Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_07576	LG1	107111518	107115773	PREDICTED: two-component response regulator ARR2-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
C/T	107111572	3_prime_UTR_variant
C/T	107112533	synonymous_variant	p.Glu630Glu
C/A	107112540	missense_variant	p.Gly628Val
G/T	107112834	missense_variant	p.Ser530Tyr
T/C	107112842	synonymous_variant	p.Pro527Pro
G/T	107112843	missense_variant	p.Pro527Gln
G/T	107113057	missense_variant	p.Pro456Thr
T/C	107113334	synonymous_variant	p.Pro363Pro
T/C	107113529	synonymous_variant	p.Leu298Leu
T/G	107113648	splice_region_variant&intron_variant
A/T	107113791	downstream_gene_variant
G/A	107113798	downstream_gene_variant
C/T	107113862	downstream_gene_variant
C/A	107113973	downstream_gene_variant
A/T	107114241	downstream_gene_variant
C/G,*	107114298	downstream_gene_variant
A/T	107114300	downstream_gene_variant
G/A	107114312	downstream_gene_variant
A/T	107114366	missense_variant	p.Val254Glu
C/T	107114367	missense_variant	p.Val254Met
T/A	107114413	missense_variant	p.Leu238Phe
C/A	107114631	stop_gained	p.Glu166*
G/T	107114637	missense_variant	p.Arg164Ser
C/T	107114660	missense_variant	p.Cys156Tyr
A/G	107114662	synonymous_variant	p.Ala155Ala
T/C	107114783	intron_variant
A/T	107114843	missense_variant	p.Leu124Gln
G/C	107114847	missense_variant	p.Leu123Val
A/G	107114962	splice_region_variant&intron_variant
C/A	107114976	intron_variant
G/T	107115057	intron_variant
A/T	107115085	intron_variant
A/T	107115090	intron_variant
T/A	107115233	intron_variant
T/C	107115255	intron_variant
C/G	107115379	missense_variant	p.Gly49Ala
G/T	107115452	missense_variant	p.Leu25Ile
G/A	107115541	5_prime_UTR_variant
A/T	107115725	5_prime_UTR_variant
C/G,A	107115763	5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_07576.2

MLLLLLLLLLLLWWCYCSVRFGLDLRSMNLGNGKGSMSTVTTTGVMKSGDVVSDQFPAGLRVLVVDDDPTCLMILEKMLRTCLYEVTKCNRAETALSLLRENKNGFDIVISDVHMPDMDGFKLLEHIGLEMDLPVIMMSADDGKSVVMKGVTHGACDYLIKPVRIEALKNIWQHVVRKKKNEWKDAEQSGSAEEGDRQPKASDEADYSSSANEGSWRNSKKRRDEEEEAEDRDDTSTLKKPRVVWSVELHQQFVAAVDQLGIDKAVPKKILELMNVPGLTRENVASHLQKYRLYLRRLSGVSQHQNNMNNSFLGSQEATFGTISSISGIDLQTLAVAGQLPAQSLATLQAAGLGRSTAKAGVPMPIMDQRNLFSFENPRVRFGEGQQQHLSSSKPMNLLLGIPTNMEPKQLANLHQSTQSIASLNMRVNASAPQGNPLLMQMPQSQPRGQMLSENPGPRVPRLPSSLGQPNVSNGISNGFLGRNGIAGNNRGPAYNPVPPNSSLLSFPMNQSSEMSVNNSLPLGSTPGMSSITTKGSFQEEVTSGIKTSGGFPSYDIFNELHHHKSHDWEITNPGLTYSAPHHANPLQGNIDVSPSVLVHQGFSSTQQTGQSRDATLIGKSMFSVGQGSEQDNLQNAVQHLHPLLVDNSVRVKSERIPDASSQTNLFPDHYGQEDLMSALLKQQEGMGPAESEFEFDAYSLDNIPV*

>Vu_07576.1

CDS Sequence:
>Vu_07576.2

ATGTTGTTGTTGCTGTTATTATTATTATTATTGTTGTGGTGGTGCTACTGTTCTGTTAGGTTCGGTTTGGATCTCCGAAGCATGAATCTGGGCAACGGAAAGGGATCCATGTCAACGGTTACTACAACAGGGGTTATGAAATCCGGAGACGTTGTCTCCGACCAGTTTCCGGCGGGTCTCAGGGTTCTGGTGGTCGACGATGATCCCACGTGCCTCATGATTCTCGAGAAGATGCTTCGCACGTGCCTCTACGAAGTTACCAAATGCAACCGAGCAGAGACTGCGCTTTCACTTCTTAGAGAGAACAAAAATGGGTTTGACATTGTTATAAGCGATGTGCATATGCCTGACATGGATGGATTTAAACTTCTGGAGCACATTGGGTTGGAGATGGACCTTCCTGTTATCATGATGTCTGCGGATGATGGTAAAAGTGTTGTTATGAAGGGTGTGACTCACGGTGCTTGTGATTATCTGATTAAGCCTGTTCGCATTGAGGCTTTGAAGAACATATGGCAGCATGTGGTTCGGAAGAAGAAGAATGAGTGGAAAGACGCAGAGCAATCCGGCAGTGCCGAAGAAGGAGATCGCCAACCTAAGGCATCTGATGAAGCAGATTACTCTTCCTCGGCTAACGAAGGCAGTTGGAGAAACTCAAAAAAGAGAAGGGACGAGGAGGAGGAGGCAGAGGATAGAGATGACACATCCACGTTAAAGAAACCTCGAGTTGTTTGGTCTGTGGAGCTTCATCAACAGTTTGTGGCTGCTGTGGATCAGCTGGGAATTGACAAGGCTGTTCCTAAAAAAATTCTGGAATTGATGAATGTTCCTGGGCTCACTAGAGAAAATGTTGCCAGCCACCTGCAGAAATACCGGTTGTATCTTCGAAGATTAAGTGGAGTTTCTCAACACCAGAATAATATGAACAACTCCTTTCTCGGCTCTCAAGAGGCAACGTTTGGAACAATTTCTTCAATTAGCGGGATTGATCTTCAAACTCTTGCAGTTGCTGGCCAGCTTCCTGCTCAAAGTCTGGCTACTCTTCAAGCAGCAGGACTTGGTAGGTCAACTGCCAAAGCTGGTGTACCAATGCCTATCATGGATCAAAGAAACCTTTTTAGTTTTGAAAACCCAAGGGTAAGATTTGGAGAAGGCCAACAGCAACATTTAAGCAGCAGTAAACCAATGAACTTATTGCTTGGAATCCCTACCAACATGGAGCCTAAGCAGCTTGCCAATTTGCACCAGTCTACCCAATCCATTGCCAGCTTGAATATGCGAGTCAATGCATCTGCCCCACAAGGCAACCCCTTATTGATGCAGATGCCACAATCCCAACCTAGAGGTCAGATGCTAAGTGAAAATCCTGGTCCTCGTGTTCCTAGGCTTCCATCATCTTTGGGGCAGCCTAATGTATCAAATGGAATTTCTAATGGCTTTCTGGGAAGAAATGGCATTGCTGGTAATAACAGAGGACCTGCGTATAATCCTGTTCCACCAAACTCTTCGTTGTTGAGTTTTCCAATGAATCAAAGCTCTGAAATGTCCGTCAACAATAGTTTACCTCTTGGAAGCACTCCAGGTATGTCCAGTATCACAACAAAAGGCTCATTTCAGGAGGAAGTTACATCTGGAATTAAAACATCTGGTGGATTCCCAAGTTATGATATTTTTAATGAACTGCACCATCACAAGTCCCATGATTGGGAGATAACAAACCCAGGCCTGACATACAGTGCCCCCCATCATGCAAATCCTTTACAAGGTAACATTGATGTATCCCCATCAGTTTTAGTGCATCAAGGGTTTTCTTCTACCCAGCAGACCGGCCAGAGCAGAGATGCTACTTTAATTGGAAAATCTATGTTCTCCGTGGGACAAGGCTCGGAGCAAGATAACCTCCAAAATGCTGTTCAACACCTCCATCCGCTTCTTGTTGACAATTCAGTAAGGGTTAAGTCTGAAAGAATTCCCGATGCAAGTTCCCAGACTAATCTCTTCCCTGACCATTATGGGCAGGAGGATCTGATGAGTGCGCTTCTAAAGCAGCAAGAAGGCATGGGACCAGCTGAGAGTGAGTTTGAATTTGATGCTTATTCTCTGGACAACATCCCTGTCTAG

>Vu_07576.1

Promoter Sequence:
>Vu_07576::LG1:107115773-107117773(-)

AATTTTATTTTTAATTAAAAAATATATAAATTAATTTTTTTATTATCTTTTGCGGGCAACGAATATCCATGGGTCAAGTAGTATATTAACCGTTTAGAAGTAGGTATTAAAATATCCGTTACCCGTTATCCGTGAATAGTAAATAATCGTAAATAATAATTATCTGTCACAGATTTTATCCGTAGATACTCGTGTCCGTGGATTTTTTTGTCATCCTTAGTTATATATTTTTACTTTCTTTAAAATAATTAATTAAAACAAAAAAAATTAAAAATTATTGAAAGTCTACGTTATCTAGAGATAAAACTAATGTATAATATATAAGTAACTGTAAATTTCATCTTACTTCGTTTTGTGAAATTGAATTAAATTTAAAATTTATTTTTTAAAAATTTATTTGAAGGCCACCAAAGTGTACCAAAACAAGCAGCGCTTGTTATATATAGAGACTTGAAATGTGATTTTGGGTTTAGAAGTAAGGAAAGTTGAGAAATGGTTTGGAGTCAAATCAATGAACTGGCTTGCATAAGTTTGGCATTGGTTTATATGTATGTGGACATTGACCCAAACTACCAACATCAAACTTTGTACTATTTTATTTATTTGTTTGCATAAAGCTTAAATGACAACAGACCCACCATCTCCATGGATAATGCTTCCTTTACTAAATGCTATAAATATTAATTCCCTCTTCATGCGCAATTTCATACCATCACAAAATTAATTCTCATTTTCTAATATTACATATTCCCACCCAATCACAATGCACATACTTTCCTTAAATCAAATTTTTTACTCATTTCCAACAATTAACATACTTTATGACCATTAATTGAATACCATCCTAATGTCCATAAAAACATTTCATCATTCTTACTCATTGAAAATTCTCTTATTGTCAATTTAAACACCATAATTCCTTTTATTGTCTTATACACTTTTATTATTAGAAAATAACATGTATTATTTGAAGAATAAAATAATTTAAAACGAGGTTCATTTAAAAATTGTTAAGCTTTTTATCCAAATACTATTATTATTATTTTTAACAGCATTTTAGTTAATGGTTTCCGTGTGCCGTAATTATTGTACTGTTATATATATATAACAAAAAAAATAATCAAAGTTTCTATTGGTGTAAGTAGAAAAATAAATAATTAACGTATAATTATTTATTACCGTTAATTGATTTCTATAATAATTATTCGAGGTTATAATTTTAAAAACTGTATATATATTTTTCATTTTTTACAGGCATCTTATGGATTTTTATACCAACTTGAATAAATATTTTTTGCTTTGTACAATCGATACTTAAATTTGGTCATTTAACATTAAATACGATAAAATGCTCACACTTTTTCATTAAGTGGGTAAGACCTTAATGGAAAATAAAAAAACCAGTACTGTACTATTTCAGTAAAAAAACATTACAAAAATAGTTGGGAGGTTATAAATATTTTAAACCAAATTTAAATTGATTAAGTAATTCTTAATTTAGTTTTTCATGACTTTAATGAATAAAAAAATAATAATAATAAACGAGTTTACTGAACACTAATGAGCATTAATTTAGAAATTAATAAGAAAATAAAAATATAATTGAGCATGATTATTAGATAAGCATGCATGGTCGTAAACACGGGCACAGTTAAAATAAAAAAAGGTTTTGGAAGAGTAGATTTAAGAGGAGGGGTTAGTTCCTACCATGAATGAGCTGGATCCACTCTTTCAGGAGCCACTCACACCCAACTTTCACTATATTATAATTATAAAATTATAATTATTATAAATATGTAACATCACAAATTATCTCTCTGGAAATAGCAAAATTAAAACTACAACTATTACCGTCATACCATTATTACTGGAAATTTATTAAGTGGCATAATAAATAACATTGATGTCTTGCTTAATACTGAATAAAAAAATAACAAATGTCATCAATACCCGAGAATAATTAAAGAATAATTAAATACCCGAGAAATTCAGCGTGTAAC

Gene Sequence:

>Vu_07576(-)

AGTGACAAGGGGAGGACATAAGCTTGAGGCGCAGAACGATAGTTATTGTGTTTTTTTTTATTATTTATTTATTATGAAATAAAAATATATTTCTCACCCAAAATTCGTCTTCTCTTTCTTTCTACTCCGATTCCTGCTCTGCGTTTTGGTCCAATTGTGAACTCAGCAGCACCTGCTCCTCAATTAGTTTCGCTTCACTTTCGCCTCAAACTCGATTCGAACTATGTGAACGCCACTGTTGTCTCTCGTATGTTGTTGTTGCTGTTATTATTATTATTATTGTTGTGGTGGTGCTACTGTTCTGTTAGGTTCGGTTTGGATCTCCGAAGCATGAATCTGGGCAACGGAAAGGGATCCATGTCAACGGTTACTACAACAGGGGTTATGAAATCCGGAGACGTTGTCTCCGACCAGTTTCCGGCGGGTCTCAGGGTTCTGGTGGTCGACGATGATCCCACGTGCCTCATGATTCTCGAGAAGATGCTTCGCACGTGCCTCTACGAAGGTACTACCACTCTATTACTACTCCATCGGGTTGTTACTGTTTTCTGTTTCTCTTCTCTATTTCCTATTCGAACGGTTATTAATTGACCTCCTCAAAAAATAACGAAAGAGAAACAGAACAAAAATTGAAACCCCAACTTAATTAACTACTTGGTGATTAGCTTCTGTTTCTTGATTTGTTGATTCTTCCTTTGAATCAGACTTTTGCTAACCGTTGGATGTCAGATTTGTAATTTTGTTTCTGTCGTGGAATTTTTGTTTTGTTGATATGTATGCGAAATTTTAGGAGTTTTGTTTTGGTTGTGGTTTCAGTTACCAAATGCAACCGAGCAGAGACTGCGCTTTCACTTCTTAGAGAGAACAAAAATGGGTTTGACATTGTTATAAGCGATGTGCATATGCCTGACATGGATGGATTTAAACTTCTGGAGCACATTGGGTTGGAGATGGACCTTCCTGTTATCAGTGAGTGTCTCGTTTGACCTGATTAGATCTGTTTCTGGTGGAGTGCATTGGTGTTTAAATTTACTTGCTTTTCTGTGATGGTTGCAGTGATGTCTGCGGATGATGGTAAAAGTGTTGTTATGAAGGGTGTGACTCACGGTGCTTGTGATTATCTGATTAAGCCTGTTCGCATTGAGGCTTTGAAGAACATATGGCAGCATGTGGTTCGGAAGAAGAAGAATGAGTGGAAAGACGCAGAGCAATCCGGCAGTGCCGAAGAAGGAGATCGCCAACCTAAGGCATCTGATGAAGCAGATTACTCTTCCTCGGCTAACGAAGGCAGTTGGAGAAACTCAAAAAAGAGAAGGGACGAGGAGGAGGAGGCAGAGGATAGAGATGACACATCCACGTTAAAGAAACCTCGAGTTGTTTGGTCTGTGGAGCTTCATCAACAGTTTGTGGCTGCTGTGGATCAGCTGGGAATTGACAGTATGTATCTTTTGCCTGGGTTTTCGAAGTTGTTTTTGGTTTTCTATATTTGTTGCATTTCCACTGAAGACCTATGTAACGGAACTTTTGATGCATGGTTGTTAGGATTTTTGTTTTTATATTGTCCAAAACAACACTTTTACCACTTTGGTCTTCAGTTTTTAGATACTCCCAATTCCTGGATCATTGCAAGTAGGTTTTGCATGCTTTTCAAATTATCGGGTCAGCAATATTAATAGATACATTATGACTCCATTTTGGCTTTATAATTGCATCTATAGTCAAGTCTTATCCCACAGGTTGGGTTTCTAGCCAATGAGGTCTAAAAATAATCAAATCATTTCTCTAAAACCATTTTTAATAGTCTTTCTTATATTTTTCGGAGTTCCTCTTCTACGTGTTTTACTTGACTATTTTCCACTTTTCTTATTGGAGCCTCTATTAGTTTGCTAATATCATGAAACCATCTATGGCGAGTTTTGCTCTCCTACTTTATCCTGCGTTAATTTGGTCATCTTATCTTTTTATTGTATGTTCACTCGTCCTTTTGTAAGAATTATGATGTTATTTAATTTGGCATGACTCATCTGATATTTGTATTCAGAGGCTGTTCCTAAAAAAATTCTGGAATTGATGAATGTTCCTGGGCTCACTAGAGAAAATGTTGCCAGCCACCTGCAGGTATCATACTGTTATACTGTCTGTACTTTGGGAAGGACTTGGGTTAAATTTTATTCTTACTTGATTGAAGATCCCTTTTTTCATCCTGTTTTTGTTGCAGAAATACCGGTTGTATCTTCGAAGATTAAGTGGAGTTTCTCAACACCAGAATAATATGAACAACTCCTTTCTCGGCTCTCAAGAGGCAACGTTTGGAACAATTTCTTCAATTAGCGGGATTGATCTTCAAACTCTTGCAGTTGCTGGCCAGCTTCCTGCTCAAAGTCTGGCTACTCTTCAAGCAGCAGGACTTGGTAGGTCAACTGCCAAAGCTGGTGTACCAATGCCTATCATGGATCAAAGAAACCTTTTTAGTTTTGAAAACCCAAGGGTAAGATTTGGAGAAGGCCAACAGCAACATTTAAGCAGCAGTAAACCAATGAACTTATTGCTTGGAATCCCTACCAACATGGAGCCTAAGCAGCTTGCCAATTTGCACCAGTCTACCCAATCCATTGCCAGCTTGAATATGCGAGTCAATGCATCTGCCCCACAAGGCAACCCCTTATTGATGCAGATGCCACAATCCCAACCTAGAGGTCAGATGCTAAGTGAAAATCCTGGTCCTCGTGTTCCTAGGCTTCCATCATCTTTGGGGCAGCCTAATGTATCAAATGGAATTTCTAATGGCTTTCTGGGAAGAAATGGCATTGCTGGTAATAACAGAGGACCTGCGTATAATCCTGTTCCACCAAACTCTTCGTTGTTGAGTTTTCCAATGAATCAAAGCTCTGAAATGTCCGTCAACAATAGTTTACCTCTTGGAAGCACTCCAGGTATGTCCAGTATCACAACAAAAGGCTCATTTCAGGAGGAAGTTACATCTGGAATTAAAACATCTGGTGGATTCCCAAGTTATGATATTTTTAATGAACTGCACCATCACAAGTCCCATGATTGGGAGATAACAAACCCAGGCCTGACATACAGTGCCCCCCATCATGCAAATCCTTTACAAGGTAACATTGATGTATCCCCATCAGTTTTAGTGCATCAAGGGTTTTCTTCTACCCAGCAGACCGGCCAGAGCAGAGATGCTACTTTAATTGGAAAATCTATGTTCTCCGTGGGACAAGGCTCGGAGCAAGATAACCTCCAAAATGCTGTTCAACACCTCCATCCGCTTCTTGTTGACAATTCAGTAAGGGTTAAGTCTGAAAGAATTCCCGATGCAAGTTCCCAGACTAATCTCTTCCCTGACCATTATGGGCAGGAGGATCTGATGAGTGCGCTTCTAAAGCAGGTTTGCCCTTCATCCCTTTCTTTGGACCTGGAATATTTACACGTACTTGCATGTAACTTTCCGTTATGAGCAAATCGGTTTTCTCATGTGTTTCTAATGTTGGCAGCAAGAAGGCATGGGACCAGCTGAGAGTGAGTTTGAATTTGATGCTTATTCTCTGGACAACATCCCTGTCTAGAATAAACCCTGGCCAGTTCTTTCTGATTGCAGTTGTCAGTGTAAATAGTTTATGTTACACAAGCACGTTATCATCTTGCAGTTAGTAATTTTCGAACTGAGTCTAAATTGTTCGACAAACAGGATTTGGTTGGTGTCAAATATTCAGACTTCTGGGAGTAGTAGTGTATTGTAATGCCTTAGTCTGGATGGTTAAGATGAATCGGCTACAAACGTCAACTGCATATATATATGCACAAGGCACGTGCAATTTTGACTGCTATTGATAGCAAAGTTGCTAGCAAGCTTCTCTAATTTTAGGGTGTTCTTGAAGGTATGTTGGCGTAGGACAGAATTGCAGAAGCAAGGTTTTGATACATCTGCAAAGTTGTCGTAGGATCTTTTCTAACTTGAAATAACAAATTATGAATTTTTTTTTCTTCTGTTTCTTTTGTAATTTATGTCATTCAAAGTAAGTAACGACTTCCGTAAGCATGTAAATATTGCATTTGGCTGCTCTAGACGTTTGGTCTGGCCATTCTTTTCTGGCTGCTTCTGTACTGCGATACTTCTGTGCTTTTAATGTTCATTATGTCATGCATTCTTTGTACATGAACCTGGTTAGGTACTTCTCTCATATTATATGGCTATTGGTCTATAGCTATGCAATATGCATTGCTAAGCATATTTCACGCTTATA