Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_08331 LG2 4834007 4840290 pathogenesis-related homeodomain protein
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 4834062 5_prime_UTR_variant
A/T 4834077 5_prime_UTR_variant
G/T 4834090 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
C/A 4834244 upstream_gene_variant
T/C 4834325 intron_variant
G/C 4834483 intron_variant
A/C 4834503 intron_variant
C/T 4834523 intron_variant
C/A 4834572 intron_variant
C/G 4834603 intron_variant
C/G 4834679 intron_variant
C/T,A 4834727 intron_variant
G/A 4834744 intron_variant
T/C 4834772 intron_variant
G/A 4834801 intron_variant
C/T 4834828 intron_variant
C/T 4834937 intron_variant
G/C 4835008 intron_variant
C/A,* 4835149 intron_variant
T/A 4835150 intron_variant
A/G 4835227 intron_variant
A/T 4835508 synonymous_variant p.Ser47Ser
C/T 4835558 missense_variant p.Ala64Val
C/T 4835589 synonymous_variant p.Asp74Asp
G/T 4835766 missense_variant p.Lys133Asn
G/A 4835768 missense_variant p.Ser134Asn
A/T 4835919 intron_variant
T/A 4835998 intron_variant
A/G 4836058 intron_variant
A/G 4836195 intron_variant
A/G 4836201 intron_variant
T/C 4836344 intron_variant
A/G 4836460 intron_variant
A/T 4836526 intron_variant
A/G 4836634 intron_variant
C/A 4836635 intron_variant
G/C 4836713 intron_variant
A/T 4836757 intron_variant
A/G 4836760 intron_variant
G/T 4836833 intron_variant
A/T 4836835 intron_variant
A/G 4837172 intron_variant
T/C 4837221 intron_variant
T/C 4837241 intron_variant
T/C 4837478 intron_variant
A/C 4837853 missense_variant p.Asp352Ala
G/A 4837856 missense_variant p.Ser353Asn
C/A 4837892 missense_variant p.Ala365Glu
C/A 4837896 synonymous_variant p.Ser366Ser
T/A 4838075 splice_donor_variant&intron_variant
A/G 4838080 splice_region_variant&intron_variant
A/C 4838250 intron_variant
G/T 4838285 intron_variant
T/C 4838380 intron_variant
T/C 4838438 synonymous_variant p.Ala432Ala
T/A 4838674 intron_variant
T/A 4838835 synonymous_variant p.Pro515Pro
G/T 4839607 stop_gained p.Gly555*
T/A 4839660 synonymous_variant p.Ser572Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_08331.1
MRDAENLNKKGSGKSSYSKEQIKSKLFSSKLKASSTKNRRKEHKEKSRSHKLRVGTNTSKKRVADSSIKASLEDSSNKKVIIRKTLHKTDGNSSRMVSSTKLQGRKNPHSSRKEGNGVDEEAKIKKRKRTKKKSRQRDSMDHDDASRLRRRTRYLLIKMKLEQNLIDAYSGEGWKGQSREKIRPEKELLRAKKQILKCKLSIRDVIRQLDSLSSVGSIEDSVIAPDGSVYHEHIFCANCKLHEAFPDNDIILCDGTCNRAFHQRCLNPPLDTENIPPGDQGWFCKFCECKIEIIESTNAHLGTQFSLDSSWQDVFKEEAAVPDGDIALLSPEEEWPSDDPEDDDYNPERKEDSHSINTEGADENASNDSTSSLSLWSLNEECPPADDDLSRQYYSVNSFIDSDESGEIACGRRQRKAVDYKKLYDEMFGKDAPPCEQLSEDEDWGPGKRKRREKESDAVNTLMTLHESENKHPNNESSDRIREGSSGLQIRRSCFRIPLDAVEKLRQVFAENELPPRSVKEGLSKELGLDPEKVSKWFKNARYLALKTRRYQSEGEQLQSFTSQISKHSTSSNMEKDEFLKSQVPKITLIHSQKDGQSITGQEKNKLCNSLLKRRKQKPSPPLSRENSNKESMEMSDDVNLKKLLKERKKRVNFIYGDSQIAELEFERLSKVKSKVDSMKQKLNEVQNCRAKGSTNEPSIIYVPTAQLREKVE*


CDS Sequence:
>Vu_08331.1
ATGCGGGATGCGGAGAATTTAAATAAGAAAGGATCTGGAAAATCCAGTTACTCAAAGGAACAGATTAAGTCCAAGCTATTTTCATCAAAATTAAAAGCAAGTAGCACAAAAAACAGAAGGAAGGAACACAAAGAGAAGTCAAGATCTCATAAACTCAGAGTTGGTACAAACACATCAAAGAAAAGAGTTGCTGATTCTTCTATCAAGGCATCACTTGAGGACTCTTCAAATAAAAAAGTGATTATTAGAAAAACTCTCCATAAAACTGATGGGAACTCTTCACGTATGGTGTCTTCAACAAAGCTACAAGGAAGAAAGAATCCTCATAGTTCTAGAAAAGAGGGGAATGGTGTTGATGAAGAGGCAAAAATTAAAAAACGTAAAAGGACCAAAAAGAAGAGCAGACAAAGAGACAGCATGGATCATGACGATGCTTCACGCCTTCGAAGGAGAACAAGATACCTCTTAATAAAAATGAAGCTGGAGCAAAACCTTATTGATGCTTACTCTGGAGAAGGTTGGAAAGGTCAAAGTCGGGAGAAGATTAGGCCAGAAAAGGAGCTACTAAGAGCGAAAAAGCAGATTTTAAAATGTAAACTTAGTATTCGTGATGTTATACGCCAGCTGGATTCTCTTAGTTCTGTGGGTAGCATTGAAGATTCTGTCATTGCTCCAGATGGATCTGTTTATCATGAACATATATTCTGTGCGAATTGCAAACTACATGAAGCTTTCCCAGATAATGATATTATACTCTGTGATGGCACATGCAATCGGGCCTTTCACCAAAGATGTCTCAATCCTCCTTTGGATACTGAAAATATTCCTCCTGGAGATCAAGGCTGGTTTTGCAAGTTTTGTGAATGTAAGATAGAAATTATAGAGTCAACAAATGCCCATCTTGGGACTCAATTTTCCTTGGACAGTAGTTGGCAGGATGTATTTAAGGAAGAGGCTGCTGTGCCTGATGGTGATATTGCACTACTAAGTCCAGAAGAAGAATGGCCATCAGATGATCCTGAAGATGATGATTACAATCCAGAGAGGAAAGAAGACAGCCACAGCATAAATACAGAAGGTGCTGATGAAAATGCATCCAATGATTCAACCAGTTCTTTGAGTTTGTGGTCTTTGAATGAAGAATGTCCTCCTGCTGATGACGACCTTAGTCGACAATATTATTCTGTCAATAGCTTCATTGATTCTGATGAATCTGGGGAAATAGCATGTGGCCGTAGGCAGCGCAAAGCTGTTGACTACAAGAAACTGTATGATGAAATGTTTGGGAAGGATGCTCCACCTTGTGAACAACTGAGTGAAGATGAAGACTGGGGTCCTGGCAAAAGAAAGCGAAGAGAAAAGGAGTCTGATGCTGTTAATACTCTAATGACTCTGCATGAAAGTGAAAATAAACATCCCAATAATGAGAGTAGTGATAGAATAAGAGAGGGCTCTTCCGGCCTACAAATAAGAAGATCTTGTTTCAGAATTCCACTTGATGCAGTTGAGAAACTTCGGCAAGTTTTTGCAGAGAATGAGCTTCCTCCAAGATCCGTGAAGGAGGGTCTTTCAAAAGAGTTGGGACTAGATCCTGAAAAGGTTAGCAAATGGTTCAAAAATGCACGTTACTTGGCACTTAAAACCAGAAGGTATCAATCAGAAGGAGAACAGCTTCAGAGTTTCACATCTCAGATATCAAAACATTCTACATCTTCTAACATGGAGAAAGATGAGTTTCTGAAATCACAAGTCCCCAAAATTACTCTGATTCATTCCCAGAAGGATGGTCAAAGCATCACGGGCCAAGAGAAAAATAAATTATGCAACAGTCTTTTGAAGAGAAGGAAGCAAAAACCATCTCCACCTCTGTCAAGAGAAAACAGCAACAAGGAATCCATGGAGATGAGTGATGATGTTAATTTGAAGAAGCTTTTGAAAGAAAGGAAAAAAAGGGTAAATTTTATATATGGAGACTCTCAGATAGCAGAGTTGGAATTTGAAAGACTGAGCAAAGTGAAGAGTAAAGTAGATAGCATGAAGCAAAAACTAAATGAAGTTCAAAATTGCAGAGCTAAGGGATCAACAAATGAACCCTCTATTATATATGTTCCCACAGCCCAATTAAGGGAAAAGGTTGAGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_08331::LG2:4832007-4834007(+)
TGTGTTTCCATTTACAATTCTTTAATGATATCTCGTTTTCTTTTTAATTCTTATTTTAAAATATTTGTGAAGCTGATGGTGAAAACAAAGAATATTCATCTTCACCATTTCCTTAGTTGAAAGCAAGAAGCAGAATATGGAAACAAGATGACATGTTTGAAGTTATTACTGAAGTTTACTATGAAAAACCCAACAAACCAGAACTTCCAAAGTAATTTTGCGGTGCTGGCCTTTGAATTAATTGACCAACATGACCCTGAAATACAGCCCTCATTTTTTGAACTTTTGTCATAATTCACATAAATGAGTTATTTGTCTTTTTATTAAATAACACTTATTAAAAAATGATTTTAGATAAAAAAATATTATAAATTGAATTTCTTAAAAAAAAGTTTTAAGTGTTAGTTTAACAAAAAAATACTTTAAGAATATAAATTAATTTCTAAAATTTATTCTGAAATAATTTTAAGAAAAACAAGAAAAGAACATTTATAATACGATTTATAAATTGATATGAATTTTTTTAACGAAACATATAACTTAGTCATTTGTATTAATTTATATTTGTATATGCTATTTTTCATAATTATATGTCATACTAATTTATTATTATTATTTTTTAAGTATTTTTTTTACTGAAAATTATTATATTATTACAATTTATATATAGATAGATTTCACTAAGGTTTTTCTGATAATTTCTTTTAAATGTAACCTATGCAATTAAATTTTATTTAACTTTTGAGTCTTATAAATGAATGATGCTATATATGTATTTTAATAGTATTTTTTACATTATTTATTTATTTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAAATTTCACTATGTGGAAAATTAAAATTTAAACCATTGATATGATCAGGTTCCTAGTCCAGTTTTAAAATAACTGTTAAATGTTGATGTTTTACTTTAAATATCTTACATGACTTAACAGTTGAAACAATATTCTTCTGTATCTTAATAAGTTATTCCACACTTTACTTTCTAAAACATTGTGATAGATATCGTCAAACTCATTACATAATGCAAAGACTAAACTCATCATAACACAAATTTAGTCTTGCATTTTAGCAATGGCTTATTTAAAAAAAATATTTTATTCCTTTAAATTTAGAATAATGTATTTTTTACCTCTTAAATTTAGTTTTCATCTCTATCAAGTGAAAAAAAAAAACAGAACTAAAAATGTCATTCTATGACTTGCTTTTAATTTTATATATTTTCTTTAAACACTTTACACGGTTTCTTAAATTATCACTCTCTTAGGTAAAAGTTGTAATAATACTTGTGCTAAACATAATTTATGTCATGATATTACCAAAAGTTAAACAATAAACCACTTGGTTAGAAACAAAATATTAGAATTTGATCATAGAAATAAAAAATTAACTATAAAAATTTTTAAAAAATCATTTTAAACTTTGAAAAAAATTAAAACAAATTTATTCAAAAACTAAAACTAAATTTAATTCATTTTTTTCTCTTTCTCAAATACAAGTTTGTGTCCTCTCAACCCCACTAACCAAACAACCATTTTCTTTGACTTCCAAAACCACATAATCTTAGAGTAGTTTTATGTCATAACTTGAAAGAAGATTACATTTGACAGAGATATTTGTAGATACTTCATTCACACTGAAAAATTTAACACATTAGGGATTTGAGTTCTCCAAAGAACAACTTTGTTTTTTTTGCTTGACTTGGGTAAAAGACACAGTTTTTATATATAATATAAATAAATATAAATATAAAGGTTTTTAAATTTCAATCAATATAAAAAATCTTTAATGTAATGTTTAAAAGAGTTATTGTAAATTTTCATAGATTTACCGTACATAACAATTAACTATGGAATGCTAATATGAAAGTAAAATAAAAATATGTATCAGTTAATATAATATTTAATAGATACATAAATAAATAAATATAAAGCTTTAGAGGGACAAACAA


Gene Sequence:
>Vu_08331(+)
AAAAAGAAAACAGGAAAAAAAAAAGAACACTTCTTTGTTACTGGAATAGTCATTGTAAGGTGTAATATACACACTAAAACAAAGGTTAGAGTTTAAAAGTGAAGAGAAAGAAAAGAAGCTTGCCGTTGCCGGTGATGCTTCCGGAACAGCCACACCATCTCCGGTGACTGTTCTGTACATTGGGAATCAAAGGCCCAGTTTCATATTCAAACCATTCACTCAATAAAAGGTTAGTTTCACTTCTTTATTCGAAGTTCTAAGCTTAAATTCCTTTTTTTTTCTCTTGTGATACAGCTTCAGAGCAATTCAAAGTTCAGATCTTTACCCTTATTTTGTCTCCCATTGCAGGTTGGTTTTCTCTTATTGACCTTAAGCTCACGTGGGTTCCTTTTGTTTTGGCTTGGAACTTTGTGGGGCTCAGCTAAGTCTATGCCTTGGTGTTACTTTGTACACCAATTGACCATACTAATCACTTGGCTTCTCTAACCATAAAGTTATTGTTTTTCTTTTATTGAACTGTGGTTGTGAGAGAGATTGGGGAAAATTATGATTAGTGAATTTTACGCTTCTTTTAGCTTTGAAGTGATCAGGTTCCTCCAGTCTTCATGCCTAAGAAGTTTGTTTCGTCATTGAATTTGTGGAGTGATTCTTGAATTAGTGTTCTTCTTCTGTCTCTTTTTCATGTGTTGTTGACCATGCAGTGCTTGAAATGGTTTCTGGCTCTTCTTGAGCTGTGTGTGTTTGGCAGTGCTGCATCGGGGTTTTTATGAACTATGTGTAGGTTATCAATTACCGTGTTGTTGATGTTTGTGGCTTGATTTCTTGGGGTATTTTGAAGTGGGACGTCATCATCATCATTACCCTTGGTTAATTTCTTAACCCCTTTTGAAATAGTCTTTTTCACTCTGTATATGTATTTGGATTGATTTACTGCGAGTAAACTCTATATTGGTTTGTCAGTTTTGGGATAGGACAGTATATTCTCTTAGTTCTGTGTGAATGTGGTTACAATAATATCTTTCATCATCTTATGATTTGCTAATATGGATTCATAAGGTAGGGTTGTAGTTGTGTATCAAATTGTTAATGATTTAATCAACTGCACTGCTCATGGTATTTCCTATTAAGCATTGTTATTTTATCTGTAGTATAAAATTACTTTGTATGTTGTATCTTAACAATGGACAAGTAATACCACTGATTTTCATTTGAAAGTGCAAATAATCATCTCTCTGTGTTCTTATTTATATAAAATACATGTTGGTACAGAAATATGTTGAGTTCTTGGTTACTTGTACTTTTGTAGTCACTATTTATCAATTTTACATCTGTGCATCAGGCTTGATACATAATCAATTAATATGCGGGATGCGGAGAATTTAAATAAGAAAGGATCTGGAAAATCCAGTTACTCAAAGGAACAGATTAAGTCCAAGCTATTTTCATCAAAATTAAAAGCAAGTAGCACAAAAAACAGAAGGAAGGAACACAAAGAGAAGTCAAGATCTCATAAACTCAGAGTTGGTACAAACACATCAAAGAAAAGAGTTGCTGATTCTTCTATCAAGGCATCACTTGAGGACTCTTCAAATAAAAAAGTGATTATTAGAAAAACTCTCCATAAAACTGATGGGAACTCTTCACGTATGGTGTCTTCAACAAAGCTACAAGGAAGAAAGAATCCTCATAGTTCTAGAAAAGAGGGGAATGGTGTTGATGAAGAGGCAAAAATTAAAAAACGTAAAAGGACCAAAAAGAAGAGCAGACAAAGAGACAGCATGGATCATGACGATGCTTCACGCCTTCGAAGGAGAACAAGATACCTCTTAATAAAAATGAAGCTGGAGCAAAACCTTATTGATGCTTACTCTGGAGAAGGTTGGAAAGGTCAAAGGTATGGAGCAATTTTTCTATAGCATATATCCTTTTCTAAATGTTTGGTAAATGAAATGCAAATATTACTTTTTAAATGATTGAATGAGATTTAGGCCTCCCTTCTACAGTTTCAGAAGAATTTGTTAAGGGTTTTTTTTTTTAGGAAAAATGTATTCACTATATCACATTAAGAAAATGTAGATATGTACCCTTTTTACACTTGTAGGATAATCATGGCAGTGTTGTGTATAATACATAGTTTCTCCATCAATAAAAAAAGATACGAATTTCTAGACTCCAGCCATTGTCGAGAACAACTAAAAATTTGTTTACCCTAATTATTTTTCATGTAAGCTGACAATTTGAGGGGAACAGACTTCGTCAAAAATCAAATAGGAAAGACAAACAATTCATAAGCAACATTACCTTGGGATCCTTAGTAGGACCTGTTTCTGCCTTGTGTTTACTATGTGTCATGTCTTCTCAAGGATATTTTAGAATGCTTTTTAGACAATTTAATTTGTCCTGGAGCTACTAACCTTCGTTGTGTTTTCAACCTATTTCTGTGTCTCAAAACAATGAAAAATTACCAACGGAACAGAAAACAAAGAGAGACCTATAAATATATACTTTTTTGAAAAAAAATTATTTGAAGTTTTTGAAATGACAGTACATTTTAATATGATTACAAGAAGTAGACTTTTATCTTATCATGGTTAGCTTAAGTTAGATAGAATATCATGTATAATTCTACAAGCAATAACTTTTGGAAAAGCTTATTTATGGCATGGTATCAGAGCTTCTATTGCCAATAAGTCACGAGTTTGAACCGTGACACCCATTATTTTAAGTAAATGTGAATTTCAGCCAAATGGAGGACTTGTGCATTGTAGAAACACTTCAAGCTCACTCATGAGCCTTGAACTAATTAACTTAAGCTTTTGGAGCAATGCAGTGTGATCTTTATTGAAAAGCAACAATCACTTTTTAGAATTCAACACTTTCCCTTGAGAAATAGTTTAGTGACTAATTATTGTTCCTGTCACAGTCGGGAGAAGATTAGGCCAGAAAAGGAGCTACTAAGAGCGAAAAAGCAGATTTTAAAATGTAAACTTAGTATTCGTGATGTTATACGCCAGCTGGATTCTCTTAGTTCTGTGGGTAGCATTGAAGATTCTGTCATTGCTCCAGATGGATCTGTTTATCATGAACATGTGAGCAAGTATCAAAACTACATATACTTATCCTATGTTATTTTTTTGCATTCTTTCCTGTTCAAGACCCTTTATAACGCTTTGCATCATGTTTTAATTTTCTAAGGGGGAATTATTGACTTTTATTGTTCTTATGTTGAATGAATTCATACAGAGAAGATATGGTTCACCATTTCAAGAGCTGATTATATGTTTTTTCTGTTTTCTTCATCTAGATATTCTGTGCGAATTGCAAACTACATGAAGCTTTCCCAGATAATGATATTATACTCTGTGATGGCACATGCAATCGGGCCTTTCACCAAAGATGTCTCAATCCTCCTTTGGATACTGAAAATAGTGAGTTCCTGTTTACACTAGTAAACTTGTTCTGTAATCTTTATTTAGAAAATAATTTGCTTAATTATACATTGCAGTTCCTCCTGGAGATCAAGGCTGGTTTTGCAAGTTTTGTGAATGTAAGATAGAAATTATAGAGTCAACAAATGCCCATCTTGGGACTCAATTTTCCTTGGACAGTAGTTGGCAGGTTTTTTACCTTAATAATCTACTATCCACCATTTTTCTGATTTCATCTTTGCTTTTGATATATCTATTCTTACTGGTCCAAGTAATAATATTTTTCTTCCATTAATTAAGGATGTATTTAAGGAAGAGGCTGCTGTGCCTGATGGTGATATTGCACTACTAAGTCCAGAAGAAGAATGGCCATCAGATGATCCTGAAGATGATGATTACAATCCAGAGAGGAAAGAAGACAGCCACAGCATAAATACAGAAGGTGCTGATGAAAATGCATCCAATGATTCAACCAGTTCTTTGAGTTTGTGGTCTTTGAATGAAGAATGTCCTCCTGCTGATGACGACCTTAGTCGACAATATTATTCTGTCAATAGCTTCATTGATTCTGATGAATCTGGGGAAATAGCATGTGGCCGTAGGCAGCGCAAAGCTGTTGACTACAAGAAACTGTATGATGTGAGTATCTAAGTTCTCACTCAACATAAGCATTTTTTCTCAAAGTAAAGTTCACAACCTCAGCCTCAAGTTGATAATTCAAAATTTAAGGCTTTTGTTATGTCATCGCCTGCCATTTAATAACTGGTACAAACCACAAAGTGTTTACCTTTCTTATGTTTTGGGTTGGAAATTTTATTTTTTTACAATACTGGTTTAAAAGTAATTCCAGGTGGATGTACTTTTTGCCCTTTGTTGTGCAGATGGAAATTTTGTATTGTTTGTGCATGGAAATACTACTAAAAGATAGAGTTCCCTGTTTTCTTCTCTGGTCATAAGTTTCATTTGATTTGACATCTTTTCAGGAAATGTTTGGGAAGGATGCTCCACCTTGTGAACAACTGAGTGAAGATGAAGACTGGGGTCCTGGCAAAAGAAAGCGAAGAGAAAAGGAGTCTGATGCTGTTAATACTCTAATGACTCTGCATGAAAGTGAAAATAAACATCCCAATAATGAGAGTAGTGATAGAATAAGAGAGGGCTCTTCCGGCCTACAAATAAGAAGATCTTGTTTCAGAATTCCACTTGATGCAGTTGAGGTATTTCTTGTGGCAATTCCTGTAGCAATCTCTCTTTATTGCCATTAACCCCCTCCCTCCTCTCCTTTGAAATTCCAGTTGACAACACAGAAATAGATATATATGCTCAAATTGTGTCTGTTAATTGTTTTGTAATAAAATGTTCCAGAAACTTCGGCAAGTTTTTGCAGAGAATGAGCTTCCTCCAAGATCCGTGAAGGAGGGTCTTTCAAAAGAGTTGGGACTAGATCCTGAAAAGGTTATGCCTTGGATTCTCTAGTTGCATCTTGTTTCTATTCTAATCTGAATTCATCTTATAGCAGCAATAACTTTGCTAAACATTAAGTATTAAACTGAAAATATTATATACTATTTC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