Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_07826 LG1 109215981 109219637 PREDICTED: homeobox protein SBH1 isoform X2
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 109216055 synonymous_variant p.Pro25Pro
T/A 109216057 missense_variant p.Met26Lys
T/G 109216060 missense_variant p.Met27Arg
A/T 109216151 synonymous_variant p.Thr57Thr
G/A 109216305 missense_variant p.Gly109Arg
A/C 109216307 synonymous_variant p.Gly109Gly
C/A 109216313 synonymous_variant p.Ser111Ser
T/A,* 109216317 missense_variant p.Ser113Thr
A/T 109216339 missense_variant p.Lys120Met
A/T 109216457 intron_variant
C/T 109216458 intron_variant
A/G 109216766 splice_region_variant&intron_variant
C/T 109216851 synonymous_variant p.Ala168Ala
T/C 109217082 intron_variant
G/A 109217237 intron_variant
T/A 109217239 intron_variant
T/A 109217306 intron_variant
C/T 109217614 intron_variant
A/C 109217724 intron_variant
T/C 109217974 intron_variant
G/T 109218085 intron_variant
T/A 109218243 intron_variant
T/C 109218265 intron_variant
C/A 109218274 intron_variant
T/A 109218897 intron_variant
G/A 109218937 intron_variant
G/C 109218947 intron_variant
G/A 109219110 stop_retained_variant p.Ter228Ter
G/C 109219265 missense_variant p.Ala280Pro
T/A 109219267 synonymous_variant p.Ala280Ala
C/T 109219270 synonymous_variant p.Ala281Ala

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_07826.1
MEGGSNEASSVMGFGENTSSSGVCPMMMMPLVTSHHGGHRPLNPNLNNPNRNLNENTNTNTLFVPMPSTNNNHHPNRNSIHDINHNTNTSELGYFMEIHNRNTNNNNDGSSSSSSSSAVKAKIMAHPHYHRLLAAYVNCQKVGAPPEVVARLEEACASSAVTMAGGTARIGEDPALDQFMEAYCEMLIKYEQELSKPFKDAMLFLQRIECQFKSLTISSSDTACNEGGDRNGSSEEIDVQNNIIDPQAEDQELKGQLLRKYRGYLGSLKQEFTKKRKKGKLPKEARQQLLDWWSRHYKWPYPSESQKLALAESTGLDQKQINNWFINQRKRHWKPSEDMQFVVVDPNHPHYYMENVLANPFPDLSHTML*


CDS Sequence:
>Vu_07826.1
ATGGAGGGTGGTTCTAACGAGGCTTCTAGTGTGATGGGTTTTGGAGAGAATACAAGTAGTAGTGGGGTTTGTCCAATGATGATGATGCCTTTAGTGACTTCTCATCATGGTGGACATCGTCCATTAAATCCTAATCTTAATAATCCCAATCGTAATCTTAATGAAAACACAAACACAAACACTCTCTTCGTTCCCATGCCTAGTACTAATAACAATCACCACCCAAACCGCAATAGCATCCACGACATTAACCACAACACCAACACCTCTGAGTTAGGGTATTTCATGGAGATCCACAACCGCAACACGAACAACAACAACGATGGAAGTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCCGCTGTGAAGGCCAAGATCATGGCCCATCCTCACTATCACCGTCTCTTGGCAGCCTACGTCAATTGTCAAAAGGTTGGGGCGCCACCTGAAGTGGTGGCAAGGCTAGAAGAAGCATGTGCATCTTCTGCAGTGACTATGGCAGGTGGAACTGCCAGAATCGGTGAGGATCCGGCGCTGGACCAGTTCATGGAGGCTTACTGTGAGATGCTGATCAAGTACGAGCAAGAGCTCTCCAAACCCTTCAAGGACGCCATGCTCTTCCTTCAAAGGATCGAGTGCCAGTTCAAATCTCTTACTATTTCTTCTTCCGACACTGCTTGTAATGAAGGTGGTGATAGGAATGGATCGTCTGAAGAAATTGATGTACAGAACAACATAATAGATCCACAGGCAGAGGACCAAGAACTGAAAGGTCAACTGTTGCGTAAGTATCGGGGATACCTAGGTAGTTTGAAGCAGGAATTCACAAAGAAGAGAAAAAAGGGGAAGCTGCCGAAAGAAGCAAGGCAACAATTACTGGATTGGTGGAGCAGACACTACAAATGGCCTTACCCATCTGAATCTCAGAAGCTGGCGCTTGCAGAATCAACAGGGCTGGATCAGAAGCAAATTAACAACTGGTTTATTAATCAAAGGAAACGGCACTGGAAGCCTTCGGAGGACATGCAATTCGTGGTGGTTGATCCAAACCATCCACACTACTACATGGAAAATGTTCTTGCCAATCCCTTTCCCGATCTCTCCCACACAATGCTCTAG


Promoter Sequence:
>Vu_07826::LG1:109213981-109215981(+)
AAAATATATTATTTTTATTTTTATTACAAGAAGATTCATAAATAATTACAAATTTTAGTGACTAAAAATTAGTTGCAGTGACCAATTTATAAATTAAAAATAATTGATAATTAAATTAGTTTATATTATAATTAATTTCTAAAATAATTTTTATAATAAATTGATATCTAAATTAATCATTAACATTAACTACGAAAAATTGGTATTTAATTAAAAATTTATCTTTAAACATATTTCTTATCACTAAAATTGATCATAATTTTATCAATTTTATAAAATATATTTATTATAAAGTGACATAATTCATTATGGGTCTTTGTACCCTTTCTAATATCACAAAATAAATAGATATGTATTTAAATTCTAAAGTTGAATTCACATATAAATTTTTTTAAGAGAACGTGTTTCTGGATGTTGTATTAGGGTTTTTGTTAATATGAGTTTACAACTTACCCCCAACATACTCATGTTTTATTGTGAAACGAGAGAATGAATGTAAAATATAAAACTCGATATGAAATTGATTATGCAAAATATCATACAAACACTGTGTTTATACGAGAGATTTCAACCATTCCAAGAAAATAAATACATATATTTAAATTACTTACAATTAATTTTTATTTATTTATTAATTAGTTTGTTAGAATTAATTAATTAAAATATGTTATGTGTCAAATTTTTTGTTTAGATAAAAAATTTTAATTTATCTTTTAAGACAAAATTATATTCTAAATATATATTTAAACACTCAGACTCTATTTTTTAATATATGCATACAATTACTCTTATTCGAAAAAAATAAAATAATAATTTGAAAGATATGAGTGGTAGTTTTGAAGAGAAGAAAAGGAAGGATGCGGTGTGTAGGTTGGGAGCAATTAAATGGGGGGAGAGTACAAAATGTCTTTATTATTTGGGATTATAAATGAGGGACATAAGCTATGATGCTAATGCTAGCAGACTAGAGAGAAAATTACACCATCTCATCACTGCACTGCAGAGAGGAAGAGACATTCGGACTGTCCCACAAGCTTTACCAGCTTTATTTACTTAACTGCAACACACGCTCCTTTTCTATACTGAATAATCTCATATTAGATGCTATACTATCGACACTGACTCAATTCTAACTCAGACAAAAGGAACCATAATCATGTCTACTTCCACACAACTCAAACAATTTTTTCCATTTTCAAATTTATCTCTTTCATTTTTTCACTCTTCAAAATTAATCAAAACTGACTGTGGAAATAGTTGCAAGGGTGATTCCGTGTCATCCATCTCTTCCACTATTCCATCATCGTCAGTATTTACTTGTTGCCTCTCCCTCGATTTGATCGTTCGTCTCTCTTTCTCTCTCTTCTGAGAAGTCAGATTTGAGAAAGAATTGCGCTGTTTGTTTCTCTCTCCTGCTTTTCTTTGCCAGTGGCGCAGTGCAGGAAACGAGGGGGAGAGTTTCATTGGGAAGGTAAAATCCACCCTTTCTTTGCACCATTCCCTCAGCCATTTACATCACCATCCACCACTCTCTTCTTTTCTTCTACTACAACAAACCCCAGTCAGTTTATGCGTGCATCTTTCCCTTTTTCTCTCTCTCTACTCATGCTCCACTGAATGCTTCAATGGGTGGTCGTAAAGGTTTATAAGACAGACCCAACACCCGTTTTTCCAAGCAAAATTGTGTAGATTTTGTCAGGAGAGATAAAAAAACACAACGCCCTTCCACTTCGTGCATCAGACCAGAACTACAGCACCAAGGTCACTGTTTTGGATTTTTCTGTAAAAAGCCTGAAACTTGAAGCATAAAATCCGGGGGAAACCTGAAGACAACTCATCTCCGGAGCAAAAGTAGAGGGAGAGGGAAAAAGGAGAGAAGGGTTTAGTATTTTTTTTCCTCTTCGTGTGATAAGGCCGAGGTTGTAAATTTTTTAATATAATAGGTTGGGGAAACGGATAAGAGTGTGGATGGGTGTGTTTGTGAATTGGTGAGGAGGCAA


Gene Sequence:
>Vu_07826(+)
ATGGAGGGTGGTTCTAACGAGGCTTCTAGTGTGATGGGTTTTGGAGAGAATACAAGTAGTAGTGGGGTTTGTCCAATGATGATGATGCCTTTAGTGACTTCTCATCATGGTGGACATCGTCCATTAAATCCTAATCTTAATAATCCCAATCGTAATCTTAATGAAAACACAAACACAAACACTCTCTTCGTTCCCATGCCTAGTACTAATAACAATCACCACCCAAACCGCAATAGCATCCACGACATTAACCACAACACCAACACCTCTGAGTTAGGGTATTTCATGGAGATCCACAACCGCAACACGAACAACAACAACGATGGAAGTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCCGCTGTGAAGGCCAAGATCATGGCCCATCCTCACTATCACCGTCTCTTGGCAGCCTACGTCAATTGTCAAAAGGTGAGGGAAAGGAAAAAACACGAAAGGTTAACCTTAACTCATGATATCCATTGACCCAACCTTCCCCACTCGGGTGAAAAGTAGTTAAATATAGACAACCGGAGTGATTGAAAACGATGCCTAATTAATTTATTCACTCTTTCCTTGGTAAGTTCGGATCTGAGTTGTGACATGTGAAGTAATTCCTTTATTAAAGTAAGTCATCCATTCATACCAGTGACAAACTACGTATTATTATTATATTTAAAGTAAAATAAGTAGTAGTAGAAGTATAAACCCTTTAAAGATGGCTAGCTTAACTATTAATGACAAACATGATATTTGGTCATAAGGGTTTACTTATACAGTTGATGCACGTACTTAGCAGGTTGGGGCGCCACCTGAAGTGGTGGCAAGGCTAGAAGAAGCATGTGCATCTTCTGCAGTGACTATGGCAGGTGGAACTGCCAGAATCGGTGAGGATCCGGCGCTGGACCAGTTCATGGAGGCTTACTGTGAGATGCTGATCAAGTACGAGCAAGAGCTCTCCAAACCCTTCAAGGACGCCATGCTCTTCCTTCAAAGGATCGAGTGCCAGTTCAAATCTCTTACTATTTCTTCTTCCGACACTGGTGATTCATAACCTCATCCCCAACTCCAACTTTGATTTTTATGTTTCTTATTCTTTTGATGTTTGTTTTGTTGGGTGTTTGCCTGTTTGATGTTAATTTAATTAATTGAATATCTTTGCATGTCTGTGTTTTCAAGGATGTAGGTTCTGGGAAAGCTGTTAAAGAACTTCTTGTTCTTGAATTTAACTGAGTGCTTGCTTCATCCAATTTTTGTGTTAAAAAGTTGAAATAATTAGTTTGCTACCGTTCTGTGTTTGTTTTCATTACGAAAGATGTTTAATCGATATAGAATATTTGTCTTTTCTTTGTTTAATTTAAGAAGATTCAAAACGTGTTTTTTCCTGTCAAAATGTGAATGGTTAGTACCTACCTGTATACTATCTTATCGGTGTTAGTGCATTGAATAAACTTTTGTTGGCATCCTATAAATTATGCTCTTCCTGCGTGCCCTGATGATATTGACACCATTTCAGCCTTTTTATTTTTGGAAATACAAGTCTTTGCCTATATTCTTGTCTGTGTGATTCCCTATTTGATTTTACTGCTCTCTCTACTTCGCTGTTGTTTATTTTGCATCTGGGTGTGAAGAAACCTCATGCCTAGTGAATCCAACGACAGAGAGAGTGGCAGCTGGAATGTGAATTTGGTTTTAGTGGAGAGAGTCTAGGGTTTCTTTAAAGTGGTGCTAAAGAGTCAAGAGTGTTAGTTCAGTGGTTGTTGGGTTTAGCTATTCACCATCATTTTGCTCTAAAACAATTCATGATTTTTCTAAACTAACTTTTAATAGTTTATACGCTGATAAATTCATGCGTTTTAGTTGGGTGGCCTTGGTTATTTTCACAATTATTGTATATATGTATTGTCATTATTTATCATGTGTTTGTGTCCGACGGTGGAGTGCATATTGCCATGGTTTCTATAACTGTGTCTTTGACATGATAAAACTACACATTGGTGTGTCTATAACGGGAAATGGATGGTTACTTGCCATATGTACATCTACACGGTGCTAACATTGCTGATTGAAATCAGCATTTGAACGTGACAACAATCGATATTTGTCAAACTTTGCTGCTTGAGCGTTGATGACTACAGTGAATAATAGTTGGAAAGTTTTTGTGTATTGCCTTGGATATAATTACAACCGAGATTTCTTAAATATTCATCCATTTATGTATGAGCCAAGAGTGGTGCATGATCTTCTGTTGATGTAAAGGAACAAATCTTCTCGTTCATGGGTTTATTCTGGGTAGAGGGTCCCTCGACAATTTGTTTTTGTAGGTGTTTAACAAGTGGGTTCAATTATTATTGTTATTACTGCTTCTGTTGTTGCTGTTAATTTCTTGATGGTTTTAATTCTTCCATGACTAATGGTAATATCATTTTGCTACTCCTTTGGCCCCTCCAAGAACGTGGCTGTATGAGTATTGTTGCATGTGATTTTAGATTAATATGACGATGATTACGGTGTGGTCTTCTGCTTTAATTATGAACTTTTTGAAGTAATTCATATTTTACCATTTTTTTCTCTGTAATTACAGTGACCTCATGCTGCAAGTGAAATTCCATTTTTTGTTGATAAGGTTTAATACGTTTGATAAATTAGGCTTACACAAGTTAAATCATCTCATTTGAAGAGTATATAACTCTGTTGGGTTTAGGTATTTGCTGTCTCAGTATGGATATGGAGTCATCGTCTTTATAAGGAATGAGTTTGGATTTATTTTTTATTGAATCATTTTAAAATCTGACTTATGTTCTTCATTCATTGCTCCTAATTAATGTAATAAGATGTACTGTTCGTCATCCTTTATGTAATCGTACCATCCAGTCAAAATCTGCACCAAACAGTAGTACAAGGTATAGGTTTGGTAGTAAAATATATCATATCTATGCTTTTAATACTTGTATTGTGTAAACTTGATTGTTACGGTTTGAAGATAAGTTCACAAATGCCGAACTGTACTAGAAACATGCCATAACAGAAATGGTGGTAGGAAACGTTTTACATTAGCGTTTTCTTTGTATTTCATTGTAAGAAATACAGTGTTAAGTTTTGTAATTGGGTTGATCAACAGCTTGTAATGAAGGTGGTGATAGGAATGGATCGTCTGAAGAAATTGATGTACAGAACAACATAATAGATCCACAGGCAGAGGACCAAGAACTGAAAGGTCAACTGTTGCGTAAGTATCGGGGATACCTAGGTAGTTTGAAGCAGGAATTCACAAAGAAGAGAAAAAAGGGGAAGCTGCCGAAAGAAGCAAGGCAACAATTACTGGATTGGTGGAGCAGACACTACAAATGGCCTTACCCATCTGTATGTTGCATGTATTAATTAGTTTATGTATTGTGAAACATGTCATTGGTGTTTTTAAGGAAAAAACATAGGAGGTGGTTGAATTTGATGCATGAACAACAGGAATCTCAGAAGCTGGCGCTTGCAGAATCAACAGGGCTGGATCAGAAGCAAATTAACAACTGGTTTATTAATCAAAGGAAACGGCACTGGAAGCCTTCGGAGGACATGCAATTCGTGGTGGTTGATCCAAACCATCCACACTACTACATGGAAAATGTTCTTGCCAATCCCTTTCCCGATCTCTCCCACACAATGCTCTAG