATAAAATTGAATCTAAAATTACATTTAACTTATAATAATTGTTTCTAATTATTTTCTCTCTAAATCTAAAATCTTCACAGGAATTTTTATTTTTAATCTTTTAATTTTTAATTTTTAAAAAATGAAGATGAATGCCTTAAATGCGGACCGAACAGTTTGAACAATTTGGATATTTCTAGGAAGCAGCAAATACAAGAGAGTATAGAGACCAGTCCGATGAACTATTGATCTTGTCACGTGATTAATTCCAGCCTGAACTTCTTCTCTCCCTATATATAAGTCTCCCAACACAAAGAAACC


Gene Sequence:
>Vu_08335(-)
AACGCATACAACCACAGCACAAAACAGGGGAAACAAACACACATAATATTATTATTCTTATTATACACACCACCTTCATCACCATATTCTCTCCCCATTCTCTCTCAACCTTAATCATGGAGAATATTGGTGAAGAGTACAAGCATTACTGGGAGACCACCATGTTCCTCCAGACCCAAGAGCTTGACAGGTACCACTTAACATTCATTAATTAATCACAATAATATCAACAACTCATCAATAATTAATTAATTAATCTCAAATACGGCTAACGTAAGCTGCTTTATTCGTTTTGGCGTTGTTTTTCCTCACCAGTAATTGGGGGTTCGAGGAGGCTTTTTCAGGCTACTACGATTCCAGTTCCCCTGATGGTGCTGCTTCATCTGCAGCATCTAAGAACATTGTTTCAGAGAGGAATAGGAGGAAGAAGCTCAATGAAAGGCTTTTCGCGCTTAGATCGGTGGTTCCTAATATCAGCAAGGTAAGCTTTGATTAATTGATCGATTGATTAATTAATTAATTAATAGCTTATTAACTTACTGTTTATTTTGTGTGCGCATTTATATCTTTGAATAGGCTAAGTGGGAGTGTTGAGTTTAAACATAAGAGAGAAGAAAATGAGGCATGCTTCATGTTTGTGAAATTGTGTCTGTTATAGAATGATCAGTGGCGTTTGTTTGCTGCAGATGGATAAGGCTTCAATTATTAAGGATGCTATTGACTACATCCAGCATTTGCACGAGCAAGAGAAGATAATCCAAGCTGAGATCATGAATCTTGAATCTGGGATGCCAAACAAGAGTAGTTCGAGCTATGACTTTGAGCAGGAACAGCTTCCTGTGGTGCTGAGGTCCAAGAAGAAGAGAACCGAGCAGATATACGATTCAGTCATTTCAAGAAACTCCCCAATTGAAGTCCTTGATGTTAATCCCCTTCTCTTTCTCTCTCTTGCATTATTGATACTATAAAAATAATGTGGGGTATTGGTGATTTGTGATACGAAGATGATGTGGGGTATCGTGCGATTTTTGTTGTTATTCGTTTGAATTTTTAATTGATTTTTGCCGTGGTGGATGCAGCTGAGCGTGACCTACATGGGGGAGAAAATTGCCGTGGTGAGTTTGACATGCAGCAAAAGGACAGACACAATGGTGAAACTGTGCGAGGTGTTCGAATCTTTGAAGCTCAAGATCATCACTGCTAACATAACTTCGTTTTCAGGGAGGCTTCTGAAAACAGTCTTCATCGAGGTTAGTCTTCTTAGCTCCTTTCCTTCATCACATGATATATATCACTTTTCCCTTCACAACCACTCCTATCTTTACTATAATATATTATTCCCTCTCCTCCCTTTCTTTATCCCCATTAAATTAGCTTTGGTAAATTGGTAGGTGCGTGAGATCCCAACTCCATTTTTTAACTCATAATGAGGACAATCTTATAGAAAATGTAGTGTGTGGTGTATATTATACTATATAACAGCACAAAAAATAAAGAAGTTACAACTAGAATTTGGGCCTACGTGCTAGAGAAGCACCAGACCACTTTAGCAAAAGTGGAAATGTGGAACACCCATTAGGAATAGTATTAGACTTTTGAGGGCAATCATGAGGGCTTTAACCAGAATTTCTGAGTGAAGTCCGGTCAAGACTCAAGACTCAAGACTCGTAATTTTCTTCATAACATCATATAAGTTGTAGTCATACTAAAAAAAGTAATCAGATAACATGGAAGAAAAGATTGCGTGATTCTTACTACTCCTAAAATTCTCAAGTCTTTTCCCTTAATTATATCGCAGTTCAACTCACAGGAAATCCAATTTCAAATAAAATGGCCTTTCCCTTTATATAACAACATTATCAACTAAGCTTCCTACAAAACAAGATTATGCTTCCTTTTCTGGATGCTTAATTTCATTTTGGTATCCTCAACAAATTTTTGCACATATTTTACATTTATTATTTTATTTTTCGTTCTTTATTTTTTGGAAATACAAAATTAACTTTTTTAATGATAAAAATTGTGTTGCCAAGTCGTTCAACTACTGTAAAAAAAACATTTTTCTTTCCTTTTGTATCATCACAAAGTTGGCGGATAAGAAATGAAAAGAAAAATCAAAGGCCACCACTACTGTTTTTGGCAAGAAAAATTTAGATACGTAAATACCAAACACACCTGTAGGGTTTTAATATTTTGTCATTGTTGCGATCTTGAACATTTATAAAAGACAAAGTTGAAGTGAAGGGCGATACTTATTTAAAGTGCATGTTTTTTTATTACCATCAAGTCAAGCTGACCAGGGTGTGTTTCAAATATGTAAAAATTAGTTTACTTTAATAAATAATTCACGTATGATGGATAACAATTATAATTAATATTTTCTTCTGATAAATTTGCAAAAAATAAAATAATCTCATTTGATTGTAAAAGATCAACTTTTACAAGATAAAAAAATATTTAAAAATTACCATTTATGAATTTTGAGTTTCATGAAAATAATTTATATTAATTTTTTTTTATTAAACTTCAAATTGAAGCATCTAGTTTACTTTTTAACAATCGATTTTGTCTTTAAAAAGTTCAAATGAATTTCTCAAAATATTATTACCTGGGAACTTAATTGATTAACATATTACAAATTTATTAAACGACACAAAATTAAGACACAATTATTCGTGTCTTTGACGTTAACGATATTGATCTTATTTAAGTATATGATATGGATTTGATTTTGTTATTTTCTAATATTATTTTTATACAGTTGCTTTCCATATGTCAATTAGTATGATTTATGACTTTATTATTATTTTATTCTGATTATATAAATTAACTTAGTATGTTAGACAATTCATCTAATTGGTTAGTTAGCTAATAAATTAGTTTAATTATTAGTTTAATATGTCAATTAGTTTAATTTATGATTTGGTTAATAACTATCTATATAAATTGATCAGTTAACTAGTCAATTAGTTCAATTATTAGTTAATCCATAATTAACTAATTTAATTTGTTAATTAACCAACTAAATTGATTTGTTAACTATCTAATCGAATTGATTAATTAACTACCAAATTAGTTAGGTAATTGAATTAATCAACTAATTATAAAAAACCTATCTTAGTTTCTTAATTAGATATCTTTTTAACTAATCAAATGAAAAATAATTATAATATCAAACATGAAAACGTAAGAAGATTGAATAAGTGATAACAATAAAGTCCTGTACTATTTTAAAATTTTAATTTAATTTTAAAAAATTAACTTATAAATTAAAATTTGAATTCACAATGAACATAAAATTTTGAATATAATAGATGATTTTGAAAAGGATAACAATATAATAGATTATATAGTGATGATAACGCCTTTCTTCATCTGTATTCTCATTTTAGAAAGAAAACAATTACTACAGTGAACTCCCCGCAAGATCTCGGTTTCTGTTTCTTGTTTCACTTTTGACTGTCGCTTTCGACCATTGGTGCTCCAAACAGAGCACAAGGACTGCAACGTAATCCAATTTCCCTTGTTCCATTGTATCTGGCTTGTCCCTAAATAGTGTCCTAGATATCTACGACTGCACCAAATCAGACAACATAAAACCCACATTTCTGTCATGCTTAAACACTCTCACAATCAATTTCATTTGGGAGGACAACACTCATTCACACATGGCTGCGACATTGTTGTTCGAGAGGAGACAGACCAAAACTTGGGGGAGTCTTCACTGTTAGGTAATTTCAACAACATAGTATTAGTAAAACCAAAACCAAAACCAAAACCAAGACGGAATTTTGACAACGTGTTTCTCGTTCTTCTGCTTGTGAAAAAGGCTTCATGGATCGGCGTGACTCTGACCCAAGTGGTTCCGTTTTTCAATCGCGCACGTTCTTGTTGTTTTTCTTGTTATCGTTATTTATTCGTTCGTTAGAAACAATAATTTCATCAACAACAACAACAACAACTCTTGCATCCTACGATATAACGAACCTTCCTCTGCACTCACTCTGTCGCTCCCACGTCCACGCTCCACTCTTACTAAAACAACCATCTTTTGACCCAAACGCAAAACCACTTGTCGTTTAGCCACTGTCTGATTCTAATTATTACTATTTCAATCTTCATTCCAAAACGTACCCGTCAAAGACCATTCAACTGTCGTTTCACTGCTATGTTGGTTTTCCTTCTTATTTGTCCTTTTTTTTTTCACAGAAGAGGGTATTTTAATGAGTACCATTACGTTGATTAAGGAAGCTTCTTATTTGCCAGACACATAAACGTGTTTTTATATTTAATTCAAAGTCAAACCATAGCACGAGGAAAACGATAAGACAGGAGTGCATTTTATAAATTACAGTACATACAAATTTTTAATGCCCACTTGAAAAAAAAATGCTTGCTTGTTCCCTTGTGTTTCTTTATTTTGAGATAGCAAACGCGACAATGAATTTCAAGAGTCTGTTGTTTTTTAAAAGGGACTCAATAAAAATAAGAGACAGAAAGTGAGACCTTACAATAAAAAATTAATAATAGCTCAGAGACGTGTTTAGATTTGGAAAACTATGCTACTTTTTTAGAAACAACAGCAGTTTTTGAAAATTTAGAAACAGATAAGTGTGTTCCAACGTCCAACCGATGTTTCAAGCTCTACGGCAAATAATGCATTATTGAAAGAGCCGTTTAGAATATTGCTACTTGGAGAACAAAACATGAATTGTATTTATCCACAAAACTTTTTTTTTTTCTTGTAGACGAGATTCACAGGTGTTTCGTTTTAATGGAACTACCAAAGTCTTTAGTACTAATTAATAGCCAATACTTAATTGTCTGAATAAAAAAAAAGACTAATGCTTAGTTGTAAGTTTAATTTATTTAAAGTATAACAGAACTAATTTATATATCTTAAACAAGTGAGACACGTAGTTCAAGTTTAATAAAAAATTATTTAGTTTTAATTACAAAAGATTATCATCACTTAATTTTTTTTTGTACGATAAAAATGA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