Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_07507 LG1 106551298 106554828 PREDICTED: GPN-loop GTPase 1 isoform X1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   embryo development ending in seed dormancy, embryo development ending in seed dormancy, embryo development ending in seed dormancy, cell division, embryo development ending in seed dormancy, embryo development ending in seed dormancy
Cellular Component   located in   microtubule, cytoplasm, cytoplasm
Molecular Function   enables   GTPase activity
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03021 Transcription machinery [BR:ko03021]
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 106551446 3_prime_UTR_variant
G/T 106551521 3_prime_UTR_variant
T/C 106551601 3_prime_UTR_variant
A/T 106551647 synonymous_variant p.Ile397Ile
G/A 106551836 synonymous_variant p.Gly334Gly
G/C 106552280 upstream_gene_variant
A/T 106552283 upstream_gene_variant
A/T 106552412 upstream_gene_variant
T/A 106552467 upstream_gene_variant
T/C 106552512 upstream_gene_variant
A/T 106552516 upstream_gene_variant
A/C 106552523 upstream_gene_variant
C/A 106552544 upstream_gene_variant
A/T 106552545 upstream_gene_variant
A/G 106552559 upstream_gene_variant
C/A 106552679 upstream_gene_variant
A/T 106552799 upstream_gene_variant
T/C 106552938 upstream_gene_variant
T/C 106552992 upstream_gene_variant
A/G 106553040 upstream_gene_variant
A/G 106553053 upstream_gene_variant
A/T 106553073 upstream_gene_variant
A/G 106553260 upstream_gene_variant
G/A 106553349 synonymous_variant p.Asn233Asn
G/A 106553427 synonymous_variant p.Pro207Pro
G/C 106553756 intron_variant
T/C 106553806 intron_variant
T/C 106554024 missense_variant p.Lys125Glu
C/T 106554118 synonymous_variant p.Arg93Arg
G/T 106554120 synonymous_variant p.Arg93Arg
A/G 106554207 upstream_gene_variant
G/A 106554250 upstream_gene_variant
T/A 106554259 upstream_gene_variant
A/G 106554263 upstream_gene_variant
A/G 106554297 missense_variant p.Val68Ala
G/C 106554305 missense_variant p.Ile65Met
T/A 106554381 missense_variant p.Glu40Val
A/C 106554430 upstream_gene_variant
G/A 106554774 5_prime_UTR_variant
C/A 106554782 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_07507.1
MNVDNGSESAKLDNSSMQMDSGDSSDQVKDNEKEKKELTETMNKLHIEGCSSGNGFPNFRRKPVIIIVVGMAGSGKTTLMHRLVAHTHIKNIRGYVVNLDPAVMTLPYASNIDIRDTVKYKEVMKQFNLGPNGGILTSMNLFATKFDEVISMIERRADQLDYVLVDTPGQIEIFTWSASGAIITEAFASTFPTVVAYVVDTPRSEDPTTFMSNMLYACSILYKTRLPLILTFNKVDVAAHQFALEWMEDFEAFQAAASSDQSYTSTLTQSLCLVLDEFYNNLKSVGVSAVSGAGMEAFFKVVEASADEYMDTYKADLDKRREEKQRLEEDRRRGDMDKLRRDMEKSGGETVVLNTGLKDKEKSKSKSMMDEEDEVEEDEVTEDDEDLGIYTEDDDAIDEDEDEEVDRFGL*


CDS Sequence:
>Vu_07507.1
ATGAATGTCGATAACGGTTCAGAGAGCGCGAAGCTTGACAACTCGTCCATGCAAATGGATTCCGGTGACTCTTCCGATCAAGTAAAAGACAATGAGAAGGAAAAGAAAGAACTCACTGAGACTATGAACAAGCTGCATATTGAAGGATGTTCTTCTGGAAATGGATTTCCTAACTTTCGAAGAAAACCTGTCATCATTATTGTTGTAGGAATGGCAGGGAGTGGGAAAACTACACTCATGCATAGGTTGGTTGCCCATACACATATAAAAAACATCCGGGGTTATGTGGTGAATCTTGACCCTGCCGTCATGACCCTTCCATATGCTTCCAACATCGATATAAGAGACACTGTTAAATACAAAGAAGTCATGAAGCAGTTTAACCTTGGCCCTAATGGTGGAATTTTGACTTCTATGAACTTGTTTGCCACCAAGTTTGATGAGGTAATCTCTATGATTGAGAGACGGGCAGATCAACTTGACTATGTTCTTGTGGACACCCCTGGTCAGATTGAAATATTTACATGGTCTGCTTCTGGTGCTATCATTACAGAAGCTTTTGCATCCACATTTCCCACTGTAGTGGCCTATGTAGTTGATACACCTCGTTCAGAAGATCCCACAACTTTCATGAGCAACATGTTGTATGCTTGTAGTATCCTCTATAAGACAAGGTTACCTCTCATCCTGACATTCAACAAAGTTGATGTAGCAGCACATCAGTTTGCATTGGAGTGGATGGAGGATTTTGAGGCATTCCAAGCAGCAGCAAGTTCAGATCAGTCATACACATCAACTTTAACTCAAAGCCTTTGTCTTGTGCTAGATGAATTCTACAATAATTTGAAATCAGTTGGAGTTTCTGCTGTTTCTGGTGCAGGAATGGAAGCCTTCTTTAAGGTTGTCGAAGCCAGTGCAGATGAATACATGGACACCTACAAGGCTGATCTTGATAAAAGACGAGAAGAGAAGCAACGTTTGGAGGAAGACCGTAGGAGGGGCGACATGGATAAACTGAGGAGAGACATGGAGAAATCTGGGGGAGAAACTGTAGTTTTGAACACTGGTTTGAAGGACAAAGAGAAAAGTAAAAGTAAAAGTATGATGGATGAGGAAGATGAGGTTGAGGAGGACGAGGTAACGGAAGATGATGAAGATTTGGGGATATATACTGAAGATGATGATGCTATTGATGAGGACGAAGATGAGGAGGTTGATAGGTTCGGCCTGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_07507::LG1:106554828-106556828(-)
CATTTATCGTTACATAAAAATATTGTTAAAATAAATAAATATATATATATAGAATAAATTAAATTAATATTTTAAATATATTTATAAAAAAAATGATAGCACATTTAAATTTTTTTTATAAATTTGAAATTAATTAAGTCATATAAACATATATATTTACATATAAGTTATATAACAACACCTCAATTGCATTTTTAATTATACTAATTTTAAACTTGTGTTGAATTGTATTTGTTTGTCCGTTTATTTTATTTAAAAAGTACCCAGAGGTTGAGAAAATTAATAATAACTTTAAGTTTATAATTAAGTTATGAGAAAAATTATTATAGGTTTCAAAAGGTAATATTTAAAAAATTTCTAGAGGTTGAGAAAAATAATAATAATTTTAAGTTTTATAATTAAGTTTTGAGAAAAAAATATTTATAGGTTTATAAAATTAATATGTATTTAAAAATATAAATAATAGACATGGTAAAAGTCCAAATAATAAGAATGTGCAAAAACACGTATTAGACTTTTATACAAAATATGTAAAGTATCTTTACTAAAAACACAGTAGAAACATTGATTTAATATGTATTTTTAGATTTCATGTTTATATACATTATAATTAATATATAAACACATTTATCTAATGTGTATTATTATATTTATTTAATATAAATAAATTTGTATAATATATTGTAAAACTTGTTAAACAGAATGTATAATATATATTAATAAACTCATTTAATACGTGTATGAATAGATTAATTAACATATATTATTATATTCATTTAATCAATGTGAAAAAACTTTTTTAATATGTATTATAATATTTGTCTAATACGTATTATTAAATTAATGTTTTTGTTATATTCATTGAATCAGTATATAGATATATTTGTTAAACATATATTAAACTCAAAATATTCTTTTGTTATATTAGTTTAACAAATCTATGAAGAAACTTATTTAATGTAAATTATAACATTTATTTAATCAATAATTTATATATATATATATAAAAGAGCGTGTCCTTTGTAAAAGGTGAAATATATCTTAATTCTTTTTAATTGAAAAATTGGAAGGGAGATCACTGTCAGAGAAAATAAAACTTTATAGGTGAATTAGGATAGCTCTTTTTATCTATAACTATTACAAAAAACTCCTATTCATAATTATTTATGTAAATTAATTTTACCTTTATTAATTTATATTATTTTATTACTTATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTAGAATTATCTCTTTTAAAACTAATAATTAATTTTATAAAATTATAAAAATTATTCATTTTTTATCTATTTCTAATAACTTTTTTTTCTATTGAAGCAAAATTTTAATAAGCTATAAAATATTTTTTATTAAAAATAATTATGAAATAAAAAAATTGTATTTTTTTATTATATAATTTTTGTATTATAAATAATTATTTGAATTTTAAAAAGAGTAAAATTGAAAAATATTTTTTAATTATGAATAATCATTTGAGTTTGAAAAGGTGGATACTAAATGTTAAAATTGAAAAAGAAAACATGGACAAAAAAATCGATAATTTTATTATTTTACTCTTCTGATTTTATAATTTTTTAAAATTCAAAATCATGTTATAAAATTATATAAATTATTTCTTTTAATTTTTATTTGTTCTAAATTTAATAATAAAAAATAATTGTTATTTTGTATTATCAAGAGAGCATGTGTTTTCACTGTATTTTATTTTGATTGATTATAATTTTATAGATATTATTTTAACAAAAATAAGTTATCTTTTGAAAGTTTCTCATTTAAATATATTATTAGTCTGAACAATATAAACTCAAAAGTTTTTACATAAAGAGGATACCAATAATAATTTATAAAATTGATTAATTTTTAAAATTATGTAAAAAAGAAAAATATTACAAAAATTCGCATATTGACTTGGTTCATAAACCCTCACAAGAGAAGTAATATAAAACCTCAATTCCGCTCTTTCTCTGGTTCTT


Gene Sequence:
>Vu_07507(-)
GTCCTCCCCAGAACCCAATTTCAATCATCTCTACATCGATCTCGCAGAACCCTTCAATCGGAAATGAATGTCGATAACGGTTCAGAGAGCGCGAAGCTTGACAACTCGTCCATGCAAATGGATTCCGGTGACTCTTCCGATCAAGTACCAATATGCTTGTCTCTTTTCACTCTTTTTCTCATTCCCTTTAATAAACTATAAACTCATAAATGAAAATTAAGCTACAATTTAAAGTTAGATTGTGTTGTTGACTTCATGCGACTAGGTCTAACTAGTATCATAGGATTGTTAAATTTTTATTCTATACATTCTATAATGGATTAACCCTAACTCACCTCTATTTTTAATTTGGTTACTTAAATTAGAAATTGTGATTATGATAATAGTATATCCTGTGGTTGGTTTTGAAGGTAAAAGACAATGAGAAGGAAAAGAAAGAACTCACTGAGACTATGAACAAGCTGCATATTGAAGGATGTTCTTCTGGAAATGGATTTCCTAACTTTCGAAGAAAACCTGTCATCATTATTGTTGTAGGAATGGCAGGTGATTTCGTATTTATATTTAACATGTTTGGTCGAAACTGGTTTTCATTTGTAATGCTATGCTTTATCAAGTCTCTGAATATAAGCCTCGTCTGTGTTTTTAGGGAGTGGGAAAACTACACTCATGCATAGGTTGGTTGCCCATACACATATAAAAAACATCCGGGGTTATGTGGTGAATCTTGACCCTGCCGTCATGACCCTTCCATATGCTTCCAACATCGATATAAGAGACACTGTTAAATACAAAGAAGTCATGAAGCAGTTTAACCTTGGCCCTAATGGTGGAATTTTGACTTCTATGAACTTGTTTGCCACCAAGTTTGATGAGGTAAAGTTGGTCTGTTAATTTTTGAAACTACTGAGTTGTGACATATCTTGTTACTCGCTTTTAAACTAAGTGTTACTTACAAGTAGACAGTGTTTTCAACTGACAATCTTATTCCCATCACTAAAAACAGTAGTGACACAAATGGGAATGCTGTCTGCTTGTAATGGCAATATGATCGAAGGCTTTCCTTTAACTTCCTTGATTTAATGTTTTGGTTTTACTTTTTCTAGTTAAGCTTATGATGCAGAAAAGGAGATTATACTGTGTACCTTGGCAGTTACTCGCATAGGTCGTAATTTGTTTTAATTATTACTACATTTTTTAATTTTTTGGATCACCTCATTTTCAGGTAATCTCTATGATTGAGAGACGGGCAGATCAACTTGACTATGTTCTTGTGGACACCCCTGGTCAGATTGAAATATTTACATGGTCTGCTTCTGGTGCTATCATTACAGAAGCTTTTGCATCCACATTTCCCACTGTAGTGGCCTATGTAGTTGATACACCTCGTTCAGAAGATCCCACAACTTTCATGAGCAACATGTTGTATGCTTGTAGTATCCTCTATAAGACAAGGTTACCTCTCATCCTGACATTCAACAAAGTTGATGTAGCAGCACATCAGTTTGCATTGGAGGTATTTTTGTTTCTGATGATTTTTATTGTGCTTAGTTGAGTTGCAAATGATGTGTTGGATAGATTAGTCACTTTAATTTTTTTAGTTAACAAACTATTTTGATCTACCCATTCACTAACATCAAGTTGTGGTTAACTAGTACAATCTGTTTGCAGAGTAGATTAATATATTACTTTTAGTTATAGGCCTGTTTGTTTAAGCTTTTCTCACCAAATAATAACTTCTTCTCAAAGATATAATAATCATTATTTTGGTTTTTTATATACCTCTTATACCTTTAAAAATAACTCGAAGTTGAAAAGAATCAGAAATATGATCCTAATAAGTTATTCTATAAATCATTTACTTCTCTTTACTTATTTTTTATTGTCAACAAGATAATGAACCTCTATTTATTGTAATCCCTAAATAAGGGTCATCAAATCACTTTTTTCATAAACGTTGTATGTTGGTTTTTAAGAACTGGATCGTGTGTTTAAACTTTAAACTACAAGAGTGAGACATAATGACACATTGGATTTATCTATGATTTGGTTTAGCTTCGCAGTAGAAGATTTTTCAAAACCAGAAATGATAACATTCAAGTTGATGGAATCATTCACCTATGAAGTTTTGATATATTTGTTATCTTTGGAAGGATTTCTCAAGTTGGCACATTTAATTGTATCACCCTTCTGTTGAATGTCTATGACTTTAATGAGCATTGCATGTATCAACATCAATCAGTATCCTTAGTAGAACTTGACATTGCTTTTAATTTATGAAATTGAAGTTAAGGCATAAGTAATTTAAATTTTGAGAAATTGCAGTGAAATGGAAAACAATATTGATGGACATAATTATTAATTTGGCCTCTCATGTTGGGGAATTTATTGTATATAGAGATTGAACATATTGCCATTATTATGGGGTTATGGGCTCTGTCATTTGCCTATTTAAGCTGAATTGTATAGTTGGCGTCAAGACTACTCGGAAATTTTGTAGCCTACTTTCTATTCCTTGTTGCTTCTTTTTTATCTAGTCTTTTCCTGGCCTAACAAACTTACATGATAGATTGTACCAAATTTATTTTGATCCAATTTTTTTGGTGTGAAATTCATTATCTAGTGGATGGAGGATTTTGAGGCATTCCAAGCAGCAGCAAGTTCAGATCAGTCATACACATCAACTTTAACTCAAAGCCTTTGTCTTGTGCTAGATGAATTCTACAATAATTTGAAATCAGTTGGAGTTTCTGCTGTTTCTGGTGCAGGAATGGAAGCCTTCTTTAAGGTTGTCGAAGCCAGTGCAGATGAATACATGGACACCTACAAGTATTGTCTTATTTTCACTATTACATTACTATTGATTTAGCATATACAACAGGGTGCTCGATATAGCTAACCAAATAACTTCATTGTATCATACATTGTTCAGGGCTGATCTTGATAAAAGACGAGAAGAGAAGCAACGTTTGGAGGAAGACCGTAGGAGGGGCGACATGGATAAACTGAGGAGAGACATGGAGAAATCTGGGGGAGAAACTGTAGTTTTGAACACTGGTTTGAAGGACAAAGAGAAAAGTAAAAGTAAAAGTATGATGGATGAGGAAGATGAGGTTGAGGAGGACGAGGTAACGGAAGATGATGAAGATTTGGGGATATATACTGAAGATGATGATGCTATTGATGAGGACGAAGATGAGGAGGTTGATAGGTTCGGCCTGTGATGGAATTAATCATCAATTGGACTGTATCAGAGTTTGTATAGCACGTTTTTCACCTTCATATGGTGTACATGTTTACAACCTTACAAGTTTGATTACCAATTAGCCAACCAGTTTATTTCATATAACTCCATTTGCTCTAGGTTTATTTCGTTATGTTTTTGCAATACTTTCAAAGATAGTTGTTTTTTTTTGTGCAACTTGTTTTTGTATTTATAAATGACTTGAACATTTGCTGCGCCAGAAATCTGTAGTGGTTTTGCCTTGTCTGACAAAGGAAGGGGTTCTTATAGGCATTTCCACATTCAAC