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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_07701 LG1 108203496 108205015 PREDICTED: trihelix transcription factor ASIL2-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
G/C 108203496 splice_region_variant
T/G 108203514 3_prime_UTR_variant
T/C,* 108203943 synonymous_variant p.Gly247Gly
C/A 108203952 missense_variant p.Lys244Asn
C/A 108204035 missense_variant p.Val217Leu
G/T 108204122 synonymous_variant p.Arg188Arg
T/C 108204206 missense_variant p.Ile160Val
T/A 108204232 missense_variant p.Asp151Val
C/G 108204233 missense_variant p.Asp151His
A/G 108204521 missense_variant p.Ser55Pro

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_07701.1
MASPPPPPDPPSAVPLALIPLPLPAPTSSRRLPPPCWSPDETLALIDAYRDKWYSLGRGNLKATHWQEVADAVANRCPNASPPKTPVQCRHKMEKLRKRYRTEIQRARSLPVSRFNSSWVHFKLMDSMEKGPSPVKPEHDSDSDNDDDDNDDDQDLYQEINQNGHTRSLNRLYRNGFPGSGAGGFRIRIPTGMPPAQPGSGSKIFGKVGNQKFSPNVNQNPSPNSNFGKKRERDPVGEVVAAIKVLGDGFVRMEHMKMEMAREMETMRMEMEMKRTEMILESQQRIVEAFAKAVSEKKKAKTVSSPQQP*


CDS Sequence:
>Vu_07701.1
ATGGCATCTCCTCCTCCTCCCCCCGATCCTCCCTCCGCCGTCCCTCTAGCCCTCATCCCCCTTCCCCTCCCCGCGCCTACCTCCTCCCGCCGCCTTCCTCCTCCCTGCTGGTCACCCGATGAGACCCTCGCCCTCATCGACGCCTACCGCGACAAGTGGTATTCCCTCGGCCGCGGCAACCTCAAGGCCACCCACTGGCAAGAGGTCGCCGACGCCGTCGCCAACCGCTGCCCCAACGCCTCCCCTCCCAAAACCCCCGTCCAGTGCCGCCACAAAATGGAGAAGCTCCGCAAGCGCTACCGCACCGAGATCCAGCGCGCTCGCTCCCTCCCCGTTTCCCGATTCAACTCCTCCTGGGTTCACTTTAAGCTCATGGACTCCATGGAGAAAGGTCCCTCTCCTGTCAAACCCGAACACGATTCCGATAGTGACAACGATGACGACGACAACGACGATGATCAAGATCTGTACCAAGAGATCAACCAGAACGGCCACACTCGAAGCTTGAACAGGTTGTACAGGAATGGGTTTCCGGGTTCCGGTGCCGGTGGGTTTAGAATTCGAATTCCCACCGGGATGCCCCCTGCTCAACCCGGGTCTGGCTCCAAGATTTTTGGGAAGGTTGGGAATCAGAAATTCAGCCCTAATGTGAATCAAAACCCTAGCCCTAATTCTAATTTCGGGAAGAAGAGAGAGAGAGACCCGGTTGGGGAGGTGGTGGCTGCTATTAAGGTTTTAGGAGATGGGTTTGTGAGGATGGAACATATGAAGATGGAGATGGCGAGGGAGATGGAAACTATGCGCATGGAGATGGAAATGAAACGCACTGAGATGATTCTGGAGTCACAACAACGGATTGTTGAGGCCTTTGCCAAGGCAGTTTCAGAAAAGAAGAAGGCCAAGACTGTGTCTTCCCCTCAGCAGCCCTAA


Promoter Sequence:
>Vu_07701::LG1:108205015-108207015(-)
AAAAAAATTTAAAACACTCTTCAAACCCCATTTTCTCTTATTATAGCGATTTCCTCTATTTCGTTAAATATCTCAGTAGTGAACTATTAAGGCACATACTTTATGAAACTAATATACATTTAATATGGACCATGATCTCATGTAAGGGTTATATCAAAGACTCGTATGTTATGAGAATCATTAGATCGTGTAATTAAATTATCTGATGCTTTGAAAACCCATTAAGACGTATTCCTCATTAGACATTTACAATAGAATTTGTTCTGGAGAGCCTTCAATACTCATTTTTATGCATCATGTTATTTTGGATTTTTTACAATGCATAATTAGCACTCAACTTTTATCACTCACCGTTCAATAATTCATCACATCACATTCTAATTTATTTTTTTGTAATGTTTCTTGTTCTCTTTCACATCGAAGATTAAACCTTTCAGACGTTTTATTGTCAATTCATAATTAATTATGAAGTCATGTGCTGTATTATTTTTCAATTTATGCAAAATAAAGTTTAATATATTTTTCTTTTTGAATTTTGATTTATGCTTTTAGAATTATCTTTGAATGTTTGTTTATAATTCAGTTTTAATTAATATTTTTTGTTAATTTACTTAATTTTAATAATCCTTTATTTGTTTGGTTTAAGAGATAAAGGAATAGAATTTCACAAGTATACACATGAAACATATGAGAAACTTAATTAATTGATCAATAAATCAACTAATGATCTAAATAATCAATTTACCTCCACGTAATTATTTTATTTTTACACTCTCTATAACAAATTGTCCTTTGTTATTTCAATTCTTAAGTTTTTATAGATACTTGTACGTTCTAAAGATTCCTATTAAATTTAAATTTGTTGGAAAACTTGAGTTAACTCTATCTAAACTTACATATTTTCAGTATAGCTAGCTAATATTTGACTTTATATTGGATAGTATAACGAAGGATCAGGCTAATTATTTCACAAGTTGACGAGTTCTACTTTATATAATTTTACAAGTGAAATTAAGTTTATGTTAGTAGAATGATCGTGGTAGTAAATTAATGTAAAGATACAATTAAAATAGTACCAAAAAATAATAAAAAGGCCTATTTATGAATTGAAATATGCATATAAAGATAGTATAATAGAGCAACCTAATTCGAGAACGAAGAGATAAACATATTTTAAACCTATAACTAAAGAGAGGAATCAACTAAGGATATCACTATATTGAAAAACCATAATTAACATAAAGAAAAGAACAACTATGTAACATATATTGAAAATAAACTAAATCAGAATAATGACAATTTTTTTTTGCTAAATCCAGATAGAAAAATATATAGAATTAATTAACTTTTTAAGTTTAACAAGAGCATTGGACCAACTATCATCATGATACTTGTATTTTCTGAGGACCAATTATATTTGTCAAACACAAATATTGTTTCATAAGATCGAAAAGAGAGAGTCATATTACAATGTTAACTCGTTATTTACATTGATCTTTTAAAAACCGTGAACATTAATAAATGGAGGAAATCACATTAATTTTTTAAGTAAAATGATAATTGAATTAAAAAAATCACATTAAATAATCTCTAAAATTATTAGAAACAAAAAGTTTTTTATATTTTCTTTTAAAAAGCTGTTCAACATGATGGTGGTGCTAAAACATTTATTTCCTCTTTGTTATTCAAATTTAAAGACAGTACACAATAAATATTTTAATATCTTGTTTCAACCAATCAAAAGATTACCATTATGATTAGTAATAAGAGGGAACAGTGTTGATAATAGTTTTAACTTTTCATTCAAATTGTTTACGTATATTTATTTTAAAATTAAATAGGCCTTAGGGTATCCAACATTATTGTGAATGACTTTTACTATTTTCACCTCCTACTTACTAAGTTCAGCTCAATTTTAGAGGAGTGCTAATAGAAATTTGTGTAGTGTGGAGGGTATACTGAATGGTTAATTTAATCTTAAAATTGAAAGATGATAAAAA


Gene Sequence:
>Vu_07701(-)
GTTGGTGAATGGAGAGTAGTGGGAGAGTAACCTTAAGCTAACCTATGAGATAGGTGATAGGTGATGTGTGGGGGTGTTGGAGGAGCAATCACCACCGTCCAAGTCAGGGCAAAGTGAAGTGAGTGGGTGCGCATAGTGAGAGCGGCGCACGTTAGTCTCTCCCCCCACCAAATCGGTGGTGCCCTCCCTCGTCCTATCCTGTCCACATCTCAAAACCAGCCGCACACCACCACCCACTATGTTACCAAACGCCACCACCACCAAACCCAAACCCACTTTCCCCCACTCTATCTCACCCCTCTTCCACTCTCATTCTCCTTCCTTCCTCTTCCATGGCATCTCCTCCTCCTCCCCCCGATCCTCCCTCCGCCGTCCCTCTAGCCCTCATCCCCCTTCCCCTCCCCGCGCCTACCTCCTCCCGCCGCCTTCCTCCTCCCTGCTGGTCACCCGATGAGACCCTCGCCCTCATCGACGCCTACCGCGACAAGTGGTATTCCCTCGGCCGCGGCAACCTCAAGGCCACCCACTGGCAAGAGGTCGCCGACGCCGTCGCCAACCGCTGCCCCAACGCCTCCCCTCCCAAAACCCCCGTCCAGTGCCGCCACAAAATGGAGAAGCTCCGCAAGCGCTACCGCACCGAGATCCAGCGCGCTCGCTCCCTCCCCGTTTCCCGATTCAACTCCTCCTGGGTTCACTTTAAGCTCATGGACTCCATGGAGAAAGGTCCCTCTCCTGTCAAACCCGAACACGATTCCGATAGTGACAACGATGACGACGACAACGACGATGATCAAGATCTGTACCAAGAGATCAACCAGAACGGCCACACTCGAAGCTTGAACAGGTTGTACAGGAATGGGTTTCCGGGTTCCGGTGCCGGTGGGTTTAGAATTCGAATTCCCACCGGGATGCCCCCTGCTCAACCCGGGTCTGGCTCCAAGATTTTTGGGAAGGTTGGGAATCAGAAATTCAGCCCTAATGTGAATCAAAACCCTAGCCCTAATTCTAATTTCGGGAAGAAGAGAGAGAGAGACCCGGTTGGGGAGGTGGTGGCTGCTATTAAGGTTTTAGGAGATGGGTTTGTGAGGATGGAACATATGAAGATGGAGATGGCGAGGGAGATGGAAACTATGCGCATGGAGATGGAAATGAAACGCACTGAGATGATTCTGGAGTCACAACAACGGATTGTTGAGGCCTTTGCCAAGGCAGTTTCAGAAAAGAAGAAGGCCAAGACTGTGTCTTCCCCTCAGCAGCCCTAAGGTTAAGGTTTCCAGTATTGTTTGCTTGTTTAGATATTGCATTGCTGTTACCATTTTTTCTTCTTGTAATTTTAAGGTCACGGTGTTAGGTTGGTGTTGGATGAATGGAGGATGTAGTTTTAGATATTCATTTTGTAGTTTTGATTTTCTTGCTGTCCTTTTCTTATGTTTAAATAAAACCAGAAGACAGAATCTCTTGCAAAATTGGTTTGTGTATTATGGATTTATTAAGAGTCACTACTAATAGAGTTATTGGGC

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